Ein außerirdischer Killer macht Jagd auf Fox Mulder, doch er und Jeremiah Smith können im letzten Augenblick entkommen. Smith führt Mulder in die Provinz Alberta, wo auf einem riesigen Farmgebiet außerirdische Pflanzen angebaut werden. Die Farmarbeiter sind geklonte Kinder, und Mulder entdeckt unter ihnen seine Schwester Samantha. Wenig später ist der Killer ebenfalls zur Stelle und setzt Mulder außer Gefecht. Mulder findet inzwischen heraus, dass Smith fünf Doppelgänger hat…

Frohike ist dem hochgefährlichen, mysteriösen Raucher – vermutlich auch der Mörder von J. F. Kennedy und Martin Luther King – auf der Spur. Des Rauchers Steckenpferd ist die Schriftstellerei, doch seine Romane bleiben erfolglos. Schließlich will eine Zeitung eine seiner Geschichten abdrucken. Frohike glaubt, nun an mehr Hintergrundinformationen zu kommen, und informiert Mulder und Scully über seine Kenntnisse. Aber der Raucher weiß längst Bescheid über seine Absichten…

Von Krycek bekommen Mulder und Scully einen Hinweis auf ein außerirdisches Virus. Der Erreger soll in Diplomatengepäck in die USA geschmuggelt werden. Um die Hintergründe aufzuhellen, reist Mulder mit Krycek nach Tunguska in Sibirien.

Mulder ist überzeugt davon, dass seit Jahren mit Stoffen, die vom Tunguska-Meteor stammen, an hilflosen Menschen experimentiert wird. Mysteriöse Todesfälle in einem Altenheim scheinen seine Vermutung zu bestätigen.

Bei Dana Scully wird ein bösartiger Gehirntumor festgestellt, der inoperabel ist. Trotzdem arbeitet sie weiter mit Fox Mulder an dem Fall einer Gruppe von Frauen, die alle behaupten, von Außerirdischen entführt worden zu sein. Einige von ihnen sind inzwischen tot. Mulder und Kurt Crawford gelingt es, sich in das Computersystem des Lombard-Forschungsinstituts zu hacken. Scullys Kollege stößt dort auf Menschenversuche, zu deren Zweck man einst auch Dana Scully missbraucht hat.

Mulders alter Bekannter Max Fenig kommt bei einem Flugzeugabsturz ums Leben. Offenbar wurde die Maschine versehentlich von der Air Force abgeschossen. Mulder hat eine eigene Theorie: Er glaubt, dass das eigentliche Ziel der Air Force ein UFO war.

Sharon ist im Besitz eines Objekts, bei dem es sich offenbar um außerirdische Technologie handelt. Sie erzählt Scully, sie habe es ihrem früheren Arbeitgeber gestohlen. Aber das Objekt ist nicht vollständig. Mulder gelingt es, das fehlende Teil zu finden. Während seines Rückflugs nach Washington kommt es zu einem Zwischenfall.

Um Dana Scullys Leben zu retten, hat Skinner mit dem geheimnisvollen „Raucher“ einen Handel abgeschlossen. Doch dieser scheint sich nicht an die Vereinbarung zu halten. Eine junge Frau stirbt durch Bienenstiche, wobei die Tiere durch eine mysteriöse Substanz angelockt werden. Noch einen anderen Mann hat der „Raucher“ auf dem Gewissen: Detective Ray Thomas. Agent Fox Mulder teilt Skinner dies mit, worauf dieser den Raucher an die noch offene Forderung aus dem Deal erinnert.

Mulder bittet Scully, ihm in Providence, Rhode Island, behilflich zu sein. Als Scully dort eintrifft, findet sie Mulder völlig verwirrt vor: Er kann sich an nichts erinnern. Als das Ehepaar Amy und David Cassandra tot aufgefunden wird, fällt der Verdacht auf Mulder, doch Dana Scully kann ihn entlasten. Die beiden Agenten kommen dem Arzt Dr. Goldstein auf die Spur, der seine Patienten mit einer seltsamen Droge behandelt. Mulder hatte ihn freiwillig aufgesucht.

Als ein Geologenteam im ewigen Eis eines kanadischen Gletschers den Körper eines Außerirdischen findet, ist sich FBI-Agent Fox Mulder sicher, endlich den Beweis für die Existenz außerirdischen Lebens gefunden zu haben. Als Mulder an der Fundstelle ankommt, sind die Wissenschaftler tot – bis auf einen: Er hat das Massaker überlebt und den Körper des Außerirdischen retten können. Währenddessen lernt Dana Scully einen merkwürdigen Mann kennen, der von ihrer Krankheit weiß.