オレゴン州の森で若い女性の変死体が発見された。腰に奇妙な斑点が残っていた他は、これといった外傷はない。続いて第2、第3の死体が発見された。彼らは皆、同じ高校のクラスメートだった。FBIで、通常の捜査で解決できなかった事件“X-ファイル”を専門に担当するモルダー捜査官と、新たに着任したスカリー捜査官がこの奇妙な事件を捜査することになり、現場へと向かった。二人は死体解剖のため、3人目の死者の葬られた墓を掘り起こす。しかしそこから出てきたのは、人間ではなく異様な生物の死体であった。しかもその鼻孔には地球上には存在しない材質の金属片が埋め込まれていた。

マサチューセッツ大学での地球外生命体の存在についての公開討論会に出席したモルダーは、今までの主張を翻しUFOや宇宙人の存在を全面否定した。

スカイランド・マウンテンに続きラスキン・ダムでも放火による大量殺裁が起こった。現場に居合わせた力サンドラは行方不明、スカリーはかろうじて生還するが事件の記憶を失っていた。