Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully sind den sogenannten X-Akten zugeteilt, Geheimakten über paranormale Phänomene. In ihrem ersten gemeinsamen Fall müssen sie den mysteriösen Tod von vier Jugendlichen klären. Mulder vermutet dabei außerirdische Einflüsse.

In Bellefleur, Oregon ist ein außerirdisches Raumschiff abgestürzt, was Detective Miles, der den Fall untersucht, entschieden dementiert. Doch Miles’ Sohn Billy, der vor sieben Jahren von Außerirdischen entführt worden war, alarmiert Fox Mulder und Dana Scully. Die beiden Agenten finden eindeutige Hinweise darauf, dass in Bellefleur Außerirdische am Werk sind. Während Billy eine schmerzliche Entdeckung machen muss, gerät auch Fox Mulder in die Gewalt der Außerirdischen.

Drei Monate nach der Beerdigung lässt Skinner gegen Doggetts Willen Mulders Leiche exhumieren, denn dessen Körper gibt immer noch Vitalzeichen von sich. Doggett erfährt von dem selbsternannten Endzeitpropheten Absalom, dass es Plan der Außerirdischen sei, ihre Entführungsopfer nach einer Art Transformation als Aliens wieder auferstehen zu lassen. Als Krycek nun einen Impfstoff zur Heilung Mulders anbietet, bleibt Skinner misstrauisch – und das zurecht!

Als Scully entdeckt, dass Haushälterin Lizzie ihre Vitaminpillen manipuliert, gesteht diese, seit Jahren daran zu arbeiten, Klone aus einer menschlichen Eizelle und außerirdischer DNS zu produzieren. Scullys Baby sei etwas ganz Besonderes, ein perfektes Kind ohne menschliche Schwächen – und deswegen sei auch Miles hinter Scully her. Er scheint eine Art neuer Alien zu sein, mit dem die Außerirdischen die Erde erobern wollen – und offenbar ist er nicht der einzige seiner Art!

Doggett und Agentin Monica Reyes wollen die hochschwangere Scully möglichst schnell weit außerhalb von Washington in Sicherheit bringen. In Doggetts Geburtsort – einem verlassenen Nest in Georgia – bringt Scully dann ihr Baby zur Welt, den kleinen William. Inzwischen haben Mulder und Doggett herausgefunden, dass die obskuren Informanten Knowle Rohrer und Alex Krycek offenbar auch zu der neuen Spezies von Aliens gehören und gute Verbindungen zur FBI-Zentrale haben.