La figlia di un noto imprenditore viene rapita, Rocca indaga scontrandosi con la famiglia decisa a pagare il riscatto; alla fine Rocca scopre che il rapimento era stato organizzato dal marito insieme all'amante e al suo contabile, che poi l'ha subito uccisa; il suocero dopo il ritrovamento del corpo della figlia perde la testa e uccide il genero con un colpo di pistola.

Mentre Rocca assiste all'esibizione della banda dell'Arma dei Carabinieri a Roma, uno scheletro viene ritrovato in un casale nelle campagne viterbesi. Nel frattempo alla stazione arriva un nuovo aggiunto, si tratta di Andrea Fait, fratello di Antonio,assassinato 5 anni prima. Rocca nel portare avanti l'indagine, scoprirà che lo scheletro è di un militare che è stato ucciso perché questi voleva denunciare episodi di nonnismo da parte dei suoi compagni di corso, i quali hanno portato un loro commilitone al suicidio.

Il Maresciallo Rocca si trova a dover fronteggiare un'associazione mafiosa che gestisce un traffico d'immigrazione clandestina. L'episodio si apre con il viaggio di una giovane donna e di una bambina di pochi anni su un gommone. A un certo punto, si vede una pistola e si sentono degli spari. Inoltre, un ex membro di questa associazione, Vinas, è un protetto della polizia. Si scopre che le due immigranti erano sua moglie e sua figlia. Dunque lui, assetato di vendetta, si metterà sulle tracce dei suoi ex colleghi, coinvolgendo anche una donna che verrà uccisa. I due traditori del gruppo mafioso (quelli che avevano fatto credere a Vinas che avrebbero aiutato la sua famiglia a viaggiare, e invece la distruggono) verranno uccisi, uno da Vinas e uno dagli altri membri del clan, e anche Vinas morirà. A questo punto i capi dell'associazione, vedendo al TG che questo maresciallo è troppo pericoloso, mettono in atto un terribile piano. Infatti, Margherita è terribilmente gelosa della dottoressa Ascari, a tal punto da piantare in asso il marito e andare a vivere con Tommy a casa della cugina. Avrà comunque luogo la riappacificazione tra i due dopo breve tempo. Margherita fa di tutto per farsi notare. Il Maresciallo Rocca, allora, per poter stare un po' di tempo con la moglie e farla tornare felice, decide di organizzare il viaggio di nozze che non avevano potuto avere. Margherita vorrebbe usare la sua auto, ma il maresciallo decide usare la propria, che si guasterà il giorno stesso della partenza, costringendo la coppia a ritardare il viaggio. Nel frattempo, sulla scena di un omicidio che si verifica il giorno stesso della partenza, viene mandato Rocca, che troverà un biglietto lasciato proprio per lui. Il testo di questo biglietto è: "Per il maresciallo Rocca". A questo punto, il maresciallo non potrebbe più partire, ma cerca di non farlo capire alla moglie, che è entusiasta, per cercare di non deluderla. La coppia decide di portare nel viaggio anche Tommy. Il meccanico dell'officina dove Rocca ha portato la sua auto a riparare posiziona la stessa nella piazza davanti alla stazione dei Carabinieri. Mentre Margherita sale in macchina e manda Tommy a dire al maresciallo di sbrigarsi, il meccanico chiede a Rocca di poter denunciare un'intrusione nella sua officina. Allora il maresciallo gli chiede: "Cos'è stato rubato?" E il meccanico risponde: "Niente!" È a questo punto che Rocca, con Tommy ancora in braccio, capisce il significato del messaggio lasciato per lui. Mette giù il bambino e grida: "Margherita!!". Ma è troppo tardi. L'auto infatti esplode uccidendo la donna.

Sono passati tre mesi dalla morte di Margherita e Rocca non riesce a guardare avanti e non vuol saperne di riprendere il suo lavoro; dopo però che uno dei suoi uomini, Andrea Fait, resta gravemente ferito durante un'operazione, Banti scuote Rocca attaccandolo anche pesantemente per aver deciso di smettere di lottare; così Rocca finalmente torna al suo lavoro, ma la smania di vendetta lo porta a cadere nei falsi indizi che gli vengono buttati come esche dall'associazione criminale a cui dà la caccia obbligando il capitano De Santis a sospenderlo dal servizio. Rocca non demorde e, aiutato da Cacciapuoti e dai suoi uomini, riesce a risalire al covo della banda in Puglia. Smanioso di vendetta, si reca sul posto da solo a rischio della propria vita ma Cacciapuoti, fin troppo affezionato al suo superiore ed amico, informa Mannino e il Capitano De Santis delle sue intenzioni. Così Rocca trova sul posto le forze dell'ordine pronte ad intervenire, ivi compreso Marco trasferito precedentemente in Puglia. La banda di criminali viene totalmente sgominata, ma durante l'operazione Rocca rimane gravemente ferito; sarà l'amore del piccolo Tommy a dargli la forza di uscire dal coma. L'episodio si conclude con Rocca che viene premiato con l'encomio solenne consegnatagli da Mannino in una cerimonia ufficiale per aver sgominato la pericolosa organizzazione criminale.

Sono passati tre anni dalla morte di Margherita (cioè nel terzo episodio della terza stagione), Rocca sul punto di trasferirsi in un'altra città decide di restare a Viterbo dove reincontra Francesca (Veronica Pivetti), figlia di un suo ex superiore, ora nuova maestra del figlio Tommy. Banti viene promosso brigadiere e entra in conflitto con Cacciapuoti che teme di perdere il posto a favore del più giovane collega. Intanto un proprietario di un'azienda tessile viene trovato morto in una discarica; Rocca indaga scoprendo che il vero luogo del delitto è la fabbrica dell'uomo in cui venivano sfruttati dei bambini come lavoratori; a sorpresa il padre di due di questi bambini, uno dei quali alunno di Francesca, si proclama colpevole dell'omicidio, per coprire i figli. Rocca però scopre che il vero colpevole è il figlio della vittima. L'episodio si chiude col matrimonio tra Daniela e Marco che si trasferiranno a casa del maresciallo, così un carabiniere e un poliziotto dovranno convivere sotto lo stesso tetto.

Il ragionier Duilio Modica (Pippo Santonastaso), un pensionato amico di Rocca, non si dà pace per la morte della moglie investita da un'auto pirata; Rocca però non prende troppo sul serio le segnalazioni fatte dall'uomo, che una sera viene trovato ucciso nel giardino di villa Marziale, residenza di un'importante famiglia viterbese. Rocca si trova costretto ad indagare nella vita dei vari componenti della famiglia, aiutato da Francesca che dà lezioni private alla nipote della padrona di casa; alla fine scoprirà che la colpevole è la domestica della villa, che aveva investito involontariamente la signora Modica in una folle corsa per portare in ospedale sua figlia, vittima di un aborto spontaneo dopo essere stata messa incinta dal datore di lavoro.

Un uomo viene trovato morto in un'auto fuori da un bowling, poco dopo anche una cameriera del locale, che aveva avuto una relazione con l'uomo, viene uccisa facendo ricadere i sospetti sul marito. Rocca però nutre dei dubbi, e si mette sulle tracce dell'unico testimone del primo delitto, un travestito. Contemporaneamente Giacomo torna a casa, lasciando dubbi sulla sua crisi coniugale. Il travestito che Rocca stava cercando inculca poi il dubbio che Giacomo sia omosessuale. In realtà Giacomo ha solo scoperto i traffici illeciti del suocero e non sa come comportarsi con la moglie. Rocca, scoperto che colui che il testimone credeva suo figlio è in realtà il miglior amico di Giacomo, capirà che il vero colpevole dei delitti è il guardiano del locale, che voleva vendicare la morte del figlio.

Una misteriosa ragazza arrivata da Roma viene trovata accoltellata in un cespuglio; gli unici indizi sono un disegno e il numero telefonico di un albergo in cui un uomo l'aveva cercata. Rocca indaga sul passato della donna scoprendo che a 10 anni era stata rapita e il crack finanziario della famiglia a seguito del pagamento del riscatto aveva portato i genitori alla morte. Successivamente viene trovata morta la moglie del portiere dell'albergo (Sara Ricci), una donna che si divertiva a spacciarsi per prostituta e che era stata testimone del delitto. Rocca scopre che l'assassino è il rapitore della ragazza, che aveva riconosciuto dal tatuaggio e grazie a Morissi, individuerà nel proprietario dell'Hotel (Carlo Cartier).

Il dottor Nobili, un giovane e stimato pediatra, muore dopo aver bevuto un caffè; si scopre che nel caffè era stata messa di proposito una sostanza a cui era allergico. Inizialmente i sospetti ricadono su un uomo che lo riteneva responsabile della morte del figlio ma un mago viene trovato senza vita nella sua abitazione, ma Rocca alla fine scoprirà che la vera colpevole è l'infermiera di Nobili, innamorata non corrisposta dell'uomo, che aveva maldestramente cercato di fargli bere un filtro d'amore. Francesca annuncia a Rocca che sposerà un uomo conosciuto in montagna.

Un uomo viene ucciso con un fucile di precisione, appartenente ad una partita rubata in un negozio di armi; i sospetti si concentrano su Luca Garrone (Lorenzo Balducci), che lavorava nel negozio dove il fucile è stato rubato. Una serie di successivi delitti, sono una religiosa, una ragazza sposata e Garrone stesso, porta Mannino a credere che si tratti di un serial killer e a far intervenire un nucleo speciale da Roma, ma Rocca, che vuole vederci chiaro nella faccenda, scopre che il vero responsabile è il padre di Luca Garrone (Luigi Burruano), che ha fatto di tutto per uccidere il figlio che a sua detta voleva farlo fuori. Rocca dubbioso fino all'ultimo, confessa in extremis i suoi sentimenti a Francesca, che però ha già mandato a monte il suo matrimonio.

Il parroco di Santa Brigida, un sacerdote amico di Rocca, viene trovato ucciso nella sua parrocchia. Una testimone indica come possibile colpevole un ragazzo rumeno, con precedenti per furto, che Rocca aveva raccomandato al prelato. Il Maresciallo, sentendosi in colpa, cerca di scoprire il vero colpevole. La successiva morte di una giornalista porta il maresciallo a scoprire che la vera colpevole è proprio la testimone. Nel frattempo Daniela annuncia di aspettare un figlio da Marco e a Viterbo arriva il Tenente Natalina Solimeni (Bettina Giovannini), nuovo responsabile della scientifica.

Un uomo viene trovato morto in un hotel, inizialmente i sospetti confluiscono su una cameriera dell'albergo, ex amante dell'uomo e sul marito; ma la successiva morte di un ex ispettore di polizia addetto alla sicurezza dell'albergo, che aveva promesso a Rocca il suo aiuto in cambio del reintegro in Polizia, porta Rocca a scoprire un giro di gioco d'azzardo all'interno dell'albergo; alla fine però il vero assassino si rivelerà essere la figliastra dell'uomo, di cui era amante, che la madre stava cercando di coprire accusandosi al suo posto. L'amicizia tra Rocca e il Tenente Natalina Solimeni si fa più sempre più intima. Giacomo decide di seguire le orme paterne e arruolarsi nell'arma.

Una ragazza, che collaborava con Marco come informatrice, accusa il poliziotto di averla picchiata e violentata; Rocca cerca di discolpare il genero, che però è stato con la ragazza per non perdere il contatto; l'omicidio di un medico aggrava la posizione dell'uomo, ma Rocca scopre che i veri colpevoli sono l'allenatore e il procuratore di un ciclista in coma dopo un incidente dovuto ad uso di sostanze dopanti e la ragazza era stata costretta a incastrare Marco per toglierlo dalle indagini, usando la figlia per ricattarla. Daniela partorisce la piccola Alice, ma non vuole perdonare Marco, intanto Rocca e Natalina si baciano sotto gli occhi di un'incredula Francesca

La tomba di una donna viene fatta saltare in aria; il marito e il figlio della donna, che gestiscono una pescheria sono immischiati con i Talarico, una famiglia di malavitosi; per salvare il figlio il padre uccide uno dei Talarico; successivamente il ragazzo viene trovato morto; sul giaccone del ragazzo viene trovata una cimice e subito dopo il cadavere di un investigatore privato, porta Rocca a scoprire che il vero padre del ragazzo è un noto imprenditore e ad ucciderlo sono stati i nipoti per non perdere l'eredità. Rocca e Natalina decidono di non proseguire la loro relazione, intanto Daniela perdona Marco e si trasferisce con quest'ultimo e la bambina nella vecchia casa di Francesca; che sembra interessarsi al Maresciallo di Carmine (Corrado Tedeschi), arrivato a Viterbo per seguire un corso di restauro

Un imprenditore, collezionista di opere d'arte viene ucciso nel corso di una rapina a casa sua in cui viene ferita la moglie; Rocca aiutato dal Maresciallo Di Carmine, scopre che i quadri rubati erano dei falsi; successivamente due dei rapinatori e la ragazza di uno dei due vengono uccisi dal 3º uomo che si scopre essere un pittore di falsi in combutta con la moglie dell'uomo. Nel corso dell'indagine, Di Carmine viene ferito ad una spalla, ma Francesca sembra ancora tenere di più a Rocca. A causa di lavori a casa sua, Rocca è costretto prima a trasferirsi da Daniela e poi in caserma. Roberto annuncia al padre di voler entrare in seminario e diventare prete; l'episodio si chiude col giuramento di Giacomo che diviene ufficialmente Carabiniere.

Un gattino trovato morto a scuola da Francesca porta dentro di sé un biglietto con scritto "Il male ritorna sanato", poco dopo una ragazza di nome Marisa viene trovata morta come fosse il sacrificio di un rito satanico e con un biglietto che potrebbe indicare la prossima vittima; Rocca, costretto in carrozzella per un incidente domestico e ospitato da Francesca sospetta, su suggerimento di Banti, un collegamento con il caso del professor Aleppi che 7 anni prima uccise la madre naturale di Tommy e la sorella di Banti (v.[4]); scoprirà che il professore prima di diventare preside del liceo, era direttore di un orfanotrofio e alcuni suoi ex alunni hanno fondato una setta giurando di vendicarne la morte.Il maresciallo rischia come al suo solito, ma grazie all'arrivo tempestivo di Banti si salva. Rocca e Francesca tornano insieme e convolano a giuste nozze.