Подруга Доггетта по морской службе, используя свою сверхъестественную способность находиться под водой, топит по неизвестным причинам двух человек. В результате предпринятого расследования, Скиннер и Доггетт попадают на завод по переработке отходов, где внезапное появление бывшей сослуживицы подвергает жизнь агента смертельной опасности...

Доггетт узнает от Шеннон Макмахон, что она является биологическим роботом, продуктом военной науки пятидесятых. Тайна, которую открывает бывшая боевая подруга агента, заставляет Доггетта и Скалли пойти на крайние меры...

Скалли надеется на возвращение Малдера, когда информация, полученная от незнакомца, заставляет ее задуматься о том, что заставило Малдера скрыться. А ее доверие незнакомцу может стоить Малдеру жизни.

Заполучив рисунки с поверхности космического корабля, ФБР прячет их от сотрудников отдела секретные материалы, и есть только один человек, который может объяснить значение таинственных символов — Скалли.

При пересечении границы погибает нарушитель. Руководство ФБР пытается скрыть от Скалли, что погибший является агентом, внедрённым в секту, поклоняющуюся культу НЛО. В это время религиозные фанатики готовят очередную страшную акцию...

Доггетт задерживает в своём офисе незнакомца с обезображенным лицом, утверждающего, что его уродство — последствие провалившегося правительственного эксперимента по превращению его в инопланетянина. Результат взятого у незнакомца теста на ДНК не только не вносит ясности, но создаёт ещё большую путаницу. Оказавшись в квартире Скалли, неизвестный делает маленькому Уильяму инъекцию…

Бывший агент Малдер, пытаясь проникнуть в секретную правительственную базу, случайно убивает человека. Теперь Малдеру грозит военный трибунал, но он отказывается давать показания, которые могли бы спасти его жизнь...

Агент Скалли отчаянно пытается спасти жизнь своему бывшему напарнику, который внезапно начинает видеть духи умерших врагов и друзей, готовых ему помочь. Однако задача Малдера не только спасти себе жизнь, но и раскрыть все правительственные заговоры против "Секретных материалов", используя информацию от Курильщика, скрывающегося в руинах пустыни...