穆德和史卡莉讲述了他们在南极的冒险（电影《征服未来》），争取恢复X档案，遭到了一致否决。他发现史邦德和戴安娜接替了他们的工作。亚利桑那州发生了一起事件，斯基纳怀疑与穆德搜寻的外星人有关，透露给了穆德。穆德和史卡莉去了核电站但是被拒绝进入，随后发现神童吉布森在他们车里，原来癌人想利用他与“那家伙”的联系找到它，而吉布森偷跑了出来。戴安娜找到穆德，带他进入核电站，而吉布森跟着史卡莉来到医院检查，却被影子政府的人带走。在核电站中，穆德看到了吉布森，一路追踪，到达外星人把所在的地点后却被关在门外，眼睁睁看着它把影子政府的人干掉，回头却面对着戴安娜黑洞洞的枪口……史卡莉告诉穆德，“外星人”的DNA存在于人类的身体里，我们每个人都可能是外星人……

一名弗吉尼亚警官来找史邦德报案，他妹妹晚上莫名其妙流产，史邦德却转手将文件粉碎。穆德看到了文件接手了案子，听了她妹妹的描述（发现卧室被火包围，一个魔鬼抓住她双腿抢走了孩子）发现她的丈夫维恩表现的十分怪异。穆德打电话给史卡莉让他帮忙调查，后者告诉他有药物流产的迹象，在搜查了前院后，警官带走了妹妹。在监狱中，维恩吸走了她的灵魂……维恩来到他的另一个家，他另一位妻子贝茜告诉他肚子中的孩子发育有些问题，于是维恩准备故技重施，却被贝茜识破了。此时穆德已经发现了维恩的怪物身份，驱车赶来，半路遇到了浑身是血的贝茜，贝茜控告维恩抢走了她的孩子。他们赶到她家，维恩还未来得及说出真相便被警官击毙。穆德推测，贝茜是更厉害的怪物……另一边，贝茜开着韦恩的车，旁边座上的婴儿露出一个畸形的手掌……

军方的秘密基地里，众人正在欢庆实验成功，不速之客外星叛军突然降临。他们烧死了所有人，只留下了作为实验体的史邦德的母亲。史邦德急忙赶去，却不料她只愿意把真相告诉穆德。与此同时，外星叛军开始反攻，他们接连暗杀影子政府的要员，并化妆成死者的模样杀下一个人。史邦德的母亲告诉穆德，影子政府和外星人合作，要通过病毒将人类改造成外星人与人类的混合体，方便外星人进行殖民，而叛军则反对殖民计划。在一次影子政府会议上，有人提议加入叛军，克里切克指出这个穆德父亲提出的计划先前已经被否决，而他们反抗外星殖民秘密研究已经初见成效，这时不能放弃。癌人找到史邦德，恨铁不成钢的怒扇了他两巴掌（你比福克斯·穆德差多了），之后又交给了他一个任务，让他用伸缩针杀掉叛军，史邦德差点搞砸，幸好克里切克帮忙，总算完成了任务。癌人找戴安娜诉苦，戴安娜让他放心交由自己处理。穆德和史卡莉发现癌人是史邦德的父亲大吃一惊，而此时史邦德的母亲赶过来，让穆德杀掉自己，以阻止影子政府的计划。穆德毫不犹豫的举起了枪……

戴安娜果然好手段，她以医学隔离的名义抓走了史邦德的母亲。由于已经被停职，穆德史卡莉无计可施。此时穆德发现了憔悴不堪的玛丽塔，她告诉穆德，影子政府在她身上测试黑油疫苗。史卡莉和孤枪侠怀疑戴安娜的动机，穆德半信半疑，他到戴安娜房中查找，不巧碰上了癌人。癌人告诉他，影子政府之所以把妻子和孩子交给外星人做实验，是为了换取外星胚胎进行研究，他们所做的一切都是为了保证穆德这一代可以生存。穆德权衡再三，还是决定阻止影子政府。戴安娜回来后，穆德质问她，而戴安娜只是吻了他。史邦德背叛了父亲，把他们运送母亲的方法告诉了史卡莉。穆德和史卡莉赶去拦下了火车。癌人立即改用汽车将史邦德的母亲转移到他们和外星人交流的地方。此时，克里切克发现了死去的实验员和空空如也胚胎夹，大惊失色。另一边，大门再没有任何讯息的情况下打开，癌人见势不妙，跟戴安娜逃了，门外进来了大批叛军，将影子政府的人团团围住，一时间惨叫连连……事件结束了，史邦德终于承认X档案，他请求将X档案的管理权交还给穆德和史卡莉。他回到办公室，却看到了癌人，癌人受够了他的背叛，向他开枪……

失踪已久的Mulder终于又出现了！这次他混进了一个绝密的兵工厂，试图破坏影子政府的计划，不料超级战士诺尔再次出现，与Mulder展开殊死搏斗！Mulder宝刀未老借势将诺尔摔倒在高压电线……也因此，Mulder落下了谋杀军队要员的罪名…… Skinner挺身而出作为Mulder的辩护人，X档案的灵魂人物开始作为证人一个一个出场；基本上，本集是把X档案的主线捋了一遍，很多之前模棱两可的事情本集都作了肯定的回答。

穆德和史高丽知道，他们并不是唯一一个拼命寻找失散已久的儿子威廉的人。世界的命运可能取决于结果。