Medan Scully försöker förstå symbolerna på rymdskeppet som hittats på en strand i Afrika har Mulder blivit fånge i sin egen hjärna.

Scully söker efter Mulder efter att cigarettrökaren för bort honom från sjukhuset.

En liten flickas mystiska försvinnande får Mulder att se kopplingar till tidigare oförklarade bortföranden, men Scully tror att han associerar fallet med sin systers kidnappning.

Mulder fortsätter att leta efter ledtrådar om Samanthas bortförande och hittar slutligen det svar om hennes öde som han sökt efter.

Scully gör sällskap med Cigarette Smoking Man på ett äventyr för att träffa en forskare som kan bota cancer.

När en revisor hotar att stänga ner X-Files kallas Mulder och Scully in för att återvända till fallet som fört dom samman.