新宿南署の速水巡査部長（重松収）が何者かに射殺された。容疑者として2年前、銃刀法違反で速水に逮捕されていた塚原（小沢和義）が浮上。当初は犯行を否認していたが、厳しい取調べについに自供。証言どおり凶器の銃も発見され、裁判では裁判員制度が試験的に導入されることになった。三雲裁判官（石橋凌）のもと裁判が始まるが、塚原は一転して犯行を否認。裁判員の赤川（藤田宗久）は塚原に厳しい口調で質問、塚原の恋人・静香（有沢妃呂子）が傍聴席から大声で否定するという場面も。 翌日、その赤川の遺体が発見された。静香が疑われるが、現場に残された足跡が静香のものとは一致せず釈放される。裁判は新たな裁判員で再開されるが、右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は小野田（岸部一徳）の依頼で彼らの警護を担当することに。

人気ミステリ作家・蓬城静流（荻野目慶子）の夫・田橋（江藤潤）の遺体が発見された。遺書が残されており自殺と見られたが、拳銃に不自然な細工があったこと、クッションと百科事典が一冊現場から消えていたことなどから、右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は他殺の可能性を探り始める。 夫の自殺にもなぜか冷静な静流。最近では新作も発表されず、スランプという噂も流れていたとか。田橋の妹の話では、静流は田橋を小間使いのようにこき使っており、夫婦仲も良くなかったとか。が、美和子（鈴木砂羽）によると、年に1回は必ず2人で温泉に行くなどオシドリ夫婦のように見えたという。

タクシー運転手の八嶋（斎藤歩）がおびただしい血痕を残したまま、タクシーから姿を消した。どうやら何者かに殺害されたらしい。酔っ払って路上で寝ていたところを薫（寺脇康文）に助けられた丸田（大河内浩）が容疑者として拘束される。丸田は行きつけのバーで酒を飲んだ後、八嶋が運転するタクシーで帰宅したらしい。 右京（水谷豊）と薫は、丸田がホステスの美紀（遠山景織子）からストーカー被害の相談を持ちかけられていたことをつかむ。

画家の立花（長谷川初範）のアトリエで、絵のモデルの妙子（秋山実希）の遺体が発見された。階段から転落死したようだが、立花は部屋で絵を描いていたので気づかなかったと言う。が、妙子には階段から落ちただけでは出来るはずがない傷が。右京（水谷豊）は、階段から落ちた妙子が階段下に置かれた甲冑を倒し、その甲冑の盾によってついた傷だと推理する。甲冑が倒れたのなら、その音で妙子が階段から落ちたことがわかったはず。薫（寺脇康文）による実験でそれが証明された立花は、証言を翻し、モデル料のことが原因でもみ合いになり、妙子が足を踏み外したのだと主張する。

人気ロックバンドのリーダー・丹野（松田悟志）がギターの第5弦で絞殺された。バンドのマネージャーの三原（猪野学）から、丹野が最近夏生（前田亜季）という女子大生と付き合っていたことを聞いた右京と薫はその夏生を訪ねるが、彼女は5弦を取り出しあっさりと犯行を自供する。 女好きの丹野に自分は遊ばれていただけ…。思わずカッとなって丹野を殺害したという夏生だが、部屋の鍵を閉めて帰ったり、凶器の弦をきれいにふき取るなど衝動殺人にしては冷静過ぎる。しかも丹野は婚約指輪を用意するほど、夏生を真剣に想っていたらしい。

美和子（鈴木砂羽）の初めての単行本を担当していた編集者の勝村（大鷹明良）が何者かに殺害された。勝村の指先が赤く汚れているが、美和子によると原稿の書き込みに赤ペンのインクが付いたのでは、という。 勝村の同僚よると、勝村は人気作家の庄司タケル（村上淳）ともめていたという。庄司は勝村の胸ぐらをつかみ、「殺すぞ」とまで言ったとか。庄司の担当編集者の日高（吉見一豊）は、勝村は自分が認めない相手には誰彼かまわず食ってかかっていたという。

大内機械工業に、同社の敷地に爆弾を仕掛けた、爆発されたくなければ20億円を用意しろ、という脅迫電話が入った。犯人の予告通り“デモンストレーション”として備品倉庫が爆破され、清掃係の女性が重傷を負う。 犯人は「正義の名のもとに大内機械工業に罰を与える」といった声明文をマスコミに送付。同社の大内社長（藤堂新二）はかなりのワンマンと評判なだけに敵も多い。それにしても「正義」とは何なのか？右京（水谷豊）は首をかしげる。

スナックのアルバイト店員・陽子（村井美樹）の他殺体が発見された。彼女のアルバイト先のスナック『椿』でも店主の友章（桐本琢也）が殺され、妻の美穂（寺田千穂）が犯行を自供。しかし、裁判になると美穂は自白を翻し、無罪を主張していた。 事件当時の記事では、友章の死亡時刻に美穂が父親の博（小沢象）と電話で話していたことがアリバイになると思われたが、携帯電話だったためアリバイにはならなかった。仮に美穂が犯人なら夫の遺体を前に電話をしていたことになる。そんな状況で何を話していたのか？

左翼過激派・新井田（川本淳市）が爆弾マニア・塚原（崔哲浩）とのアミューズメントパークでの取引に失敗。爆弾が爆発する事件が発生した。その取引で塚原に渡るはずの金を奪った根元（柏原収史）を、右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は札幌まで護送することになる。根元は公判中の事件の重要証人だった。 豪華寝台特急カシオペアに乗り込んだ右京らは、一人旅の公江（長山藍子）、人気モデルのライナ（松永京子）と友人の国子（平岩紙）、どこかギクシャクした感のある安藤（永島敏行）と妻の仁奈子（山本みどり）、息子・博貴（浅利陽介）の一家、増田という男（木下政治）と無愛想な男（森本亮治）、津島（江原修）と名乗るクラブ経営者らと出会う。津島はライナらに「切手もあるので部屋へ」と誘うなど、なにやら複雑な人間模様を見せ始める。

かつて右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）に殺人未遂で逮捕された“ついてない女”幸子（鈴木杏樹）が刑務所から脱獄した。すっかり更生した幸子は、あと1年半で出所したら服飾の仕事がしたいと右京らに手紙を送ってきていたのに。健康診断で異状が見つかった幸子は春麗（MEGUMI）という囚人と医療刑務所に送られることになったが、その途中、春麗の仲間らしき男たちが護送車を急襲。実は幸子は春麗脱獄に巻き込まれただけだった。

護送車襲撃は元・城代金融の向島（正城慎太郎）が幸子（鈴木杏樹）への復讐のため仕掛けた罠だった。右京（水谷豊）らは向島らのアジトを探し出そうとするが、幸子は春麗（MEGUMI）の機転で向島らのもとを脱出。奪った拳銃を手に2人で逃亡を続ける。 捜査一課もアジトを発見、向島らを拘束するが、その連絡を受けた右京はふと疑問を口にする。資金力のない向島に今回のような事件を起こせるとは思えない。もしかして向島らを操る黒幕が別にいるのでは…。右京らは戸崎刑務官（久世星佳）をそれとなく締め上げ、犯人と通じていたことを引き出すと、彼女がゴッドという黒幕の命令で動いていたことを知る。

薫（寺脇康文）と親しいゲイバーのママ・ヒロコ（深沢敦）の愛犬マリリンがいなくなってしまった。ヒロコに泣きつかれた薫は、公園で一緒にマリリンを探すが、偶然そこで福光（近藤大介）の刺殺体を発見してしまう。携帯電話が奪われており、これまで2件発生していた携帯電話だけを奪っていく殺人犯と同一人物による犯行の可能性が高い。 翌日には稲垣（北村栄基）という男が自宅マンションから転落死。近くから例の殺人事件の被害者のものと思われる携帯電話が発見され、犯人らしい人物から「俺を探しても無駄だ」と電話が入る。

有名なウイスキー評論家の勝谷（伊藤高）が何者かに殺害された。現場には「PAIRTICHE（パーチー）」「1970」という高級スコッチが残され、勝谷がそのスコッチをオンザロックで飲んだらしいことがわかる。しかし、このスコッチに氷を入れてはせっかくのシェリーの香りが台無しだ。勝谷ほどウイスキーに精通した人間がそんな飲み方をするだろうか。ということは、ウイスキーに疎い犯人が偽装工作を行った？ しかし、同時にウイスキーに詳しい犯人が、わざと疎い人間であるかのように装った可能性もある。右京（水谷豊）は不審を抱くが、薫（寺脇康文）は氷を入れたのは勝谷の趣味かも、と疑問を。そこで右京らは勝谷のなじみの店で勝谷の酒の飲み方を調べることにする。

ダンボール箱に仕掛けた爆弾を遠隔操作で爆発させる連続爆弾事件が発生。その犯人が今度はコンビニに置かれたダンボール箱に爆弾を仕掛けた！ 犯人はコンビニ店員の佐藤（近藤公園）に電話をかけ、客を人質にとるよう指示。偶然居合わせた薫（寺脇康文）も人質となってしまう。 現場に駆けつけた右京（水谷豊）は、鑑識の米沢（六角精児）から、犯人は半径1km圏内でしか操作できない受信機を使用していることを知らされる。ということは、犯人はコンビニから半径1km以内にいるということか。

外務省の外交費不正流用が明るみになる中、外務省職員の草葉（奥田達士）がビルの非常階段から転落死した。草葉は15時に現場ビルで何者かと待ち合わせをしていたらしい。さらに不正流用問題で矢面に立たされている山浦事務次官（堀内正美）の子飼いの部下であることがわかった。 右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は山浦から話を聞くが、山浦は外交費の不正流用などない、と強く言い切る。その言葉は、衆議院議員の雛子（木村佳乃）への非難ともとれるのだが…。

美和子（鈴木砂羽）がスキーで足を負傷、動けなくなってしまった。さぞや不便をしているのではないか、と右京（水谷豊）とたまきは料理を持って亀山家を訪ねる。 マンションの前で薫（寺脇康文）と出会った右京とたまきは、亀山家の一つ上の階に住む主婦・白鳥寿々美（中島知子）を紹介される。どうやら薫は寿々美にも右京のことをしゃべっているらしい。それぞれの部屋へ向かう途中、4人の話題は犯罪の検挙率に。およそ30％という低さに驚く寿々美。が、右京は殺人事件については約96％で、人殺しはほぼ間違いなく捕まっているとクギを刺すように付け加える。

右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、調布のマンションでの殺人事件への捜査協力を求めるビラを手に入れる。が、調べてみたものの、警視庁のデータベースにそんな事件は存在しない。ビラを配っていた男性＝中津留（山本亘）によると、娘の順子がマンションの自室でストーカーに殺害されたのだと言う。しかし、所轄署の熊沢刑事（上杉祥三）の判断は急性心不全による病死だった。それで警視庁のデータベースになかったらしい。

死刑囚の錦貴文（久松信美）が獄中で死亡した。右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は病死であることを証明するための解剖に立ち合うが、右京は貴文の刑が19年間も執行されなかったことに疑問を抱く。 25年前、解雇されたことを恨み、元上司の妻を包丁で刺すと家に火を放ち娘をも殺害した貴文。無罪を主張したが、いくつかの証拠が決め手となり死刑が確定していた。 しかし、一方で貴文を無罪と信じる弁護士・茂手木（ベンガル）は再審を請求していたが棄却されていた。 右京は当時の裁判官の生き残り、あの三雲判事（石橋凌）から事情を聞くが、三雲は正式な捜査でなければ、と多くを語ろうとしない。