Mulder est informé par Gorge Profonde sur une opération de couverture du gouvernement pour dissimuler un crash Ovni. Parvenu sur le site, il rencontre un mordu d'ufologie dont la présence ne peut pas être fortuite : les militaires s'apprêtent à établir le contact avec une autre forme de vie. Confronté à l'armée, Mulder voit sa position au sein du FBI mise en péril...

Alors que Mulder et Scully fêtent le 33ème anniversaire de Dana dans un pub, une femme les approche et leur annonce que son frère, Max Fening, est mort dans un accident d'avion. Sur le lieu du crash, les agents extraient des décombres un corps apparemment brûlé par de fortes radiations. Quant aux surveillants de la tour de contrôle, ils affirment avoir perdu tout contact radio avec l'avion et avoir repéré un radar inconnu qui pénétrait dans l'espace aérien de l'avion...

Alors qu'il plonge pour étudier la carcasse d'un OVNI tombé en mer, Mulder est attrapé et fait prisonnier par des militaires. Libéré de prison sous caution, Mulder, accompagné de Scully, se rend au mobile-home de Max Fening, dans lequel ils découvrent une cassette. Max y affirme avoir des preuves irréfutables que l'armée américaine a utilisé des technologies extraterrestres pour les appliquer à ses propres programmes...