Jeremiah Smith és Mulder egy idegenvadász elől menekülnek. Smith egy kis farmra viszi Muldert, ahol sok egyforma gyerek él, a lányok mind Mulder nővérének a klónjai. Mulder és Jeremiah el akarják vinni az egyik kislányt Mulder édesanyjához, azonban a vadász utoléri őket és megöli Jeremiah-t.

Mulder egyik főnöke, az apja halálában is titokzatos szerepet játszó ügynök visszaemlékezései során megelevenednek a közelmúlt mindazon történelmi eseményei, amelyekben a férfi aktív szerepet játszott - a kubai válságtól, a Kennedy- és Martin Luther King-gyilkosságokon át napjainkig.

Scullyt szenátusi meghallgatásra idézik be, ahol Mulder felől faggatják. Scully ehelyett arra próbálja ráirányítani a vizsgálóbizottság figyelmét, hogy az FBI legfelsőbb köreiben működő cselszövőket leplezzék le. Közben Mulder egy titokzatos kórt terjesztő futárpostai küldemény ügyében nyomoz, és ismét összeakad Kraychukkal.

Mulder és Kraychuk egy Krasznojarszk melletti fogolytáborban találják magukat. Miközben Mulder az életéért küzd, megmagyarázhatatlan, ám a meteorit anyaggal összefüggésbe hozható események foglalják le Scullyt.

Scully agytumor gyanújával kórházba kerül. Mulder nem akarja elfogadni a halálos diagnózist, és Scullyt is rábeszéli, próbáljanak meg azon a fonalon elindulni a betegség okának kiderítése során: kapcsolatban lehet-e az egész Scully korábbi elrablásával, valamint azzal a ténnyel, hogy az idegenek annak idején beültettek egy apró adókészüléket a lány testébe.

Miközben mindenki Scully 33. születésnapját ünnepli, egy különös nő tájékoztatja Muldert, hogy Max Fenig, a NICAP tagja egy repülőgép szerencsétlenségben életét vesztette. Amikor Mulder a helyszínre látogat, sugárzás okozta égéseket talál Max testén, amiből azt gyanítja, hogy a gépet egy UFO támadta meg.

Mulder búvárként merül alá egy tóba, hogy egy feltételezett másik repülőgép roncsai után kutasson. A hadsereg azonban közbelép és letartóztatja. Közben Frisch őrmester ellen merényletet kísérelnek meg, Scully jelenlétében. Muldernek meggyőződése, hogy a lezuhant repülőgép egy ufóval ütközött, amit a hadsereg parancsára lőttek le.

Megmagyarázhatatlan haláleset történik egy vidéki postahivatal női mosdójában. Az áldozat, aki éppen cigarettaszünetét töltötte a mellékhelyiségben, tömeges méhcsípés következtében vesztette életét. A nyomozásba, főnöke utasításait követve, Skinner is beavatkozik, méghozzá a nyomok eltűntetésében működik aktívan közre.

Mulder egy napon arra ébred, hogy egy idegen motelban fekszik, véres ingben, és nem emlékszik az előző napok történéseire. Scullyt hívja segítségül, és hamarosan egy kettős gyilkosság gyanúsítottjaként hallgatja ki a rendőrség.

Amikor Kanada hegyei között egy idegen holttestére bukkannak, Mulder-rel kapcsolatba lép egy Michael Kritschgau nevű férfi, és egy kormányzati egyezményről számol be neki, melynek lényege, hogy többé ne tartsák titokban az idegenek létezését és meggyőzzék az embereket, hogy kétségek nélkül higgyenek bennük. Az akció elsődleges célpontja Mulder.