Скрываясь от Инопланетного Охотника, агент Малдер и Джереми Смит едут в затерянное в Канаде пчеловодческое хозяйство, на котором клоны-гибриды занимаются выращиванием пчел-разносчиков инопланетного вируса.

Один из "Одиноких стрелков" - Мелвин Фрохики, рассказывает агенту Малдеру добытые им факты из биографии Курильщика, приоткрывающие завесу тайны над заклятым врагом "Секретных материалов".

Агент Малдер вместе со своим заклятым врагом Крайчеком отправляется в Россию, в Красноярский край, к месту падения тунгусского метеорита, чтобы найти истоки появления "черного масла". Пока Малдер сталкивается с суровой сибирской реальностью, агент Скалли предстает перед членами Сената, требующими информации о местонахождении агента Малдера.

Агент Малдер сбегает из секретного тунгусского лагеря, в котором российские спецслужбы ставят опыты с "черным маслом" над заключенными. В это же время в США прибывает бывший агент КГБ Василий Песков с целью зачистить следы пребывания "черного масла" на территории Соединенных Штатов.

Агент Малдер пытается восстановить цепочку событий во время похищения Скалли пришельцами, приведшего, по его мнению, к тому, что его напарница оказалась больна раком. Следы приводят его к закрытой правительственной клинике, в которой проводятся секретные эксперименты с яйцеклетками похищенных женщин.

ФБР расследует крушение гражданского авиалайнера в окрестностях Нью-Йорка. На борту погибшего самолета находился знакомый агента Малдера - уфолог Макс Фенниг, который перевозил нечто, что должно было пролить свет на загадку летающих тарелок. Малдер считает, что в катастрофе виновен НЛО.

Агенты Малдер и Скалли пытаются выяснить правду о разбившемся под Нью-Йорком самолете у авиадиспетчера, за которым ведут охоту спецслужбы, желающие замести следы своей причастности к катастрофе.

Вынужденный пойти на сделку с Курильщиком, заместитель директора ФБР Уолтер Скиннер тщательно заметает следы недавнего происшествия в супермаркете города Виенна, штат Виргиния, где продавщица погибла от многочисленных пчелиных укусов. Агент Малдер считает, что случившееся связано с секретными экспериментами правительства, не подозревая, что следствие запутано его непосредственным начальником.

Агент Малдер просыпается ничего не помня, в дешевом мотеле в Провиденсе, Род-Айленд, испачканный в чужой крови. Вместе со Скалли он пытается разобраться, что произошло, и вскоре оказывается главным подозреваемым в деле об убийстве пожилой семейной пары.

Группа геодезистов обнаруживает в древнем леднике в канадской провинции Юкон замороженное тело инопланетянина. Малдер отправляется к леднику для получения неоспоримого доказательства существования внеземной жизни. Между тем болезнь Скалли прогрессирует, и она попадает в больницу.