Haut responsable du FBI, l'homme à la cigarette a toujours été une énigme pour l'agent spécial Fox Mulder. Mais, à force de recherches discrètes et multipliées, ce dernier a enfin réussi à mettre la main sur des documents ultra-confidentiels qui retracent la carrière de son ennemi intime... En 1962, on retrouve la trace de l'homme à la cigarette à Fort Braggs. Agé d'une trentaine d'années, ce capitaine au parcours exemplaire mais dont le père, espion au profit de l'URSS, a été condamné à mort, est un jour convoqué par plusieurs responsables militaires. Ces derniers critiquent l'attitude de la Maison Blanche dans l'affaire de la Baie des Cochons...

Mulder et Scully tentent de découvrir les raisons du suicide d'un scientifique du département de la Défense. L'homme travaillait pour le Dr Augustus Goldman, un scientifique qui conduisait des expériences génétiques extrêmes, créant ainsi des individus aux capacités hors du commun…

Alors qu'ils enquêtent sur un trafic d'organes humains dans New York, Mulder et Scully sont confrontés à un culte organisant des rituels macabres.