第2シーズン最終話「アナサジ」からの連続エピソード。証拠隠滅とモルダー殺害のため、異星人の死体ごと貨車を爆破するCSマン。モルダーは死んだと思われていたが、死線をさまよいながらも生きのび、ナバホ族の「救済の儀式」をうけ復活する。CSマンは「MJファイル」を記録したテープを手に入れるためにクライチェックにスカリー暗殺を命じる。ところがクライチェックが撃ったのはスカリーの姉・メリッサだった。スカリーは自分の首の後ろに埋め込まれた金属片を見つけ摘出するが、これが後のストーリーで重要な行為となる。

「祈り」からの連続エピソード。父がなぜ殺されたのか、妹の身に何が起こったのかを探るモルダー。とある写真に若き日の父と一緒に映っていたのは、ユダヤ人虐殺と人体実験に関わったナチスの戦犯科学者、クレンパー博士。彼は、第二次大戦後にアメリカが行った「ペーパークリップ作戦」によって亡命してきた人間だった。彼から助言を得て、二人は廃墟となった坑道から大量の医療カルテを発見する。同時にスカリーは異星人らしき人影を、モルダーは浮上していくUFOを目撃した。そしてスキナーは「MJファイル」のテープと引き換えに、モルダーとスカリーの身の安全をCSマンに要求する。

モルダーに異星人の解剖ビデオを売った男が殺された。モルダーは現場で日本の外交官を逮捕する。その男の持っていた書類から、スカリーは異星人に誘拐された経験がある女性たちと知り合う。一方、モルダーは同様に衛星写真に写っていた船の調査をするが捜査に行き詰る。マディソン上院議員からの情報を得て、モルダーは日本人医師タケオ・イシマルが「実験体」を連れ込んだ列車に潜入する。スカリーはイシマルの顔に確かな見覚えがあった。以前どこかで彼に会ったことがある、と。

アメリカでの初放映時、ある男性が恋人にプロポーズをするため、本エピソードの中に「結婚をしてくれ」という旨のテロップを流した。このカップルはお互いに『X-ファイル』のファンであり、男性は何か突飛なプロポーズがないものかと考え、このテロップでのプロポーズを番組製作側に依頼したところ、製作側は承諾した。テロップが流れてすぐ男性の恋人はOKの返事を出し、男性がそれを製作側に伝えたところ、劇中最後の(列車が去っていく）シーンで「SHE SAY YES（彼女はプロポーズを受け入れた）」というテロップが流れた。

「二世」からの連続エピソード。オープニングのスローガンは「APOLOGY IS POLICY（謝罪は真実を抹殺する）」。アメリカ政府の列車に潜入したモルダーは、連結されている秘密車両の責任者である日本人医師シロウ・ザマを捜すが一足遅く、ザマことイシマルは車内で暗殺され、モルダーは彼を暗殺したNSAのエージェントと一緒に、証拠隠滅のための時限爆弾が仕掛けられた隔離車両へ閉じ込められてしまう。一方、スカリーは自身の首に埋め込まれていたチップを調べ、それを製作した日本企業を突き止める。それは存在していない企業であり、宅配便記録から割り出したウェストバージニア州のハンセン病隔離収容所跡地で、スカリーはイシマルたち旧日本軍731部隊の生き残りによる忌まわしい実験の犠牲者を発見する。

太平洋上、北緯42度東経171度。フランスのサルベージ船「パイパー・マル」の乗員多数が外部からの高度放射線被曝を受ける事件が起こった。しかし船自体に残留放射能はなく、また乗員の中でひとりの潜水士だけが全くの無傷だった。モルダーはこの船員の自宅を訪ねるが、船員は全身黒い油にまみれて倒れており、彼の妻が行方不明となっていた。この船員は、潜水作業で引き上げようとした米軍の潜水艦に残っていた、軽油を媒体として人間に乗り移り行動する地球外生命体「ブラックオイル」に侵入されていたのだ。彼の妻に乗り移ったブラックオイルは香港へ向かう。一方、この事件の捜査を行っていたモルダーもいくつかの情報を得て香港へ向かい、そこで因縁の相手・クライチェックと遭遇する。

「パイパー・マル」という船名は、スカリー役のジリアン・アンダーソンがシーズン2の途中で出産した娘の名前、パイパー・マルから取られた。

「海底」からの連続エピソード。クライチェックは香港で「ブラックオイル」に侵入され操られていた。モルダーと一緒に移動中のところを謎の男たちが襲撃するが、ブラックオイルは襲撃を退け、負傷したモルダーを置いて逃亡。MJファイルのデータテープと引き換えに、CSマンからUFOのありかを聞き出す。一方、馴染みのカフェで突然撃たれて重傷を負ったスキナーは、犯人の男に見覚えがあるとスカリーに語った。スカリーは地道な捜査で銃撃犯を追い、スカリーの姉・メリッサを射殺した犯人と同一人物であることを突き止める。

「アポクリファ」とは、新約聖書外典のこと。ギリシャ語で「隠されたもの」を意味し、初期キリスト教の正統教会に認められず、新約聖書（正典）に収録されなかった外典群を指す。

メリーランド州で、善良な人間が突如として周囲の人間を殺す事件が続発する。犯人に精神病の既往歴はないが、例えば妻と隣人4人を殺して収監された男性の供述は「同じ人間を5回殺した」など、いずれも全く要領を得ないものだった。犯人たちの共通点は、ケーブルテレビをよく見ており多数の録画テープを持っていたこと。モルダーは2ヶ所の現場で全く同じ人物が電柱の分波器に工事をしていたのを目撃し、分波器から謎の装置を発見する。一方スカリーは、真夜中の車内でモルダーがCSマンと談笑し、重要な証拠となるはずのビデオテープを渡してしまう場面を目撃。スカリーの心中には、モルダーが敵と内通しているのではないかという強い疑念が広がっていく。

バーガーショップで発砲事件が発生。重傷者が出るが、その場に居合わせたスミスという男が手をかざすと傷は癒えてしまった。翌日、出勤したスミスはCSマンによって投獄されてしまうが、脱獄しスカリーに保護を求める。一方、モルダーの母はCSマンと口論した後、くも膜下出血で倒れてしまう。

原題の"Talitha Cumi"とは、イエス・キリストが少女を死から蘇らせる際に使った古代アラム語。「少女よ、さあ起きなさい」の意。