A Honolulu un agente della dogana viene attaccato dal virus del cancro nero. Fox ritrova Krycek. I due si recano in Russia e trovano un gulag dove alcuni scienziati stanno conducendo un nuovo e misterioso esperimento.

Mulder è stato contaminato dal cancro nero, prodotto dalla roccia che i prigionieri del gulag stanno estraendo. Una nuova guerra fredda contrappone il Sindacato Ombra ad alcuni scienziati russi. Mulder riesce a fuggire e torna negli USA per fermare un killer mandato dai russi.