Mulder i Scully udają się do Idaho, gdzie prowadzą śledztwo w sprawie zaginięcia wojskowego pilota testowego, który pracował w tajnej bazie lotniczej. Na miejscu wpadają na trop eksperymentalnych samolotów, a Mulder podejrzewa, że wojsko wykorzystuje technologie pozyskane ze statku obcych, który rozbił się w Roswell.

W Bostonie, Mulder i Scully badają sprawę nietypowej śmierci jednego z dyrektorów korporacji. Wszystkie poszlaki wskazują na twórcę systemu komputerowego, zarządzającego funkcjonowaniem biurowca. Mulder jednak uważa, iż jest on niewinny. W końcu podejrzenie pada na komputer wyposażony w wysoce zaawansowaną formę sztucznej inteligencji.

Mulder stawia na szali przyszłość Archiwum X po tym, jak udaje się na miejsce katastrofy UFO, które szybko przejmuje wojsko, by zatrzeć ślady. Zostaje aresztowany, a więzieniu poznaje Maxa Feniga, ufologa i fana teorii spiskowych. Po wypuszczeniu z aresztu, Scully nakłania go do powrotu do Waszyngtonu, w celu spotkania się z przełożonymi i ratowania swojej posady. Mulder jednak dowiaduje się, że Fenig wie więcej niż się wydaje, ignoruje ostrzeżenia swojej partnerki i zostaje, by go ratować.

Gdy dwaj ojcowie, mieszkający po przeciwnych stronach kraju, zostają w niewytłumaczalny sposób zamordowani dokładnie o tej samej godzinie i w ten sam sposób, Mudler i Scully dowiadują się, że ich ośmioletnie córki są bliźniaczkami jednojajowymi i zostały stworzone w ramach kontynuacji eksperymentu eugenicznego z lat 50., który polegał na klonowaniu chłopców o imieniu Adam i dziewczynek o imieniu Ewa. Klony były silniejsze i bardziej inteligentne, ale jednocześnie skłonne do zaburzeń psychotycznych.

Psychopatyczny przestępca z jednej ze starych spraw Muldera – John Barnett – powraca, by dokonać na nim zemsty za wsadzenie go do więzienia. Przed jego zwolnieniem, pewien lekarz renegat znalazł sposób na odwrócenie procesu starzenia się, wykorzystując Barnetta w charakterze królika doświadczalnego. Agenci ścigają się z czasem, by złapać nierozpoznawalnego, młodzieńczego Barnetta zanim ten spełni swoje groźby i wymorduje wszystkich bliskich Muldera.

Głębokie Gardło informuje Muldera i Scully o UFO zestrzelonym nad Irakiem, które w tajemnicy przewieziono do Stanów. Jednakże później, celowo wprowadza agentów w błąd, by nie mogli odkryć prawdy.

Głębokie Gardło daje Mulderowi cynk, żeby zajął się sprawą pościgu za piratem drogowym o nadnaturalnych zdolnościach, co naprowadza agentów na tajne laboratorium, kryjące pewien sekret, który może stanowić dowód istnienia rządowego spisku.

Kontynuacja ostatniego odcinka drugiej serii. Albert Hosteen przetłumaczył zapis z taśmy lecz wojsko, z nakazu Palacza odbiera Scully papiery. Okazuje się, że Mulder przeżył atak i leczy się u Indian. Scully zostaje zawieszona w wykonywaniu czynności. Przypadkowo odkrywa, że ma pod skórą wszczepiony implant. Tajemniczy mężczyzna ostrzega Scully przed planowanym zamachem na jej życie. Mulder odwiedza swoją matkę, pyta ją o przeszłość ojca i tajemnicze zdjęcie, na którym widnieje m.in. pierwszy informator Muldera. Krycek przez pomyłkę strzela do Melissy, siostry Scully. Dana podejrzewa, że to Skinner ma ją zabić, ale on twierdzi, że ma dla niej kasetę z danymi.

Odcinek poświęcony Palaczowi. Opowiada historię jego życia – o tym jak uczestniczył on w zamachu na prezydenta Kennedy’ego i Martina Luthera Kinga. Ujawnia również, że Palacz, pomimo wielu wad, ma talent literacki.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Do Muldera przychodzi jego matka. Wkrótce potem odwiedza go również Palacz i mówi mu, że jest jego ojcem. Zabiera go do innego szpitala i chce zamienić jego materiał genetyczny ze swoim, by móc stać się hybrydą. Skinner jest szantażowany przez Kryceka. Diana pomaga Scully znaleźć Muldera. Kiedy Mulder wraca do zdrowia dowiaduje się, że Fowley i pan Hosteen nie żyją.