Doggett e Skinner provano a rintracciare l'assassino del capo di un culto religioso basato sull'uso di sostanze stupefacenti. L'uomo sembra aver agito manifestandosi nei sogni dei suoi adepti e facendo leva sulle loro paure più inconsce, il cosiddetto lato oscuro.

Un religioso indiano plagia due intere famiglie di Washington. Così si verificano degli omicidi caratterizzati da enormi perdite di sangue. Scully si convince che l'uomo si annidi dentro il corpo delle vittime e poi ne esca causando la morte delle stesse. E nessun adulto ha la percezione dell'omicida.

Billy Miles si risveglia dal sonno della morte dopo essere stato ripescato in pieno oceano, così Skinner pensa alla possibilità che anche Mulder possa tornare a vivere. Questi ha contratto un virus, così Skinner tratta con Krycek per avere un antidoto. Mulder si riprende.

Un uomo è stato freddato di fronte alla Casa Bianca. Mulder decide di occuparsi del caso, ma è convinto che Doggett voglia ostacolarlo. John viene a conoscenza di una chiave d'accesso ad un centro di statistica dove sono stati prelevati i dati per individuare i soggetti da rapire.

Il bimbo di Scully dimostra alcuni segni poco umani. Doggett viene minacciato e poi salvato da Shannon mentre con Reyes indaga sui segreti relativi ad una contaminazione delle acque strettamente collegata ad un laboratorio clandestino a bordo di una nave. I due continuano la loro battaglia dentro l'FBI.

Un assassino minaccia la vita di Doggett e Reyes. Sembra essere un passo avanti a tutti. Dopo una serie di eventi che hanno condotto Reyes a fare fuoco su Doggett, diviene chiaro che l'omicida possiede l'abilità di saltare da una dimensione all'altra ed alterare gli eventi di ognuna.

Scully viene avvicinata da una coppia che dichiara di poter mettere l'agente dell'FBI in contatto con un uomo che possiede informazioni su William e sul programma di super soldati. Ma quest'ultimo riferirà solo a Fox Mulder. Così viene deciso l'immediato ritorno del collega, ma Doggett non si fida.