Smith accompagna Mulder in una piantagione dove lavorano una quantità impressionante di bambini-cloni. Le ragazzine assomigliano a Samantha. Scully trova l'ennesima prova di una nuova schedatura della popolazione.

Frohike racconta a Mulder e Scully la storia del Fumatore, mentre questi ascolta il resoconto tramite un microfono direzionale, appostato di fronte alla sede del gruppo conosciuto come il "Pistolero Solitario".

A Honolulu un agente della dogana viene attaccato dal virus del cancro nero. Fox ritrova Krycek. I due si recano in Russia e trovano un gulag dove alcuni scienziati stanno conducendo un nuovo e misterioso esperimento.

Mulder è stato contaminato dal cancro nero, prodotto dalla roccia che i prigionieri del gulag stanno estraendo. Una nuova guerra fredda contrappone il Sindacato Ombra ad alcuni scienziati russi. Mulder riesce a fuggire e torna negli USA per fermare un killer mandato dai russi.

Dana scopre di avere un tumore alla base del naso. Durante un'indagine Scully scopre che le donne rapite sono tutte morte dopo la rimozione del chip. Skinner decide di scendere a patti con il Fumatore per salvare la vita di Scully.

Mulder e Scully indagano su un disastro aereo nel quale ha perso la vita Max Fenning. Fox è convinto che Max sia stato rapito dagli alieni. Uno degli addetti alla torre di controllo viene ucciso, l'altro cerca rifugio presso Dana e Fox. Mulder trova un nuovo relitto con un alieno a bordo.

Mulder è convinto che l'aereo civile sia entrato in collisione con un UFO. Un oggetto diviso in tre parti proverebbe la teoria di Mulder che s'imbarca su un aereo seguito da un killer che ha appena ucciso l'Agente Pendrell, uno spasimante di Dana.

Alcune api assassine uccidono una donna e Skinner fa sparire tutte le prove. compreso il cadavere. Mulder indaga e così il vicedirettore usa il proprio potere per depistare l'agente dell'FBI. Skinner è costretto ad ubbidire agli ordini del Fumatore.

Scully aiuta Mulder in una indagine personale. L'agente dell'FBI si è risvegliato in un motel, ma non ricorda assolutamente nulla degli ultimi giorni.

Sul Monte Elias, in Canada, viene ritrovato il cadavere congelato di un alieno. Un uomo del Dipartimento della Difesa rivela a Mulder che le sue indagini hanno sempre riguardato un'abile montatura del Governo. In seguito Scully riconosce il cadavere di un suicida: è quello di Mulder.