S和CSM都认为M已经死了，其实他没死，印第安老人为他进行了名为“the blessing way”的治愈仪式，救了他一命。M回来后开始着手调查他爸爸的关系网。S由于牵扯进了M的这件事中，被停职了。一次偶然的机会，她发现自己脖子后面被植入一块电子芯片，却没有任何关于它的记忆。影子政府派人杀S，却误杀了S的姐姐Melissa。S对SKINNER产生了信任危机。

M和S找到一个二战时期为美国政府工作过的纳粹科学家，根据他提供的线索找到了一个已经荒废的矿物开发公司。在那里，秘密地保存着几十年来全美所有接种过天花疫苗的人的医疗档案。M发现自己的档案被做过手脚，而S的档案在最近被更新过。M目击了巨大的UFO升空，S在隐约中看到了little gray man。SKINNER大叔作为谈判筹码的磁带被小克抢走了，跟此事有关的人陆续被灭口，小克也差点死掉，自此他和CSM卯上了。SKINNER大叔最后谈判成功，帮助M和S恢复了公职，此事遂告一段落。

几个正在火车实验室里解剖外星人的日本医生被一群不明身份武装人员杀死，外星人被带走。M从私人手中买到的录像带里看到了解剖实验，追循出处时，发现制作录像带的人已被杀。现场逮到了一个日本人，从他手中掌握的情报，追查到了有关军方打捞到的UFO的线索……另一头，S遇见了一群也曾遭受UFO 劫持的妇女，她们使她回忆起来一些片断，告诉她会面临可怕的病症…… M见到活体外星人被带上火车，他不顾X先生的警告，紧追不舍……

NSA特工杀了火车上的日本医生，和M起了冲突，两人被困在实验车厢里。从他口中，M得知日本人已经研究出了外星人和人类的混种，他之前看到的活体外星人只不过是这个试验的产物。位于麻风病院中的所有试验品已被清理干净。火车上有生化炸弹，M被X先生救出，NSA特工和活体混种消失在大爆炸中

打捞船从北大西洋中找到一艘二战时期的飞机，意外地把黑油从尘封已久的深海中带到了陆上。黑油有控制人类的能力，并能在不同宿主之间自由转移。M直觉地认为打捞船找到的东西与UFO有关，追查的过程中，开始注意到黑油的存在。他一路追到了香港，遇见了老对头小克。最后黑油转移到了小克身上。SKINNER因为违背上级指示继续帮S追查MELISSA一案被CSM的杀手枪伤

CSM的人仍在追踪小克，想夺回磁带（详见2×25、3×01、3×02这几集）。被黑油附身的小克摆脱M后，带着磁带主动找到了CSM，作为交换条件，要求回到政府藏匿打捞上来的UFO处。S抓到了杀MELISSA和打伤SKINNER的杀手，他说出了小克的动向，M和S由此追到了UFO存放地，可惜在离其只有一步之遥时被赶了出来。黑油回到了UFO中，小克被遗弃在1013号门之后……

某地区发生了好几起杀人案，看上去凶手似乎都患有妄想症。M和S发现当地的有线电视信号中被加入了能引发人们产生幻觉的信号。S也受到了这种暗示信号的影响，开始怀疑M。M因为是红绿色盲而未受影响。最后，M发现这有时政府的一项实验。

神奇的老伯伯Jeremiah Smith用手掌就能治伤，行善之后就消失无踪了。M和S查了同全美有好几个名字长相都一模一样的Jeremiah Smith。CSM似乎知道Jeremiah Smith的来历，绑走了他，他却消失在看完的严密关押之地。正当他找到M和S之际，一路追杀Jeremiah Smith的赏金猎人出现了……M的妈妈和CSM是旧识，在M家的湖边小屋秘密见面。M的妈妈中风了，M根据她给的线索，在湖边小屋发现了很久以前藏着的用来杀死混种的武器——一把尖锥。而这把尖锥可以用来杀死Jeremiah Smith……