Tytułowy Duane Barry, były agent FBI, uważa, że kilkanaście lat wcześniej został uprowadzony przez kosmitów. Przebywając w zamkniętym szpitalu psychiatrycznym porywa lekarza, a następnie w biurze podróży przetrzymuje zakładników. Mulder zostaje wezwany, aby prowadzić negocjacje z porywaczem. Barry opowiada agentowi, co zdarzyło się na pokładzie statku kosmicznego. W tym czasie Scully zdobywa zaskakujące informacje na temat przeszłości medycznej Barry’ego. Ostatecznie porywacz trafia w krytycznym stanie do szpitala, gdzie badania wydają się potwierdzać wersję o uprowadzeniu i eksperymentach medycznych. Wydostawszy się ponownie ze szpitala Barry napada na Scully.

Skazaniec z celi śmierci, Napoleon „Neech” Manley, zostaje stracony na krześle elektrycznym. Przed egzekucją mówi, że zemści się na wszystkich, którzy go źle traktowali. Wkrótce giną strażnicy więzienni.

Pewien mężczyzna w barze mówi przypadkowym gościom o swoich niepowodzeniach. Nagle, w akcie rozpaczy, zaczyna do nich strzelać. Świadek tego zdarzenia, Jeremiah Smith, cudownie uzdrawia postrzelonych. Tymczasem Palacz spotyka się z matką Muldera. Wkrótce potem pani Mulder doznaje rozległego udaru.

Mulder dostaje list od kobiety z Indiany, która twierdzi, że 18 lat temu została zapłodniona w bardzo dziwnych okolicznościach. Teraz jest ponownie w ciąży i znów twierdzi, że zapłodnił ją potwór – Wielki Mutato.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Scully budzi się z lekkimi oparzeniami, jednak wielu ludzi na moście zostało spalonych, a Cassandra Spender zaginęła. Dana postanawia się więc poddać hipnozie, aby przywrócić wspomnienia. Członkowie Syndykatu odkrywają, że podpalaczami byli kosmici-rebelianci bez twarzy.

Mulder trafia na statek „Królowa Anna”, który zaginął w czasie drugiej wojny światowej na obszarze Trójkąta Bermudzkiego. Jednak czas na tym okręcie się zatrzymał i wciąż jest tam wrzesień 1939 roku.

W Wigilię, Mulder zabiera Scully do Maryland, do domu, w którym straszy. Dokonano w nim kiedyś podwójnego morderstwa – kochankowie zabili się nawzajem. Para agentów znajduje pod podłogą dwa trupy. Były one ubrane tak samo jak oni.

W testowaną tuż przed wypuszczeniem na rynek grę komputerową wkrada się niepokojący błąd. Nagle w grze pojawia się urodziwa i niezniszczalna superkobieta, która bez wahania wykańcza przeciwników. Problem jednak, że nie umierają jedynie w świecie wirtualnym, a ich doznane w grze obrażenia są prawdziwe. Samotni Strzelcy, którzy brali udział w pracach nad projektem, zwracają się o pomoc do Komórki X. Kiedy Mulder zostaje uwięziony w wirtualnym świecie, Scully wypowiada wojnę niebezpiecznej wersji Lary Croft.

Scully i Doggett prowadzą śledztwo w sprawie ataków dokonywanych przez stworzenie podobne do wielkiego nietoperza, które najprawdopodobniej przez kilkadziesiąt lat spoczywało w uśpieniu. Scully czuje, iż jej lojalność wobec Muldera wymaga także odrzucenia naukowych ograniczeń i otwarcia umysłu na to, co wydaje się niemożliwe. Rolę sceptyka przyjmuje natomiast Doggett, chociaż perspektywa zmienia mu się nieco w momencie, gdy sam zostaje zaatakowany.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Ciężko ranny Doggett leży w szpitalu. Nieufna w stosunku do Skinnera i Follmera, Scully omija dochodzenie FBI w sprawie porwania Williama i przeprowadza własne, wspomagana przez Monicę Reyes i Samotnych Strzelców. Okazuje się, że dziecko porwał lider sekty uważającej, że tylko syn Dany, może uchronić ludzkość przed Obcymi. W sprawę angażuje się członek Nowego Syndykatu – Człowiek z wykałaczką.

Śledztwo wspólnie prowadzone przez Reyes i Scully. Monica sugeruje, iż kluczem do rozwiązania sprawy seryjnych śmierci jest numerologia. Dana odkrywa, iż na ciele każdej ofiary widnieje znak 666. Sytuacja robi się krytyczna, gdy obie agentki zostają uwięzione na ogromnym podziemnym parkingu, gdzie ukrył się również psychopatyczny morderca. Gościnny występ Burta Reynoldsa i rozrywkowa muzyka zabarwiają odcinek nutką humoru.

Ze Scully kontaktuje się Skinner. Dziennikarz śledczy; Tad O’Malley, wpadł na trop globalnego spisku i pragnie rozmawiać z Mulderem. Byli agenci spotykają się z młodą kobietą utrzymującą, że wielokrotnie była uprowadzana przez kosmitów.

Ze Scully i Mulderem kontaktuje się para młodych agentów. Proszą o pomoc w rozbiciu siatki islamskich radykałów, przygotowujących zamachy samobójcze. Jeden z nich, w stanie krytycznym, znajduje się w szpitalu. Agenci, każdy na swój sposób, próbują się z nim skomunikować i nakłonić do złożenia zeznań.

W mieście coraz więcej osób zapada na groźną chorobę. Scully odkrywa, że może ona być konsekwencją prowadzonych od lat eksperymentów rządowych.

Kontynuując wydarzenia z poprzedniego sezonu, Mulder i Scully dowiadują się, że nie tylko oni desperacko poszukują ich dawno zaginionego syna Williama. Od tego może zależeć los świata.