法務省が管轄する刑務所内で殺人事件が発生！ 受刑者の美倉（小柳心）が刑務官の田代（栩原楽人）を殺害するという前代未聞の事件だった。取調べで犯人の美倉は一切口を割らず、法務事務次官の日下部彌彦（榎木孝明）は元部下の冠城亘（反町隆史）に捜査に加わるよう指示する。亘は人事交流の名目で法務省から警視庁に出向しているキャリア官僚で、現在は元々特命係があった部屋をあてがわれていた。他省庁から出向してきたキャリアは警視庁ではお客様扱いで特段することもない。そんな中、日下部の命を受けた亘は、伊丹（川原和久）たちと共に取り調べに当たり、美倉から意外な話を聞く。3か月前に死亡し、病死扱いになっていた受刑者の梅津（井之上隆志）が、田代刑務官に殺されたというのだ。美倉はその仇を取ったと主張し、梅津の死後、本人から「田代に殺された」と聞いたと供述する。つまり、美倉の言葉どおりなら、梅津の幽霊が語ったということになるのだが、にわかには信じがたい。当然、捜査関係者は取り合おうとしなかったが、亘だけはその供述に引っ掛かるものを感じていた。そのころ、無期限停職処分中の杉下右京（水谷豊）は、ある国で意外な捜査をしていた。

首席監察官の大河内（神保悟志）が、峯秋（石坂浩二）を通じて、右京（水谷豊）に亘（反町隆史）の様子を問い合わせてきた。亘は最近、ある組織について調べているようなのだが、知っていることがあったら教えてほしいという。その場では亘を「単なる同居人」とそっけなく答えた右京だが、秘密裏に動いている彼の動向には興味をひかれたようで、周辺を調べ始める。そんな中、亘が2人組の男に襲われ、「余計なことは調べるな」と脅迫される事件が発生。その窮地を、尾行していた右京のおかげで逃れることができた亘は、事情を説明する。亘の旧友で、元埼玉県警の刑事・千原（関戸将志）の遺体が発見され、自殺で処理されたのだが、その死に疑問があるという。退職後、フリーのジャーナリストだった千原が、当時調べていたのが県警の所轄署。右京は、千原の元相棒で、今回の一件で亘に協力していた県警の刑事・早田（宅間孝行）に、「後は自分たちに任せてほしい」と告げ、亘と共に背景を探り始める。

山中の別荘で服毒死とみられる女性の遺体が発見された。証拠品の返却のため、別荘の前を偶然車で通りかかった右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、さっそく現場検証に立ち会うことに。別荘の持ち主は、IT関連企業の社長・雨宮（葛山信吾）で、死亡した女性・美由紀（中島亜梨沙）と少し前まで交際していたという。右京が気になったのは、女性の手に残っていた観葉植物の葉と土、そして現場付近で見かけた“中村ケミカル工業”という会社名の入った不審な車だった。その後、美由紀が雨宮との交際について、ネットの掲示板に相談を持ち掛けていたことが判明。また、右京が現場で見かけた不審な車を運転していた中村ケミカル工業の社長・中村（近藤公園）が、親身に彼女の相談に乗っていたことが分かるのだが…!?

ある日、右京（水谷豊）は、捜査二課時代の上司で現在は金融コンサルタントをしている片野坂（岩松了）と再会する。裏社会の人間も顧客にしている人物のため、右京はかかわりあいを避けようとするが、片野坂は思わぬ話を切り出してくる。20年前、右京と片野坂は、当時君臨していた日本の政財界とつながりがあり、フィクサーとも呼ばれていた黒幕・譜久村（織本順吉）を逮捕しようと動いていた。しかし、唯一の手掛かりだった証券会社の男が自殺し、真実は闇に消えた。それから20年後の今、片野坂は自殺した男の娘・愛（伊藤久美子）と偶然再会したと語る。しかし、一週間ほど前から連絡が途絶えてしまったため、当時の事情を知る右京に調べてほしいのだという。自分が追い切れなかった譜久村が、今回の一件に何らかのかかわりを持っている可能性を感じた右京は早速、譜久村と接触。しかし、今なお各界に絶大な影響力を持つ裏社会のドンだけに、調べ始めただけで即座に上から圧力をかけられるのだが、右京は亘（反町隆史）と共に捜査を続ける。

法務省のエリート官僚・藤井（小林博）の遺体が発見された。死因はコーヒーに混ぜられた青酸化合物。自殺の可能性もあったが、捜査一課では、本妻との離婚を迫っていた愛人の彩那（田川可奈美）を第一容疑者として捜査を開始する。いっぽう、同じ事件について、法務省が助成金を出している研究機関の科学者・長江菜美子（平岩紙）が開発した犯罪捜査用の人工知能“ジェームズ”も分析を始めていた。実証実験では、既に4件もの事件に関して、ピンポイントで犯人を言い当てた実績があるという。そして、今回の一件では、解析途中で彩那犯人説を否定していた。おおいに興味をひかれた右京（水谷豊）は、亘（反町隆史）と共に菜美子の研究室を訪れ、その驚くべき性能を目の当たりにする。ますます興味をそそられた右京は、ジェームズと競うように本格的な捜査に乗り出す。

倉庫ビルの敷地で、転落死したと見られる男性の遺体が発見された。死亡していたのは、山本（内浦純一）という気鋭のジャンクアーティストで、腹部には刺された傷が残っていた。右京（水谷豊）は、かねてから注目していた芸術家の不審死ということもあって、亘（反町隆史）と共に捜査に乗り出す。早速、山本のアトリエを調べた右京は、そこで不自然に壊された作品を見つけ、何らかの手掛かりになるのではと復元を試みる。一方、捜査一課が山本の内縁の妻・玲奈（笛木優子）から事情を聞いたところ、山本のDVが発覚。一課は玲奈に疑いの目を向ける。そんな中、右京と亘は、山本を支援していたアートディレクターの由紀（中原果南）から話を聞く。彼女によると、山本と玲奈は初恋同士で結ばれたというのだが、右京は玲奈本人が言っていたことと、その由紀の証言が微妙に食い違っていることに気づく。

花の里の女将・幸子（鈴木杏樹）が、不審者として身柄を拘束されたという連絡を受け、右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は身元引受人として所轄署に出向く。事情を聞くと、原因は最近購入した一着の着物だという。その胴裏を張り替えようと剥がしたところ、生地に「いつかおまえがそうしたように、あたしもおまえを殺したい。でも、できない。もどかしい…。幸子」という一文が口紅で書かれていたという。幸子は、この不穏な文章と“幸子”という自分と同じ名前に胸騒ぎを覚え、元の持ち主のマンションまで行ったものの、話をどう切り出したものかわからず周囲をうろついてしまい、不審者と間違えられたらしい。この話におおいに興味をひかれた右京と亘は、共に背景を調べ始める。元の持ち主は上條愛（西原亜希）という着付け教室の講師で、双子の姉である上條幸子は、2人の母親が営んでいる高級クラブで働いていることが分かる。実際、幸子に会って話を聞くと、文章は単なるポエムだというが、右京はこの双子の姉妹の言動に引っ掛かるものを感じる。

人気漫画家・箱崎咲良（玄理）のマネジメントを担当する会社の社長・原田（内田健介）が、刺殺される事件が発生。現場は特徴的な建物付近の階段で、遺体の近くには花びらが散らばっていた。警察が到着する前に、その様子を複数の一般人がスマホで撮影しており、SNSに多数の現場写真がアップされるという騒動も起こる。そんな中、咲良の人気漫画を掲載する漫画雑誌編集部が、発売前である最終回のラストシーンと原田の遺体写真が、まったく同じ状況であることを公表。事件があったとき、咲良は編集部の人間によって缶詰状態でまさに最終回を執筆中だったといい、「天才漫画家が殺人事件を予言した」と触れ回った。咲良の大ファンである米沢（六角精児）は、咲良に疑いの目が向けられることを避けるため、特命係に捜査を依頼。事件に興味を持った右京（水谷豊）は、亘（反町隆史）と共に咲良を訪ねると、彼女は3年前の事故から車椅子生活で、姉のますみ（原田佳奈）のサポートで生活していた。

組対五課の応援に駆り出された右京（水谷豊）と、見学ということで同行した亘（反町隆史）は、現場の廃工場で、小さな子供が描いたと思われる母親の似顔絵を見つける。そこは子供が立ち入るような場所ではなかったため、気になった右京は、落し物を届けるという名目で、絵を描いた子供・ひなた（須田理央）の家を訪れる。応対に出た母親・志乃（新妻聖子）とのやり取りから、絵が廃工場で見つかった経緯に疑問を感じた右京は、母娘の周囲をさらに捜査。すると、かつてひなたが誘拐され、廃工場に監禁されていた可能性が浮上してくる。しかし、通報された形跡はなく、母娘をはじめとする家族は固く口を閉ざし、まるで誘拐などなかったかのように振る舞っていた。さらに、志乃の父で警備会社社長の健作（西田健）は、警察OBでもあり、警察上層部に圧力をかけて右京と亘の動きを封じはじめてきた。

官房長官・音越栄徳（西村和彦）と官房副長官になった片山雛子（木村佳乃）による新会派結成と総裁選出馬宣言の記者会見場で、爆破事件が発生。そんな、国を揺るがす緊急事態でも、特命係は蚊帳の外で、右京（水谷豊）は休暇を取っていた。しかし、訪ねてきた元捜査一課の三浦（大谷亮介）から、極左グループ「赤いカナリア」の元幹部・本多（古谷一行）に関する気になる情報を聞く。元死刑確定囚だった本多は、超法規的措置で別人の戸籍を与えられ、娘の茉莉（内山理名）と共に余生をおくっていたが、最近になって消息が分からなくなったという。引っ掛かるものを感じた右京は、2人が暮らしていたという富山へと向かう。一方、亘（反町隆史）は、雛子と警察幹部が顔を揃えた会議に招集される。雛子が主導権を握るその会議では、爆破事件に使われた爆弾の性能から、本多の関与を有力視。亘や警視庁公安3課を含むチームで、事態の収拾に動き出す。同じ頃、富山に到着した右京は、本多親子が住んでいた村が音越官房長官の選挙区であることを知る。また、役場の植村明梨（武田梨奈）の案内で本多親子の住まいを訪ねた右京は、誰もいない部屋から紐が通された青い石を発見する。明梨によれば、それは村で言い伝えられている“願い石”と呼ばれる願掛けのアイテム。一つの石を二つに割り、同じ願いを持つ者で分け持つと成就するのだという。そう説明する明梨の首にも、赤い願い石がかけられていた。本多親子の住まいを捜索し終えた右京が外に出ると、そこには公安3課の刑事たちがいた。半ば強制的に東京に連れ戻された右京は、これまで数々の因縁がある雛子と再び顔を合わせる。「邪魔をするな」という雛子に対して、右京は「本多が爆破事件を起こしたとは思えない」と反論。右京と雛子は、またしても対峙することになる。その一方、右京は本多親子の住まいから持ち帰った青い石の鑑定を米沢（六角精児）に依頼。ついでに、新たに願い石を作り、事件解決を願って亘と分け持つことにする。ただし、今回の事件に関しては、雛子が集めた捜査チームの一員である亘と、右京には立場の違いがあって別行動。亘が警視庁に残る中、右京は再び単独で富山に飛ぶ。

富士の裾野で映画の撮影が行われている最中、主演女優・桜庭かなえ（高橋かおり）の姉でマネージャーをしている恵子（白土直子）の遺体が、別荘で発見された。所轄署が容疑者として目を付けたのが、恵子に復縁を迫っていたという元夫。担当の弁護士と旧知の仲の亘（反町隆史）は、力を貸してほしいと頼まれ、右京（水谷豊）に相談する。事件に興味を持った右京は、亘と共にかなえの映画撮影現場へ。そこでは、かなえとベテラン女優の桐島万里子（多岐川裕美）が、周囲の目も気にせずいがみ合っていた。聞けば、確執はかなり以前からのことらしく、特に事件のあった日は、スタッフの前で罵り合いを始め、ついには万里子が映画から降りると言いだす騒ぎに。その後、かなえが謝罪したことで、何とか場は収まったという。そんな中、右京は万里子に誘われ、2人きりでバーで会うことになるが…!?

監察官の大河内（神保悟志）から聴取を受ける右京（水谷豊）と亘（反町隆史）。捜査一課の経理担当で、特命係に在籍したこともある陣川（原田龍二）が、また何らかの事件に巻き込まれたらしい。事の発端は2週間前だった…。都内のマンションで女性が殺害された。捜査一課では、殺害の手口から、5年前に4人を殺して逃亡中の連続殺人犯が、沈黙を破って活動を再開したのではないかと見ていた。一方、相変わらず惚れっぽい陣川は、事件のことなど眼中にない様子で、今度はコーヒーショップの女性店主・さゆみ（黒川智花）に熱烈な片思いをしていた。思い込みの激しい陣川は、まだ交際もしていない内からプロポーズを決行するが…!?

1か月前、伊丹（川原和久）が自殺として処理した女性の転落死が、『実は殺人だった』と告白する犯人の手記が新聞にスクープされた。そこには、犯行動機や偽装の経緯、さらには犯人しか知りえない情報も書かれていた。責任を問われた伊丹は、新聞社に手記の現物提出を要求するも拒否されてしまい、はずみで柏田編集長（野仲イサオ）を突き飛ばしてしまう。そのころ、右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、被害者の女性が半年前まで勤めていた旅行会社を訪れていた。応対に出た社長が、遺書と思われるメールを受け取った人物だったが、彼女が会社を辞めてから個人的な繋がりはなかったという。そんな中、問題の新聞に、『刑事が編集長に暴行をはたらいた』という記事が掲載される。それを問題視した内村刑事部長（片桐竜次）は、伊丹から警察手帳を取り上げ、自宅謹慎を命じる。進退窮まり、自分にとってこれが“最後の事件”だと腹をくくった伊丹は、謹慎処分を無視して特命係と捜査を続行。すると、スクープを飛ばした今井（大場泰正）という記者から、思わぬ手掛かりがもたらされる。

都内の駐車場で、蘭の栽培を手掛ける会社の経営者・式田芳彦（木川淳一）が、遺体で発見された。夫の芳彦とは別の会社を経営している妻のリオ（小林麻子）によると、芳彦とはもう何年も別居状態で、芳彦は4年ほど前から内縁の妻の志桜里（荻野友里）と暮らしているという。米沢（六角精児）から連絡を受けて捜査を始めた右京（水谷豊）は、殺害現場付近の痕跡から漫才コンビがそこを練習場所にしていたことを見抜き、亘（反町隆史）と共にライブ会場に聞き込みに向かう。すると、その小さな劇場を活動拠点にしている「でんすけ」というコンビの一人・コースケ（駒木根隆介）が、姿を消していることが判明。相方の伝（渋谷謙人）に聞くと、昨晩はネタ合わせがうまくいかず、ケンカ別れしたまま行方が分からないという。そんな中、発見された凶器からコースケの指紋が検出され、捜査一課は経営に関して芳彦と揉めていた志桜里が、運送業者の担当アルバイトだったコースケと共謀して事件を起こした疑いを視野に入れて捜査を進める。

ある夜、道でうずくまる外国人男性を見つけた右京（水谷豊）は、彼に請われるまま、小さな個人病院へと担ぎ込む。そこは、小峰律子（竹下景子）という女性医師が一人で切り盛りする病院で、偶然にも右京と律子は小学校時代の同級生だった。助けたのは、マリオ（広瀬剛進）という日系三世のエルドビア人で、現在はビル清掃の仕事をしているという。マリオは以前から律子に世話になっているらしく、この夜も律子の適切な処理で体調を回復させた。数日後の朝、雑居ビルの路地で変死体が発見される。被害者は、高井（神農直隆）という男性で、外国人労働者の派遣業を営む団体の職員だった。マリオがその雑居ビルの清掃を担当していることに気づいた右京は、気になって独自の捜査を開始。一方、亘（反町隆史）は、日下部（榎木孝明）からの“秘密指令”を受け、法務省の内部部局である入国管理局の情報漏えい問題を追っていた。入管では最近、摘発の失敗が相次いでいて、内部からの情報リーク疑惑が浮上しているため真相を探れとの指令だった。早速、入管に勤める先輩官僚・野坂（春田純一）に探りを入れた亘は、彼が持っていたマッチが問題の雑居ビルに入る飲み屋のものであったことに気づく。外国人労働者のマリオ、入国警備官の野坂、そして殺された人材派遣業の高井。奇妙な繋がりと対峙することになった右京と亘は、共同戦線を張って捜査にあたるが…!?

右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、遺留品の返却で帝都大学を訪れる。次世代機器として注目を集めている量子コンピューターの核となる実験に成功した成田知子（大沼百合子）という物理学者の遺留品だった。彼女は、実験中のアクシデントで死亡し、警察ではそれを事故死として処理していた。道すがら遺留品の中にあった古いノートを見ていた右京は、数式のかたわらに『RT』という文字が書かれているのが気になる。そこで、知子と交流のあった准教授・堀井（正名僕蔵）から話を聞いてみようと研究室を訪ねると、中には一匹の黒猫の姿も。物理学者と猫という組み合わせに、『シュレディンガーの猫』という現代物理の考え方を連想した右京。それは、猫を中が見えないケージの中に入れた場合、「猫が生きている世界」と「死んでしまった世界」の両方が同時に存在し、蓋を開けた瞬間にどちらの世界になるか決まるという考え方。右京、亘、そして堀井がそんな話をしていた午前9時20分。突然、学内の非常ベルが鳴り、右京たちは“ある人物が死んでしまった世界”へと進む。しかし、その世界は、“午前9時20分を境に同時並行的に存在する世界”のひとつに過ぎなかった。

数千万円の宝石を盗み、警察官の拳銃を強奪して逃げている指名手配犯が、3年ぶりに姿を現した。都内の質屋に宝石の換金で現れ、通報されると拳銃を発砲して夕霧岳という山に逃げ込んだという。そこは“神隠しの山”と呼ばれ、複数の行方不明者が出ているいわく付きの場所だった。捜査一課と共に山狩りに駆り出された右京（水谷豊）は、山中で弾痕らしきものを発見して一人周辺を捜索。しかし、足元の岩場が崩れ、崖下に転落してしまう…。翌日、法務省の用事で山狩りに参加していなかった亘（反町隆史）が、右京を探して夕霧岳のふもとへやってくる。そこではじめて右京の失踪に気付いた伊丹（川原和久）たちは、犯人に加えて右京の捜索も開始するが、亘はなぜか山に入ることを拒否。聞けば、数年前に夕霧岳を訪れた際に目撃した、白いスーツの亡霊が恐いらしい。一方その頃、意識を取り戻した右京は、見知らぬ民家の一室にいた。足に怪我をしており、歩くのに支障があるものの、ほかに怪我はない。さっそく家内を歩き回ると、住民の喜久子（山口果林）が釜焼きの作業をしていた。その家は、夕霧岳で神隠しにあったと噂される村井流雲（大槻修治）という有名陶芸家の工房だった。現在は、流雲の弟子であった喜久子とその夫・鉄朗（升毅）が二人だけで暮らしているという。そこは、携帯が通じず、村からも遠く離れた山奥の一軒家。無事を知らせたい右京は、山を下りようと行動を起こすが…。

逃亡中だった宝石強盗犯・斗ヶ沢（窪寺昭）の遺体がキャンプ場で発見され、捜査は殺人事件に切り替えられる。また、“神隠しの山”で失踪中の右京（水谷豊）の捜索も続けられていた。そんな中、亘（反町隆史）は、まだ捜索隊が入っていない山中の陶芸工房を訪れる。そこは、遭難した右京が囚われの身となっている場所だったが、応対に出た住人の鉄朗（升毅）と喜久子（山口果林）の夫婦は、刑事など来ていないと亘を追い返す。その時、右京は、偶然居合わせたことで巻き込まれた電話工事の作業員・翔太（清水優）と、敷地内の納屋に監禁されていた。納屋から壺に入った白骨を発見した二人は、さらに危機感を強め、決死の思いで脱出を試みるが…!?　一方、斗ヶ沢殺害の容疑者として、ホステスの里美（岡本あずさ）と夫の亮（川野直輝）が浮上。亘をはじめとする捜査陣に厳しく追求された2人は、明らかに動揺した様子を見せて…!?

警察嫌いの目撃者が捜査を混乱させた先日の事件で（第15話「警察嫌い」）、亘（反町隆史）が裁判所の令状執行を阻止する“捜査妨害”を行っていたことが上層部の耳に入り、右京（水谷豊）は亘と共に責任を問われる。さしあたり謹慎処分が下されるが、右京は懲戒の対象に、亘は法務省に戻され地方転勤を命じられる公算が高かった。そんな中、警視庁の警察学校で未曾有の事態が起こる。実弾射撃訓練を受けていた訓練生の一人・伴野（瀬川亮）が、突然教官を射殺。その場にいた数名の訓練生も相次いで撃ち殺し、拳銃を持ったまま現場を立ち去った。隣の警察大学校で教官養成の研修を受けていた米沢（六角精児）がいち早く異変に気づき、すぐさま都内全域に緊急配備が敷かれる。伴野と同じ訓練生で唯一の生存者となった金井塚（小柳友）によると、伴野は、「テロには屈しない」「断固戦う」と事あるごとに口にする閣僚たちを試すため、彼らを標的にするという“犯行声明”を語っていたらしい。伴野の狙いが判明した直後、文部科学大臣が射殺される事件が発生。総理大臣の玄間（国広富之）、副総理の玉手（小野寺昭）をはじめとする閣僚たちは緊急会合を開き、戦う姿勢を見せようと話し合うが、農林水産大臣の菊本（石橋蓮司）は持病を理由に辞職し、敵前逃亡。政府も一枚岩ではないという弱さを露呈させる。一方、亘が公安調査庁にいたころに知り合った同庁の調査官・鴨志田慎子（高岡早紀）から思わぬ提案がなされる。慎子は、伴野と以前アメリカで知り合い、今も浅からぬ関係にあって、彼と直接連絡を取る手段があるという。自分を囮に伴野をおびき出してはどうかというのだ。その案は右京の機転もあって捜査本部に採用され、慎子は伴野とコンタクトを取ることに成功。大規模な包囲網が敷かれる中、はたして伴野は待ち合わせ場所に姿を現すのか…!?