Als ein Motorradfahrer an Kanadas Grenze versucht, illegal in die USA zu gelangen und dabei in eine Schlucht stürzt, geht die Maschine in Flammen auf. Doch von dem Fahrer fehlt jede Spur. An der Absturzstelle findet das FBI lediglich mysteriöse Abdrücke, die stark jenen ähneln, die man bei einem an der Westküste Afrikas abgestürzten Ufo fand. Noch ahnt Scully nicht, dass ihr kleiner Sohn William von einer Ufo-Sekte für den künftigen Führer der Außerirdischen gehalten wird.

Bei Scullys und Reyes’ Versuch den Gesundheitszustand des Ex-FBI-Agenten Comer zu verbessern, um Informationen über den Verbleib von Scullys Sohn William und die Motive der obskuren UFO-Sekte zu erhalten, werden sie von FBI-Kollegen behindert und Comer getötet. Sekten-Führer Josepho kontaktiert Scully, schlägt ihr ein Treffen vor und stellt die Freilassung ihres gekidnappten Sohnes in Aussicht, wenn sie den Beweis erbringt, dass Mulder tot ist. Scully geht scheinbar auf die Bedingung des Entführers ein.