右京（水谷豊）がロンドンから帰国した。空港まで迎えに来ていたたまきと仲良く帰ろうとすると、なんと尊（及川光博）も「お迎えに…」とやってきた。たまきを尊に紹介、そのままたまきの車に乗り込もうとした右京だが、たまきに「仲良くしないと」と促され尊の車で送ってもらうことに。右京を助手席にスポーツカーを走らせる尊。途中、右京は一台の車を止めて職務質問をしている白バイを振り返り、ふと疑問を口にする。「あの白バイは警視庁のようでした…」。つまり千葉県で警視庁の警察官が取り締まりをするはずがないという。右京と尊は車を止めると、後からやってきた白バイのナンバーをチェック。そのままパーキングエリアへ入っていく白バイを尾行する。しかし、いくら白バイをさがしても見つからない。パーキングエリアから白バイが忽然と消えてしまったのだ。右京は「徹底的に調べますよ」といい帰国早々捜査に乗り出す。右京と尊の新しいコンビがいよいよ動き出す！

大学時代のジャズ仲間との同窓会旅行のため宿泊予定だった青柳（大浦龍宇一）が旅館に着くと殺人事件と遭遇。被害者は某商社専務・広田。音楽関連への出資を打ち切り、青柳が発行していたジャズ専門誌も廃刊に追い込もうとしていた男だ。殺害動機がある青柳は容疑者として浮上するが、犯行があったころ青柳は別の場所にいるところを右京（水谷豊）と尊（及川光博）に目撃されていた。青柳のアリバイは完璧だが、先に旅館にいたジャズ仲間の黒木（神尾佑）、宇野（増沢望）、渡辺（吉見一豊）の誰かが手を下していたら…。学生時代の４人の仲間の微妙な関係を暴いていく右京と尊。その果てに現れた真実とは？

マンションで男が殺害された。事件に関して主婦から情報が寄せられるが長話を嫌う捜査一課から捜査を任せられてしまう右京（水谷豊）。さっそく尊（及川光博）とその主婦から話を聞くと、主婦は事件直前に緑（草笛光子）という老女に被害者男性の自宅住所を教えていたという。右京は尊に緑をマークさせるが捜査に不慣れのためあっさり見つかってしまう。おまけに緑の自宅に招き入れられてしまい…。一方、右京は半年前のある事故の情報をつかむ。ガーデニング好きで「ミス・グリーン」と親しまれていた緑。その穏やかな微笑みの裏に何かが隠されているのか！？

テレビ局社員の絵美が無人のスタジオで転落死した。別件で来ていた右京（水谷豊）と尊（及川光博）は、総務部の絵美が無人のスタジオにいたことに疑問を抱く。転落死した隣のスタジオで聞き込みを始め、そこで収録中のバラエティ番組に出演していた教授・好田（近藤芳正）を紹介される。大学では目の錯覚を専門にしている好田だが、局に到着したのは絵美が転落死した後。渋滞に巻き込まれて到着が遅れたという完璧アリバイがある。右京と好田の静かなる頭脳戦が始まる！

米沢（六角精児）が見ていた鉄道マニア向けDVDに5年前に自殺した国土建設省の官僚・三島に似た男が映っていた。撮影日は三島の遺体が都内で発見される前日。しかもDVDに映っていたのは東京から60キロも離れた間宮村の駅。疑問を感じた右京（水谷豊）は尊（及川光博）とともに国土建設省へ。三島の同僚・片倉（中村繁之）に三島が発見前日に間宮村に行ってないか確認するが…。三島はなぜ、間宮村に行ったのか？ なぜ翌日に死体となって発見されたのか？真相を求めて右京と尊は間宮駅へと向かう！

郵便局で強盗事件が発生。防犯ビデオに映る犯人の華麗な動きや緊急配備の検問を鮮やかにくぐり抜けたことなどから、近くにある基地関係者による犯行説が浮上する。尊（及川光博）は「プロの犯罪者による犯行」というが、右京（水谷豊）は防犯ビデオから犯人がプロにあるまじきミスを犯していることを指摘。一方で軍事訓練を受けたような身のこなしに着目し、現場近くにあるサバイバルゲームのサークルからメンバーの名簿を手に入れる。その中から右京が目をつけたのは、なんと…!?

年金事務所の係長・藤石がホテルの一室から転落死した。警視庁の上層部は自殺と断定するが、遺体に不審な点を発見した右京（水谷豊）は捜査を開始。翌日、年金事務所の職員に「人殺し！」と詰め寄っていた藤石の婚約者・亜由美（久遠さやか）によると、藤石は亡くなる直前まで亜由美と一緒におり、不正を告発する、会社も辞めると言っていたらしい。右京と尊（及川光博）は、藤石の上司の証言で、この事務所でも５年前まで不正が行われていたことを知る。藤石はその不正を告発しようとして何者かに殺害されたのか？ 右京と尊が年金不正の闇に挑む!!

右京（水谷豊）と尊（及川光博）は駐車場に止まっている不審な路線バスを発見する。調べると、運転手もいなければ、乗客もいない。一体何が起きたのか？ やがて運転手、乗客の命と引き換えに1億円を要求する脅迫状がバス会社に届く。難を逃れた乗客の一人、恵（中川安奈）によると、犯人は客を装っていた上条（平野貴大）という男で、運転手の中島（松田洋治）と乗客をどこかへ連れ去ったという。単なるバスジャックにしては不自然な点も多い。右京と尊が不可思議な誘拐事件からあぶり出した驚愕の真実とは？

刑務所を仮出所した山部という男が出所翌日に失踪。山部は数年前に覚せい剤を所持し、一緒にいた村上と逮捕され刑期満了間近だった。模範囚だった山部は身寄りもなかったが、なぜか共犯だった村上の同棲相手・美代子（井上和香）という女性がたびたび山部に面会に来ていた。右京（水谷豊）と尊（及川光博）は美代子に山部に面会した理由を聞くが、歯切れが悪い。美代子は何かを隠していると直感した右京。やがて山部の行方が明らかになり…。２人の男と一人の女。失踪がもたらした意外な真相とは？

京都で呉服店を経営する高村の遺体が東京で発見された。手には謎の4桁の数字が羅列された紙の切れ端が握られていた。高村は死の直前、都内のホテルに電話をかけていたことが判明。右京（水谷豊）と尊（及川光博）がそのホテルを訪ねると、偶然にも尊は学生時代の恋人・唯子（檀れい）と再会する。ぎこちなく言葉を交わして別れる2人だが、なぜかその唯子に不審な行動が見られ、さらには高村が最後にかけた電話と唯子につながりがあることがわかる。さっそく右京と尊は唯子から話を聞こうとする。しかし、唯子は男たちに守られ、ホテルから逃げるように姿を消してしまう。なぜ唯子は警察から逃げるのか？ 唯子は高村の死となにか関係しているのだろうか。元恋人の不穏な動きに心穏やかでない尊だが、右京は嫌疑対象であることは間違いないと指摘。また右京は生前の高村の行動などから高村が千利休を信奉する歴史マニアであると推理。刑事部長から強引に与えられた休暇を利用して右京と尊が京都へと向かう！事件の真相と420年前の千利休の謎。東京での殺人事件をきっかけに右京と尊が京都を舞台に不可解な事件に挑む！

とある家から発見された古い盗聴器。その家は16年前の少女失踪事件の被害者宅であった。少女は今も見つかっていない。右京（水谷豊）と尊（及川光博）は事件を再び洗い直すことに。当時14歳の遥は友人と会うため、自宅を出たまま忽然と姿を消した。盗聴器の発見により、その犯人が事前に彼女の行動を探っていたのではないか？右京と尊は当時遥と同居していた叔母・涼子（黒田福美）に話を聞くのだが、16年前の事件に触れたくない様子。16年前に一体何があったのか？ さらに同じ手口の事件が再び起こる！

銀座のホステス・まどか（小嶺麗奈）の他殺体が発見され、携帯電話の通信記録から尊（及川光博）の名前が見つかった。尊はまどかの店に警察庁時代に上司に連れて行かれただけだという。事実、まどかの店は警視庁・警察庁の幹部クラスが数多く出入りしていた。右京（水谷豊）はまどかの所持品の中にテレフォンカードを見つけ不審を抱く。なぜ今どき？ さらに、まどかの化粧ポーチからUSBメモリーが見つかり、警視庁と警察庁を揺るがす事態へと発展していく…。

人気マジシャンのミスターアキこと秋川（中村有志）の弟子・澤田がアキのマジックの本番中、照明用の足場から転落死した。秋川の妻・香奈恵（クノ真季子）によると、澤田は秋川のマジックの段取りをしていたという。その香奈恵は澤田の本名が田中であることをなぜか知らなかったらしい。客席で秋川のマジックを観ていた右京（水谷豊）はさっそく現場検証、いくつかの不審な点を発見する。さらに尊（及川光博）と秋川の自宅で田中の部屋を調べていると1枚カードが足りないトランプと不思議なボールペンを発見した。田中の死に隠された複雑な事情を右京らが暴く！

盲腸で入院したたまきを見舞った右京（水谷豊）と尊（及川光博）は、同じ病室に入院していた６歳の七海（石井萌々果）と知り合う。不審な男に追いかけられ逃げる途中ケガをしたらしい。七海はその不審な男を代議士の江嶋（田中哲司）だというのだが…。 右京らが早速その現場に行ってみると近くでジャーナリストの安田（竹本孝之）の事務所の捜索が行われていた。安田が遺体となって発見されたためだ。しかも安田は江嶋の盟友であることが判明する。 少女が追いかけられた事件と安田の死に、何か関係があるのか！？ 右京と尊が政治家の野望に潜む闇に挑む！

捜査一課の伊丹刑事（川原和久）が店でラーメンを食べていると突然隣の客がもがき倒れた！毒物が仕込まれていたと分るが、右京（水谷豊）の推理によれば、どうやら狙われたのは伊丹のようだ。右京は尊（及川光博）とともに伊丹を警護することに。伊丹は10年前のある殺人事件が原因ではないかと思い出す。当時、強引な取り調べをした伊丹は容疑者たちに恨まれている可能性もある。捜査一課イチ熱い伊丹が右京らの警護も振り切り勝手に動き出すが…。10年の時を経て目の当たりにした真実とは？

大学の農学部の倉庫が大爆発し、心理学科の曽田准教授が爆死した。偶然大学を訪れていた右京（水谷豊）と尊（及川光博）は現場を目の当たりにし、捜査を開始する。原因はLPガスのボンベからガスが漏れて充満。そこにタバコを吸おうと入ってきた曽田がライターに火をつけたらしい。なぜ心理学科の准教授が農学部の倉庫にいたのか？曽田の上司・鶴見教授は教授の座を曽田か、もう一人の准教授・槙子（鳥居かほり）に譲るか迷っていたという。さらにガスボンベのバルブが何者かによって緩められていた可能性も出てきた。曽田と教授の座を狙い争う槙子が事故に見せかけて殺害したのか!? が、曽田のデスクから高性能のカメラが発見され、そこには意外な二人と思いがけない瞬間が写っていた！ 右京と尊が深層心理にかかわる事実を明らかにする！

山中で初老の男性の他殺体が発見された。捜査は難航するかと思われたが、意外にも捜索願が出されていたことから被害者は西島と判明。右京（水谷豊）が風邪をひいていることを知った伊丹ら捜査一課は、捜査を邪魔されなくていい、と嬉々として聞き込みをする。西島と同じアパートに住むジュン（東風万智子）が怪しい。伊丹の直感で再度の事情聴取に行くと、ジュンは意外にもあっさりと犯行を自供する。共犯の戸倉（滝直希）も逮捕、鼻高々の伊丹だったが、右京と尊（及川光博）はなぜか２人で微笑み合う。実は事件解決の裏には伊丹らが知る由もない顛末があった。自供の裏で起こっていたもう一つの事件とは！？

帝都物産の電子通信部設計係長の早乙女が本社ビルから転落死した。事故か自殺の可能性が高いが、遺書は見当たらない。伊丹（川原和久）らは監視カメラの映像から早乙女が転落した直後に急発進した白いセダンの所有者を追う。セダンの持ち主は首都警備保障の岩井という男だとわかった。早乙女など知らないという岩井に納得がいかない伊丹らだが、警察庁から首都警備保障に天下りした宇田川（清水章吾）に圧力をかけられ手も足も出なくなってしまう。そのころ、右京（水谷豊）を監視しろという半年前の警視庁からの命令に疑問を感じ始めていた尊（及川光博）は、大河内（神保悟志）からスピードカメラ（自動速度違反取締装置）の誤作動が急増している事実を知らされる。尊は警察庁警備局時代の部下の香（水野美紀）と接触。自分が進めていたあるプロジェクトはどうなっているのかと尋ねるが、香は部外者には話せないと口を閉ざす。そのプロジェクトとは…？右京は、岩井と早乙女が接触している映像を発見。やはり岩井は早乙女の死に関係があるのか…。スピードカメラの誤作動と警察庁警備局、そして早乙女の死を結びつけるものとは？ 右京と尊が巨大組織の暗部に挑む。神戸尊が特命係に異動になった本当の理由がついに明らかになる！