Після того, як Малдеру електронною поштою надсилають некрологи чотирьох однакових чоловіків, з агентами зв’язується таємний агент ЦРУ, який розповідає їм про мисливця за головами, якого відправили знищити колонію клонів. Тим часом Малдера відволікає раптова повторна поява його сестри Саманти.

Інопланетний мисливець за головами викрадає Скаллі та хоче обміняти її на сестру Малдера, яка, як виявляється, сама є клоном. Після того, як обмін йде не за планом, і Малдер дізнається правду про Саманту, він вистежує мисливця за головами до його корабля, похованого в арктичних льодах, і вимагає розповісти, де знаходиться його справжня сестра.

Малдер отримує зашифрований комп’ютерний диск, що містить секретні файли міністерства оборони про позаземне життя, і стає об'єктом переслідування. Скаллі відводить його до родини навахо, яка розкопала поховану таємницю, що може розшифрувати диск.

Scully finds her career with the FBI in jeopardy as Mulder is still missing and the Cigarette Smoking Man is pursuing the stolen files. The Navajo elders find Mulder's body in a cave and perform an ancient ceremony to call the spirit back to the empty vessel.

After his mother suffers a stroke under strange circumstances, Mulder searches for a strange, benevolent alien man that possesses miraculous healing powers. With the help from Mr. X, he learns about the involvement of the Cigarette-Smoking Man and uncovers some secrets kept by his parents.

The Cigarette-Smoking Man reveals all the government secrets from the past 50 years in order for his son, Jeffery Spender, to join him in his work. Mulder learns that the final stage of the conspiracy will soon begin with the hybridization of the Syndicate members, and he must stop it from happening. Agent Spender deceives his father and arranges for Mulder and Scully to be reassigned to the X-Files, which doesn't sit too well with the Cigarette-Smoking Man.