バウンティ・ハンターに追われるジェレマイア・スミスを助けたモルダーは、スミスから重大なことを聞く。米国政府が恐るべき”覇権”加計画を進めているというのだ。

モルダーとスカリーはローン・ガンメンのオフィスを訪れていた。フロヒックが肺ガン男の過去を突き止めたというのだ。彼らの会話を向かいのビルの空部屋で盗聴する肺ガン男。

極右テロ組織の情報を得たモルダーたちは、逮捕に成功。一派の中には行方不明だったクライチェックの姿があった。

モルダーが許可なく奪った外交郵袋の件で、スキナーは窮地に立たされた。スキナーにモルダーの行き先を間いつめられ、スカリーもモルダーを庇う限界を感じ始める。

精密検査の結果、スカリーの副鼻腔付近に悪性の腫瘍が確認された。腫瘍は増殖を続ければやがて脳に達し、彼女の命を奪うだろう。病の原因と治療法を探るため、モルダーとスカリーはアレンタウンに向かう。

乗客乗員134名を乗せた旅客機549便が、ニューヨーク州上空高度2万9干フィートを飛行中、なんらかのトラブルに遭遇し、墜落した。管制塔との交信記録と回収されたフライトレコーダーによれば、事故発生時間は午後7時52分であった。

549便の墜落には、記録には残っていない第2、第3の機体が関係していた。うち一機は軍の戦闘機であることが確認された。戦闘機は第3の機体を撃墜するために付近の空軍基地から飛びたち、第3の機体を撃墜する。

ヴァージニア州にある宅急便配送センターの化粧室で、女性の変死事件が発生。しかし事件証拠は執勘な隠蔽工作によって、モルダーの前から次々と消し去られてしまう。

ある朝目覚めたモルダーは、全く見覚えのないモーテルの一室にいた。彼のシャツには血痕が付着しており、銃からは弾が2発発射されていたが、何があったのかモルダーは全く記憶がない。

カナダで地形の測量をしていたチームが、山中で氷結している地球外生命体らしき物を確認した。報告を受けたモルダーは、さっそく行動を開始する。