Dopo la distruzione di tutti gli X-Files a opera di un incendio doloso, Mulder e Scully vengono separati e riassegnati a differenti mansioni. A peggiorare le cose le indagini sugli X-files vengono affidate all'agente Spender e all'agente Fowley. Gibson Praise ricompare per chiedere aiuto a Mulder e Scully i quali cercano di continuare la loro inchiesta nonostante le enormi difficoltà che si trovano ad affrontare.