法务省管辖的监狱内发生了杀人事件！囚犯美仓(小柳心)杀害刑务官田代(栩原乐人)是史无前例的事件。在调查中，犯人美仓完全没有开口，法务事务次官日下部弥彦(榎木孝明)指示前部下冠城亘(反町隆史)参与调查。亘是以人事交流的名义从法务省借调到警视厅的职业官僚，现在原本有特命科的房间。从其他省厅调来的职业在警视厅没有被当作客人对待。在这之中，接受日下部命令的亘，和伊丹(川原和久)等人一起进行调查，从美仓那里听到了意想不到的事情。据说3个月前死亡，被当作病死的囚犯梅津(井之上隆志)被田代刑务官杀害了。美仓声称报了仇，在梅津死后，从本人那里听说“被田代杀害了”。也就是说，如果按照美仓的话，就是梅津的幽灵说的，但很难相信。当然，搜查相关人员并不想讨价还价，但只有亘感觉到被那份供词卡住了。那时，正在无限期停职处分的杉下右京(水谷丰)在某个国家进行了意外的调查。

首席监察官大河内(神保悟志)通过峯秋(石坂浩二)向右京(水谷丰)询问亘(反町隆史)的情况。亘最近好像在调查某个组织，如果有什么知道的，请告诉我。右京当场毫不犹豫地回答亘是“单纯的同居人”，但是好像对他秘密行动的动向很感兴趣，于是开始调查周边。在这之中，发生了亘被2人组的男人袭击，威胁说“不要调查多余的事情”的事件。多亏了尾随的右京，能够逃脱那个困境的亘，说明了情况。亘的老朋友，前埼玉县警的刑警千原(关户将志)的遗体被发现，因自杀而被处理，据说对其死亡有疑问。退休后，作为自由记者的千原，当时调查的是县警的所辖署。右京对千原的前搭档，在这次事件中协助亘的县警刑警早田(宅间孝行)说“希望剩下的就交给我们自己吧”，和亘一起开始探索背景。

在山中的别墅里发现了一名被认为是服毒死亡的女性的尸体。为了归还证据，偶然开车经过别墅前的右京(水谷丰)和亘(反町隆史)立刻出席了现场验证。别墅的主人是IT相关企业的社长雨宫(葛山信吾)，和去世的女性美由纪(中岛亚梨沙)不久前还在交往。右京在意的是女性手中残留的观叶植物的叶子和土壤，以及在现场附近看到的带有“中村化学工业”公司名称的可疑汽车。之后，发现美由纪在网络公告板上就与雨宫的交往进行了商谈。另外，右京在现场看到的开着可疑车的中村化学工业社长中村(近藤公园)亲切地接受了她的咨询...!?

有一天，右京(水谷丰)与搜查二课时代的上司、现在担任金融顾问的片野坂(岩松了)重逢。因为黑社会的人也是顾客，所以右京想避开交往，但片野坂却说出了意想不到的话。20年前，右京和片野坂与当时统治的日本政界和商界有联系，为了逮捕被称为修复者的幕后黑手谱久村(织本顺吉)而行动。但是，唯一的线索是证券公司的男子自杀了，真相消失在了黑暗中。20年后的现在，片野坂说与自杀的男人的女儿爱(伊藤久美子)偶然重逢。但是，因为从一周前开始就断绝了联系，所以希望了解当时情况的右京调查一下。右京感觉到自己无法追上的谱久村可能与这次事件有某种关系，于是马上与谱久村接触。但是，现在仍然对各界有巨大的影响力的黑社会，只要开始调查就会立刻受到上级的压力，右京和亘(反町隆史)一起继续调查。

在仓库大楼的用地内，发现了被认为是坠落死亡的男子的尸体。死亡的是山本(内浦纯一)这个气势汹汹的垃圾艺术家，腹部还残留着被刺伤的伤口。右京(水谷丰)因为长期关注的艺术家的可疑死亡，所以和亘(反町隆史)一起开始调查。马上调查了山本的工作室的右京，在那里发现了被不自然破坏的作品，并试图复原，以为会成为某种线索。另一方面，搜查一课从山本的内缘妻子玲奈(笛木优子)那里听说了情况，发现了山本的DV。一课对玲奈产生了怀疑。在这之中，右京和亘从支援山本的艺术总监由纪(中原果南)那里听说了。据她说，山本和玲奈是初恋在一起的，右京发现玲奈本人说的话和由纪的证词略有不同。

花之里的女老板幸子(铃木杏树)作为可疑人员被拘留的消息，右京(水谷丰)和亘(反町隆史)作为身份担保人前往所辖署。听说原因是最近买的一件和服。刚要把那个躯干衬里撕下来，布料上写着：“总有一天就像你那样，我也想杀了你。但是，做不到。令人沮丧...。据说“幸子”这句话是用口红写的。幸子对这个令人不安的文章和“幸子”这个和自己同名感到心烦意乱，虽然去了原主人的公寓，但不知道是怎么开始说话的，在周围徘徊，被误认为是可疑的人。对这个故事非常感兴趣的右京和亘，一起开始调查背景。原主人是上条爱(西原亚希)的穿衣教室的讲师，双胞胎姐姐上条幸子在2个母亲经营的高级俱乐部工作。实际上，见到幸子听她的话，虽然文章只是一首诗，但右京却感觉到这双双胞胎姐妹的言行被卡住了。

负责人气漫画家箱崎咲良(玄理)管理的公司社长原田(内田健介)被刺杀的事件发生了。现场是特征性建筑附近的楼梯，尸体附近散落着花瓣。在警察到达之前，多个普通人用智能手机拍摄了那个样子，SNS上上传了很多现场照片的骚动也发生了。其中，刊登咲良人气漫画的漫画杂志编辑部公开了发售前最后一集的最后一幕和原田的遗体照片的情况完全一样。事件发生时，咲良被编辑部的人以罐头状态正在写最后一集，并说“天才漫画家预言了杀人事件”。咲良的狂热粉丝米泽(六角精儿)为了避免对咲良产生怀疑，委托特命科进行调查。对事件感兴趣的右京(水谷丰)和亘(反町隆史)一起去拜访咲良，她从3年前的事故开始坐轮椅生活，在姐姐Masumi(原田佳奈)的支持下生活。

被派去为组对五课加油的右京(水谷丰)和为了参观而同行的亘(反町隆史)在现场的废弃工厂里发现了被认为是小孩子画的母亲的肖像画。因为那里不是孩子可以进入的地方，所以很在意的右京以送失物的名义，拜访了画画的孩子日向(须田理央)的家。从与应对的母亲志乃(新妻圣子)的交流中，右京对画作在废弃工厂被发现的经过产生了疑问，进一步调查了母女的周围。于是，曾经被绑架，被囚禁在废弃工厂的可能性浮出水面。但是，没有被举报的痕迹，以母女为首的家人紧紧闭口，表现得好像没有绑架一样。而且，志乃的父亲、警卫公司社长健作(西田健)也是警察OB，对警察上层施加压力，开始封锁右京和亘的动向。

官房长官音越荣德(西村和彦)和成为官房副长官的片山雏子(木村佳乃)在新会派组成和总裁选出马宣言的记者招待会上，发生了爆炸事件。即使是那种震撼国家的紧急情况，特命科也在蚊帐外，右京(水谷丰)也在休假。但是，从前搜查一课的三浦(大谷亮介)那里，听到了关于极左集团“红金丝雀”的前干部本多(古谷一行)的好奇信息。原死刑确定犯的本多，通过超法性措施被赋予了别人的户籍，和女儿茉莉(内山理名)一起度过余生，但最近不知道消息了。右京感觉到了绊脚石，前往2人居住的富山。另一方面，亘(反町隆史)被召集到雏子和警察干部齐聚一堂的会议上。在雏子掌握主导权的那个会议上，从爆炸事件中使用的炸弹的性能来看，本多的参与是有力的。包括亘和警视厅公安3课在内的队伍，开始收拾事态。与此同时，到达富山的右京得知本多父子居住的村庄是音越官房长官的选区。另外，在市政厅的植村明梨(武田梨奈)的引导下拜访了本多父子的住所的右京，从空荡荡的房间里发现了被绳子穿过的蓝色石头。根据明梨的说法，那是村子里流传下来的被称为“许愿石”的许愿物品。据说把一块石头劈成两半，分享一个愿望的人，就能实现。那样解释的明梨的脖子上，也挂着一块红色的愿望石。搜寻完本多父子住处的右京出去后，发现那里有公安3课的刑警们。被半被强行带回东京的右京，与至今为止有很多因缘的雏子再次相遇。“对“不要妨碍”的雏子，右京反驳说“我不认为本多引起了爆炸事件”。右京和雏子，再次对峙。另一方面，右京委托米泽(六角精儿)鉴定从本多父子住处带回的蓝色石头。顺便做一个新的许愿石，希望破案，和亘分开。但是，关于这次事件，雏子聚集的搜查团队的一员亘和右京的立场有差异，所以分别行动。在亘留在警视厅的时候，右京再次单独飞往富山。

在富士山脚下进行电影拍摄时，主演女演员樱庭加奈惠(高桥香织)的姐姐兼经理惠子(白土直子)的遗体在别墅里被发现。所辖署作为嫌疑人注意到的是，逼迫惠子复婚的前夫。负责的律师和老朋友亘(反町隆史)被要求帮忙，向右京(水谷丰)咨询。对事件感兴趣的右京，和亘一起去了加奈惠的电影拍摄现场。在那里，Kanae和资深女演员桐岛万里子(多岐川裕美)并不在意周围的眼神，互相配合着。听说，恩怨好像是很久以前的事了，特别是事件发生那天，在工作人员面前开始互相骂，最后万里子说要退出电影的骚动。之后，因为加奈惠的道歉，所以场子总算平息了。在这之中，右京被万里子邀请，两个人单独在酒吧见面...!?

从监察官大河内(神保悟志)那里接受采访的右京(水谷丰)和亘(反町隆史)。担任搜查一课的会计，曾在特命科任职的阵川(原田龙二)好像又被卷入了某种事件。事情的起因是2周前...。在东京都内的公寓里，一名女性被杀害了。搜查一课认为，从杀害的手段来看，5年前杀害了4人逃亡中的连环杀人犯，打破了沉默，重新开始了活动。另一方面，阵川还是一如既往地喜欢着迷，对事件一无所知，这次对咖啡店的女店主小由美(黑川智花)有着热烈的暗恋。深信不疑的阵川，在还没有交往的情况下决定求婚...!?

1个月前，伊丹(川原和久)作为自杀处理的女性跌落死亡，报纸上刊登了告白“其实是杀人”的犯人手记。那里写着犯罪行动机和伪装的经过，甚至还有只有犯人才能知道的信息。被追究责任的伊丹，要求报社提交手记的现物，但被拒绝了，急忙推开了柏田编辑长(野仲伊佐夫)。那时，右京(水谷丰)和亘(反町隆史)访问了受害者女性在半年前工作的旅行社。接待的社长是收到了被认为是遗书的邮件的人，但是自从她辞职后就没有个人联系了。其中，有关报纸上刊登了《刑警对编辑长施暴》的报道。内村刑事部长(片桐龙次)将此事视为问题，从伊丹手中拿走了警察手册，命令居家谨慎。伊丹进退穷困，对自己来说这是“最后的事件”，无视谨慎处分，继续与特命科进行搜查。于是，从爆料爆料的今井(大场泰正)这个记者那里，带来了意想不到的线索。

在东京都内的停车场，从事兰花栽培的公司的经营者式田芳彦(木川淳一)被发现尸体。据和丈夫芳彦经营另一家公司的妻子里奥(小林麻子)说，和芳彦已经分居好几年了，芳彦从4年前开始和妻子志樱里(荻野友里)一起生活。收到米泽(六角精儿)的消息后开始搜查的右京(水谷丰)，从杀害现场附近的痕迹中发现了相声组合在那里练习场所，和亘(反町隆史)一起去演唱会会场询问。于是，以那个小剧场为活动据点的名为“电助”的组合之一的科斯克(驹木根隆介)消失了。问了搭档传(涩谷谦人)，昨晚的剧情搭配不顺利，吵架分手后不知道去向。其中，在被发现的凶器中检测到了科斯克的指纹，搜查一课在经营方面与芳彦发生纠纷的志樱里，以与负责运输业者兼职的科斯克共谋引起事件的嫌疑为视野进行调查。

在公寓的一个房间里发生了女大学生色川真子(澄音)被勒死的事件。真子是广域暴力团的组长伊缝(上杉祥三)让情人生下的女儿，伊缝试图从组对五课的角田(山西惇)那里获取信息等，表现出不安的举动。另一方面，对事件感兴趣的亘(反町隆史)以强硬的方式将右京(水谷丰)拉出调查。和亘一起来到现场的右京，注意到对面的公寓里正在注视着现场的男性。很好奇地去询问情况，男子是叫青木(浅利阳介)的公务员，目击了犯罪的整个过程，但没有义务协助警察调查，所以拒绝了一切证词。在这之中，搜查一课拘留了3名嫌疑人。但是，从间接证据来看，各自都极其可疑，很难确定犯人。再次，作为“目击者”的青木的存在变得很重要...!?

有一天晚上，右京(水谷丰)在路上发现了蜿蜒的外国男子，在他被他嘱咐下，把他抬进了小私人医院。那里是叫小峰律子(竹下景子)的女医生一个人经营的医院，偶然右京和律子是小学时代的同学。帮助他的是叫马里奥(广濑刚进)的日系三世的埃尔多比亚人，现在正在做打扫大楼的工作。马里奥好像从以前开始就受到律子的照顾，今晚也通过律子的妥善处理恢复了身体。几天后的早上，在杂居大楼的胡同里发现了奇怪的尸体。受害者是叫高井(神农直隆)的男性，是经营外国劳动者派遣业的团体的职员。注意到马里奥负责打扫那座杂居大楼的右京，很好奇，开始独自搜查。另一方面，亘(反町隆史)收到了日下部(榎木孝明)的“秘密指令”，追查了法务省的内部部局入境管理局的信息泄露问题。入管最近接连发生揭发失败，内部信息泄露嫌疑浮出水面，所以是寻找真相的指令。马上去找在入管工作的前辈官僚野坂(春田纯一)的亘，发现他拿着的火柴是进入问题杂居大楼的酒吧的东西。外国劳动者马里奥、入境警备官野坂，以及被杀害的人才派遣业的高井。与奇妙的联系对峙的右京和亘，张开共同战线进行调查...!?

右京(水谷丰)和亘(反町隆史)为了归还遗留品访问帝都大学。这是作为下一代机器备受瞩目的量子计算机的核心实验成功的物理学家成田知子(大沼百合子)的遗留品。她在实验中死于事故，警察将其视为事故死亡。一路看着遗留品中的旧笔记本的右京，很在意公式旁边写着“RT”字。在那里，为了从和知子交流的准教授堀井(正名仆藏)那里听说，去了研究室，里面还有一只黑猫的样子。物理学家和猫的组合，联想到“薛定谔的猫”这个现代物理的思维方式的右京。那就是，如果把猫放进看不见里面的笼子里的话，“猫活着的世界”和“死去的世界”同时存在，打开盖子的瞬间决定哪个世界的想法。右京、亘、还有堀井在说那种话的上午9点20分。突然，校内的紧急铃声响起，右京等人进入了“某个人死亡的世界”。但是，那个世界只是“上午9点20分同时并行存在的世界”之一。

偷了数千万日元的宝石，抢夺警察手枪逃跑的通缉犯，时隔3年再次出现。据说在东京都内的当铺里以宝石兑换现金出现，被举报后开枪逃进了一座叫夕雾岳的山。那里被称为“神隐之山”，是出现多个失踪者的地方。和搜查一课一起被派去寻山的右京(水谷丰)在山中发现了像弹痕一样的东西，一个人搜索了周边。但是，脚下的岩石坍塌，坠落到悬崖下...。第二天，因为法务省的事情没有参加狩猎的亘(反町隆史)为了寻找右京来到了夕雾岳的山脚下。在那里第一次注意到右京失踪的伊丹(川原和久)们，除了犯人之外，还开始搜索右京，但亘不知为何拒绝进入山里。听说几年前访问夕雾岳时目睹的白色西装的亡灵很可怕。另一方面，那个时候，恢复意识的右京，在陌生的民宅的一个房间里。腿受伤了，虽然走路有障碍，但是没有其他受伤。马上在妻子身边走来走去，居民喜久子(山口果林)正在做烤锅的工作。那家是传闻在夕雾岳被神隐杀的叫村井流云(大槻修治)的著名陶艺家的工坊。据说现在流云的弟子喜久子和她的丈夫铁朗（升毅）两个人独自生活。那里是手机打不通，离村子也很远的山里的独栋房子。想告知他平安的右京，为了下山而采取行动...。

逃亡中的宝石强盗斗泽(洼寺昭)的遗体在露营地被发现，搜查改为杀人事件。另外，在“神隐之山”中失踪的右京(水谷丰)的搜寻也在继续。在这之中，亘(反町隆史)访问了尚未进入搜索队的山中陶艺工坊。那里是遇难的右京被囚禁的地方，但出场的居民铁朗(升毅)和喜久子(山口果林)的夫妻，如果刑警没有来的话，就会把亘赶回去。那时，右京因为偶然在场而被卷入电话工程的作业员翔太(清水优)和被监禁在用地内的谷仓里。从谷仓里发现了装入壶的白骨的两人，更加增强了危机感，拼命地试图逃脱...!?另一方面，作为杀害斗泽的嫌疑人，女主人里美(冈本梓)和丈夫亮(川野直辉)浮出水面。被以亘为首的搜查阵容严厉追求的2人，明显表现出动摇的样子...!?

讨厌警察的目击者在前几天使搜查混乱的事件中(第15话“讨厌警察”)，亘(反町隆史)进行了阻止法院令执行的“妨碍搜查”这件事被上层听到，右京(水谷丰)和亘一起被追究责任。。虽然暂时下达了谨慎处分，但右京作为惩戒对象，亘被送回法务省，被命令地方调职的公算很高。在这之中，警视厅的警察学校发生了前所未有的事态。接受实弹射击训练的训练生之一的伴野(濑川亮)突然射杀了教官。在场的几名训练生也相继被击毙，拿着手枪离开了现场。在隔壁的警察大学接受教官养成研修的米泽(六角精儿)迅速察觉到异常，立刻在东京都内全域实施紧急部署。据和伴野同为训练生，成为唯一的幸存者的金井冢(小柳友)说，伴野为了测试“不屈服于恐怖主义”“坚决战斗”的部长们，为了测试他们为目标而发表了“犯罪声明”。发现伴野的目标后不久，就发生了文部科学大臣被枪杀的事件。以总理大臣玄间(国广富之)、副总理玉手(小野寺昭)为首的阁僚们召开紧急会议，讨论展示战斗的姿态，但农林水产大臣菊本(石桥莲司)以慢性病为由辞职，在敌前逃亡。政府也暴露了不是一块石头的弱点。另一方面，亘在公安调查厅时认识的该厅的调查官鸭志田慎子(高冈早纪)提出了意想不到的建议。慎子说，她和伴野以前在美国相识，现在关系也不浅，有办法直接和他联系。叫自己诱饵伴野怎么样？那个方案因为右京的机智而被搜查本部采用，慎子成功与伴野取得了联系。在大规模的包围网中，伴野会出现在碰面地点吗...!?