太平洋上、北緯42度東経171度。フランスのサルベージ船「パイパー・マル」の乗員多数が外部からの高度放射線被曝を受ける事件が起こった。しかし船自体に残留放射能はなく、また乗員の中でひとりの潜水士だけが全くの無傷だった。モルダーはこの船員の自宅を訪ねるが、船員は全身黒い油にまみれて倒れており、彼の妻が行方不明となっていた。この船員は、潜水作業で引き上げようとした米軍の潜水艦に残っていた、軽油を媒体として人間に乗り移り行動する地球外生命体「ブラックオイル」に侵入されていたのだ。彼の妻に乗り移ったブラックオイルは香港へ向かう。一方、この事件の捜査を行っていたモルダーもいくつかの情報を得て香港へ向かい、そこで因縁の相手・クライチェックと遭遇する。

「パイパー・マル」という船名は、スカリー役のジリアン・アンダーソンがシーズン2の途中で出産した娘の名前、パイパー・マルから取られた。