Un électricien inspecte des lignes électriques en rase campagne. En haut d'un poteau électrique, il est gêné par une abeille, qu'il écrase machinalement. Ce geste n'échappe pas au groupe d'enfants qui vient d'arriver sur les lieux ; cinq garçons, blonds, parfaitement identiques. L'électricien est soudain pris de vertiges. La chute lui est fatale. Avant de mourir, il est entouré par les garçons qui le regardent agoniser sans manifester la moindre émotion.

Haut responsable du FBI, l'homme à la cigarette a toujours été une énigme pour l'agent spécial Fox Mulder. Mais, à force de recherches discrètes et multipliées, ce dernier a enfin réussi à mettre la main sur des documents ultra-confidentiels qui retracent la carrière de son ennemi intime... En 1962, on retrouve la trace de l'homme à la cigarette à Fort Braggs. Agé d'une trentaine d'années, ce capitaine au parcours exemplaire mais dont le père, espion au profit de l'URSS, a été condamné à mort, est un jour convoqué par plusieurs responsables militaires. Ces derniers critiquent l'attitude de la Maison Blanche dans l'affaire de la Baie des Cochons...

Mulder a reçu des informations d'un contact anonyme au sujet d'un probable attentat à Oklahoma. Mais pendant l'intervention du FBI, Mulder et Scully partent à la poursuite d'un camion transportant des explosifs et y retrouvent Alex Krycek, qui s'avère être le nouvel informateur. Celui-ci dirige les agents vers un diplomate, pour récupérer un fragment de météorite dont il est en possession. Mais alors que le Dr Sacks l'examine dans son laboratoire en le perçant, un liquide noirâtre jaillit et libère des vers qui envahissent aussitôt son corps et le paralysent...

Emprisonné avec Krycek dans un goulag en Russie, Mulder parvient à s'échapper en détournant un camion de livraison. En cavale dans la nature, il est poursuivi par le chauffeur du camion, qui le rattrape et finit par lui expliquer que de nombreuses personnes dans la région ont pu échapper à la torture au goulag en se laissant amputer du bras gauche. Quant à Scully, elle est toujours auditionnée par une sous-commission de sénateurs au sujet de la disparition de Mulder...

Scully vient d'apprendre qu'elle est atteinte d'une tumeur inopérable, située entre les sinus et le cerveau. Elle décide de contacter une association de femmes, qui ont autrefois été enlevées et ont toutes développé la même maladie après s'être fait ôter une plaque de métal du cou. Parallèlement, Mulder soupçonne le Dr Scanlon, qui a traité le cancer de toutes ces femmes, d'être à l'origine des enlèvements...

Alors que Mulder et Scully fêtent le 33ème anniversaire de Dana dans un pub, une femme les approche et leur annonce que son frère, Max Fening, est mort dans un accident d'avion. Sur le lieu du crash, les agents extraient des décombres un corps apparemment brûlé par de fortes radiations. Quant aux surveillants de la tour de contrôle, ils affirment avoir perdu tout contact radio avec l'avion et avoir repéré un radar inconnu qui pénétrait dans l'espace aérien de l'avion...

Alors qu'il plonge pour étudier la carcasse d'un OVNI tombé en mer, Mulder est attrapé et fait prisonnier par des militaires. Libéré de prison sous caution, Mulder, accompagné de Scully, se rend au mobile-home de Max Fening, dans lequel ils découvrent une cassette. Max y affirme avoir des preuves irréfutables que l'armée américaine a utilisé des technologies extraterrestres pour les appliquer à ses propres programmes...

Une femme est mortellement piquée par des abeilles alors qu'elle se rend aux lavabos dans un supermarché. La nuit suivante, quelqu'un efface toutes les preuves existantes. Le coupable n'est autre que Walter Skinner ! Venant récupérer ses preuves sous l'identité de l'agent Mulder, il rencontre, malencontreusement, un collègue qui avait lié connaissance, sur Internet, avec le vrai Mulder. Skinner l'éconduit. L'homme est retrouvé mort...

Mulder se réveille au beau milieu d'un cauchemar mettant en scène sa sœur et un couple. Il est quelque part dans la chambre d'un motel, maculé de sang. Réveillé au beau milieu de la nuit, Scully vient à sa rescousse pour apprendre que Mulder ne se souvient plus de rien concernant la nuit passée. En outre, des balles manquent dans son chargeur. Mulder et Scully, partant en chasse, retrouvent la piste d'une dénommée Cassandra...

Après la découverte d'un extraterrestre conservé par le froid d'un sommet du Canada, Mulder et Scully sont appelés afin d'étudier le corps. Alors que Scully prélevait un échantillon de glace, elle est attaquée par un chercheur du Pentagone, Michael Kritschau, qui semble en savoir beaucoup sur l'extraterrestre. Kritschau affirme à Mulder que le gouvernement a planifié cette découverte afin de détourner l'attention de ses propres activités. Tout ce en quoi Mulder croit pourrait être totalement faux...