Mulder entraîne Scully dans le désert du Nevada afin de rencontrer un indicateur qui travaille dans la zone 51. Ce dernier est supposé leur apporter la preuve que des expériences gouvernementales sont menées avec des technologies extra-terrestres. Mais avant qu'ils ne puissent se rendre sur le lieu de rendez-vous, des officiers de la zone 51 leur barrent le chemin et l'agent Morris Fletcher leur ordonne de quitter les lieux au plus vite. Alors que Scully tente de convaincre Mulder de faire demi-tour, un OVNI apparaît, en émettant une importante vague de chaleur, puis disparaît...

Dana Scully écope de deux semaines de suspension non payée pour avoir franchi sans autorisation les limites d'une zone militaire ultra-secrète, la Zone 51. Pendant ce temps, Fox Mulder qui assume toujours contraint et forcé l'identité de Morris Fletcher, est arrêté par les militaires qui sont à la recherche d'un enregistreur de vol. Cette boîte noire est celle du mystérieux appareil qui s'est crashé au-dessus de la nationale 375...