春。交通機動隊の白バイ警官・出雲麗音（篠原ゆき子）が何者かに銃撃された。警視庁は総力を挙げて犯人を捜すが、夏になっても手掛かりさえ掴めない。そんな中、右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、回復した麗音に事情を尋ねるが、警戒され話を聞き出せなかった。秋を迎えたころ、麗音が捜査一課に異動してくる。異動の背景には、最近、庁内での女性の立場向上を目指す広報課長・美彌子（仲間由紀恵）の働き掛けがあったと噂されていた。どうやら、上層部に異動を承諾させる条件として、「特命係に事件を解決させる」と約束したらしい。右京は、そうした経緯に不満を持ったが、亘とともに改めて捜査に乗り出す。そんな中、男性が転落死する事件が発生。調べると男性が生前、暴力団員相手に白バイ警官の銃撃をほのめかしていたことが判明する。恋人の静（日南響子）によると、男性はVRの世界に構築された“仮想国家”に傾倒していたという。関連を疑った特命係は、仮想国家を築き上げたIT長者・加西周明（石丸幹二）から事情を聞こうと動き出すが…!?

白バイ警官・出雲麗音（篠原ゆき子）が銃撃された事件への関与を疑われていた男の所持品から拳銃が見つかり、被疑者死亡のまま送検されることになった。ただ、男の恋人だった静 (日南響子) の不自然な行動に疑問を持った右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は捜査を続行。彼女もまた、VRの世界に作られた仮想国家『ネオ・ジパング』の“国民”であったことを突き止める。その中にこそ、手掛かりがあると踏んだ2人は、再びVRの世界に入り込み、小さな疑問点を見つける。その発見を、『ネオ・ジパング』の生みの親であるIT長者・加西（石丸幹二）にぶつけるが、のらりくらりとかわされてしまう。しかし、加西がVR内で行っていた、数億円もの大金をプレゼントするという企画に話が及ぶと突然、風向きが変わって…!?

詐欺などの経済事件を扱う捜査二課の係長・尾崎（及川いぞう）が、遺体で発見された。同僚の刑事いわく、尾崎が追っていた詐欺グループの仕業に違いないという。独自の捜査に乗り出した右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、尾崎が死の直前にしていた不自然な買い物に着目。実演販売士の酒井（山本浩司）から話を聞く。しかし、酒井は口達者な食えない男で、これといった手掛かりは得られなかった。いっぽう、捜査本部では、尾崎の追っていた組織は、3年前も同様の手口で犯行を重ねていたグループだとあたりをつけていた。当時、その組織には、尾崎の情報屋を殺害した疑いが浮上したものの、証拠不十分で罪に問えなかったという。殺人事件は自分たちの管轄だと主張する一課と、一連の事件に因縁がある二課が激しく対立する中、右京と亘は酒井と尾崎の意外な繋がりに気付く。

右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、小手鞠（森口瑤子）から、後輩の芸者・叶笑（高梨臨）を『怨憎会苦（おんぞうえく）』から救ってほしいと頼まれる。怨憎会苦とは、仏教用語で怨み憎む相手にも会わなければならない苦しみのこと。事情を聞くと、叶笑は芸者見習いだった15年前、暴行未遂事件にあったというが、最近その犯人が出所。周囲をうろついているので、目的を探ってほしいという。ところが、その男が一昨日、かんざしで首を一突きされ、殺害されていたことが判明。また、男の勤め先が、叶笑の得意客・吉岡（窪塚俊介）が社長を務める会社だったことが分かる。そんな中、凶器のかんざしから叶笑の指紋が検出され、取り調べを受けることに。いっぽう、独自の捜査を続けていた右京と亘は、15年前の暴行未遂の現場付近で、別の窃盗事件が発生していたことを知る。

右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、収賄疑惑が持たれた衆議院議員の白河達也（湯江タケユキ）が、自宅にゴミをまかれた“嫌がらせ”の捜査を押しつけられる。白河家は、大臣を輩出した政治家一族で、長年実権を握っているのは、達也の義理の母・貴代（冨士眞奈美）だった。貴代には、24年前、夫が収賄疑惑のさなかに自ら命を絶った過去があり、当時二課だった右京が、捜査を担当していたという因縁が。そんな中、達也の息子が誘拐されかける事件が発生。“告発者X”を名乗る人物から、達也宛に『会見を開き、罪を告白しなければ、家族を殺す』という脅迫文がもたらされた。Xとは、収賄疑惑を報じた日刊誌の情報源で、取材したのは、特命係と繋がりのある元検事の黒崎（内田裕也）だった。黒崎いわく、達也は白河家の婿という窮屈な立場を飛び出し、対立派閥に入るため、金が必要だったのではないかという。その後、Xの要求通り、会見を開いた達也だったが、衆人環視の中で予想外の発言を始める。

マンションの敷地内で電子部品メーカーに勤める派遣社員の男性が死亡する事件が発生。通報者は、出張風俗店のドライバーで、たまたまマンションに店の女性を送り届けたという松野（橋本じゅん）と名乗る男性。松野によると、被害者と首筋にドクロのタトゥーがある金髪の男が揉めていて、「鈴木」と呼ばれた金髪の男が鞄を奪って逃げ去るのを目撃したという。捜査一課は、被害者の勤務先をかんがみて“機密情報”に絡んだ殺人事件とにらんで捜査を進める。いっぽう、独自の捜査に乗り出した右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、松野の目撃証言に不審なものを感じ、関係者に事情を聞く。すると問題の夜、松野が仕事を休んでいたことが判明。亘が厳しく追及するが、元劇団員だという松野は、突然シェイクスピアの芝居を演じ始めるなどして煙に巻く。そんな中、一課はドクロのタトゥーがある半グレ上がりの鈴木という男を逮捕。男は、被害者から闇金の借金を回収していたことを認めるが…!?

2年前に起きたアポ電強盗殺人の被疑者が、空き家の床下から白骨遺体で発見された。捜査一課は、当時、事件を解決できなかったことに忸怩たる思いもあり、共犯者との仲間割れの線で、全容解明に乗り出す。そんな中、2年前に妊婦が階段から転落死した事件について、別件で事情聴取を受けていた男が、自らの犯行を自供する。しかし、弁護士の連城（松尾諭）を通じて、“平成の毒婦”と呼ばれる未決囚の女・遠峰小夜子（西田尚美）から、拘置所に呼び出された右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、驚くべき証言を聞く。妊婦が死亡した同じ日の同じ時刻、まったく別の場所で問題の男を目撃したのだという。小夜子の“真意”をはかりかねつつも捜査を始めた右京と亘は、小夜子が男を目撃した場所と、2年前に起きたアポ電強盗殺人の事件現場が近接しているという事実を掴む。そこは同じ都内とはいえ、妊婦が転落死した場所と遠く離れているため、小夜子の証言が正しいとすれば、“同日同刻”に起きた妊婦の転落死に、問題の男が関与している可能性は、限りなくゼロに近づくのだが…!?

右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、レストランの前で揉めている男女を見掛け、間に入る。しかし、2人は大丈夫だと言って足早に立ち去ってしまった。翌日、亘はネット記事で、昨晩の女性が与党幹事長の娘・小早川奈穂美（上野なつひ）と気付くが、その矢先、彼女の婚約者である資産家男性が他殺体で発見される。捜査に乗り出した右京と亘は、奈穂美に事情を聞き、揉めていた男の素性を尋ねる。すると、落とした携帯電話を届けてくれた礼に、食事をしただけだという。問題の男は、宇野（柏原収史）というキャバクラの客引きで、奈穂美に一方的に結婚を迫っているらしい。右京と亘は、宇野に疑惑の目を向けるが、確固たるアリバイがあることが判明。それでも、拾った携帯電話から奈穂美の弱みを握り、結婚しろと脅しているのではないかという疑いは消せず、捜査を続けるが…!?

歩道橋で女性が転落死する事件が発生。目撃者の主婦・智子（藤吉久美子）の証言により、被害者の知人の男が重要参考人として浮上する。男は、かつてカリスマイケメンシェフとしてマスコミをにぎわせていたが、SNSでの発言が炎上し、最近は金に困っていたという。一課が、行方をくらませた男を追う中、右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、“通報のお手本”とも言える詳細な証言をした智子に注目。智子の証言と、防犯カメラの映像から、一週間前、矢坂美月（野村佑香）という女性弁護士が、被害者の女性と接触していたことを突き止める。ところが、美月はその直後、階段から足を踏み外して“事故死”していたことが分かる。最近は、DVやストーカーなどに苦しむ女性の事案を担当していたというが…!?　歩道橋の事件と女性弁護士の事故、相次ぐ転落死に関連性を感じ取った右京と亘は、行方をくらませている男の連続殺人を疑うが、腑に落ちない点もあった。そんな中、美月がネット内の匿名の書き込みから悩んでいる女性を見つけ、自らアプローチしていたことが分かる。

贋作を売り歩いていた画商が自首してきたものの、買い手は自身の目利き力が傷つくのを嫌い、いずれも「騙されたわけではない」と主張。“被害者が存在しない”という不可解な状況が発生する。経済事件を担当する二課でも詐欺罪に問えず、自首してきた画商をそのまま帰すことに。ところがその直後、問題の画商が自殺してしまう。亘（反町隆史）は、動機を「良心の呵責」と主張するが、右京（水谷豊）は事の経緯から、画商が警察に逮捕されることで“緊急避難”しようとしたのではないかと推理し、独自の捜査を始める。すると、贋作の製造、販売を、広域指定暴力団『扶桑武蔵桜』が取り仕切っていると判明。それを知った刑事部長の内村（片桐竜次）は、昵懇の関係にある組長の桑田圓丈（大石吾朗）と密談を交わす。いっぽう、扶桑武蔵桜の組員が、半グレ集団に暴行を受ける事件が発生。両者の衝突は、やがて大規模な抗争へと発展して…!?

ある日、都内の河川敷で、鎌田（永嶋柊吾）という区役所に勤める男の撲殺死体が発見される。さっそく捜査に乗り出した右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、犯人とおぼしき人物が「右足をひきずっていた」ことを知る。そんな中、右京は、自分をつけ回している中年男がいることに気付く。その男が『こてまり』にまで現れたため問い質すと、仁江浜（岸谷五朗）というフリージャーナリストだと名乗る。聞くと仁江浜は、右京が“数々の難事件を解決している伝説の刑事”という噂を聞き、取材させてもらうつもりだったという。すげなく断わった右京だったが、仁江浜はすんなり引き下がりそうになかった。さらに、撲殺事件の現場にまで現れた仁江浜が、“少年犯罪”と“正義”について、右京を挑発するような議論をふっかけてくる。そこには、別の狙いがあるようにも思えた。ほどなくして鎌田には、中学時代、無差別に人を襲った罪で少年院に入っていた過去が判明。捜査一課は、かつて鎌田に襲われた被害者による復讐の線も視野に入れ、捜査を続行。すると、鎌田の暴行で大怪我を負い、人生を狂わされた被害者の一人である瀬川（趙珉和）という男が浮かび上がる。伊丹（川原和久）と芹沢（山中崇史）は、目撃証言とも人物像が一致する瀬川にあたりをつけ、接触を試みるが、その矢先、まったく予想していなかった緊急事態に見舞われる。さらに瀬川は、次の犯行を予告するようなことを口にしていた。そして、再び右京の前に現れた仁江浜は、またも右京を試すような言動を取り…!?

噺家の椿家一門の師匠である椿家團路（笹野高史）が、公演中、高座で古典落語『死神』をやっているさなか、突然倒れ、そのまま息を引き取った。『死神』は、今にも消えそうなろうそくが、「お前の寿命だ」と死神に宣告された男が、死神から渡された新しいろうそくに火を移そうとするが、うまくいかず、そのまま命を落とすという演目。團路は、そのオチの部分で、高座に倒れ込む“仕草”をしたまま、動かなくなってしまったのだった。團路は高齢の上、がん闘病中で余命宣告を受けていたことから、病死と判断されたが、たまたま現場に居合わせ、一部始終を目撃した右京（水谷豊）は、事件性を疑う。亘（反町隆史）や捜査一課の面々は、右京の見立てに半信半疑だったが、それでも右京には確信があるようで、独自の捜査を始める。調べると、團路の周囲には、弟子たちをまとめる小ん路（林家正蔵）、團路のセクハラに悩んでいた路里多（立石晴香）のほか、テレビでの活躍に苦言を呈されていた弟子や破門されたばかりの若手など、クセモノ揃いの弟子たちがいて…!?

ある夜、中迫（宮川一朗太）という男性客が、雨宿りのために飛び込みで小手鞠（森口瑤子）が営む小料理屋『こてまり』にやってくる。中迫が店を出た後、ハンカチを忘れていることに気付いた小手鞠は、追いついたところで、彼が高校時代の同級生だったことに気付く。ところが、再会も束の間、中迫は切迫した様子で、小手鞠は半ば強引にタクシーに乗せられ、その場から連れ去られてしまう。事情を聞くと、中迫は税理士で、ある事情から暴力団とかかわり、命を狙われているのだという。話を聞いた小手鞠は、手助けを決意するが、殺人さえいとわない危険な追跡者が、すぐそばまで迫っていた。いっぽう、小手鞠の異変を察した右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、わずかな手掛かりから、彼女の行方を追い始めるが…!?

貿易会社の社長・速水（綱島郷太郎）がマンションの一室で殺害される強盗殺人事件が発生。聞き込みにあたっていた麗音（篠原ゆき子）は、たまたま現場付近に居合わせ、バッグを奪われそうになったゲイバーのママ・ヒロコ（深沢敦）を助ける。すると、速水はヒロコの店の常連で、事件当夜、電話を受け、慌てて店を出ていたことが分かる。捜査一課は、問題のマンションに呼び出された愛人・郁美（吉井怜）が犯人と見て捜査を進める。いっぽう、右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、ヒロコと顔見知りのフード配達員・池澤（瀬川亮）のやり取りから、バッグを奪おうとした“ひったくり犯”の動機が、ヒロコのスマホにあった可能性を指摘。犯人は、ヒロコが偶然撮った写真に、自分が写り込んでいると思い込み、スマホを奪おうとしたのではないかという推理だった。麗音は、再び襲われる可能性があるヒロコの警護を買って出る。そんな中、右京と亘は、第一発見者となった速水の友人・相馬（佐伯新）から事情を聞く。すると、相馬にはアリバイがない上、闇金に手を出していた過去も判明して…!?

顔に殴られたアザのある少年を見かけ、声を掛けた右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、思い掛けず「友だちを助けて下さい！」と頼まれる。そんな中、近年急激に成長している激安スーパーの創業者・小峰（鎌倉太郎）の小学生の息子が誘拐される事件が発生。ところが、小峰は警察に介入されたくない理由でもあるのか、一向に通報する様子がない。それでも、異変を察知した右京と亘は、伊丹（川原和久）や角田（山西惇）らの協力をあおぎ、手分けして捜査を始める。誘拐に荷担していると思われる男・安村（今野浩喜）をマークする右京。沈黙を守っている小峰家の動向を探る亘。事件発生に半信半疑ながら“容疑者”の一人を注視する伊丹たち。そして、アザのある少年の保護者に会い、怪我の理由を問い質す角田。さらに、青木（浅利陽介）までもが張り込みに駆り出される。それぞれが独自の動きを見せる中、事件は思ってもみない方向に転がっていく！

老舗眼鏡メーカー・田崎眼鏡の女性専務が、殺害される事件が発生。田崎眼鏡では、3か月前、社長の田崎恭子（かとうかず子）が心臓発作で倒れた後、“お家騒動”が勃発。警察は、恭子の長男が、社長を代行していた女性専務に反感を抱き、殺害したとして行方を追っていた。いっぽう、向かいのマンションを興味本位で覗いていた青木（浅利陽介）は、不審な入居者を目撃。話を聞いた右京（水谷豊）と亘（反町隆史）が調べると、次男と末娘が恭子をかくまっていることが判明する。2人は、専務が殺され、長男に容疑が掛けられているというショッキングな状況で、病床の恭子を動揺させたくないという思いから、情報を遮断しているらしい。そんな中、右京は田崎眼鏡の職人・松田（青山勝）にオーダーメイドを依頼する。詳しく話を聞くと、お家騒動には意外な事実があったことが分かる。さらに右京は、殺害現場にいくつも不自然な点があることに気付き…!?

『魔銃録』という人気小説の作者が銃殺される事件が発生。凶器は、数か月前、収賄疑惑を掛けられた代議士襲撃事件で使われた古い銃と思われたが、問題の銃はすでに警察が押収し、厳重に保管されていたため、ネットでは「魔銃が現れた」と騒がれていた。銃を「野蛮で旧式な武器」と嫌う右京（水谷豊）は、亘（反町隆史）と共に独自の捜査を開始。線条痕の再鑑定をしている警察庁の付属機関・科学警察研究所を訪れる。主任研究官である黒岩（上杉祥三）から事情を聞くと、問題の銃が持ち出された可能性も、鑑定が間違っている可能性もないと断言。犯罪の要因を研究している雅美（前田亜季）も、黒岩の鑑定を支持する。いっぽう捜査一課は、小説の熱狂的なファンや反感を抱くアンチ、さらに暴力団の関与も視野に捜査を進めていた。しかし、犯人も凶器も見つからず、ネットでは「魔銃は増殖する」などという噂が、まことしやかに囁かれていた。そして、捜査の背後では、“魔銃”を持つ者が、さらなる犯罪に動き出そうとしていた。

麗音（篠原ゆき子）が銃撃された事件の首謀者でありながら、罪をまぬがれたIT長者の加西周明 (石丸幹二) 。背景には、衣笠副総監（杉本哲太）の“ツルの一声”や、さらに上からの“政治的圧力”があったと思われるが、うやむやのまま実行犯である朱音静 (日南響子) だけが逮捕されていた。しかも、当初は加西の関与をほのめかしていた静が、大手事務所の弁護士と接見した後、突然態度を翻し、供述の“保留”を申し出た。静の不可解な動きを耳にした右京（水谷豊）と亘（反町隆史）が真意を確かめようと動き出した矢先、加西の口車に乗って転落死した男の母親・蒔子（松永玲子）と顔を合わせる。蒔子は、息子の恋人だった静を娘のように思い、何かと世話を焼いているらしい。いっぽう、おとがめなしで自由の身を謳歌している加西の処遇をめぐっては、内閣官房長官の鶴田（相島一之）や、国家公安委員長の鑓鞍兵衛 (柄本明) も関心を寄せていた。そんな中、1年前の殺人事件で追及を逃れきった内閣情報調査室の柾庸子（遠山景織子）から、驚くべき情報がもたらされ―――さらに、思いもよらぬ出来事が加西に降りかかる…！

加西 (石丸幹二) が殺し屋に狙われているという情報をめぐり、内閣情報調査室の柾庸子（遠山景織子）から協力を持ち掛けられた右京（水谷豊）と亘（反町隆史）。内調でも“加西不逮捕”の件を調査していたというが、右京はさらに上の権力者から、指示があったのではないかと疑う。いっぽう、加西の気まぐれで殺されかけた麗音（篠原ゆき子）は、鑓鞍 (柄本明) が衣笠副総監（杉本哲太）に加西の警護を要請した件も含めて、美彌子（仲間由紀恵）に不満をぶつけていた。同じ頃、麗音銃撃事件は単独犯で、加西は関係ないと供述を翻した静 (日南響子) が、加西からの金銭授受に蒔子（松永玲子）を利用している疑惑が浮上。しかし、当の蒔子は、黙秘の構えを見せていた。そんな中、内調を動かしているのは、官房長官の鶴田（相島一之）とにらんだ右京と亘は、鶴田から事情を聞く。すると、加西は政界に深く食い込んでいて、特に鑓鞍とは昵懇の関係にあると証言する。