มัลเดอร์ตามหาทหารผ่านศึกสงครามเวียดนามคนหนึ่งที่สามารถถ่ายจิตสำนึกของตัวเองเข้าไปในจิตใจผู้อื่นได้

อดีตเจ้าหน้าที่เอฟบีไอที่อ้างว่าเคยโดนมนุษย์ต่างดาวลักพาตัวไปได้ก่อเหตุจับตัวประกัน

มัลเดอร์พยายามช่วยสกัลลี่หลังจากที่เธอโดนชายฟั่นเฟือนผู้เชื่อเรื่องยูเอฟโอลักพาตัวไป

มัลเดอร์ได้รับแผ่นดิสก์ที่ใส่รหัสไว้ ซึ่งภายในมีข้อมูลลับสุดยอดของกระทรวงกลาโหมเกี่ยวกับสิ่งมีชีวิตนอกโลก

ในขณะที่สกัลลี่กำลังสุ่มเสี่ยงจะโดนปลดจากเอฟบีไอ การตามหาตัวเจ้าหน้าที่มัลเดอร์ที่หายตัวไปก็เริ่มต้นขึ้น

ในขณะที่ทีมจู่โจมของรัฐบาลกำลังใกล้เข้ามาถึงตัวเจ้าหน้าที่ทั้งสอง มัลเดอร์ก็ออกค้นหาเบาะแสความเชื่อมโยงระหว่างพ่อของเขากับโครงการลับ

ทีมเจ้าหน้าที่สืบสวนเรื่องน่าฉงนเกี่ยวกับเครื่องบินสมัยสงครามโลกครั้งที่สองลำหนึ่งที่จมลงใต้ทะเล

มัลเดอร์ค้นพบเบาะแสเพิ่มเติมเกี่ยวกับการที่รัฐบาลปกปิดข้อมูลเรื่องมนุษย์ต่างดาวและเครื่องบินสมัยสงครามโลกครั้งที่สองซึ่งจมอยู่ใต้ทะเล สกัลลี่ตามล่าผู้ชายที่ฆ่าพี่สาวของเธอ

ข่าวจากไครเช็กนำมัลเดอร์และสกัลลี่ไปสู่การค้นพบเศษอุกกาบาตจากดาวอังคารที่มีสิ่งมีชีวิตจากนอกโลกอยู่

มัลเดอร์หนีจากคุกรัสเซียและค้นพบเบาะแสมากขึ้นเกี่ยวกับเศษอุกกาบาตปริศนา สกัลลี่โดนจับกุมหลังจากเธอปฏิเสธไม่ยอมให้ความร่วมมือกับการสอบสวนย่อยของวุฒิสมาชิก

ทีมเจ้าหน้าที่ออกค้นหาคำตอบเมื่อกลุ่มคนที่เคยถูกยูเอฟโอลักพาตัว มารวมตัวกันและถูกเผาทั้งเป็น

สกัลลี่เข้ารับการสะกดจิตเพื่อพยายามนึกให้ออกว่าเกิดอะไรขึ้นที่จุดเกิดเหตุการเผาหมู่

เด็กผู้ชายคนหนึ่งที่มีพลังจิตหยั่งรู้อาจจะเป็นคนกุมความลับที่จะไขปริศนาของหน่วยเอ็กซ์ไฟลส์

มัลเดอร์และสกัลลี่ต้องหาคำตอบเมื่อสกินเนอร์ล้มป่วยด้วยโรคลึกลับที่จะคร่าชีวิตเขาใน 24 ชั่วโมง

ทีมเจ้าหน้าที่ต้องหาคำตอบเมื่อจู่ๆ แคสแซนดร้า สเปนเดอร์ก็ปรากฏตัวขึ้นอีกครั้ง

ทีมเจ้าหน้าที่พยายามหยุดยั้งการบุกรุกโลกของมนุษย์ต่างดาว

มัลเดอร์เชื่อว่าวัตถุโลหะที่ค้นพบในแอฟริกาคือหลักฐานว่าชีวิตมีต้นกำเนิดมาจากที่อื่นในจักรวาล

สกัลลี่ออกตามหามัลเดอร์หลังจากสิงห์อมควันพาตัวเขาไปจากโรงพยาบาลโดยไม่ทราบเหตุผล

ในขณะที่ผู้ตรวจสอบขู่จะปิดหน่วยงานเอ็กซ์ไฟลส์ มัลเดอร์และสกัลลี่ที่กำลังอ่อนแรงถูกเรียกตัวไปดูคดีเก่าที่ทำให้ทั้งสองได้ร่วมทีมกัน แต่พวกเขาอาจห่างกันมากขึ้นด้วยฝีมือนักเลียนแบบและเหตุการณ์ลักพาตัว

หลังจากฝังร่างมัลเดอร์เสร็จ ศพของคนที่เคยโดนลักพาตัวไปกลับฟื้นคืนมามีชีวิตอีกครั้ง และนั่นทำให้สกัลลี่กับสกินเนอร์มีหวัง

Mulder and Doggett join forces to investigate the arson attack on a genetics lab where one of the doctors suspected of experimenting with alien impregnation is killed. They encounter Billy Miles, who has been changed into an alien replicant after his recent abduction and is attempting to erase evidence of the tests. When a woman helping Scully out at home is found to be a part of the conspiracy, the agents, along with Monica Reyes and Alex Krycek, know they must protect Scully and her baby from Billy Miles and get her out of the city.

After not knowing Fox Mulder's whereabouts for the last year, A.D. Skinner and Agent Scully learn he's being held for the murder of a military man he couldn't possibly have killed: Knowle Rohrer, one of the government's secret super-soldiers. With Skinner acting as Mulder's defense, people who Mulder has dealt with during his last nine years as an FBI agent testify on his behalf. But the military tribunal isn't interested in the truth.