元検事で“平成の切り裂きジャック”とあだ名された死刑囚・浅倉（生瀬勝久）が脱獄。薫（寺脇康文）に連絡をとってきた。特命係時代、右京（水谷豊）とともに浅倉の正体を暴き、逮捕へと追い込んだ薫。「いったい何を考えているんだ!?」と、美和子（鈴木砂羽）とともに浅倉が隠れている場所へと駆けつけた薫は、浅倉に怒りをぶつける。そんな薫に浅倉は、右京の手で小暮ひとみ（須藤理彩）という女性を殺人容疑で逮捕して欲しいという。浅倉は数年前、とある薬科大学で発生した教授殺人事件の容疑者として取り調べたことがあったが、証拠不十分で釈放。事件はそのまま迷宮入りしたが、浅倉によるとひとみからは自分と同じ殺人犯の匂いがしたという。浅倉は薫に念を押すと再び連行されていく。

右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）の追及に犯行を自供したひとみ（須藤理彩）が、直後に服毒自殺を図った。幸い一命を取り留めたが、勝手な捜査でひとみを追い詰めたと判断された右京らは処分が下るまで謹慎するよう命じられる。「謹慎か…」。さすがの薫も肩を落とすが、なぜか右京は闘志満々。「売られた喧嘩は買います、そして必ず勝ちます」。右京は命令を無視し、ひとみにお詫びと言いながら花束を手渡す。しかしそれは新たなる宣戦布告だった…。

右京（水谷豊）、薫（寺脇康文）、たまきは、美和子（鈴木砂羽）がどうしても来てみたかった、という山中のレストランで食事を。世界的なグルメガイドで唯一日本のレストランで三ツ星の評価を受けた高級店だ。味にはうるさい右京もさすがに感心しきり。が、薫は黙々と食べるだけで美和子は不快感を露にして…。 そのとき男女2人ずつの客が店へやってきた。なにやら生け花の流派・黛流の次期家元をめぐって言い争っている。しかし、その中のひとりの男は、自分が次期家元の候補に上がっているにも関わらず会話に参加するどころか、最低のマナーを見せつける。とても生け花という感じではないが…。 そんなときシェフの庚塚（大高洋夫）が、雨が激しくなりレストランへの道が土砂崩れで使えなくなってしまったと伝えに来る。店の計らいで一晩店の施設に泊まることになるが、携帯電話も通じないため、黛流の4人は電話をかけるためか、一人ずつ席を立っていく。

雑誌記者の有賀（村上靖尚）が何者かに狙撃され死亡した。狙撃された場所は推測できたものの、なぜか硝煙反応が出てこず特定できない。しかも、体内に残っているはずの弾丸も発見されず、銃弾の線状痕を調べることもできない。銃で撃たれたことは間違いないのに、銃の特定もできない。誰がそんな魔法のような銃を使ったのか…？ 鑑識課の米沢（六角精児）からこの事件の情報を得た右京（水谷豊）は改造銃にくわしい苫篠（下條アトム）に会いに行く。小さな町工場を経営している苫篠は、右京の突然の来訪に不快感を露にする。

ある日曜日の夕方。不眠に悩まされる右京（水谷豊）は、予約を入れたメンタルクリニックの扉をノックした。しかし診察室からの応答がない。そっと扉を開くと、ドアは内側からガムテープで目張りされ、室内からは鼻を刺す亜硫酸ガスの異臭が…。 そのころ薫（寺脇康文）は同棲相手の美和子（鈴木砂羽）とお見合いパーティーに参加していた。参加者が足りないためのサクラ、とは半分言い訳、実は美和子がお見合いパーティーに参加することを心配しているようだ。と、そこにはなんと捜査一課の伊丹刑事（川原和久）の姿が。どうやらマジで参加しているらしい。斎東リカ（加藤貴子）と七森雅美（中島ひろ子）という女性と話をしている伊丹にさっそく近寄っておちょくる薫。そしてパーティー会場ではくじ引きでペアを組みカップルを作るというイベントが。薫は暗い感じの大人しい雅美とペアに、伊丹はなんと美和子とペアになってしまい不機嫌になる。

小野田官房長（岸部一徳）の同級生で人気犯罪小説家の菅原英人（大杉漣）の自宅に、脅迫状と切断された人間の指が送りつけられるという事件が発生した。前日、ラジオで「誰かに命を狙われてみたい」などと不用意な発言をしたことが原因らしい。小野田からの依頼を受けた右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は事件を担当することになる。 自宅を訪ねた右京と薫は、命を狙われているかもしれないというのに不遜な態度をとる英人に出迎えられる。そんな英人を心配して小野田に相談したのは妻の珠江（結城しのぶ）のようだった。何事にも図々しい英人と違い、珠江は「主人がご迷惑をおかけします」としきりに頭を下げる。

薫（寺脇康文）のもとに真子（宮沢美保）が久しぶりにやってきた。 「私…、あの人と別れようと思って…」 思いつめたような表情でそういう真子は、以前薫がヤミ金融で悪事を働いていたところを逮捕した栄一（マギー）と結婚。真子は改心した栄一と北海道の実家で農業を手伝っていた。が、真子によると栄一は半年前に友人と事業をやるからと上京してしまったという。しかし栄一は予想通り事業に失敗。またヤミ金の世界に舞い戻ったらしい。未練を残しながらも別れる、という真子を、薫は「あいつの目を見て確かめるから」と、思いとどまるよう説得する。

大企業・神田グループのトップ、神田喜一（中原丈雄）が人を殺したと自ら通報してきた。酔っていたため記憶ははっきりとしないが、庶民的な飲み屋が並ぶ人生横丁で行きずりの男をビール瓶で殴り殺してしまったという。 しかし神田ともあろう人間が庶民的な人生横丁などで酒を飲むのだろうか。不審を抱いた右京（水谷豊）は、薫（寺脇康文）とさっそく聞き込みを始める。が、どの店にも神田がやってきたという形跡はない。神田の妻・礼子（五十嵐五十鈴）の話では神田が家を出たのが深夜1時ごろ。自宅から人生横丁まで車で1時間はかかるが、人生横丁の店は遅くても深夜2時には閉まってしまう。

ある夜、薫（寺脇康文）は子供を脇に自動販売機の前で這いつくばっている男を見つける。まさか自販機荒らしか!?薫がその男から事情を聞くと、息子がジュースを買おうとしてお金を自販機の下に落としただけだという。それなら、と一緒に自販機を持ち上げると、下からは単なる硬貨ではなく金貨が。意外な展開に驚く薫をよそに、男は「あった！」と金貨を掴むとすばやく走り去っていってしまった…。 薫はなんとか走り去った男・小田島（入江雅人）を捕まえ、息子の雅彦（須賀健太）とともに近くの交番へと連れて行き、事情聴取をする。「自分のコレクションだ」と繰り返す小田島をよそに、薫は自分のカメラ付き携帯電話で金貨の写真を撮り、右京（水谷豊）の携帯電話に送信。その価値を見てもらう。

とある個人経営の外科病院で手術中に患者が死亡するという騒動が起きた。執刀医の手術ミスという噂も聞かれたが、死んだのは執刀した青木周作医師（鶴見辰吾）の実の父・征十郎（梅野泰靖）。これでは訴訟にもならず事件にはなりそうにないが、なぜか右京（水谷豊）は興味を示す…。 周作を取材しようとして断られた美和子（鈴木砂羽）のもとに、周作の病院に勤める外科医・小林（坂上忍）から電話が入る。小林は迷った挙句、征十郎の死は周作による手術ミスが原因だと言い切る。小林によると征十郎の死因は、周作が動脈を傷つけたことによる出血多量。

衆議院議員・蜷川輝政（十貫寺梅軒）の変死体が産廃処理場から発見された。遺体は両手、両足など5つに切断された上にまっ黒焦げ。鑑識の米沢（六角精児）から写真を見せられた薫（寺脇康文）は思わず目をそむけるが、右京（水谷豊）は冷静に分析し始め、さまざまな角度から撮られた写真を見つめる。 どうやら政治家の汚職を常に追及していた蜷川は、かつて暴力団に襲われて重傷を負ったこともあるらしい。今回も事件が明るみになってまずい関係者による謀殺という見方が有力なようだ。しかし、右京は蜷川の遺体そのものに疑問を抱く。

小学生の瑠奈（久保結季）が学校からの帰宅途中に姿を消した。しかし、瑠奈の自宅には電話一本入らず、営利目的の誘拐ではなさそうだ。さらに瑠奈が通っていた道々には、まるで暗号のように瑠奈が身につけていたと思われるものが残されていた。理髪店の看板に帽子、倉庫の扉の取っ手にマフラー、小さな祠の稲荷像の頭に手袋、パチンコ屋の店先の花輪にサスペンダー、絵画教室の生徒募集ポスターの上に靴下…。単なるイタズラか、それとも何かのメッセージか。改めて一つ一つを検証した右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）もただ首をかしげるばかり…。

久々の記録的な寒波に襲われた東京で会社員の池永という男の凍死体が発見された。都内では凍死者が続出していたが、池永の遺体は心臓まで凍りついていたという。鑑識の米沢からそんな話を聞いた右京（水谷豊）は興味を示す…。 調べを進めると、都内で発見された9件の凍死者のうち、心臓が凍っていたのは池永のみだったということが判明する。薫も首をかしげるが、捜査一課では事件性はないと判断。右京らはまたも独自で調べを始めるが、既に池永の財布を盗んだという男が拘束されていた。

ある日、美和子と待ち合わせていた薫（寺脇康文）は、男から金をもらってホテルへ行こうとする女性を拘束した。その女性は北海道警が売春と売春斡旋で逮捕、公判を前に逃亡していた沙雪という女性だった。偶然とはいえ札幌地検へ沙雪を送り届けることになった薫。右京（水谷豊）の許可をもらい、周囲から嫌味を言われつつも無事札幌へとやってくる。

加茂内に情報を流していたのは北川刑事だった。その北川は加茂内を殺し、真相を知ってしまった美濃部も殺害。さらに沙雪に接近したところを、右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）が無事逮捕にこぎつけた。そのとき沙雪を守るように例の50過ぎの男が姿を現した。北川が放った銃弾で傷ついた男は工藤といい、「私は人を殺しました」という言葉を残し病院から姿を消してしまう。 工藤とは一体何者なのか。右京らは病室に残された「みどり」というマッチを手がかりに、その店を訪ねる。するとその店は小樽にある沙雪の母・みどりが営む小料理屋だったことがわかる。

都内各地で次々と子供たちが誘拐される事件が発生した。大規模なテロか!?警視庁も人手が足りなくなり、普段は仕事など回ってこない特命係の右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）も駆り出されることになる。 事件は15人もの子供たちが誘拐されるまでに発展し、右京と薫は事件に巻き込まれた児童養護施設を訪れる。施設は学園長のちとせと副園長の則彦夫妻が経営しており、誘拐された純平君はちとせ夫妻の実子ではなく、施設に預けられた子供だった。そんな純平と同じような境遇の子供たちが心配そうに右京らを見つめている。犯人から要求された身代金は1億円。ちとせは警察の準備金に頼ろうとするが、数が数だけに手配できるかどうかわからない…。

警視庁警務部勤務の湊とOLの里香の心中と思われる遺体が発見された。小指と小指を靴紐で結び、かみそりで頚動脈を切っていた。妻のある湊にとって里香は不倫相手。しかも無理心中とあっては警察にとって大スキャンダルになってしまう。上層部は心中ということで細かいことには目をつぶろうとする。 そんな中、湊の上司だった大河内が特命係にやってきた。「湊が女と心中するとは思えない」という大河内は、右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）に調べて欲しいという。断れば聴聞会にかけられる可能性もある。右京らは大河内の依頼を引き受けることにする。

ある休日。薫（寺脇康文）は右京（水谷豊）に呼び出され、弁護士の桐本・雅江夫妻が飼っている愛犬・ラブの誘拐事件を捜査することに。嘆き悲しむ雅江から事情を聞くと、200万円の身代金を要求する手紙まで舞い込んだという。手紙で指定された時間に身代金の受け渡し場所へと向った雅江だが、待てど暮らせど犯人からの接触はない。しびれを切らした右京らは雅江の夫・桐本を訪ねる。

オカマバーのママ・ヒロコが思いを寄せていた青年実業家・坪井を歩道橋から突き落とした容疑で拘束された。しかし、ヒロコは坪井の後をつけたことは認めたものの、歩道橋から突き落としたのは別の女性だと証言。薫（寺脇康文）に助けを求める。が、状況的にヒロコは不利。そんな中、右京（水谷豊）はヒロコの証言をもとに女性の似顔絵を作らせると、その女性が坪井との間で仕事上のトラブルに巻き込まれていた留奈であることを突き止める。

死刑判決を受けながら脱獄していた薫（寺脇康文）の友人で、“平成の切り裂きジャック”こと浅倉が、ホームレスとなっているところを拘束された。騒ぎを聞きつけた薫は浅倉と対面するが、まるで薫のことなど記憶にない。心因性の記憶喪失では仕方がない。自らが犯した過去の罪もすべて忘れてしまった浅倉に、薫はやり場のない怒りを抱え込む。 最高検察庁次長検事の千登勢は、浅倉に対して1日も早い刑の執行をと画策するが、肝心の瀬戸内法務大臣が死刑執行命令にサインしようとしない。苛立つ千登勢は瀬戸内に直談判するが…。