Agentka Scullyová se stará o svého novorozeného syna Williama. Agent Mulder musel kvůli hrozícímu nebezpečí zmizet. Agenti Doggett a Reyesová pokračují v odhalování spiknutí, které vedlo k pokusu o vraždu Doggetta a Skinnera. Dostanou anonymní tip na stopu utopeného muže, který se spiknutím nějak souvisí. Postupně se dostávají na stopu tajemné ženy, která dokáže dýchat i pod vodou a je zapletena i v případu podezřelých vražd spojených s pokusy s kontaminací vody.

Agenti Doggett, Reyesová a Scullyová odhalují pozadí tajného experimentu s nakažením veřejných zásob vody spojeného s projektem vývoje tzv. nezničitelných supervojáků, jehož součástí může být i Scullyino dítě. Pomocnou ruku jim nečekaně podá Shannon McMahonová - žena dýchající pod vodou.

Agentka Scullyová se setkává se ženou, jejíž malá dcerka má tytéž neobyčejné schopnosti jako jeji syn William. Mladá žena ji přivede na stopu muže, který má důvěrné informace, které Scullyové mohou odhalit pravdu o okolnostech Williamova narození.

Záhadný muž má podmínku. Jediný komu tajné spisy předá do vlastních rukou je toho času nezvěstný Fox Mulder.

Agenti FBI sledují na kanadsko-americké hranici muže na motorce. Muž si jich však všimne, zrychlí a s motorkou sjede ze srázu. V jeho batohu najdou artefakty z mimozemské lodi.

Agentka Scullyová zjišťuje, že FBI tajně vyšetřuje případ nálezu těchto artefaktů, které před nedávnem sama nalezla a zkoumala v Africe. Artefakty obsahují neznámé prastaré symboly a možná úzce souvisí i s jejím synem Williamem.

Agentka Scullyová se za vydatné pomoci Osamělých střelců vydává po stopě členů sekty, kteří unesli jejího syna. Únosci jsou přesvědčeni o pravdivosti proroctví zaznamenaném na povrchu kosmické lodi, nalezené před časem v Africe.

Do kanceláře Akt X se vloupe muž se znetvořeným obličejem, kterého následně zadrží agent Doggett. Zadržený muž tvrdí, že vloupání vykonal na žádost samotného Foxe Muldera. Agentka Scullyová muži nevěří a provede krevní test DNA, aby zjistila kdo je onen záhadný znetvořený muž. Čeká ji šok, muž má stejnou DNA jako nezvěstný Fox Mulder...

Mulderův návrat vede k zasedání vojenského tribunálu, který ho soudí pro vraždu. Aby si zachránil život, musí vedení FBI dokázat existenci spiknutí vedoucí k utajení mimozemského života. Skutečná pravda je však mrazivější a nedá se změnit. Datum 22. prosinec 2012 je datem invaze mimozemšťanů, o které celou dobu vláda věděla. Jediné co Mulderovi a Scullyové zbývá je naděje...

Když Muldera zachránila nečekaná osoba, Mulder odmítne proklouznout na sever přes hranici do bezpečí. Místo toho zamíří na jihozápad do ruin Anasazi v Novém Mexiku a hledá tajemného moudrého muže, kterému Indiáni říkají „Strážce pravdy“.