M把尖锥刺进了赏金猎人的后颈，却没能杀死他。Jeremiah Smith带M来到加拿大山里一片人工种植地和养蜂场，M见到了还是小时候模样的Samantha，Jeremiah告诉M那是复制人。赏金猎人追到，M最终保全了性命返回，Jeremiah不知去向，M曾看到的一切都被销毁。 S分析Jeremiah 电脑中留下的资料，加上X先生的点拨，她发现每个人在接种天花疫苗时都被编号和分类了。 在CSM的授意下，赏金猎人治好了M的妈妈。X先生被杀了。

监视孤枪侠工作室的CSM，听见他们告诉M关于自己过去的事情，也陷入了回忆之中…… 第一部分：原是平凡的军人，被挑选变成没有背景没有记录的人。暗杀JFK。 第二部分：逐渐变成影子组织中有发言权的人。有自己的作家梦。暗杀马丁路德金。 第三部分：主持影子组织的工作，有左右时局的能力。仍富有温情，继续自己的作家梦。对应外星计划。 第四部分：关注X档案。作家梦破灭，希望破灭，变成如今冷血的CSM。

小克欲与M合作揭发影子政府的阴谋，告诉M有人从俄罗斯带含有黑油的陨石进入美国。追根循源，M带小克到了发现陨石的通古斯，两人被俘。那里像集中营一样，MS在进行开发抗黑油的疫苗试验。小克背叛了M，M被抓去做黑油试验，感染了黑油。 另一方面，影子政府害怕M的调查暴露了他们的计划，召开听证会，要求S告知M的去向。S据理力争坚决反抗。

片头借一位老人之死交代了试验品死后体内黑油会从七窍中溢出的现象……俄国退休特工瓦西里-博斯克被告知“冷战还未结束”，奉命前往美国将陨石碎片夺回。他首先找到了研究者萨莉博士，将其残忍地掐死。另一方面，穆德在狱友和当地受实验迫害的一户平民的帮助下，痛打叛徒克里切克，总算逃出狼穴。而克里切克误入居民手中，被砍掉胳膊（大快人心哈哈哈）。影子zf得知博士之死，显得有点慌乱，史卡莉则因拒绝透露穆德去向锒铛入狱。随后穆德及时赶到，与史卡莉追查陨石下落。然而俄国特工处处领先，不仅将试验品一一杀死，还成功炸毁碎片与设备，算是与安上假手的克里切克圆满完成任务。穆史二人空手而归，最后只能将某些官员的腐-败报告递交上去……

史卡莉被诊断出脑部长了肿瘤，调查中发现，跟她有过一样绑架经历的女士皆罹患相同病症，除潘妮外都已去世。史卡莉决定从自身入手进行调查，住进医院接受化疗，病痛和记忆如恶魔般缠绕着她……穆德和复制人柯尔特一同侵入了不孕症治疗中心的主机，发现治疗记录中不仅有那些女士，史卡莉的名字也赫然在列，意识到这一切包括主治医师都是zf的阴谋。穆德想找癌人谈判，被斯基纳断然拒绝，而在穆德走后，斯基纳找到癌人，希望以自身为条件换得史卡莉的生命。穆德和他的小伙伴们侵入隆巴德研究所，惊奇地发现一群“柯尔特”在做研究，他们都是由史卡莉等人的卵子孕育而成，现在想要救他们的母亲。穆德惊险逃出研究所，赶往医院，正值史卡莉唯一的女伴潘妮病逝，穆德将被病痛折磨的面无血色的史卡莉拥入怀中……

有过“绑架”经历的麦克斯在客机上被杀手盯上，正当他惊慌失措之际，飞机突然被一股神秘的白光笼罩，随后坠毁，乘客无一生还……穆史二人正在酒吧庆祝史卡莉的生日，麦克斯的妹妹夏伦突然造访，她认为哥哥很可能被zf谋害。穆史介入坠机案的调查，穆德以每名乘客手表中多出的九分钟为依据，坚持认为外星人参与其中并绑架了麦克斯，但随即麦克斯尸体的出现令他着实感到意外。与此同时，夏伦在检查哥哥的笔记是也被白光掳走。穆德发现，尸体整理好后，所有乘客的手表都不见了，感到事有蹊跷，随即去当地的军事基地调查。起初航管员路易斯欺骗了他们，但在发现zf欲杀其灭口之后，追到穆史二人的住处，坦白了一切。原来当时有一架军方飞机以拦截模式追踪客机，而他负责随时报告客机的坐标。穆德推断应该有第二坠机现场，与案件负责人前去调查。史卡莉则带路易斯去往安全之处，但在酒吧里被杀手追上，史卡莉的同僚潘德尔探员被误杀。而在另一边，案件负责人目睹UFO飞过，发现了刚刚被释放的夏伦，穆德则在湖底找到外星人的尸体，一簇耀眼的白光悄然笼罩于他头顶……

由于太多真相流出，军方被迫承认客机坠毁于己有关，但把责任推给路易斯，同时以妨碍调查为由逮捕了穆德。被史卡莉保释出来之后，穆德讲述了自己的理论：麦克斯身藏外星科技致使所乘客机被UFO追逐，正当UFO控制住客机时被军方战斗机将击落，连带客机失控坠毁。史卡莉从真实身份为麦克斯好友的夏伦口中得知，那些科技产品是他们从zf研究基地盗出，与此同时穆德凭着在麦克斯家中取得的领取凭证，在机场的存取处拿到了包裹，最后一份外星产品。穆德乘机返回华盛顿却被杀手追上，两人在机上抢夺包裹，杀手占了上风，但UFO不期而至，将杀手和包裹一同掳走。案件不了了之，史卡莉握着穆德送的生日礼物（阿波罗纪念钥匙链）唏嘘不已，大谈心中感受，穆德却幽默地回答：”I just thought it was a pretty cool key chain.”

本集剧情承接第14集，斯基纳为保全史卡莉性命，接受癌人的条件，将穆德收集的有关政府天花蜂秘密实验的证据一一销毁。然而癌人却枪杀警卫并嫁祸于他。斯基纳一气之下自己也开始收集证据准备告发癌人，他把天花蜂幼虫交给一名生物学家化验，却低估了天花蜂的繁殖能力和威力，生物学家死于蜂群的攻击之下。接着斯基纳找到了曾经给予穆德帮助的联合国秘书长特别助理科瓦卢碧亚，却被告知证据不足无法调查。影子政府在南卡罗莱纳州的某小学进行了所谓的天花蜂实验，看到痛苦万分的孩子们，斯基纳错愕万分。另一方面，穆德通过查看监控录像惊愕的发现销毁证据的人是斯基纳，面对逼问，斯基纳将事情的原委和盘托出。而穆德也在随后的证物对比过程中替自己的上司打了掩护。极端愤怒的斯基纳找到癌人，拿枪指着他，谴责他的所作所为。而癌人却面露讽刺的笑容，提醒斯基纳史卡莉的性命尽在自己的掌控之中。电话铃响，斯基纳开枪了，只不过他瞄准的是癌人身后的墙壁。待斯基纳离开后，一直佯装镇定的癌人才用颤抖的手接起了电话，向他通报的竟是科瓦卢碧亚……

穆德从混乱的梦境中醒来，却发现身处一个出租屋中，衬衫血迹斑斑。随身携带的枪中少了两发子弹，衣袋里还有卡珊卓家的钥匙，然而他已经完全不记得发生过什么事情。史卡莉赶来，与他去拜访了卡珊卓的小屋，发现卡珊卓夫妇被枪杀于屋中，而探员们也从屋中搜集到了穆德的指纹。穆德被关入监狱，史卡莉找到证据证明两人属自杀，而这一切似乎与两人的心理医生戈德斯坦有关。医生承认以非常规手段治疗病人，但却否认曾帮助过穆德。穆德频繁地昏厥倒地进入梦境，却坚持认为那是自己年少时经历的真实场景，甚至据此怀疑当初是自己的母亲选择将妹妹交出……他让戈德斯坦帮自己找回这些“记忆”，却被逼至疯狂的边缘，几乎向前来劝阻自己的史卡莉开枪。史卡莉总算令穆德恢复了神智，但仍担心穆德会在寻求真相的途中迷失……

史卡莉正在家中参加自己的生日宴会，被穆德一个电话叫了出去。原来是生物学家阿林斯基告诉穆德，自己在加拿大山区发现了冷冻的外星人尸体。史卡莉拿着冰层样品去化验，发现其中确实含有见所未见的细胞。半信半疑的穆德飞去了加拿大，发现探险队员几乎都死于非命，幸好幸存者巴博科把冰冻尸体藏了起来。经检查，阿林斯基确认该尸体为外星人无疑，但穆德坚持要进行碳同位素检测。另一方面，史卡莉被企图盗窃冰层样品的内部人员克里斯高打伤，她不听哥哥比利的劝阻，执意要继续与穆德的事业。史卡莉单枪匹马擒住克里斯高，然而后者却告诉了她一个惊天秘密：这一切都是为了让穆德相信并散布外星人存在而伪造的假证据。穆德听了这一番说辞只是不信，然而他随后发现果如克里斯高所说，尸体不翼而飞，阿林斯基被枪杀。史卡莉告诉穆德，那一伙人为了让穆德相信，甚至不惜让自己染上癌症。信仰的崩塌以及对史卡莉的内疚之情似乎令穆德濒临崩溃，他返回家中一遍遍翻看录像带，泪流满面。次日，史卡莉被叫去确认一具自杀身亡的男尸，她不敢置信，可那的确是穆德……