オレゴン州の森で若い女性の変死体が発見された。腰に奇妙な斑点が残っていた他は、これといった外傷はない。続いて第2、第3の死体が発見された。彼らは皆、同じ高校のクラスメートだった。FBIで、通常の捜査で解決できなかった事件“X-ファイル”を専門に担当するモルダー捜査官と、新たに着任したスカリー捜査官がこの奇妙な事件を捜査することになり、現場へと向かった。二人は死体解剖のため、3人目の死者の葬られた墓を掘り起こす。しかしそこから出てきたのは、人間ではなく異様な生物の死体であった。しかもその鼻孔には地球上には存在しない材質の金属片が埋め込まれていた。

X-ファイル室にビリー・マイルズから連絡が入った。彼は、7年前スカリーがモルダーのパートナーとなって最初の事件の関係者だった。そして、真実に迫るモルダーに”旅立ちの時”が迫っていた！！

ようやく見つかったモルダーはすでに死亡していた。葬儀から3ヶ月後、モルダーの前日に誘拐されたビリーが腐乱死体で発見される。驚いたことに彼は生きているように反応した。

エイリアン・ベビーを出産させていた医師が焼死。スカリーの母が雇ったメイドは、スカリー誘拐未遂犯の一味だった。

スカリーの出産が近づき、ドゲットは彼女をレイエスと共に故郷の村へ隠す。が、エイリアンが彼女たちを追っていた。