Mistr Jedi Yoda a tři klonovaní vojáci se utkají s obávanou agentkou hraběte Dookua, Ventress, a její armádou droidů, aby dokázali, že Jediové jsou schopni ubránit strategickou planetu, a uzavírají dohodu jménem Republiky.

Mistr Jedi Plo Koon a jeho klonovaní vojáci musejí po útoku novou ničivou zbraní separatistů bojovat o své životy, dokud je nenajdou Anakin a Ahsoka.

Anakin s pomocí své padawanky Ahsoky a mistra Ploa Koona využije nové bombardéry Y-wing s dlouhým doletem ke smělému úderu na válečnou loď generála Grievouse, Malevolence, a její ničivou zbraň.

Padmé Amidala s C-3PO jsou zajati generálem Grievousem. Anakin a Obi-Wan musejí senátorku zachránit a dokončit zničení Malevolence.

Klonovaní důstojníci Rex a Cody musejí na vzdálené základně povzbudit jednotku nováčků k větší sebejistotě, aby společně odrazili invazi droidího komanda.

R2-D2 se ztratí během zběsilé vesmírné bitvy. Anakin ho musí najít, než separatisté objeví jediská vojenská tajemství uložená v jeho paměťových bankách.

Jakmile se Anakin, Ahsoka a náhradní droid R3 dozvědí, že generál Grievous drží R2-D2 na tajné nepřátelské odposlouchávací stanici, vyrazí na dvojitou záchrannou a diverzní misi.

Jar Jar Binks je rytíř Jedi? To si myslí separatisté, když komicky hrdinný Gungan a C-3PO bojují, aby zachránili Padmé Amidalu z nebezpečí v rukou zlého místokrále Nutea Gunraye.

Ahsoka a mistryně Jedi Luminara převážejí zajatého místokrále Nutea Gunraye k soudu, aniž tuší, že hrabě Dooku vyslal svou smrtonosnou učednici Asajj Ventress, aby osvobodila vězně a zlikvidovala obě Jedi.

Když hrabě Dooku zavede mistra Jedi Kita Fista a jeho bývalého padawana, Mon Calamariana Nahdara Vebba, do zlotřilého sídla generála Grievouse, musí Grievous separatistům prokázat svůj přínos.

Anakin a Obi-Wan při pokusu zajmout hraběte Dookua zjistí, že sithský lord byl již unesen piráty.

Anakin a Obi-Wan jsou při vyjednávání o výkupné za hraběte Dookua zajati. Aby unikli, Jediové a Sith musí protentokrát spojit své síly v situaci, kdy je jejich jedinou nadějí Jar Jar Binks.

Když je Anakin vážně zraněn v bitvě, jediská generálka Aayla Secura musí poučit Ahsoku o jediské filozofii zákazu osobních vazeb – zatímco na nepřátelské planetě pátrají po lékařské pomoci pro rytíře Jedi.

Zatímco Jediové bojují proti nové separatistické zbrani, pacifističtí Lurmeni se musejí rozhodnout, zda se podvolí útlaku separatistů, nebo budou bojovat po boku Anakina, Ahsoky a jediské generálky Aayly Secury.

Anakin a Obi-Wan se při vyšetřování zmizení posádky klonů zapletou do konfliktu mezi teritoriálními srstnatými obyvateli pustého ledového světa a chamtivými zástupci blízkého měsíce.

Když se Anakin a Obi-Wan pokoušejí s republikovými jednotkami osvobodit planetu Christophsis ze separatistického obležení, objeví důkazy o zrádci ve vlastních řadách.

Padmé a Jar Jar jsou zajati při pátrání po tajné separatistické laboratoři na výrobu biologických zbraní. Anakin, Obi-Wan a Ahsoka spěchají osvobodit své přátele a zastavit vypuštění smrtícího viru.

Fatální virus Modrý stín je vypuštěn a zasáhne Ahsoku, Padmé a mnoho klonovaných vojáků. Anakin a Obi-Wan musejí urychleně najít protijed na záhadné planetě, z níž se už dlouho nikdo nevrátil.

Ahsoka neuposlechne Anakinova rozkazu a přijde o většinu své eskadry, což Anakina vede k tomu, že své padawance udělí lekci o úctě k autoritám a dá jí příležitost k nápravě.

Aby zničili mocnou separatistickou zbraň, musí Obi-Wan a malá jednotka klonů vstoupit do okupovaného města, kde zjistí, že jeho obyvatelé jsou využíváni jako živý štít.

Když se jeho jednotky tenčí, Mace Windu musí přesvědčit twi’leckého bojovníka za svobodu, Chama Syndullu, aby mu pomohl zachránit hlavní město před zničením droidy.

Aby osvobodili zločineckého vládce Zira Hutta, nájemní lovci převezmou kontrolu nad budovou Senátu a senátory zajmou jako rukojmí – netuší však, že uvnitř je také rytíř Jedi Anakin Skywalker.