右京（水谷豊）が突然、消息を絶って1週間。亘（反町隆史）は、何者かによって海に流された右京のスマートフォンが秋田に流れついたことから、潮流を計算し、北海道付近に浮かぶ“天礼島”にあたりをつける。すると亘は、島に渡って早々、男が若い女性を連れ去ろうとしている現場に遭遇。何とか拉致を防ぐが、男は姿を消してしまう。聞くと、事なきを得た女性・ミナ（北香那）は“信頼と友好の館”という日本とロシアの交流を目的とした財団のメンバーで、男は岩田（船越英一郎）というミナの父親。自衛隊の元レンジャーである岩田は、甘村井（団時朗）という男が主催するその財団を怪しみ、ミナを連れ戻しに来たのだという。思わぬ騒動に巻き込まれた亘は、岩田の存在を気に掛けながらも、右京の捜索を続行。島の海岸にアザラシの死骸が頻繁に流れ着いている事案を耳にし、右京もその不可解な一件を調べに来ていたことが分かる。そんな中、館である遺体が発見され、それをきっかけに思いも寄らない連続殺人が幕を開ける。

右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、連続殺人の容疑が掛かった岩田（船越英一郎）を囮に、事件に関する情報を集めるため“信頼と友好の館”内部を捜索することに。すると、ミナ（北香那）らメンバーの部屋から、片山雛子（木村佳乃）がとある協会の顧問に就任したことを伝える週刊フォトスを見つける。その意味を推理する中、2人は、館のメンバーが利用していた漁師小屋で、海上の船から発せられているモールス信号を目撃。解読の結果、それがロシア語を意味しているのではないかと考えた亘は、社美彌子（仲間由紀恵）に解読を頼むことに。さらに、特命係を追って天礼島に上陸した捜査一課の伊丹（川原和久）と芹沢（山中崇史）が合流。連続殺人の背景が徐々に明らかになっていく中、事態が急変する。ミナを連れ戻すため強引な手段に出ている岩田が、警察に保護されている館のメンバーの前に再び姿を現し…!?

益子（田中隆三）から飼い猫の捜索を依頼された右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、郊外の一角で無事に猫を保護。後日、益子と連れ立って、保護に協力してくれた小学生・明菜（大島美優）に礼を言うためマンションを訪れる。すると、隣室で殺人事件が起き、偶然居合わせた明菜が連れ去られてしまったことが分かる。容疑者は、島村（三浦誠己）という警備員の男。動機は、恋人を卑劣な手段で自死に追い込んだ被害者男性への恨みと推察された。右京と亘は、島村が明菜に危害を加えるのではないかと捜査に乗り出す。すると、島村の恋人の自死をめぐって、意外な事実が浮かび上がってきて…!?

厚生労働省の過重労働撲滅特別対策班、通称“かとく”の職員が転落死体で発見された。かとくのメンバーは、特別司法警察職員として違法な事業所を検察庁に送検する権限があるため、口封じに殺された可能性も考えられた。捜査に乗り出した右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、現場の野次馬の中に、真実を伝えるジャーナリストとして名を馳せている中川（長谷川朝晴）がいるのを見つける。中川が、亡くなったかとくの職員と面識があることに不穏な空気を感じた二人は、中川と古い知り合いだという『週刊フォトス』記者・風間楓子（芦名星）に話を聞く。すると、中川が最近、遊具による児童の死亡事故を取材していたことが分かる。かとく職員の転落死と児童の死亡事故。一見接点がなさそうなふたつの事件だが、右京と亘がそれぞれの視点から捜査を進めると、意外な繋がりが見えてくる。

右京（水谷豊）は、清掃員として働く顔馴染みの和江（山本道子）に頼まれ、亘（反町隆史）と共に古いアパートの一室を訪れる。空室のはずなのに不審な物音がするので、中を調べてほしいという。すると、部屋には訪問者を陥れる罠が仕掛けられており、和江をかばった右京は、目に大怪我を負ってしまう。その場に居合わせた区役所のケースワーカー・友里（佐藤寛子）の助けを借り、病院に運び込まれた右京。視力が戻るまで時間を要するとの診断を受けるが、翌日には特命係に姿を見せる。そんな中、あるマンションの建設予定地で男性の遺体が発見される。被害者は、不動産会社の営業。右京は、罠が仕掛けられていた古アパートも、遺体発見現場も同社が関連していることに気づき、疑惑を抱く。一方、右京の怪我に責任を感じた和江は、勤め先の上司・真山（山崎一）をともない改めて謝罪。その際、逃げ去る人物の妙な足音を聞いたという新証言をもたらすが…!?

伊丹（川原和久）が婚活デートに臨もうとした矢先、アポ電強盗が発生し、捜査への合流を余儀なくされる。被害者は、医師の息子を持つ大井川君枝（山口美也子）で、傷害トラブルの示談金が必要という電話を受けた直後、3人組の男が押し入ってきて2000万円もの現金を奪われたという。多発する特殊詐欺に対し、中園参事官（小野了）の指揮のもと捜査一課・組対5課など課の垣根を超えた大捜査網がひかれる。そんな中、右京（水谷豊）は君枝が息子の結婚相手を探すために参加していた“代理婚活パーティー”から大井川家の情報が特殊詐欺犯に流れたのではないかと推理。被害者に事情を尋ねると、これまで連絡先を交換した相手は2人だけとのこと。調べると、問題の2人は阿久津貴子（松井紀美江）という女性と、津田保（河西健司）という男性で、右京と亘（反町隆史）は、どちらかが情報を流しているのではないかと疑う。その後、疑惑の2人が同時に参加する代理婚活パーティーがあることを摑んだ右京は、青木（浅利陽介）の“親代わり”として参加。スタッフとして会場に紛れ込んだ亘と共に、2人の動向を探るが…!?

研究費の横領容疑で逮捕された大学教授・皆藤（中村育二）の保釈金3000万円が奪われる事件が発生。襲撃された准教授の佳奈恵（中村優子）によると、犯人はテーザー銃（遠距離対応型スタンガン）を使う3人組の男だったという。事件を耳にした右京（水谷豊）は捜査二課時代に皆藤と面識があり、研究に並々ならぬ信念を持っていた皆藤が横領を犯したこと、さらに保釈を過度に急いでいることに疑念を抱き、真相の究明に乗り出す。いっぽう、亘（反町隆史）は、旧友で週刊誌記者の桝本（山崎樹範）から、皆藤の事件の情報がほしいと相談を受けていた。図らずも、皆藤をめぐる事件にかかわることになった右京と亘が捜査を進めると、皆藤の研究室の周辺で、転落事故やストーカー被害など不穏な出来事が相次いでいることが分かり…。

遠隔操作技術の第一人者である大学教授の皆藤（中村育二）は、横領の罪で逮捕されていたが、それは研究の乗っ取りを目論む准教授・佳奈恵（中村優子）がでっち上げた冤罪であることが判明。3000万円の保釈金も戻り、皆藤の保釈も決定的になった。亘（反町隆史）は、旧友で週刊誌記者の桝本（山崎樹範）が、皆藤の保釈を受けて、何か事を起こすのではないかと危惧していたが、本人を問い詰めても軽くかわされてしまう。いっぽう、右京（水谷豊）は、佳奈恵が皆藤を陥れた巧妙な手口を解明したものの、なぜ彼女が危険な橋を渡ってまで皆藤を檻の中に閉じ込めようとしたのか、動機が掴めずにいた。そして、いよいよ皆藤が保釈される。右京と亘が今回の事件の背景にまだ見えていない何かがあると感じ捜査を続ける中、ついに皆藤の恐るべき“復讐計画”が動き始める…。

右京（水谷豊）が何か隠しごとをしているのではないか？ …と疑念を持った亘（反町隆史）は、仕事帰りに尾行。すると、右京らしき人物が、幼い子供とその母親の2人とスーパーで買い物をした後、まるで家族のようにアパートの一室で仲睦まじく過ごす姿を目撃する。翌日、亘から事情を問いただされた右京は、里美（遊井亮子）というシングルマザーの女性とその息子・裕太（鳥越壮真）との馴れ初めを語り始める。そんな中、雑木林から3億円の金塊が見つかったというニュースが流れる。角田（山西惇）は、その金塊が自分たち組対5課の追っている密輸グループのもので、運び屋のリーダーが組織を裏切って隠した物ではないかと目星を付けていた。それから数日後、都内の運河でブルーシートに包まれた男性の死体が発見される。角田が確認したところ、遺体は運び屋のリーダーだった男だと判明し…!?

年の瀬。右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、山奥のゴルフコースで開かれる警視庁主催の親睦ゴルフコンペに、“準備係”として駆り出される。コンペには、副総監の衣笠（杉本哲太）をはじめとする警視庁上層部のほか、警察庁OBの蓮見恭一郎（長谷川初範）や、その息子で組織犯罪対策3課の係長・蓮見誠司（浅香航大）らが参加していた。コンペ終了後、参加者たちがそれぞれ帰路につこうとした矢先、ゴルフ場の地下駐車場で大爆発が発生！　出入り口が完全に塞がり、居合わせた人間が、地下空間に閉じ込められてしまう。さらに、爆発に巻き込まれたと思われた“被害者”の一人が突如、持っていた拳銃を発砲!!　男は、暴力団の構成員で、その場にいた人々を人質に、「収監されている会長と7人の組員を釈放しろ！」という要求を突きつけてくる。人質になったのは、右京と恭一郎のほか、恭一郎の秘書を務める雨宮紗耶香（瀧本美織）ら計8人。男は、この時点ですでに、指示に従わなかった人質の一人を射殺しており、状況は切迫していた。いっぽう、地上では、亘をはじめ警視庁の面々が、人質救出に向けて動き始めていた。そんな中、地下に閉じ込められている人数と人質の人数が合わないという、不可解な状況が判明。人質の中に犯人の仲間がいるのではないかという疑惑が浮上してくる。そうこうするうち、右京は今回の一件と、5年前に起きたある事故の符合に気づき…!?

サイバーセキュリティ対策本部の土師太（松嶋亮太）が、青木（浅利陽介）に頼まれたと言って、右京（水谷豊）に本を返しに来た。貸した覚えのない右京は事情を探ると、青木が無断欠勤している上、外部から警視庁のデータベースにアクセスしていることが判明。昨年、神田北署の管轄で起きた事件を調べていることが分かる。不穏な空気を感じ取った右京と亘（反町隆史）は、刑事部長の内村（片桐竜次）に青木が拉致された可能性を報告。捜査一課の伊丹（川原和久）、芹沢（山中崇史）も加わり、内密な青木の捜索が開始される。捜していることが犯人に漏れないようにしつつ、まずは犯人の目的を知るべく神田北署を訪れる右京と亘。目的を告げずに昨年の「なにか」の資料を探す特命係を不審に思った刑事課の係長・後藤（津村知与支）は、赴任したばかりの若手刑事・木村（中村優一）に、右京たちを見張るよう指示を出す。そんな中、青木がアクセスを試みているのが、暴力団幹部が刺傷を負った事件だと判明し…。

原宿で身元不明の変死体が見つかり、伊丹（川原和久）たちが捜査に乗り出すが、その後、事故と断定される。そんな中、スコットランドヤード時代の右京（水谷豊）の相棒で、犯罪者に私刑を下している疑惑がある南井（伊武雅刀）が、特命係に現れる。この2年、南井が連続殺人や犯人の自殺に関与していることを疑いながら、証拠をつかめずにいた右京は、今度こそ逮捕しようと周辺を調べ始める。すると南井は、自身のルーツともいうべき場所をめぐっていることが分かるが、目的は見当がつかない。いっぽう亘（反町隆史）は、南井と共に来日したと思われるマリア（石田ニコル）という女性と接触。今回は、彼女が南井に操られて罪を犯すのではないかと危機感を募らせる。そんな矢先、都内の下町で、女性の絞殺死体が発見される。右京は、原宿の変死体とその絞殺死体には、ある共通点が存在することに気づくが…!?

原宿で身元不明の変死体が見つかり、伊丹（川原和久）たちが捜査に乗り出すが、その後、事故と断定される。そんな中、スコットランドヤード時代の右京（水谷豊）の相棒で、犯罪者に私刑を下している疑惑がある南井（伊武雅刀）が、特命係に現れる。この2年、南井が連続殺人や犯人の自殺に関与していることを疑いながら、証拠をつかめずにいた右京は、今度こそ逮捕しようと周辺を調べ始める。すると南井は、自身のルーツともいうべき場所をめぐっていることが分かるが、目的は見当がつかない。いっぽう亘（反町隆史）は、南井と共に来日したと思われるマリア（石田ニコル）という女性と接触。今回は、彼女が南井に操られて罪を犯すのではないかと危機感を募らせる。そんな矢先、都内の下町で、女性の絞殺死体が発見される。右京は、原宿の変死体とその絞殺死体には、ある共通点が存在することに気づくが…!?

再来日した南井（伊武雅刀）の行動を注視していた右京（水谷豊）は、東京・山手線沿線で相次いで起きている殺人事件が、かつてロンドンの地下鉄で発生した“逆五芒星事件”と呼ばれる連続殺人と多くの類似点があることに気づく。そんな中、品川で警邏中の巡査が射殺される事件が発生。それもロンドンの事件の状況と酷似していたため、右京と亘（反町隆史）は、南井が逆五芒星事件をなぞっているのではないかと考える。原宿の転落死、日暮里の絞殺、品川の射殺に続く“第四の事件”は、何としても防がなければならない。右京は、ロンドンの事件の場所と被害者を照らし合わせ、池袋近辺にある大学の女性学長が次のターゲットではないかと推理。警察は、右京の進言に従って、女性学長の警護にあたるが…!?　そして、南井の最終的なターゲットが右京の現相棒である亘ではないかと推測した右京はある行動に出て…?

ケアハウスの理事長が殺害され、現場の痕跡から“けむり”と呼ばれる連続窃盗犯の関与が浮上。けむりは、たばこの吸い殻以外、現場に何の痕跡も残さず、煙のごとく姿を消す窃盗犯。警察が20年以上追っても、いまだ捕まえることができない伝説的な存在として知られている。経済事件を担当する捜査二課の刑事になった陣川（原田龍二）も、以前からけむりを調べていた。ただ、今回の“強盗殺人”には違和感を覚えているらしく、右京（水谷豊）や亘（反町隆史）と一緒に捜査がしたいと、特命係に押し掛けてくる。陣川いわく、けむりが狙うのは、あくどい稼ぎをしている闇金や反社の事務所だけで、殺人を犯したのには何か深い理由があるはずだという。その夜、右京と亘は、決起集会という名目で陣川行きつけの“あおびょうたん”という居酒屋に連れて行かれる。陣川の惚れっぽさは相変わらずなようで、理沙（飛鳥凛）という店の従業員を、運命の人と信じ込んでいるらしい。そのはしゃぎぶりは、重蔵（小倉一郎）という店の常連客を、そそくさと引き揚げさせるほど。そんな中、けむりの犯行と思われる、新たな窃盗事件が発生し…!?

郊外の空地で両手の親指が切断された女性の絞殺体が発見された。犯行の手口から捜査一課は、これまで2人を殺害している“指切り男”が、2年ぶりに現れたと警戒を強める。その後、遺体の喉の奥に“バロックパール”と呼ばれるいびつな形の真珠が発見され、右京（水谷豊）は不審に思う。そんな中、亘（反町隆史）は弁護士の連城建彦（松尾諭）から突然、「会いたがっている人がいる」との連絡を受ける。指定された場所は、東京拘置所。待っていたのは、“平成の毒婦”と呼ばれた未決囚の連続殺人犯・遠峰小夜子（西田尚美）だった。小夜子といえば、かつて刑務所にいながら人身を操り、右京さえ翻弄した危険な存在。亘は最大限の警戒をしながら相対するが、彼女が口にしたのは、思ってもみないことだった。相貌認識能力に長けている小夜子は、知人の中に、女性の指に異常な執着を持つ男がいたこと、さらに亘の大切な人が行方不明になる夢を見たと言い、ここで話したことは右京に内緒という条件をつける。亘は、以前、事件を通じて知り合ったキッチンカーの店主・新崎芽依（朝倉あき）から久々にメールが来たものの、その後、連絡が途絶えてしまった件に、小夜子がかかわっているのではないかと嫌な予感を覚えたが、はぐらかされるばかり。その頃、右京は指切り男の事件を調べ続け、周辺に真珠に繋がる話がいくつも出てくることに、何か理由があるのではないかと推理し…。

リゾート開発会社・如月リゾートが、オーベルジュ（宿泊もできるレストラン）の契約のために用意した1億円を強奪される事件が発生。契約金の運搬を担当した如月リゾートの社員・鶴橋光太郎（細田善彦）が背後から襲われ、入院を余儀なくされた。光太郎と懇意にしているゲイバーのママ・ヒロコ（深沢敦）は、旧知の仲である右京（水谷豊）を頼って、特命係に捜査を依頼してくる。右京と亘（反町隆史）はヒロコと共に光太郎に事情を聞くと、契約金の運搬は急遽決まったことだったとわかる。しかし事件現場は人通りも防犯カメラもない場所で、右京は事前に練られた計画的犯行だったのではないかと推理する。1億円運搬を指示した光太郎の上司から事情を聞いていると、そこに光太郎の兄・宗一郎（夙川アトム）が押し掛けてくる。光太郎によると、兄弟の実家は元々、旅館を経営していたが、今は如月リゾートに運営を任せているという。調べてみると、旅館委譲の背景には、宗一郎が起こしたある事件が関係しているらしい。そんな中、事件関係者の撲殺遺体が発見されて…!?

与党幹事長の口利き疑惑に関与したとされる大手ゼネコン社員が社屋から転落死する事件が発生。警視庁上層部は、現場に争った形跡があったにも関わらず自殺での事件処理を図り、権力による“口封じ殺人”を疑った右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、独自の捜査を開始。第一発見者である嘱託社員の山野（中本賢）から事情を聞く。と、事件当夜、激しい雨の中会社に忘れ物を取りに戻った際、不審な男を目撃したことを思い出したと証言し、目撃者になったことで自分も狙われるのではないかと、ひどくおびえた様子を見せる。そんな中、右京が問題の会社の経理部長に揺さぶりを掛けると、刑事部長の内村（片桐竜次）から捜査の打ち切りを命じられる。権力者による圧力を感じながらも、それでもひるまない右京と亘は、わずかな手掛かりから事件の真相を追うが…!?

亘（反町隆史）は、最近、右京（水谷豊）の推理力が衰えているのではないかと、角田（山西惇）にこぼしていた。軟禁された天礼島の事件（2019年10月9日放送「アレスの進撃」）や、重大な見落としをして「僕としたことが！」と嘆いたテロ未遂事件（2019年12月4日放送「檻の中」）などをあげつらいスランプを危惧するが、右京自身は、どこ吹く風で…。そんな中、元東亜ダイナミクス社長の桂川（村上新悟）が、自宅寝室で殺害される事件が発生。背中から刺された傷が死因だったが、なぜかスマホの音声認識アプリが立ち上げられていて、『99』という謎の数字が残されていた。さらに、現場のパソコンから発見された、桂川と女性の“ベッド動画”が波紋を呼ぶ。問題の女性は、顔認証から内閣情報調査室の柾庸子（遠山景織子）と判明したものの、政府直轄組織の人間ということで、警察としても配慮せざるをえなかった。事件に興味を持った右京と亘は、現場となった桂川のマンションを訪れるが、そこには青木（浅利陽介）の姿が。上層部から“特命係一派”とみなされ、捜査から外されたことに反発して、協力を思い立ったらしい。右京は、青木から得た情報や現場の状況から、問題の映像にある疑問を抱く。いっぽうその頃、事件と何らかの関係があると思われる内閣官房長官の鶴田（相島一之）は、懇意にしている芸者・小出茉梨（森口瑤子）から悪巧みを指摘され…。翌日、伊丹（川原和久）たち捜査一課は、桂川をスポンサーとして最新の映像技術を研究していた鬼石美奈代（坂井真紀）という大学の特任教授から話を聞いていた。しかし、飄々とした彼女にはぐらかされるばかりで要領を得ない。そんな中、「週刊フォトス」が桂川と柾庸子のあるスクープ映像を入手。監察官の大河内（神保悟志）の指示で特命係がその動画の押収をすることとなり…。