Jeremiah Smith y Mulder están en la búsqueda del Cazador Extraterrestre, y Smith lleva a Mulder a una pequeña granja atendida por niños idénticos y las niñas son clones exactos de su hermana de pequeña. Mulder se prepara para llevar a Jeremiah y uno de los clones a ver a su madre en el hospital pero el Cazador los encuentra y mata a Jeremiah. Mientras, el Sindicato sospecha que hay un traidor entre ellos y preparan un plan que termina con X siendo ejecutado.

Los Tiradores Solitarios desvelan a Mulder y Scully nuevos descubrimientos sobre la vida y obra de El Fumador, que le implican en asesinatos célebres como los de Kennnedy y Luther King.

Un laboratorio descubre restos de vida en un meteorito, y poco después, un científico entra en coma, en principio, por la misma sustancia que afectó a los marineros del 'Piper Maruy' y la que estaba en un extraño objeto que cayó en la taiga siberiana.

Mulder visita Tunguska para comprobar si hay signos de vida extraterrestre. Las cosas se tuercen y acaba en una especie de campo de concentración, expuesto a un mal llamado 'cáncer negro', de posible origen extraterrestre.

Cuando a Scully le diagnostican un cáncer, Mulder descubre que otras personas abducidas pasan por lo mismo después de haber sufrido los mismos implantes en la nuca.

Un supuesto abducido muere al estrellarse el avión en el que viajaba. Cuando escucha la grabación de la 'caja negra', Mulder detecta que el avió fue interceptado por algo procedente del exterior.

Mulder sigue investigando el insólito accidente en el que murió Max Fenning. Cuando llega a la caravana en la que vivía, descubre que tenía material que incriminaba al gobierno en tramas relacionadas con tecnología extraterrestre...

De nuevo aparecen insectos en los misterios investigados por Mulder y Scully, esta vez con la participación del agente Skinner, que descubre la causa de la muerte de una empleada de Correos: unas abejas que pueden estar siendo utilizadas como medio de contagio de una viruela mortal.

Mulder se ve implicado en un doble asesinato. Tendrá difícil su defensa, porque sufre amnesia, hasta que Scully interviene para ayudar a su compañero.

Scully tiene que ir al apartamento de Mulder para identificar su cuerpo, con una herida de bala en la cabeza...