L'agent Fox Mulder du FBI découvre l'existence des dossiers non classés, qui, selon lui ne peuvent être résolus par une approche classique Le FBI, inquiet de ces potentielles découvertes, fait appel a l'agent Dana Scully pour « surveiller Mulder le martien ». Tout deux partent pour l'Oregon afin d'enquêter sur une mystérieuse série de disparitions.

Mulder et Scully enquêtent sur la disparition d'un pilote d'essai. Mulder est alors contacté par un informateur « anonyme » : Gorge Profonde, qui lui conseille d'abandonner ses recherches, pour sa propre sécurité.

Un meurtre atroce commis dans un lieu sans aucune voie d'accès ressemble à des affaires non-classées datant de 1933 et 1963. Mulder et Scully tentent de traquer et d'arrêter ce tueur en série centenaire...

Une mère de famille de Sioux City prétend que sa fille, Ruby, 17 ans, a été enlevée en pleine nuit par des extra-terrestres. L'affaire intéresse particulièrement Mulder, car dans sa jeunesse, sa sœur Samantha a disparu dans les mêmes conditions.

Malgré la volonté évidente de la police d'Atlantic City d'étouffer la découverte d'un corps humain cannibalisé dans le Parc National du New Jersey, Mulder poursuit son enquête sur ce qu'il pense être un maillon manquant dans l'évolution de l'espèce humaine. Pendant ce temps, Scully qui assiste à l'anniversaire de son filleul, se pose des questions sur l'orientation de sa vie...

Quand deux cadavres sont découverts en Philadelphie, Mulder et Scully sont chargés de l'enquête. La piste les mène vers une secrétaire en deuil de son employeur qui vient de mettre fin à sa vie, apparemment protégée par une mystérieuse force surnaturelle...

Suite à l'électrocution du patron d'une compagnie d'informatique, un ancien coéquipier de Mulder lui demande de l'aider sur l'affaire. Grâce aux informations de Gorge Profonde, Mulder et Scully doivent arrêter le meurtrier, tout en luttant conte le Ministère de la Défense et... l'immeuble lui-même.

Quand la dernière émission radio d'une mission de recherche en Arctique dit « On n'est pas ce qu'on a l'air d'être... », Mulder et Scully sont envoyés dans l'équipe d'investigation sur le site en Alaska. A leur arrivée, ils découvrent la présence d'un parasite inconnu qui s'en prend désormais à eux.

Après l'annulation du lancement d'une navette spatiale pour cause de défaillance technique, une employée de la NASA qui soupçonne une tentative de sabotage, demande à Mulder et Scully de s'occuper de l'affaire. Le superviseur des missions, ancien astronaute, est apparemment possédé par quelque chose rencontré au cours de sa dernière sortie en espace.

Mulder est informé par Gorge Profonde sur une opération de couverture du gouvernement pour dissimuler un crash Ovni. Parvenu sur le site, il rencontre un mordu d'ufologie dont la présence ne peut pas être fortuite : les militaires s'apprêtent à établir le contact avec une autre forme de vie. Confronté à l'armée, Mulder voit sa position au sein du FBI mise en péril...

Mulder et Scully enquêtent sur deux meurtres identiques situés à des milliers de kilomètres de distance. Le plus étrange est que les petites filles des deux hommes qui n'ont pourtant aucun lien de parenté, se ressemblent comme des sœurs jumelles.

Une ancienne petite amie de Mulder, qui travaille désormais à Scotland Yard, fait appel à ses services pour protéger un membre du Parlement Britannique en visite officielle aux Etats-Unis. Situation que n'apprécie guère Scully, en proie à des signes évidents de jalousie. Mulder devra surmonter sa peur du feu pour traquer un tueur en série dotés de pouvoirs de pyrokinésie...

Alors qu'elle vient de perdre son père et de jeter ses cendres à la mer, Scully enquête sur la disparition d'un couple, apparemment kidnappé par un serial killer déjà connu du FBI. Elle suit la piste d'un condamné à mort, Luther Lee Boggs, qui se dit extralucide et lui propose de l'aider contre une remise de peine. Face à l'incrédulité de Mulder, Scully reste seule à croire que cet homme peut les aider à retrouver la trace du couple disparu...

Une femme et un homme qui se sont rencontrés dans une discothèque passent la nuit ensemble. Soudain, l'homme se met à suffoquer et meurt sous les yeux de la jeune femme qui se transforme en homme...

Dana Scully et son collègue du FBI, Jack Willis, ont été informés qu'un couple de braqueurs, Lula et Dupré, allaient commettre un nouveau hold-up dans une banque de Washington. Les deux agents se font passer pour des clients et attendent l'arrivée des truands. Mais l'opération tourne mal...

Mulder est appelé d'urgence dans une bijouterie où vient de se dérouler un cambriolage. Le braqueur a en effet laissé sur les lieux de son forfait une lettre à l'intention de l'agent spécial. Ce dernier semble particulièrement troublé : le style et le graphisme de l'écriture ressemblent à s'y méprendre à ceux de John Barnett, un voyou que Mulder avait arrêté voilà un peu plus de cinq ans...

Mulder et Scully enquêtent sur un OVNI observé à Reagan, dans le Tennessee. Ils interrogent un conducteur de camion nommé Ranheim, qui déclare avoir tiré au fusil de chasse sur un objet mystérieux dans le ciel. Cependant, les déclarations de Ranheim varient...

La curiosité de Mulder est piquée à vif lorsque Scully lui montre l'enregistrement vidéo du révérend Calvin Hartley avec son fils adoptif Samuel, âgé de 18 ans, qui tiennent un service religieux dans leur congrégation. On y voit Samuel poser sa main sur une femme souffrante. Scully explique à Mulder que la malade a été transportée à l'hôpital, où elle est décédée sans que l'on ait pu trouver une cause logique à sa mort...

Jim Parker et son fils Lyle élèvent du bétail dans un ranch isolé du Montana. Ils sont attaqués par une créature féroce qui semble être un loup. Dans l'obscurité et sous un violent orage, Jim dégaine et le tue. Lorsqu'il examine le corps, il se rend compte qu'il s'agit de Joseph Goodensnake, un Indien. Mulder convainc Scully de l'aider à enquêter sur ce qui ne lui semble pas, à priori, être un phénomène surnaturel, mais plutôt un tragique accident...

Fox Mulder et Dana Scully quittent leurs confortables bureaux du FBI pour aller respirer le grand air : les deux agents s'intéressent à l'étrange disparition d'un groupe de trente bûcherons aguerris qui travaillaient en plein cœur d'une forêt de l'Etat de Washington, au nord ouest des Etats-Unis. Sur place, Fox et Dana sont accueillis par Freddy, de la police locale, et Steve, un responsable de la compagnie qui employait les bûcherons. Tous quatre s'enfoncent au cœur de la forêt, à la recherche des disparus...

Mulder n'en croit pas ses oreilles : Eugène Tooms, interné depuis plusieurs années dans un hôpital psychiatrique, vient d'être remis en liberté par une commission d'experts juridiques et médicaux. Même s'il n'a jamais réussi à prouver sa culpabilité, Mulder est convaincu que Tooms, qui a l'apparence d'un homme d'une trentaine d'années, est l'auteur de 19 méfaits commis par séries de cinq à trente ans d'intervalle...

L'inspecteur de police Sharon Lazard, recueille une fillette perdue prénommée Michelle et la confie au détective Barbala pour l'interroger. Peu de temps après, Barbala est projeté contre la fenêtre avec violence et s'écrase plusieurs mètres plus bas. Persuadé qu'il ne s'est pas suicidé et qu'il était seul avec Michelle à ce moment, Lazard contacte Mulder et Scully...

Un terrible drame vient de se produire à l'institut technologique de Washington : le professeur Surnow, qui travaillait à l'élaboration d'un nouveau type de moteur à réaction, a été enfermé dans la soufflerie lors d'un essai nocturne. Le malheureux a été happé par la machine. Six mois plus tôt, un autre scientifique du centre avait trouvé la mort dans d'étranges circonstances...

Pourtant blessé par une balle, un fugitif sème la police qui le poursuit en disparaissant dans un lac. En dépit de plusieurs heures de recherches, son corps n'est mystérieusement pas retrouvé. En commençant l'enquête, Mulder découvre que la voiture du fugitif a été subrepticement remplacée par une autre, et remonte la piste jusqu'à un dénommé Dr Berube, qui se montre peu coopérant...

Le bureau des affaires non classées du FBI a été démantelé. Mulder, dont les travaux devenaient trop dérangeants, a été muté sur une banale affaire d'écoute téléphonique. Une mise au placard à peine voilée... Un soir, il est discrètement convoqué chez le sénateur Matheson, qui fut l'un de ses plus ardents défenseurs. L'homme politique prétend que l'observatoire d'Arecibo, à Porto-Rico, récemment fermé pour cause de restrictions budgétaires, aurait reçu des messages provenant de l'espace...

À bord d'un cargo russe, un organisme à forme humaine s'est installé dans le réservoir des eaux usées. Devant la désolante banalité de ses nouvelles missions, Mulder envisage de quitter définitivement le FBI. Scully pratique l'autopsie d'un membre de l'équipage du cargo et découvre une sorte de vers installé dans le cadavre. Une suite de cas similaires conduit les deux agents à enquêter sur cette mystérieuse créature vivant dans les égouts...

C'est la stupeur à Baltimore : un citoyen jusque là respectable vient d'éliminer les dix personnes qui se trouvaient avec lui dans un ascenseur. L'agresseur a été lui-même rattrapé par un vigile alors qu'il tentait de s'enfuir. Quelques jours plus tard, c'est un garagiste de la ville qui est retrouvé sans vie. Sa dernière cliente, Mme McRoberts, est aussitôt soupçonnée par Mulder, qui a été chargé de l'enquête...

Paul Grissom, un médecin spécialisé dans les troubles du sommeil, est victime d'une crise cardiaque foudroyante. Avant de décéder, le défunt a appelé les pompiers pour signaler un incendie à son domicile. Mais la police ne trouve aucune trace de feu sur les lieux du drame. Intrigué par l'affaire, Mulder demande à son supérieur, Skinner, d'être chargé du dossier...

Duane Barry, un ancien agent du FBI, prend en otage son psychologue et trois autres personnes dans une agence de voyages. En échange de leur libération, il demande à être conduit sur le site où il dit avoir été enlevé par des extraterrestres. L'intérêt que leur porte Mulder rapproche les deux hommes et l'aide à gagner peu à peu la confiance de Barry, mais Scully qui le connaît bien met rapidement Mulder en garde contre sa mythomanie et ses hallucinations...

Scully a été enlevée par Duane Barry, un homme mentalement dérangé qui croit que des extraterrestres le poursuivent. Mulder retrouve leur trace grâce à la vidéo faîte lors de leur arrestation pour excès de vitesse et part à la recherche de Scully, qui est apparue vivante, dans les montagnes de Virginie. Mulder doit également tenir tête à son nouveau coéquipier, Krycek, qui semble faire tout son possible pour l'empêcher de les retrouver...

Plusieurs semaines se sont écoulées depuis la mystérieuse disparition de l'agent Dana Scully. Une dernière fois, Fox Mulder fouille le bureau de sa collègue, à la recherche d'un éventuel indice. L'agent du FBI, spécialiste des sciences occultes et des phénomènes inexpliqués, s'apprête à partir pour Los Angeles, où on l'attend pour élucider une série de meurtres...

Alors que la mère de Scully commence à perdre espoir, le corps de Dana réapparaît soudainement dans un petit hôpital local mais dans un état critique : dans le coma, elle doit être maintenue en vie par assistance respiratoire. Son ADN semble avoir été modifié et un mystérieux inconnu vient dérober un échantillon de son sang sous les yeux de Mulder...

Pasadena, Californie. L'Institut d'Observation Volcanologique capte un message sur une fréquence d'urgence, lancé par une équipe de chercheurs partis explorer l'intérieur d'un volcan, au moyen d'un robot ultra-perfectionné : le "Firewalker". Une liaison vidéo avec le camp de base permet de découvrir le sol du cratère, puis le corps du chef de l'expédition, un sismologue de renom...

Mulder enquête sur le cas de Gary Kane, un adolescent disparu qui a été retrouvé par la police, errant en sous-vêtements dans un bois. Il ne semble avoir subi aucune violence, mais une phrase étrange a été écrite sur son dos. Sur les conseils du shérif, Mulder rend visite à la communauté du Musée rouge, dont le leader intervient auprès de ses fidèles au moyen d'un ordinateur...

Michelle, infirmière de la maison de retraite Excelsis Dei, a été agressée par une force invisible. Doutant du témoignage de la jeune femme, la police a rapidement classé l'affaire. En désespoir de cause, elle contacte Mulder et Scully. Les deux agents mènent l'enquête dans cet établissement spécialisé dans les troubles du comportement liés à la sénilité...

Depuis qu'elle est enceinte, B.J Morrow affirme avoir des visions effrayantes. Dernièrement, elle a vu un homme ensevelir un corps et a été capable de localiser exactement le lieu où le retrouver. Grâce aux empreintes dentaires du cadavre, Mulder et Scully réussissent à identifier le corps comme étant celui d'un ancien agent du FBI, Sam Chaney, disparu avec son coéquipier dans les années 40. Intrigués par les dons de B.J., Mulder et Scully partent enquêter sur place...

A Minneapolis, la police est à la recherche de l'individu qui a profané plusieurs tombes. Habitués aux affaires sensibles, Mulder et Scully sont appelés en renfort. Malgré son expérience, Dana est troublée par ce nouveau dossier. Mulder, lui, garde la tête froide. Il sait qu'il doit agir vite : s'il reste impuni trop longtemps, le fétichiste risque de s'intéresser à des «proies» vivantes pour compléter sa collection de trophées...

A la demande du shérif, Mulder et Scully se rendent dans une petite ville habitée par une communauté sataniste. Des adolescents ont délivré une puissante force démoniaque en récitant une formule de magie noire et l'un d'entre eux, qui n'a pu s'échapper, est retrouvé mutilé. Lors de l'interrogatoire, il s'avère que les adolescents semblent avoir perdu la mémoire...

Un camp de réfugiés haïtiens est le théâtre d'accidents mystérieux : deux Marines ont été retrouvés morts. La thèse du suicide est avancée et le cas a été bouclé, mais la veuve de Robin McAlpin croit à une autre version. Le vaudou pourrait avoir un lien avec la mort des marines, depuis que Beauvais, un révolutionnaire détenu en cellule d'isolation, a menacé de voler les âmes de tous les marines à moins que son peuple ne soit libéré...

Un vaisseau spatial, qui selon les médias est un avion russe, tombe dans l'océan arctique. Une équipe de chercheurs qui travaillait non loin du site vient à l'aide du pilote, mais celui-ci a disparu. Ce chasseur de prime commence à tuer des médecins qui ont en commun de pratiquer l'avortement, en déguisant son crime sous l'incendie de la clinique où ils exercent. L'enquête de Mulder patine lorsqu'il apprend que les corps des victimes ne sont jamais retrouvés...

Mulder a retrouvé sa sœur, kidnappée par des extraterrestres dans son enfance. Le chasseur de primes la recherche et piège Scully dans sa chambre d'hôtel en prenant l'apparence de Mulder. Il aurait pour mission de mettre fin à une colonie d'extraterrestres installée sur terre depuis 1940, en éliminant tous les clones qu'ils ont créés, dont Samantha est un des modèles originaux...

Une puissante force invisible sème la terreur dans une petite ville de l'Idaho. L'affaire se complique lorsque certains animaux du zoo disparaissent de leur cage en se dématérialisant, peu avant les meurtres. Mulder et Scully doivent de plus démêler les témoignages et accusations des employés du zoo qui ont tous leur idée du coupable...

Le lieutenant Harper est l'unique rescapé du naufrage d'un bateau de la Marine, qui a mystérieusement sombré au fond des eaux de l'atlantique nord. A l'hôpital, Scully se rend compte que le jeune homme de 28 ans a en réalité l'apparence d'un vieillard. Mulder, qui lie l'affaire à un projet militaire secret lancé pendant la seconde guerre mondiale, a déjà un semblant de réponse à la question et part à la recherche de l'épave du USS Ardent...

Mulder et Scully assistent à un enterrement pas comme les autres. Le défunt, Jerald Glasburgh, était l'un des meilleurs illusionnistes américains mais, à cause de son allure physique, il ne se produisait que parmi des phénomènes de foires. L'homme souffrait en effet d'une maladie congénitale qui dessèche l'épiderme et ressemble à une peau en écailles. Jerald a été assassiné. L'arme du crime est d'origine inconnue...

Après la mort d'un enfant de deux ans, Mulder part sur les traces d'un esprit frappeur qu'une photo de l'accident a révélé. En enquêtant auprès de la famille, Mulder et Scully font la connaissance de Golda, la gouvernante roumaine des enfants. Elle accuse Charlie, 8 ans, d'être responsable de la mort de son petit frère et organise chez elle des cérémonies religieuses afin de repousser le diable, avec un groupe d'hommes appelés Calusaris...

Un virus inconnu a causé la mort de deux détenus dans un pénitencier fédéral. Une quinzaine de prisonniers semblent eux aussi contaminés par ce mal inexplicable. Le FBI est saisi de l'affaire lorsque deux prisonniers réputés dangereux profitent de la situation pour se faire la belle...

La police de Richmond, dans l'Etat de Virginie, enquête sur une série de disparitions suspectes. La dernière en date est celle d'un certain Patrick Newirth, qui s'est littéralement volatilisé dans sa chambre d'hôtel. L'inspectrice chargée du dossier, Kelly Ryan, demande officieusement l'aide des agents spéciaux du FBI, Fox Mulder et Dana Scully...

Mulder et Scully viennent enquêter sur la disparition d'un inspecteur sanitaire et découvrent dans un champ les traces d'une récente cérémonie sacrificielle. Lorsque la maîtresse de cet homme, qui paraît beaucoup plus jeune que son âge, meurt dans des conditions inhabituelles, l'autopsie de son corps révèle la maladie de Creutzfeldt-Jakob. Mulder en vient vite à penser qu'un groupe de cannibales utilise la chair de ses victimes pour rester éternellement jeunes...

Mulder est entré en possession d'une disquette codée en Navajo, contenant l'intégralité des dossiers secrets du ministère de la Défense. Mais son père, qui a travaillé pour le ministère et dont le nom apparaît dans les dossiers, apprend qu'il est en possession de cette disquette et lui demande de lui rendre visite. Avant qu'il ne puisse lui avouer la vérité, Alex Krycek le tue d'une balle et s'enfuit...

Mulder a disparu avec la disquette contenant les dossiers secrets du ministère de la Défense. Scully part à sa recherche et pense même à démissionner du FBI, lorsqu'elle découvre qu'on lui a implanté une puce électronique dans le cou. Mulder est en fait retrouvé dans le désert du Nouveau Mexique et secouru par un groupe d'Indiens Navajo qui pratiquent sur lui un long rituel de guérison et lui font reprendre conscience...

Mulder recherche l'assassin de son père avec Scully et Skinner, qui détient désormais la disquette tant recherchée. Ils rencontrent Victor Klemper, un ancien collègue de son père qui leur révèle l'existence de l'opération Presse Papier : les Etats-Unis protégeaient des criminels de guerre en échange de leurs connaissances scientifiques. Guidés vers une mine contenant des milliers de dossiers et d'échantillons, ils en apprennent un peu plus sur ce fameux projet secret...

Dans une salle de jeux vidéo, à Conneville (Oklahoma), Darin et Jack se disputent. La discussion s'envenime et Jack frappe Darin. Un peu plus tard, Darin semble pouvoir manipuler l'électricité de la salle à sa guise. Effrayé, Jack tente de fuir en voiture mais un champ électrique intense englobe son véhicule et le tue. Le juge local révèle que cinq autres jeunes gens sont morts de façon identique...

Un tueur en série décime des voyants malhonnêtes et sort leurs tripes de manière à y lire l'avenir. Appelés sur l'enquête, Mulder et Scully rencontrent Clyde Bruckman, un homme qui a découvert un des corps et semble avoir certains pouvoirs psychiques : il est capable de donner des détails précis des meurtres et peut prévoir l'endroit où seront retrouvées les futures victimes...

Après la mort du prisonnier Napoleon « Neech » Manley sur la chaise électrique, un garde est retrouvé mort dans la cellule qu'il avait occupée pendant onze ans. Convaincu qu'il se réincarnerait, Neech avait laissé une liste de cinq personnes desquelles il voulait absolument se venger et dont un autre condamné est en possession. Mais ce dernier propose de ne donner les noms qu'à condition d'être transféré dans une autre prison, ce que le directeur refuse...

Mulder et Scully assistent l'inspecteur Cross sur l'affaire d'un tueur qui laisse les corps de ses victimes se décomposer, à tel point que l'identification est rarement possible et les enveloppe d'une sorte de mucus. Beau parleur sur Internet, le tueur trouve ses victimes sur des sites de rencontres. Selon Mulder, qui a déjà vu un cas similaire, l'homme utiliserait la graisse de ces jeunes femmes pour compenser sa propre déficience cellulaire et survivre...

Un homme tronc manipule par son esprit des militaires. Il les empêche de se suicider après avoir tué toute leur famille, dans le but de les voir souffrir. Défiant le protocole militaire qui suspend leur enquête, Mulder et Scully tentent de retrouver l'identité du soldat fantôme plusieurs fois apparu aux victimes, mais l'esprit, qui réussit à prendre des formes diverses, tue un à un les principaux témoins...

Lucy Householder a été enlevée lorsqu'elle avait 8 ans et retrouvée indemne cinq ans plus tard. Alors que son kidnappeur court toujours, elle se retrouve en liaison psychique avec une jeune fille, Amy Jacobs, qui vient d'être enlevée à son tour et est retenue prisonnière dans une oubliette. Lorsque Mulder se penche sur l'enquête et retrouve le potentiel agresseur d'Amy, le photographe scolaire, Lucy le reconnaît immédiatement...

Scully apprend que les implants collectent des informations et reproduisent artificiellement les processus mentaux. Elle découvre le Centre de Recherche sur les maladies, une ancienne léproserie, où sont fabriquées les puces. Pendant ce temps, à bord du train pour le Canada, Mulder tente de découvrir qui est derrière toutes ces expériences. Mais il doit affronter 'le rouquin' et se retrouve piégé dans un wagon. Sans code d'ouverture, il ne peut sortir sans faire exploser une bombe...

Tandis que Scully poursuit ses recherches sur l'implant métallique qu'elle portait en elle, Mulder se retrouve pris au piège dans le train censé contenir le cadavre d'un extra-terrestre. Le problème, c'est qu'il n'est pas tout seul : un assassin a été chargé d'éliminer le savant japonais qui a en charge le corps en question...

Le révérend Finley, un homme d'église qui feignait de recevoir les stigmates devant sa paroisse est assassiné. Afin de protéger un jeune étudiant, Kevin Kryder, qui présente les mêmes symptômes, Mulder s'entretient avec son père, interné pour avoir proclamé que le garçon était le fils de Dieu. Celui-ci lui annonce que la mort de son fils pourrait entraîner la fin du monde...

Appelé pour exterminer une colonie de cafards, le Dr Bugger meurt comme asphyxié avant qu'un flot de ces insectes ne vienne engloutir son corps. Malgré les explications rationnelles de Scully, Mulder ne peut s'empêcher d'enquêter et découvre plus tard qu'un jeune homme s'est mutilé avec une lame de rasoir, convaincu que des cafards étaient entrés dans son corps...

Un rare alignement des planètes prévu par une astrologue pourrait être la cause d'étranges comportements. Après plusieurs morts suspectes de lycéens à Comity, Mulder et Scully interrogent deux jeunes étudiantes, qui ont assisté au décès anormal de deux de leurs camarades et dont les capacités de télékinésies semblent avoir un lien avec l'affaire...

Un tueur en série est incarcéré après le meurtre d'un modèle qui posait devant un groupe d'étudiants en arts. Clamant son innocence, celui-ci dit avoir été possédé par une force négative qui l'a poussé à tuer. Mulder retrouve sur l'enquête un de ses anciens professeurs, l'agent Patterson. Celui-ci avait une devise qu'il enseignait autrefois : pour traquer un monstre, il faut en devenir un soi-même...

Un bateau de sauvetage français recherche la carcasse d'un avion de la Seconde Guerre mondiale tombé dans le Pacifique. Gauthier, un plongeur envoyé en éclaireur, y découvre le pilote encore vivant, une membrane noire lui recouvrant les yeux. Croyant être victime d'hallucinations, il remonte à la surface... Mulder part pour Hong Kong afin de retrouver le commanditaire des recherches de l'épave et y rencontre Alex Krycek...

Mulder poursuit Krycek pour récupérer la disquette contenant les dossiers secrets du ministère de la Défense, volée à Skinner. Lors de rencontres avec ses indicateurs, il commence à en apprendre plus sur la présence possible d'un extraterrestre au fond de l'océan, qui utiliserait le diesel pour passer d'un corps à un autre. Quant à Scully, elle est sur le point de découvrir l'assassin de sa sœur grâce au témoignage de Skinner...

Mulder et Scully sont appelés à retrouver un tueur en cavale. Ce dernier est capable de projeter sa propre volonté sur les gens qui l'entourent et de les forcer à faire ce qu'il désire. Face à la difficulté de le garder en observation dans les locaux du FBI, Pusher réussit à s'enfuir de nouveau. A sa poursuite, Mulder va malheureusement faire l'expérience de sa puissante force mentale...

Suite à la disparition de deux personnes associées à un artefact sacré, Mulder et Scully enquêtent sur ce qui ressemble à une malédiction causée par la découverte des restes d'une femme shaman. Leur principal suspect est l'un des membres de l'expédition s'adonnant à des hallucinogènes rituels...

Après avoir été appelés par le gardien d'un crématorium de San Francisco qui a vu un homme brûler vif, Mulder et Scully remontent la piste jusqu'à Chinatown. Ils y découvrent une loterie plutôt macabre dans un restaurant abandonné où les participants mettent en jeu un de leurs organes contre une chance de gagner le jackpot, certains d'entre eux finissant même au cimetière...

Scully profite de sa rencontre avec le fameux romancier Jose Chung pour donner sa version des faits d'une affaire d'enlèvements de deux adolescents et de deux Petits Gris par l'extra-terrestre Lord Kinbote...

Après avoir passé la nuit avec une prostituée, Skinner se réveille auprès de son corps sans vie, et devient ainsi le premier suspect du meurtre. Scully suppose qu'il souffre de troubles du sommeil qui ont pu le rendre violent. Mais lorsque Mulder interroge le psychanalyste de Skinner, il apprend que celui-ci est depuis longtemps hanté par un rêve dans lequel il est confronté à une vieille femme. Mulder pense que c'est l'acte d'un succube...

Le lac Heuvelmans attire de nombreux touristes car il est connu pour héberger un monstre légendaire, similaire à celui du Loch Ness. Mais lorsque celui-ci devient le théâtre de plusieurs disparitions et attaques en une semaine, Mulder et Scully viennent étudier l'affaire. Comme toujours Scully propose des explications rationnelles aux accidents, mais Mulder commence à croire sérieusement à la présence d'une créature dans le lac...

Mulder est contacté par un nouvel informateur inconnu qui le met sur la piste de plusieurs meurtres dont les auteurs sont victimes d'hallucinations. Dans l'appartement de l'un d'entre eux, interné en hôpital psychiatrique, les agents trouvent des cassettes vidéo sur lesquelles les informations télévisées ont été enregistrées. Alors que Scully est elle-même victime d'hallucinations après les avoir visionnées, Mulder pense que des sortes de messages subliminaux pourraient être à l'origine des meurtres...

Dans un fast-food, un homme étrange guérit miraculeusement, par imposition des mains, les blessures des victimes. Lorsque la police arrive sur les lieux, il a disparu et aucun ne peut décrire l'incident de façon cohérente. Analysant plan sur plan la vidéo de la fusillade, Mulder et Scully voient l'homme étrange prendre l'apparence d'une autre personne. Mulder décide de le retrouver pour qu'il guérisse sa mère, hospitalisée dans un état critique, à la suite d'une altercation avec l'homme à la cigarette...

Un électricien inspecte des lignes électriques en rase campagne. En haut d'un poteau électrique, il est gêné par une abeille, qu'il écrase machinalement. Ce geste n'échappe pas au groupe d'enfants qui vient d'arriver sur les lieux ; cinq garçons, blonds, parfaitement identiques. L'électricien est soudain pris de vertiges. La chute lui est fatale. Avant de mourir, il est entouré par les garçons qui le regardent agoniser sans manifester la moindre émotion.

La découverte du cadavre d'un nouveau-né affligé d'épouvantables malformations mène Mulder et Scully dans une petite ville en Pennsylvanie où tous les habitants se considèrent comme une grande famille. Ils y font la connaissance du clan Peacock, issue d'une lignée complètement dégénérée à cause des années de consanguinité...

Au cours d'un trajet en avion, un homme d'affaires afro-américain est retrouvé mort, dépourvu de toute pigmentation : ses cheveux sont devenus blancs, ses yeux ont perdu toute couleur et reflètent une indicible terreur. L'autopsie d'une seconde victime révèle une graine de fleur tropicale originaire d'Afrique de l'Ouest. Lorsque Mulder rend visite à l'ambassadeur du Burkina Faso, celui-ci lui fait part du mythe de Teliko, un monstre légendaire qui viderait les hommes de leur pigmentation...

Dans l'État du Michigan, certaines jeunes femmes victimes d'un kidnappeur sont endormies au moyen d'un sédatif et emmenées dans un endroit secret et reculé pour être lobotomisées. En essayant un nouveau photomaton, Mulder reçoit une photo de Scully entourée de démons...

Un groupe d'agents du FBI, parmi lesquels se trouvent Mulder et Scully, prend d'assaut les locaux d'une secte religieuse. Leur chef n'est néanmoins pas retrouvé et Mulder, mu par une force incontrôlable, se dirige vers un ancien bunker de la guerre de sécession. Il y découvre alors Ephesian, le leader de la secte, entouré de six jeunes femmes prêtes à avaler un poison mortel. En interrogeant sous hypnose une des membres du groupe, Mulder se rend compte qu'ils se sont connus dans une vie antérieure...

L'unité de chirurgie esthétique d'une clinique est le théâtre d'un meurtre atroce d'un des patients par un chirurgien qui affirme avoir été possédé au moment du crime. Les investigations mènent Mulder et Scully sur la piste d'une infirmière soupçonnée de pratiques sataniques...

Haut responsable du FBI, l'homme à la cigarette a toujours été une énigme pour l'agent spécial Fox Mulder. Mais, à force de recherches discrètes et multipliées, ce dernier a enfin réussi à mettre la main sur des documents ultra-confidentiels qui retracent la carrière de son ennemi intime... En 1962, on retrouve la trace de l'homme à la cigarette à Fort Braggs. Agé d'une trentaine d'années, ce capitaine au parcours exemplaire mais dont le père, espion au profit de l'URSS, a été condamné à mort, est un jour convoqué par plusieurs responsables militaires. Ces derniers critiquent l'attitude de la Maison Blanche dans l'affaire de la Baie des Cochons...

Mulder a reçu des informations d'un contact anonyme au sujet d'un probable attentat à Oklahoma. Mais pendant l'intervention du FBI, Mulder et Scully partent à la poursuite d'un camion transportant des explosifs et y retrouvent Alex Krycek, qui s'avère être le nouvel informateur. Celui-ci dirige les agents vers un diplomate, pour récupérer un fragment de météorite dont il est en possession. Mais alors que le Dr Sacks l'examine dans son laboratoire en le perçant, un liquide noirâtre jaillit et libère des vers qui envahissent aussitôt son corps et le paralysent...

Emprisonné avec Krycek dans un goulag en Russie, Mulder parvient à s'échapper en détournant un camion de livraison. En cavale dans la nature, il est poursuivi par le chauffeur du camion, qui le rattrape et finit par lui expliquer que de nombreuses personnes dans la région ont pu échapper à la torture au goulag en se laissant amputer du bras gauche. Quant à Scully, elle est toujours auditionnée par une sous-commission de sénateurs au sujet de la disparition de Mulder...

Grâce à une sorte de rêve prémonitoire, Mulder retrouve le corps d'une petite fille assassinée et enterrée dans un parc. Le tueur ayant découpé dans ses habits un morceau de tissu en forme de cœur, l'agent retrouve alors la marque de John Lee Roche, qu'il a autrefois arrêté. Roche avoue treize crimes, mais lors d'un second rêve, Mulder découvre la cachette du cahier regroupant les cœurs de tissu et s'aperçoit qu'il en contient seize. Roche parle alors de la sœur de Mulder...

Une étrange pluie jaune est tombée sur un camp d'immigrés hispaniques, en Californie. Le corps de Maria Dorantes est retrouvé dans une flaque du mystérieux produit, le nez, les yeux et les lèvres presque entièrement rongées. La communauté évoque immédiatement El Chupacabra, une créature mexicaine populaire. Mais il s'avère également que le jeune homme qui l'accompagnait, Eladio, est soupçonné par son propre frère d'être l'assassin. Celui-ci, qui se trouvait être le petit ami de Maria, est convaincu que la jalousie a poussé son frère à commettre le crime...

Au cours d'un accident de la route, l'ambulancier Leonard Betts est décapité. Quelques jours plus tard, son corps disparaît de la morgue, laissant à Scully la possibilité d'examiner un tissu provenant de sa tête. L'agent s'aperçoit que ses cellules étaient toutes fortement cancéreuses. Mulder en conclut alors que Betts devait posséder un incroyable pouvoir de régénération. En allant interroger sa mère, les agents apprennent que Betts est mort dans un accident de voiture six ans auparavant...

Avant de partir en vacances, Mulder confie à Scully des affaires qu'il aimerait voir résolues. Pourtant décidée à profiter de son absence pour prendre soin d'elle-même, Scully suit la piste d'un Russe, supposé avoir des informations sur les extraterrestres. Au cours de l'enquête qui la conduit chez un tatoueur, elle rencontre Ed, un jeune homme qui vient de se faire tatouer une Pin-up sur le bras et l'invite à dîner. Mais le lendemain, des inspecteurs informent Scully que la voisine de Ed a disparu et qu'il a laissé du sang dans l'appartement...

Scully vient d'apprendre qu'elle est atteinte d'une tumeur inopérable, située entre les sinus et le cerveau. Elle décide de contacter une association de femmes, qui ont autrefois été enlevées et ont toutes développé la même maladie après s'être fait ôter une plaque de métal du cou. Parallèlement, Mulder soupçonne le Dr Scanlon, qui a traité le cancer de toutes ces femmes, d'être à l'origine des enlèvements...

Issac Luria, un commerçant juif de la communauté hassidique, est victime d'une bande de truands. Quelques jours plus tard, après son enterrement, l'un des assassins est découvert, à son tour, étranglé avec les empreintes d'Issac Luria sur son corps. Dans le quartier, la rumeur annonce qu'Issac Luria est revenu pour se venger...

Une foule importante est agglutinée aux alentours du Memorial des vétérans du Vietnam de Washington. Pour marquer le début de l'importante cérémonie commémorative, le général Benjamin Bloch monte sur le podium et entame son discours. Pendant ce temps, à quelques centaines de mètres de là, Mulder, Scully et d'autres agents du F.B.I. traquent fiévreusement un homme armé qui s'est glissé dans la foule...

Alors que Mulder et Scully fêtent le 33ème anniversaire de Dana dans un pub, une femme les approche et leur annonce que son frère, Max Fening, est mort dans un accident d'avion. Sur le lieu du crash, les agents extraient des décombres un corps apparemment brûlé par de fortes radiations. Quant aux surveillants de la tour de contrôle, ils affirment avoir perdu tout contact radio avec l'avion et avoir repéré un radar inconnu qui pénétrait dans l'espace aérien de l'avion...

Alors qu'il plonge pour étudier la carcasse d'un OVNI tombé en mer, Mulder est attrapé et fait prisonnier par des militaires. Libéré de prison sous caution, Mulder, accompagné de Scully, se rend au mobile-home de Max Fening, dans lequel ils découvrent une cassette. Max y affirme avoir des preuves irréfutables que l'armée américaine a utilisé des technologies extraterrestres pour les appliquer à ses propres programmes...

Un scientifique est renversé par un autobus alors qu'un vieil homme venait de lui prédire l'heure exacte de sa mort. Mulder et Scully sont amenés à soupçonner l'un de ses collègues, Jason Nichols, qui aurait pu pousser John Menand sous le véhicule du meurtrier. Peu de temps après, un gardien puis un savant japonais sont retrouvés morts, comme congelés. Troublante coïncidence, Menand et Nichols menaient d'importants travaux dans le domaine de la cryogénie...

Sur le point d'accoucher, une jeune femme confie à son infirmière que le père de son enfant est un extraterrestre. L'enfant vient au monde doté de la «queue du diable». C'est le 5ème enfant né, en quelques semaines avec cette difformité : toutes les mères ont subi une insémination artificielle. La nouvelle s'affiche à la Une de plusieurs journaux... Mulder et Scully se rendent aussitôt en Virginie...

Une femme est mortellement piquée par des abeilles alors qu'elle se rend aux lavabos dans un supermarché. La nuit suivante, quelqu'un efface toutes les preuves existantes. Le coupable n'est autre que Walter Skinner ! Venant récupérer ses preuves sous l'identité de l'agent Mulder, il rencontre, malencontreusement, un collègue qui avait lié connaissance, sur Internet, avec le vrai Mulder. Skinner l'éconduit. L'homme est retrouvé mort...

Un gérant de bowling, Angie Pintero, aperçoit une jeune fille coincée dans la machinerie de la piste. Elle prononce quelques mots, mais personne ne semble l'entendre... Quelques temps après, la même jeune fille est retrouvée morte. Pintero avait bel et bien vu un fantôme ! Après que les premiers soupçons se tournent vers Harold Spuller, un malade mental, l'enquête prend une autre tournure. Scully voit en effet apparaître un spectre alors qu'elle est victime d'un de ses saignements de nez réguliers. Déstabilisée, elle décide d'aller voir le psychiatre du FBI pour lui raconter ses problèmes et surtout cette vision qui la plonge dans un doute profond...

Mulder se réveille au beau milieu d'un cauchemar mettant en scène sa sœur et un couple. Il est quelque part dans la chambre d'un motel, maculé de sang. Réveillé au beau milieu de la nuit, Scully vient à sa rescousse pour apprendre que Mulder ne se souvient plus de rien concernant la nuit passée. En outre, des balles manquent dans son chargeur. Mulder et Scully, partant en chasse, retrouvent la piste d'une dénommée Cassandra...

Après la découverte d'un extraterrestre conservé par le froid d'un sommet du Canada, Mulder et Scully sont appelés afin d'étudier le corps. Alors que Scully prélevait un échantillon de glace, elle est attaquée par un chercheur du Pentagone, Michael Kritschau, qui semble en savoir beaucoup sur l'extraterrestre. Kritschau affirme à Mulder que le gouvernement a planifié cette découverte afin de détourner l'attention de ses propres activités. Tout ce en quoi Mulder croit pourrait être totalement faux...

Mulder apprend de la bouche de Kritschgau que ses conversations téléphoniques sont sur écoute. Il découvre alors que l'appartement juste au-dessus du sien est occupé par un membre d'une branche secrète du FBI, qui enregistre toutes ses conversations depuis des années. Afin de mener son enquête pour enfin découvrir la vérité, Mulder demande à Scully de le faire passer pour mort. Après s'être infiltré au cœur de ce centre de recherches, Mulder rencontre Kritschgau, qui lui dévoile tout sur l'organisation...

Après avoir perdu connaissance, Scully est à l'hôpital, à l'article de la mort. L'homme à la cigarette propose à Mulder de la soigner à l'aide d'une puce électronique, ce dont le frère de Dana doute, en reprochant à l'agent la maladie de sa sœur. L'homme à la cigarette est alors menacé par des membres de son groupe, qui l'accusent d'avoir pris de trop gros risques en informant Mulder sur leur centre de recherches. Mais confiant, il permet à Mulder de rencontrer sa sœur, qui l'informe de ce qui lui est arrivé depuis son enlèvement...

En 1989, une équipe du SWAT pénètre de force dans un entrepôt dont le sol est couvert de sang. C'est là que les officiers découvrent Mulder, nu, semblant avoir perdu la raison. C'est alors que Langly, Frohike et Byers surgissent des ténèbres et tentent de s'enfuir, sans toutefois y parvenir. L'inspecteur Munch entreprend alors d'interroger Byers. En effet, malgré les évidentes traces d'une tuerie et l'implication d'un agent du FBI, apparemment victime de troubles mentaux, les policiers n'ont que peu d'indices sur ce qui s'est réellement passé. Byers se lance alors dans le récit de la fusillade...

Mulder et Scully traversent la Floride en compagnie de deux autres agents du FBI ; ils doivent participer à un séminaire de communication. En route, alors qu'ils traversent une immense forêt, un barrage de police les contraint à s'arrêter. Un homme vient de disparaître de façon mystérieuse. Mulder et Scully proposent leur aide aux enquêteurs, espérant par là-même échapper à leur séminaire. Il s'avère que le matin, une équipe de géomètres a disparu sans laisser de traces...

Dans les campagnes de l'Indiana, des fermes sont visitées par une créature proche de Frankenstein, que les habitants appellent le Grand Mutato. Après avoir été invité au Jerry Springer Show, Mulder est contacté par une téléspectatrice de la région, qui voudrait le voir enquêter sur son cas. Cette femme affirme avoir été visitée par la créature il y a dix-huit ans et être tombée enceinte de son fils quelques jours plus tard...

En famille pour les fêtes de Noël, Scully reçoit un appel pour qu'elle se rende sur les lieux d'un étrange suicide. Sur place, elle découvre le corps sans vie de Roberta Sim, et tente de consoler sa fille, Emily. Troublée par la parfaite ressemblance de cette enfant avec sa propre sur, Melissa, lorsqu'elle avait le même âge, Scully fait autopsier le corps de Roberta. Il s'avère qu'Emily a été adoptée et qu'elle est gravement malade...

Poursuivant ses investigations, Scully découvre - en pratiquant un test d'ADN sur le sang de l'enfant - que la petite Emily serait sa propre fille, une enfant conçue à partir des ovaires qui lui furent prélevés lors de son enlèvement. Scully s'attache profondément à la fillette. Surtout lorsqu'on découvre qu'elle est condamnée à très court terme. Mulder tente de trouver un remède en enquêtant sur le médecin traitant d'Emily...

Au pénitencier de Lorton, en Virginie, une thérapeute se penche sur le cas de Robert Modell, mieux connu sous le nom de «Pusher», individu extrêmement dangereux. Le gardien met en garde son collègue de ne pas sous-estimer le prisonnier, mais ce dernier l'attire dans sa cellule. Modell l'enferme à sa place et réussit à prendre la fuite...

Coats Grove, Michigan. Fox Mulder et Dana Scully se rendent au domicile de la famille Rich. Phil, le père a été trouvé mort non loin de la maison. Il a ingurgité pas moins de six kilos de terre. Scully explique à Mulder que lorsqu'on lutte pour respirer, on créé une sorte de vide : peut-être qu'après avoir avalé une première bouchée de boue, son estomac est devenu comme un siphon...

Scully décide de s'octroyer un week-end prolongé loin de Washington. En route pour la Nouvelle-Angleterre, elle fait halte dans une petite ville du Maine, où elle est témoin d'un étrange phénomène. Dans un libre-service, les clients se frappent et se mutilent soudainement, et le boucher se tue en se plantant un couteau sur lui. Tous les habitants semblent terrorisés par la petite Polly Turner et sa curieuse poupée prénommée Chinga. Qui se cache donc derrière cette émule de Chocky ?

Mulder et Scully sont appelés à enquêter sur une gigantesque fusillade, qui a éclaté dans un restaurant entre des dealers de drogue et des policiers. Dans ce restaurant dînait justement Donald Gelman, un des informaticiens à l'origine d'Internet, qui travaillait sur son ordinateur portable et a été pris dans la fusillade. Mulder dérobe son ordinateur et y trouve un disque. Après une petite enquête, il découvre que Gelman avait créé un programme informatique totalement autonome qui a fini par se retourner contre son créateur...

L'agent Fox Mulder doit répondre devant ses supérieurs de la mort brutale de Ronnie Strickland survenue quelques jours auparavant, dans une petite ville du Texas. Mulder affirme que cet homme était un vampire. D'après Scully, si la famille décide d'attaquer le FBI en justice, la peine pourrait s'élever à quelques 440 millions de dollars. Les deux enquêteurs se remémorent alors tous les détails de cette affaire...

Au Kazakhstan, dans l'ex-Union Soviétique, deux adolescents voient passer un Ovni. Ils rebroussent chemin pour donner l'alerte. A quelques centaines de mètres de là, ils découvrent le chaos : une terrible explosion vient d'avoir lieu. L'un des jeunes témoins, Dmitri, est capturé par des soldats russes...

A Ruskin Dam, dans le sud de l'état de Pennsylvanie, la police et le FBI se rendent sur les lieux d'une catastrophe qui s'apparente à un suicide collectif. Cinquante corps ont été retrouvés entièrement calcinés. Un pilote d'hélicoptère vient de retrouver plusieurs dizaines de survivants qui erraient dans les bois, en état de choc...

En 1990, dans l’État de Wisconsin, un shérif pénètre dans une maison afin d'en expulser l'occupant, un certain Edward Skur. Horrifié, l'officier découvre un cadavre qui semble avoir été vidé de tous ses organes. Un individu sort brusquement de l'obscurité : le shérif ouvre le feu. L'homme tombe à terre, murmurant «Mulder»...

Alors qu'elle regagne son appartement, Marty Glenn, une jeune femme d'une vingtaine d'années, a la vision d'un meurtre. Peu de temps après, la police est appelée à un motel où le cadavre d'un homme a été découvert. Marty se trouve également sur les lieux du crime, une éponge pleine de sang dans les mains. Elle est arrêtée pour meurtre, mais en la menottant, les policiers découvrent qu'elle est aveugle...

Scully enquête sur la mort inexpliquée d'une jeune fille de seize ans paraplégique, Dara Kernof, retrouvée morte, agenouillée en pleine rue, les yeux brûlés. Son père, Lance Kernof, a été témoin de la scène : selon lui, sa fille adoptive a été tuée par le Diable en personne. Peu de temps après, un deuxième cadavre aux yeux brûlés est découvert et ce n'est autre que la sœur jumelle de Dara...

Le FBI et la CIA ont assemblé leurs forces pour capturer Jacob Steven Haley, le second d'un groupe terroriste connu sous le nom des Spartiates. Selon des informateurs, Harvey devait remettre à un mystérieux individu une importante somme d'argent dans un parc de Washington, en échange d'une livraison d'armes. L'opération a échoué et l'agent Scully est persuadée que Fox Mulder a délibérément laissé filer le terroriste...

A Oak Brook, non loin de Chicago, une entreprise fabricant des revêtements de façade, Vynilright, vient de déposer une plainte. Le service de télémarketing de cette société est la cible d'une personne anonyme qui diffuse une sorte de manifeste enregistré comportant des menaces très violentes. Fox Mulder pense qu'il s'agit probablement d'un mauvais plaisantin mais il décide tout de même de se rendre sur place...

Deux champions d'échecs, un joueur russe et un adolescent de douze ans, Gibson Praise, s'affrontent devant un public silencieux, à l'intérieur d'un gymnase. Au-dessus de la foule se cache un sniper qui pointe son arme sur la nuque du jeune champion. Au moment où il s'apprête à tirer, Gibson annonce « échec et mat » en changeant soudainement de position. Le coup de feu part, le joueur russe s'effondre, mortellement blessé...

En employant un procédé spécial qui réinjecte une certaine humidité à ses documents, Mulder devrait pouvoir récupérer ses dossiers qui ont été détruits dans l'incendie de son bureau il y a plusieurs mois. Ses supérieurs hiérarchiques du FBI, en particulier le nouveau directeur adjoint, Kersh refuse de croir à la théorie de Mulder, selon laquelle des extra-terrestres seraient en train de conquérir la planète. Mulder veut prouver que Scully a été infectée par un virus d'origine extra-terrestre. Mais Dana lui avoue finalement qu'elle n'a pas réussi à identifier le virus...

Une chaîne de télévision diffuse en direct une chasse à l'homme sur les routes du Nevada. La police poursuit un chauffard qui détient un otage. Le véhicule est finalement stoppé par les forces de l'ordre. L'homme, un dénommé Patrick Crumb, est maîtrisé. Mais lorsque les officiers tentent de porter secours à sa passagère, qui s'avère être l'épouse du conducteur, la tête de celle-ci explose sans qu'un coup de feu ne soit tiré... Fox veut enquêter sur l'affaire sans en référer à ses supérieurs. Dana accepte de le suivre et s'arrange pour assister à l'autopsie...

Mulder se rend au Triangle des Bermudes lorsqu'il apprend que le Queen Anne, un luxueux navire anglais disparu pendant la seconde guerre, est réapparu au large de la mer des Sargasses. Mais, sur place, son bateau a coulé et des marins repêchent son corps inanimé. Après avoir repris ses esprits et des forces, Mulder découvre qu'il a voyagé dans le temps pour se retrouver à l'aube de la seconde guerre mondiale...

Mulder entraîne Scully dans le désert du Nevada afin de rencontrer un indicateur qui travaille dans la zone 51. Ce dernier est supposé leur apporter la preuve que des expériences gouvernementales sont menées avec des technologies extra-terrestres. Mais avant qu'ils ne puissent se rendre sur le lieu de rendez-vous, des officiers de la zone 51 leur barrent le chemin et l'agent Morris Fletcher leur ordonne de quitter les lieux au plus vite. Alors que Scully tente de convaincre Mulder de faire demi-tour, un OVNI apparaît, en émettant une importante vague de chaleur, puis disparaît...

Dana Scully écope de deux semaines de suspension non payée pour avoir franchi sans autorisation les limites d'une zone militaire ultra-secrète, la Zone 51. Pendant ce temps, Fox Mulder qui assume toujours contraint et forcé l'identité de Morris Fletcher, est arrêté par les militaires qui sont à la recherche d'un enregistreur de vol. Cette boîte noire est celle du mystérieux appareil qui s'est crashé au-dessus de la nationale 375...

Le soir du réveillon de Noël, Fox Mulder est assis dans sa voiture, devant l'entrée d'un manoir abandonné. Il attend Dana Scully, à qui il a demandé de venir le rejoindre. Mulder prétend guetter les anciens occupants du manoir, décédés la nuit de Noël 1917. Une époque, rappelle Mulder, de souffrance et de désespoir...

Wayne et Laura Weinsider vont bientôt avoir un enfant. Mais l'examen prénatal révèle que leur bébé est atteint d'une étrange malformation de la colonne vertébrale et du crane. Une nuit, Laura fait un horrible cauchemar : un démon la ligote et lui vole son enfant. A son réveil, la jeune femme constate avec horreur que quelqu'un lui a effectivement pris son bébé... Le shérif de la ville, qui n'est autre que le frère de Laura, alerte Spender, l'agent local du FBI. Le rapport finit à la poubelle dans les minutes qui suivent...

À Kroner, au Kansas, aucune averse n'est annoncée dans un futur proche. Pourtant, à la suite d'une dispute avec sa fiancée Sheila, Daryl Mootz prend sa voiture, se retrouve sous une averse de grêle et perd le contrôle de son véhicule. Six mois plus tard, Mulder et Scully se rendent à Kroner afin d'enquêter sur un homme, surnommé le «Roi de la Pluie» et prétendant pouvoir contrôler la météo...

Skinner est conduit aux urgences après un entraînement de boxe. Le malheureux a été complétement sonné lors d'un combat. Le médecin de garde lui préconise de changer de sport et le laisse quitter l'hôpital... Quelques heures plus tard, Skinner est victime d'un second malaise dans son bureau. Il semble qu'il a été empoisonné. Un mystérieux interlocuteur téléphonique lui annonce qu'il n'a plus que 24 heures à vivre. Fox reconstitue l'emploi du temps de Skinner. Il découvre qu'il a rencontré un célèbre biologique le matin-même...

Relégués à des tâches subalternes, Scully et Mulder s'ennuient à longueur de journées. Pourtant, un matin, le directeur-adjoint Kersh appelle Dana et lui propose d'effectuer une mission spéciale en compagnie de l'agent Peyton Ritter. Il s'agit d'enquêter sur un certain Alfred Felling, un photographe de la police dont le comportement intrigue le FBI...

Un dépôt ferroviaire à Arlington, Virginie. Le Dr Openshaw pénètre dans un wagon de chemin de fer transformé en bloc opératoire. Il rend visite à Cassandra, une femme qui a subi avec succès plusieurs interventions. Soudain, un «homme sans visage» surgit à la porte du wagon. Muni d'un lance-flammes, il extermine toute l'équipe médicale. Seule Cassandra est épargnée... Le directeur Skinner et l'agent Spender se rendent sur les lieux du drame. Spender est bouleversé. En effet, Cassandra n'est autre que sa mère, mystérieusement enlevée voilà près d'un an. Reprenant peu à peu conscience, Cassandra demande à parler à l'agent Mulder...

Scully et Mulder s'introduisent dans leur ancien bureau afin d'en savoir plus sur la famille Spender. Ils découvrent que l'homme à la cigarette, que le fichier central connaît sous le nom de CGB Spender, n'est autre que le père de l'agent Spender et donc le mari de Cassandra. Mulder sait depuis des années que CGB est la tête des conspirateurs, ces humains qui ont choisi de s'allier avec les extraterrestres. Les aveux de Cassandra lui permettent désormais de prendre toute la mesure du complot qui menace l'existence de la population terrestre...

Arthur Dales, retraité du FBI, convainc Scully et Mulder de le rejoindre en Floride. Tandis qu'un ouragan menace la région, le vieil homme prétend qu'un animal sorti des profondeurs marines aurait déjà massacré une famille entière, les Shipley. Les deux agents se rendent dans la maison des victimes supposées. L'endroit est effectivement désert. Excédée par les «délires» de son partenaire, Scully veut prendre le premier avion pour Washington. Mais l'ouragan en décide autrement...

C'est lundi matin. Pour Mulder, la semaine commence très mal. Son matelas d'eau s'est crevé pendant la nuit ! Son appartement est inondé. Son radio-réveil ne fonctionne plus. Il est en retard pour sa réunion. L'agent arrive enfin au bureau. La réunion a déjà commencé. Mulder raconte sa mésaventure à Scully et file à la banque la plus proche. Tandis que le «malchanceux» fait la queue au guichet, un jeune marginal nommé Bernard pénètre dans la banque avec la ferme intention de réaliser le braquage du siècle...

Mulder et Scully forment un beau couple. Se faisant passer pour Rob et Laura Petri, ils emménagent dans la résidence «Falls of Arcadia», une communauté très fermée où les règles de vie sont strictement surveillées. Les deux agents enquêtent sur l'étrange disparition de plusieurs habitants des lieux. A peine arrivés, les deux fédéraux reçoivent l'aide de tous leurs voisins afin de terminer leur déménagement avant 18 heures...

Los Angeles. Deux marins d'un cargo chinois en provenance de Hong Kong, le Tien Kou, sont retrouvés morts dans la soute. Selon la police, les deux victimes auraient tenté d'ouvrir un conteneur renfermant un animal particulièrement dangereux. Le propriétaire du contenu, un certain Detweiler, semble beaucoup plus affecté par la disparition de son animal qui a été répertorié comme un chien au départ de Hong Kong, que par le décès des deux Chinois...

Une violente tornade s'approche d'un pénitencier du Mississippi. Coupable d'avoir agressé l'un de ses camarades de détention, Pinker Rawls est conduit de force au «mitard», une cabane de bois construite au milieu de la cour. La tornade détruit tout sur son passage. Le «mitard» vole en éclats. Rawls est déclaré mort bien que les gardiens ne parviennent pas à retrouver son corps. Le responsable de la prison, lui non plus, n'a pas survécu aux éléments déchaînés. Le malheureux a été coupé en deux par un mystérieux agresseur...

Mulder et Scully enquêtent sur un meurtre d'un genre totalement inédit. Le cœur de la victime a disparu mais la police n'a révélé aucune trace d'incision, aucune empreinte. Mulder penche pour la thèse de la chirurgie mentale. Scully veut du concret. Quelques jours plus tard, un nouveau meurtre est signalé. Fox se rend immédiatement sur les lieux...

Mulder passe son samedi après-midi au bureau, plongé dans la lecture des journaux de l'année 1947. Dans un article consacré au base-ball, Fox apprend que son vieil ami Arthur Dales, le précurseur des affaires classées du FBI, était policier à Roswell. Mulder se présente au domicile d'Arthur Dales. Il tombe nez à nez avec un inconnu qui prétend être le frère de l'ancien agent du FBI...

Les trois bandits solitaires sont à Las Vegas pour affaires. Ils tentent d'assister à une convention des industriels de l'armement. Se faisant passer pour un responsable d'une société d'équipements aéronautiques, Byers a réussi à s'introduire dans une partie privée de poker. Son subterfuge est rapidement découvert par Grant Ellis, l'un des joueurs. Byers est évacué manu militari...

Deux squelettes étrangement enlacés viennent d'être retrouvés dans la région de la Montagne Brune, en Caroline du Nord. Les premières expertises médicales prouvent qu'il s'agirait des restes de Wallace et Angela Schiff, un couple qui a disparu voilà moins d'une semaine. C'en est assez pour intéresser Mulder et Scully...

Sur une plage de Côte d'Ivoire, le scientifique Solomon Merkmallen découvre, fiché dans un rocher, un fragment d'une tablette métallique sur laquelle sont inscrits des symboles ésotériques. De retour à son bureau, il rapproche sa découverte d'un autre fragment, en tout point similaire. Soudain, animé d'une fulgurante énergie, l'objet, projeté dans les airs, va se ficher dans une bible...

Scully étudie une photographie du vaisseau spatial extraterrestre découvert dans une baie de Côte d'Ivoire. Le métal comporte des idéogrammes Navajo semblables à ceux inscrits sur les autres artefacts concernant la Genèse humaine. Scully réfléchit au moyen de guérir les maux de tête de Mulder, désormais interné dans un hôpital psychiatrique...

Mulder souffre toujours de délires chroniques à l'hôpital : il rêve que l'Homme à la Cigarette vient le guérir et lui annonce qu'il est son père. Pendant ce temps, Kritschgau veut obliger Scully à lui accorder un accès total à ses recherches sur le vaisseau spatial extraterrestre...

En Californie, un jeune homme affamé veut se faire servir, dans un fast-food, le Lucky Boy. Bien que le fast-food soit fermé, le jeune homme insiste. Il finit par sortir de sa voiture et est happé par un monstre. Mulder et Scully arrivent trois jours plus tard sur les lieux. Ils ont retrouvé le cadavre du client dans un bassin, avec un badge du Lucky Boy. Un des employés du fast-food, Derwood Spinks, n'a plus son badge. En recherchant des preuves, les agents découvrent que le cerveau de la victime a été légèrement modifié...

Mulder et Scully enquêtent sur des profanations de tombes et des exhumations de corps somme toutes banales dans l'état de Floride. Cependant, le profanateur pourrait bien être un des membres du groupe Millennium connu pour sa pratique religieuse et ésotérique et qui aurait le pouvoir de transformer tout homme en zombie.Aidés par un ancien membre,il tentent d'élucider cette singulière affaire...

Un policier a été sauvagement assommé alors qu'il faisait sa ronde dans les bois.Tony, un jeune adolescent de 16 ans, est vite présumé coupable de ce meurtre, mais il refuse d'avouer qu'il était accompagné de deux de ses amis sur les lieux, dont un jeune adolescent rebelle qui aurait le don de se déplacer plus vite que la lumière, et qui pourrait ainsi tuer à sa guise sans que personne ne le voit...

Chicago, Illinois. Un groupe de gangsters auquel appartient Joseph Cutrona, joue au poker dans une salle privée. Un homme, connu sous le nom de Henry Weems, se démarque des autres : même s'il semble totalement stupide, il réussit à battre les quatre rois de Joseph Cutrona et gagne plus de cent mille dollars. Bien décidé à lui faire payer sa trop grande chance, Joseph Cutrona envoie trois hommes, Angelo, Sal et Lou, s'occuper d'Henry. Ils montent sur les toits et poussent Henry dans le vide. Miraculeusement, après avoir descendu plus de trente étages, Henry réussi à s'agripper et échappe de peu à une mort certaine...

Mulder et Scully se rendent dans le pénitencier de Marion, dans l'Illinois, car plusieurs détenus se sont fait la belle, avec l'aide d'un prêtre... Scully se sent tout particulièrement affectée par cette affaire, car Donnie Pfaster, l'un des fugitifs, un nécro-fétichiste condamné à perpétuité pour crimes sexuels sadiques, a tenté d'abuser d'elle cinq ans plus tôt...

Mulder et Scully se rendent à Los Angeles pour enquêter sur la mort mystérieuse d'un magicien, Maleeni, dont la tête s'est détachée du corps. Parmi ses tours les plus spectaculaires, Maleeni était capable de faire un tour complet avec sa tête, tour qu'il avait d'ailleurs réalisé le soir de sa mort et qui fut filmé par un spectateur...

Les agents enquêtent lorsqu'un homme appartenant à une église, utilisant des serpents venimeux pour tester la droiture de ses adeptes, meurt après avoir été mordu plusieurs fois par des serpents...

Bud LaPierre vit avec sa femme Billie et leur fille Amber Lynn à Sacramento, en Californie. Un soir, alors qu'il regarde la télévision, Bud entend un bruit suspect dans la maison. En inspectant les chambres, il surprend sa femme en train d'écrire une demande de rançon. Déconcerté, il s'inquiète pour sa fille qui pourtant dort sagement. Mais une fois sorti de la chambre, la porte claque brusquement, l'empêchant de rentrer dans la pièce. Lorsqu'il réussit à la rouvrir, Amber Lynn a mystérieusement disparu...

Mulder, Scully et Skinner ont arrêté un tueur en série, Ed Truelove, après avoir découvert plusieurs tombes d'enfants dans les bois près de sa maison. Une expertise médico-légale minutieuse révèle que ni Amber Lynn , ni la sœur de Mulder ne font partie des victimes...

A Los Angeles, le shérif-adjoint Keith Wetzel est filmé par l'équipe de la série télévisée C.O.P.S, lors d'une intervention dans le quartier de Willow Park, où un "monstre" semble rôder. De retour chez lui, Wetzel entend des bruits derrière sa maison et part se réfugier dans sa voiture avec l'équipe. Mais le véhicule est retourné par une force invisible. Venu enquêter, Mulder songe à un loup-garou...

Les inventeurs d'un nouveau jeu vidéo en décor réel se trouvent confrontés à des morts de joueurs bien véridiques, provoquées par une tueuse virtuelle et parasite. Mulder et Scully sont alors appelés sur l'enquête sur demande des Lone Gunmen, qui participent financièrement au projet de l'entreprise FPS. Mulder, fan de ce type de jeux vidéo, doit alors intervenir en live et se retrouve projeté dans le décor du jeu afin d'affronter Maitreya, la créature féminine parasite.

Dans une petite ville de Californie, le Dr Robert Wieder vient d'être nommé Docteur de l'année. De retour chez lui, il retrouve sa famille : sa femme, Nan, sa fille de 16 ans, Lucy, et le père de Nan, le Dr Irving Thalbro. Alors qu'il s'apprête à aller dormir, le Dr Thalbro remarque un visage formé par de la terre, sur ses draps. Ne sachant quoi faire, il secoue ses draps. Il sent alors une présence dans sa chambre. Il se retrouve face à un homme étrange avec des cicatrices effrayantes...

Une famille américaine, dont le fils, Jason, est atteint d'un grave cancer, refuse que son enfant soit soigné par conviction religieuse. Or, l'enfant se remet miraculeusement et affirme que ce sont des anges qui sont venus le guérir, une nuit, dans son lit. Scully et Mulder se saisissent alors de ce dossier. L'homme à la cigarette interpelle Scully et lui révèle qu'elle est en train de mourir...

Dans une ville apparemment tranquille, une jeune femme a été victime de l'agression d'une créature ressemblant à un corbeau. Les agents Mulder et Scully sont à la recherche d'une mystérieuse femme qui serait la dernière personne à avoir vu six prostituées peu de temps avant leur disparition. Ils sont aussitôt saisis de cette affaire...

Tandis que Scully attend les résultats d'une autopsie, Mulder enquête sur le phénomène des "crop circles" : des traces circulaires observées dans des champs en Angleterre. A l'hôpital, l'agent Scully reconnaît par hasard l'un des patients : il s'agit du docteur Waterston, une ancienne liaison. Celui-ci lui confie ne s'être jamais remis de leur rupture... En sortant de l'hôpital, au volant de sa voiture, une femme évite à Scully une collision avec un camion. Plus tard, Colleen Azur, une jeune femme rencontrée par hasard à l'hôpital, transmet à Scully les documents concernant les "crop circles", ceux-là même que recherchait Mulder...

En Caroline du Nord, Skinner a pour mission de veiller sur le Dr Jim Scobie et sa femme Joan. Jim est retrouvé mort, le corps ravagé par des insectes. Skinner demande de l'aide aux agents Mulder et Scully. Il leur apprend que Jim Scobie travaillait en tant que biochimiste dans une firme de tabac, l'entreprise Morley...

Lors d'une réunion dans les bureaux du FBI, Mulder, Scully et Skinner discutent d'une affaire : une bombe a explosé dans la crypte de l'église du cardinal O'Fallon, un homme pressenti pour devenir le premier pape américain. Un réalisateur de cinéma assiste à la réunion et prend des notes. Wayne Fetterman, un vieil ami de Skinner, est en effet en train de travailler sur un film traitant du FBI ; il veut juste quelques tuyaux pour son scénario...

A Kansas City, deux sœurs missionnaires qui ont l'air d'être jumelles frappent à la porte d'une maison. L'habitante, Betty Templeton, leur répond qu'elle vient juste d'emménager et referme aussitôt sa porte. Les jumelles se présentent à une autre maison dont l'habitante, qui ressemble comme deux gouttes d'eau à Betty, annonce également qu'elle vient d'emménager et leur claque la porte au nez. Les deux femmes commencent alors à se battre, pour une raison inexplicable...

Mulder et Scully font la connaissance de Jay, propriétaire de garages à louer dont la bouche à littéralement disparu. Lors de sa rencontre avec les deux agents, il leur explique que sa mésaventure lui est arrivée alors qu'il faisait des remontrances à l'un de ses employés, Anson, qui a souhaité ne plus jamais l'entendre parler. Après quelques recherches, Mulder en vient à la conclusion qu'une Jinniyah, un esprit ou démon féminin du folklore du Moyen Orient plus connu sous le nom de génie, est responsable de ces dégâts...

Sept ans après leur rencontre, Mulder et Scully repartent en Oregon, sur les lieux de leur première enquête, et mènent une investigation sur les disparitions étranges d'anciens abductés. Ils se mettent ainsi dans une situation peu confortable, refusant de plier aux avertissements de leur hiérarchie, qui menace de fermer le bureau des affaires non classées pour son activité trop onéreuse...

Baltimore. Carl Wormus, un expert en eau, aborde une jolie brune dans un bar. La jeune femme lui propose de le suivre. Soudain, c'est l'accident : elle fonce sur un pont basculant et le véhicule tombe dans le fleuve Pottomac. Sous l'eau, l'homme réussit à détacher sa ceinture de sécurité mais une main l'empêche de remonter à la surface...

Scully assiste officieusement Doggett et Reyes pour découvrir les secrets de la contamination de l'eau. Leur enquête les mène à un vaisseau de la marine marchande, où ont lieu de très étranges expériences...

Un couple est trouvé mort dans sa cuisine ; il s'agirait d'un double suicide. Rien ne semble étrange. Et rien n'indique un phénomène surnaturel. Si ce n'est le jeu de scrabble sur la table de la cuisine : au centre est composé le mot «daemonicus», qui signifie «satan», «possédé par le démon»... Dogger et Reyes enquêtent... Pendant ce temps, Dana Scully donne des cours de pathologie médico-légale à l'école du FBI de Quantico...

L'agent Dogget surveille le domicile d'Erwin Lukesh, un meurtrier psychopathe. L'individu est soupçonné de trancher la langue de ses victimes. Reyes sert d'appât devant la boîte aux lettres de Lukesh, celle de l'appartement 4-D. Mais Lukesh, repérant la police, s'engouffre dans la cage d'escalier. Reyes le poursuit avant d'être égorgée. Dogget parvient à appréhender l'assassin quand celui-ci disparaît brutalement...

Un adolescent meurt alors qu'il exécute une cascade pour une émission de télévision à sensation diffusée sur une chaîne locale. Mais le médecin légiste est incapable de déterminer la cause de la mort et fait donc appel à Doggett et Monica. Lors de l'examen du corps, ces derniers voient le cadavre s'agiter et des mouches sortir d'un des yeux de l'adolescent défunt !

Scully découvre que Mulder lui a transmis un message via internet. Il y exprime son désir de la revoir. Plus tard, Doggett et Reyes informent Scully que quelqu'un, en possession d'informations concernant le programme des «Super Soldats», a tenté d'entrer en contact avec Mulder, le seul qui serait, selon cette mystérieuse source, capable de découvrir la vérité...

Allongé dans le hall d'un immeuble abandonné, Dogget est réveillé lorsqu'un drogué lui vole une de ses chaussures. S'en suit une poursuite au cours de laquelle Dogget remarque qu'à l'extérieur, tous les écriteaux sont en Espagnol. Il réussit enfin à l'intercepter quand la police survient. Dogget tente d'expliquer qu'il s'agit là de sa chaussure. Reconnaissant l'accent américain, le policier demande à Dogett son passeport, ce qu'il n'a plus sur lui. Aussi, quand l'agent lui demande son nom, il ne s'en souvient plus...

L'agent Reyes explique à Doggett et Scully les détails du meurtre de Victor Dale qui a été retrouvé... sans peau ! Une mutilation qui fut réalisée alors qu'il était encore vivant ! Le défunt avait eu des visions de sa mort, et de celles d'autres personnes pareillement dépouillées. Scully accepte d'aider Reyes, bien qu'elle estime que cette investigation ne relève pas des dossiers «non classés». En enquêtant, Dana découvre un lien avec une autre affaire, qui date des années 60...

Des inscriptions identiques à celles qu'avaient découvertes autrefois Mulder et Scully dans un vaisseau spatial en Afrique, sont retrouvées près du corps inconscient d'un motard. Poursuivi par des policiers pour avoir illégalement traversé la frontière entre le Dakota et le Canada, il a terminé sa course dans un ravin. Le FBI enquête, sans en informer le service des affaires non classées...

Au Canada, Zeke Josepho, un ancien officier de l'armée américaine, travaille à déterrer le vaisseau spatial... Pendant ce temps, au quartier général du FBI, Brad Follmer briefe une équipe sur l'enlèvement du bébé de Scully. Il révèle que Doggett est dans le coma. L'agent Comer sur lequel a tiré Scully, est, lui aussi, entre la vie et la mort à l'hôpital...

Monica Reyes dépose Doggett à son domicile. Sur le chemin du retour, elle est victime d'un accident de la route qui nécessite son hospitalisation. Lorsque le médecin approche une lampe de ses yeux, elle se réveille, mais dans une chambre totalement différente. Elle se trouve seule et l'établissement semble désert...

Surnommé le «tueur au tournevis», Bob Fassel, qui a passé treize ans derrière les barreaux pour avoir tué sept personnes, est innocenté par des tests génétiques. Doggett, qui avait contribué à son arrestation, quand il était policier à Brooklyn, est hors de lui...

Une femme blonde est découverte morte dans les toilettes d'un casino... Monica Reyes demande à Scully si elle adhère à la doctrine selon laquelle l'univers se réduit à une simple équation, la «Théorie du Tout». Scully affiche son scepticisme avant de découvrir que Monica tente de résoudre certains meurtres en ayant recours à la numérologie...

Tommy Conlon, un jeune garçon, entend un mystérieux bruit sous son lit et croit voir un reflet dans le miroir de sa chambre. Son père, ne le croit pas et ferme la porte, laissant son fils hurler à l'aide... A Quantico, l'agent Harrison, du FBI, montre à Scully la photographie d'une femme qui s'est poignardée. Le fils de celle-ci n'est autre Tommy. Il affirme que c'est un monstre qui a tué sa mère...

Sur un luxueux bateau ancré dans les Caraïbes, Morris Fletcher courtise une jeune femme lorsque, soudain, le bruit d'un moteur se fait entendre. Trois Bahamiens montent à bord, enlèvent la fille, et arrosent le pont d'essence. Le yacht explose. Morris est sauvé par des gardes-côtes, qui exigent la présence de Doggett et de Reyes...

Un couple de fermiers s'apprête à adopter un enfant prénommé William... Pendant ce temps, un inconnu, entré par effraction dans le bureau de Dogget, tente de dérober des documents. L'agent du FBI parvient à maîtriser le voleur. Ce dernier, surnommé le Respirateur, prétend alors être une victime de la conspiration des extraterrestres et connaître Mulder...

Dans un immeuble, l'agent Doggett découvre le cadavre d'une femme dissimulée derrière un mur en plâtre. Lors de l'autopsie effectuée par Scully, un étudiant prénommé Hayes lui fait remarquer qu'une victime trouvée deux semaines auparavant a été tuée de la même manière. Doggett et Reyes se lancent alors sur la piste d'un certain Regali. Ce dernier aurait un lien avec le meurtre de Luke, le fils de John.

En Californie, deux jeunes, Blake et Mike, visitent une maison qui, selon Blake, aurait servi de décor pour une série des années 70. Blake tombe nez à nez avec deux personnages de la série...

Mulder arrive en hélicoptère au Mount Weather Complex dans un bâtiment du gouvernement. Alors que tout le monde est guidé vers l'intérieur, Mulder parvient à s'échapper...

Mulder pénètre dans une zone sécurisée. Sur un ordinateur, il découvre une information capitale. Mais avant qu'il ait pu faire quoi que ce soit, Knowle Rohrer le trouve. Les deux hommes se battent. Mulder ne doit son salut qu'à l'intervention de Krycek...

Tad O'Malley, expert des théories du complot, tente de convaincre Mulder et Scully que de nouvelles preuves d'enlèvements par des extra-terrestres ont été cachées. Des années après l’effondrement de leur couple, les anciens agents spéciaux sont donc amenés à retravailler ensemble...

Mulder et Scully tentent de découvrir les raisons du suicide d'un scientifique du département de la Défense. L'homme travaillait pour le Dr Augustus Goldman, un scientifique qui conduisait des expériences génétiques extrêmes, créant ainsi des individus aux capacités hors du commun…

Alors que Mulder s'interroge sur le sens qu'il veut donner à sa vie, un nouveau dossier se présente. Deux témoins affirment avoir vu une créature étrange attaquer violemment un garde-chasse dans les bois. Les autorités locales trouvent trois autres victimes à proximité, dont les corps sont mutilés de la même manière. Parallèlement, Scully doit se rendre en urgence au chevet de sa mère malade.

A Philadelphie, Mulder et Scully partent enquêter sur l'assassinat d'un fonctionnaire. D'après les premiers indices, il semble peu évident que ce crime ait été commis par un être humain. En parallèle, Scully doit faire face à une affaire personnelle : sa mère vient d'être admise dans un hôpital de Washington et elle est dans le coma. Cette situation plonge Scully dans son passé et fait remonter des souvenirs douloureux...

Au Texas, deux hommes se font exploser dans une galerie d'art. L'un survit. Il se trouve dans le coma. Mulder et Scully sont contactés par les agents Miller et Einstein pour enquêter sur ce cas. Ils pensent qu'on peut encore communiquer avec le survivant. Ils se rendent au Texas pour tenter une expérience sur l'esprit du terroriste.

L'enquête menée conjointement par Scully, Mulder et Tad O'Malley a des conséquences plus graves que prévu. Plusieurs personnes tombent gravement malades dans tous les Etats-Unis. Tandis que Scully tente d'en identifier la cause, Mulder se retrouve confronté à l'individu qu'il soupçonne d'être derrière cette affaire.

Scully a sombré dans le coma et son activité cérébrale déconcerte les neurologues. Quand elle reprend conscience, elle prévient Mulder et Skinner : l'Homme à la cigarette est encore en vie, plus influent que jamais, et William pourrait être la clé pour l’arrêter.

Mulder et Scully sont contactés par un double numérique de Richard Langly, mort physiquement depuis 2002. Rapidement, une force militaire armée arrive pour les arrêter et personne, pas même Skinner, ne semble avoir l'autorité de les retenir.

Mulder a vent d'une affaire classée X : une vague de suicides touche une petite ville, et toutes les victimes se sont dites harcelées par leurs doubles. Scully se montre comme toujours sceptique mais intéressée par une femme schizophrène qui semble avoir un lien particulier avec son jumeau, tous deux liés aux morts.

Mulder est contacté par un homme inconnu qui clame connaître la conspiration ultime : il serait possible de manipuler les souvenirs du peuple et le gouvernement aurait réussi à faire en sorte que l'informateur n'existe plus, lui et ses souvenirs. Scully pense que l’inconnu va trop loin dans les théories, Mulder croit à l'effet Mandela, mais l'inconnu a des preuves troublantes.

Deux jeunes femmes se sont retrouvées sur l'épave d'une péniche à la poursuite d'une légende urbaine, mais prises de visions horrifiques, elles ont manqué de s'entretuer. Scully est prise d'une vision étrange au réveil, semblable à celle des deux jeunes femmes, qui connaissent Jackson Van de Kamp, le nom d'adoption de William Mulder.

Walter Skinner a disparu et le directeur Kersh, bien qu’appréciant peu les deux agents, ordonne à Mulder et Scully de le retrouver. Des indices chez leur supérieur les amène à Mud Lick, où vivent plusieurs anciens combattants du bataillon de Skinner pendant la guerre du Viet Nam, dont certains auraient été exposés à un gaz hallucinogène développé par l'armée américaine.

Dans un futur alternatif où les drones gèrent toutes les tâches du quotidien, Mulder et Scully voient peu à peu les choses dérailler pendant une soirée dans un restaurant de sushis.

La mort brutale d'un garçon de 6 ans en forêt amène Mulder et Scully dans le village d'Eastwood au Connecticut. La police est à cran, le père de la victime étant un policier, et si Scully recherche un tueur humain, Mulder s'intéresse au passé de la ville et à la chasse aux sorcières qu'elle a connu.

Alors qu'ils enquêtent sur un trafic d'organes humains dans New York, Mulder et Scully sont confrontés à un culte organisant des rituels macabres.

La course contre la montre est lancée pour Mulder et Scully afin de retrouver sain et sauf William mais L'Homme à la cigarette n'a pas dit son dernier mot et compte bien utiliser tous les moyens pour le retrouver lui aussi ...