Mulder og Scully finder ud af, at de ikke er de eneste, som leder efter deres forsvundne søn, William. Hele jordens skæbne kan afhænge af, at de finder ham.

En gammel ven kontakter Mulder og Scully på en tilsyneladende umulig måde, og afslører en rædselsvækkende hemmelighed.

En række dødsfald, hvor ofrene plages af deres egne dobbeltgængere, fører Mulder og Scully til et tvillingepar, som spiller et farligt spil.

Mens Mulder og Scully undersøger Mandela effekten, hvor en stor gruppe mennesker husker en alternativ historie, finder de måske ud af, hvordan X-files er opstået.

Mulder og Scully undersøger en flok teenagere, som angriber hinanden i den tro, at de andre er monstre. De har en anelse om, at efterforskningen kan føre dem til deres savnede søn.

Skinner forsvinder, da hans fortid indhenter ham. Mens Mulder og Scully forsøger at opspore ham, når deres voksende mistillid til ham til et nyt højdepunkt.

I en verden med stadigt øgende automatisering og kunstig intelligens, bliver Mulder og Scully måltavler i en dødelig katten-efter-musen-leg.

Mulder og Scully efterforsker et brutalt dyreangreb mod en lille dreng i Conneticut, mens de mistænker at der er mørke kræfter på spil.

Mens de efterforsker en sag om organtyveri, opdager Mulder og Scully en kult som udfører mystiske ritualer.

Mulder og Scully haster for at finde en William på flugt, mens Cancer Man går videre med sin ultimative plan.