En videokassett från ett postorderföretag som visar en obduktion av en alien eskalerar till en mycket mer komplicerad utredning när distributören av videon mördas av en Japansk diplomat. Mulders sökande leder honom till ett UFO som störtat, och piloten fortfarande ryktas leva. Under tiden undersöker Scully ett nätverk med kvinnor som likt Scully blivit bortförda vilka påstår att de känner henne.

Mulder är fast i en tågvagn tillsammans med en tickande bomb, en mördare som påstår att han är NSA-agent och någonstans i folkmassan finns en utomjordisk fånge gömd. Scully leds till en smittskyddsforskaranläggning i Perkey, West Virginia, som hon har hört har använt sig av vanliga personer som testobjekt.

Sökandet efter ett sedan länge försvunnet digitalt band blir kortlivat sedan Mulder lyckas spåra en skuggspelande statstjänsteman. Under tiden som Scully ser efter en hospitaliserad Skinner, får Mulder vetskap om vad agent Krycek har haft i görningen. and de försöker spåra upp ett bärgat UFO innan det är för sent.

Skinner blir huvudmisstänkt i ett mord som involverar en kvinna han träffade på en bar och var med natten för hennes död. Mulder och Scully är allt han har för att bevisa hans oskuld, då personer högre i rang försöker tysta honom, och den enda ledtråden visar sig vara en underlig gammal kvinna..

Mulder stöter på förbryllande bevismaterial gällande hans syster.

Mulder tror att en varelse från en afrikansk folksägen kan vara gärningsmannen bakom försvinnandet av flera mörkhyade män i Philadelphia.

Ett tips från Krycek leder Mulder och Scully till en meteorit från Mars som innehåller utomjordiskt liv.

Agenterna utreder ett störtat flygplan, orsakat av ett UFO.

Utredningen kring det störtade flygplanet fortsätter och Mulder placeras under militär arrest efter att han upptäcker existensen av ett UFO:s kraschplats.