ある日、右京（水谷豊）のもとに、かつて事件を通じて特命係とかかわったホームレスの吉田一郎（松尾貴史）が訪ねてくる。ゴミ箱から拾ったバラバラのレジュメを繋ぎ合わせたところ、そこには歩道橋から転落死したと報じられた男性会社員の詳細な個人情報が書かれていたという。それが何らかの事件であることを察した右京と享（成宮寛貴）は、独自の捜査を開始する。そんな中、右京は歩道橋付近の防犯カメラに、先日絞殺された大学准教授が映っているのを発見。ふたつの事件の繋がりを疑う。そして、吉田から受け取ったレジュメから、社美彌子（仲間由紀恵）という女性の指紋が見つかる。彼女は、内閣情報調査室総務部門（通称・内調）に在籍する、情報機関のスペシャリストだった。さっそく、美彌子と面会した右京と享は、レジュメが内調の資料室から何者かによって持ち出されたものだと聞く。美彌子によると、レジュメには７名の日本人の詳細な情報が書かれていた。７名は先ごろアメリカに亡命したロシア人スパイが日本滞在中に情報を得ていた協力者だと証言した人物という。米CIAから内調に極秘裏に連絡があったのだ。その内、既に３名が死亡。転落死した男性会社員と、絞殺された大学准教授、さらに昨夜殺害された新聞記者の名前があった。何者かがリストアップされた７人を次々に殺している“連続暗殺事件”の可能性が浮上し、捜査一課は残る４人の警護を担当することに。ところが、その矢先、思わぬ事態が起こり、警護は大混乱に陥る。７人を狙う“姿なき暗殺者”は一体誰なのか？右京と享は、日本の情報戦略を根底から揺るがすスパイ事件の闇を解き明かすことができるのか…!?国家レベルの巨大事件から、特命係の新たな捜査が始まる！

　文科省の官僚・高宮（山崎銀之丞）が殺人容疑で逮捕された。しかし、取り調べをのらりくらりとかわし、容疑を認めようとしない。そんな中、警察に「高宮は被害者に強請られていた」という告発メールが届く。一連の出来事に引っ掛かりを覚えた右京（水谷豊）と享（成宮寛貴）は、独自の捜査を開始。現場を調べていると、そこに容疑者・高宮の息子を名乗る、優（濱田龍臣）という14歳の少年が現れる。父が殺人などするはずがないと考え、自分で調べているらしい。そして、聡明で如才ない優は、右京から「密告メールを送ったのは君ですね」と指摘されても動じず、逆に「お2人を僕のゲームのプレイヤーに認定します」と不敵な態度を示す。その後、右京たちは被害者と優に接点を見つける。小学校時代、優と同級生だった被害者の息子が、いじめを苦に自殺を図っていたのだ。被害者はその遺書をネタに高宮を強請っていたと思われた。殺人容疑をかけられながらも挑戦的な態度を見せる14歳の少年は、事件とどうかかわっているのか？さらに、特命係の捜査から第二の殺人が発覚して…!?事件はやがて、思ってもみなかった方向へと転がり始める！

　出版社に勤める長谷川（夙川アトム）という男性が自室で殺害された。室内が派手に荒らされていたことから、捜査一課は強盗殺人の線で捜査を始める。しかし、長谷川は3年前、強盗殺人の容疑者として裁判にかけられたものの、人権派の女性弁護士・永井多恵（片岡礼子）の手腕もあって、無罪となった人物であることが判明。さらに、今回の現場マンションが巨大な密室状態になっていることを知った右京（水谷豊）は、そこにミステリーを感じ、享（成宮寛貴）と共に独自の捜査を開始する。その後、多恵が裁判後も長谷川と交流を持っていたという情報を得た2人は、彼女から事情を聞く。そんな中、3年前の強盗殺人の“真犯人”とされていたホームレスが無実だった可能性が浮上して…！？ 3年前の強盗殺人と今回の殺人事件の関係は？右京と享は巨大な密室マンションの謎を解くことができるのか！？事件はやがて、思わぬ方向へと転がっていく！

　捜査一課に浅木真彩（原田夏希）という、警察庁に出向していた女性が新加入することになった。伊丹（川原和久）・芹沢（山中崇史）と組むことになった彼女は、早速ビルから転落死した身元不明女性の捜査に加わる。既に捜査に乗り出していた右京（水谷豊）と享（成宮寛貴）は、死亡直前の女性の行動から、警備会社の関係者ではないかと推理。調べると、彼女は警察庁を退職後に警備会社に移籍した名取恵子（菅原あき）という女性であることが分かる。さらに捜査を進めると、恵子が勤めていた会社に、警察庁との官製談合の疑いが浮上。恵子は、それを告発しようとして消されたのではないか？　右京たちは、真彩が警察庁の出身者ということで、恵子について何か知らないか聞くが、真彩は面識がないと答える。ところが、その後、思わぬ事実が判明し…!?

　右京（水谷豊）と享（成宮寛貴）が留置場に入れられる。発端は4日前。食事をしていた2人は、無銭飲食でわざと捕まろうとしている男・滝沢（佐藤正宏）と知り合う。体調も思わしくない様子の彼は、どうしても年越しを拘留施設で迎えたいのか、「5年前に人を殺した」と口走る。そのただならぬ様子に引っ掛かりを覚えた右京たちが、当時の事件を調べると、目黒区で起きた連続強盗殺人が浮かび上がってくる。しかし、岩倉（ダンカン）という男が犯人として捕まっており、既に死刑が確定していた。ただ、これまでの経緯から、この件に冤罪の可能性を感じた右京たちは、捜査を担当した中根署に出向く。そこは、享が特命係に移籍する前に刑事をしていた所轄署で、岩倉を取り調べたのは元上司の堀江（山口良一）だった

　享（成宮寛貴）は、悦子（真飛聖）から情報を得て、保険金殺人の疑いがある案件を単独捜査していた。被疑者は田無（米村亮太朗）という30代の男。彼は、4年前に20歳も年上の女性と結婚したが、2年後にその女性が急死し、巨額の保険金を受け取っていた。田無をマークしていた享は、右京（水谷豊）の助言で捜査一課に応援を要請。身柄の確保に動くが、追い詰められた田無は、享の目の前で自殺してしまう。捜査に落ち度はなかったものの、ショックを受けた享は辞職を考える。そんな中、田無の墓参りに訪れた享は、そこで彼の友人だという若い女性・美波（清水くるみ）と知り合う。享は美波に誘われ、若者たちを支援する団体へと向かうが…

　特命係の右京（水谷豊）と享（成宮寛貴）はとある街の商店街でパトロールをしていた。その商店街にある質店の気のいい店主・久米（矢崎滋）は、ある夜、腐れ縁の幼馴染みの小池（斉木しげる）が、見知らぬ若い女性とラブホテルに入っていく姿を目撃し、一部始終をスマホで録画する。久米は、小池の妻と昔から顔見知りなこともあって、その動画を手に小池を問い詰めるが、売り言葉に買い言葉で、本意とは裏腹に“口止め料”を受け取ってしまう。そんな中、度々質入れに来ている常連客の若者・平（足立理）に、金庫から金品を奪われてしまう。その中には、小池の不倫現場を記録した動画の記録媒体も入っていた。警察沙汰に出来ない久米は、自分でそれを取り戻そうと、平のアパートに向かうが、そこには彼の他殺死体が横たわっていた。思わずその場を逃げ出してしまった久米は、一蓮托生とばかりに小池に偽のアリバイ証言を頼む。パトロール中に出会った久米の、慌てふためく様子が気になった右京は、周囲を探り始めるが…!?

　三塚奈々（まつながひろこ）という若い女性介護士が殺害される事件が発生。彼女はキャバクラ嬢という“別の一面”も持っていたため、ワイドショーなどでも大々的に取り上げられ、いわれのない中傷を受けていた。犯人は現行犯に近いかたちで逮捕されていたが、「真犯人は別にいる」という匿名の通報があり、特命係はその捜査を申しつけられる。早速、行動を開始した右京（水谷豊）と享（成宮寛貴）は、奈々が担当していた寝た切りの老婦人・佳枝（丘みつ子）のもとを訪れる。佳枝はかなり気難しいタイプで、面倒を見ている一人息子の茂樹（吉満寛人）も、仕事との板挟みで手を焼いている様子だった。そんな中、右京は奈々が殺された時に所持していた介護の記録ノートに引っ掛かりを覚える。その疑問を解き明かすため、右京は自ら佳枝の身の回りの世話を買って出るが…!?

　年の瀬の夕方、6歳の少年が何者かに公園で誘拐される。その頃、杉下右京（水谷豊）は、西田悟巳（石田ひかり）という女性の葬儀に参列していた。彼女の遺品に右京宛ての手紙があったため、呼ばれたという。そこには右京への思いが綴られていた。　一方、警視庁では、元東京地検特捜部のエースで、現在は衆議院議員の橘高誠一郎（三浦浩一）の要請で、飛城雄一（平岳大）という男について報告が行われていた。飛城は新タイプの犯罪を次々と考案し、「犯罪の神様」とまで言われている男だというが、正体は警察でも掴めていなかった。同じ夜、誘拐犯から「子供を返してほしければ、生みの親である梶井素子（川上麻衣子）に1億2千万円を用意させろ」という電話が掛かってくる。指示された身代金の受け渡し方法は、素子が現金を背負って指定場所まで走って来いという奇妙なものだった。警察は万全の警備態勢で臨むが、そこで予想だにしない事態が！　右京と享（成宮寛貴）だけは即座に状況を察し、単独で犯人を追跡するが…!?

　都内各地で同一犯による連続殺人と見られる事件が発生！　手掛かりは、3つの現場すべてに残されていた犯人と思しき人物のDNA。ところが、問題のDNAが、鑑識課の米沢（六角精児）のものであることが判明。鑑識がDNA採取用に使用している綿棒に、米沢の細胞が付着していたのだ。マスコミでも大々的に取り上げられている“連続殺人犯”が、警視庁内の鑑識にいたとなれば尋常ならざる事態。米沢は早々にクビを宣告される。右京（水谷豊）と享（成宮寛貴）は、憔悴しきった米沢を放っておけず、独自の捜査を開始。米沢が師匠と仰ぐ鑑識課の係長・山崎（池田政典）も協力を申し出る。そんな中、右京たちは3つの現場から“共通の痕跡”を見つけ出すが、米沢は特命係に最後の挨拶にやってきて…!?

　公園でホームレスと見られる男性の死体が発見された。前夜、付近で若者たちが騒いでいたという情報があり、捜査一課は不良グループによるホームレス襲撃事件と目測を立てるが、右京（水谷豊）は、遺体の状況から身元を見抜く。男性は、池本（長谷川公彦）という私立大学の生物学教授で、研究のための虫を採取していたらしい。池本の研究室を訪れた右京と享（成宮寛貴）は、そこで彼の研究とは無関係の本の山を目にする。助教によると、それらの本は読みもしないのに借りてこさせていたらしく、「図書館で大発見をした」などとも言っていたらしい。そんな中、右京と享は、大学の一角で女子大生が大声をあげながら大勢の前で服を脱ぐ、不可解な行動を目の当たりにする。騒ぎはすぐ収まったものの、不審に思った右京たちが彼女を問い詰めるとパフォーマンスをせざるをえなかった驚くべき理由が明らかに！教授殺害事件との関連は！？ そして真犯人は誰なのか？

　茨城県郊外の小さなガソリンスタンドで、経営者の男性の遺体が見つかり、現場から現金が持ち出される事件が発生した。その頃、都内で危険ドラッグの摘発に協力していた右京（水谷豊）と享（成宮寛貴）は、大金を隠し持った挙動不審な中年女性・淑子（床嶋佳子）を見かけ、尾行することに。一方、伊丹（川原和久）をはじめとする捜査一課の面々は、ホテルで若い女性の変死体が発見された事件を捜査していた。バッグから大量の覚醒剤が見つかり、女は麻薬の売人と思われた。警察は、殺人の可能性も視野に入れ、現場から消えた男の行方を追う。しかし、姿をくらませた男・四宮（湯江健幸）は、暴力団関係者に拉致され、押収されてしまった覚醒剤の穴埋めをしろと脅迫されていた。

　大手楽器店との提携話が持ち上がっている老舗ヴァイオリン工房の社長夫人・新宮孝子（栗田よう子）が、自身の別荘で絞殺死体となって発見された。被害者は殺害される直前、夫の蔵人（鈴木綜馬）に電話をかけていたが、夫婦仲は冷え切っていたらしく、死の危機にひんした彼女がなぜ、警察ではなく夫に電話したのか疑問が残った。捜査に乗り出した右京（水谷豊）は、2人が愛情ではない別の何かで結びついていたのではないかと推理する。また、右京の脳裏には、15年前のある出来事がよみがえっていた。工房の後継者と目されていた双子の少女との出会い。後に知ることになる痛ましい事件。当時の面影を残す双子の少女の一人・響（笹本玲奈）との再会。右京は、今回の絞殺事件と、15年前に起きた出来事が、密接にかかわっている可能性を感じていた。

　右京（水谷豊）は、享（成宮寛貴）の後押しもあって、大学時代の恩師の古希を祝う会合に出席する。参加者は、恩師の鮎川（清水綋治）のほか、弁護士や大学教授、財務省の幹部など、特に優秀だった元教え子たち。その中には、最後の教え子だったという社美彌子（仲間由紀恵）の姿もあった。一同は、鮎川の身の回りの世話をしている家政婦の黎子（石野真子）の手料理に舌鼓を打ちながら会話を楽しんでいたが、鮎川は突然、思ってもみなかった疑問を投げ掛けてくる。「なぜ人を殺してはいけないのだろうか？」。次の瞬間、参加者たちは、強烈な睡魔に襲われ意識を失ってしまう。気がつくと、そこは外界から遮断された地下室で、その一角には命題への回答を求める書き置きが。しばらく後、地下室の扉が開かれるが、そこには猟銃を手にした鮎川の姿があった。

　右京（水谷豊）と美彌子（仲間由紀恵）が、大学時代の恩師・鮎川（清水綋治）に監禁されていることを知った享（成宮寛貴）たちは、必死に行方を追っていたが、いまだに場所を特定できずにいた。いっぽう、悦子（真飛聖）は、享との間に子供を授かったことを峯秋（石坂浩二）に告げるが、そこで思わぬ事態が！　その頃、右京は、一同を解放しようとしたことで、同じように監禁されてしまった家政婦の黎子（石野真子）から、鮎川と出会ったきっかけを聞いていた。黎子いわく、2人の間に恋愛感情はなく、鮎川からの要望で家政婦として働くようになったという。　そうこうするうち、再び地下室に鮎川が現れ、時間切れを告げる。彼は一同を監禁した後、「なぜ人を殺してはいけないのか」という命題を突きつけ、満足のいく回答が得られなかった場合、誰かを撃ち殺すと宣言していたのだ。「僕の中に眠っていた悪魔が目を覚ました」という鮎川。右京は、享が助けに来てくれることを信じ、大きな賭けに出るのだった。

　捜査一課で経理係をしている陣川（原田龍二）の妹・美奈子（水崎綾女）と連絡が取れなくなった。美奈子からの留守録の裏に、「早く乗せろ」という不穏な男の声が入っていたことから、陣川と旧知の仲である右京（水谷豊）と享（成宮寛貴）は捜査に乗り出す。企業から依頼を受けて人材を探すヘッドハンターをしているという美奈子。手掛かりを求めて部屋を調べると、謎の男から「例の件から手を引け」という脅迫めいたメールが届いていたことが分かる。しかし、勤務先の情報セキュリティーは厳しく、美奈子が今、どんな仕事を抱えていたか判然としない。それでも、わずかな糸口から、彼女が最近、大手電器メーカーの技術者と交渉していたこと。そして、引き抜きによる情報流出を警戒したそのメーカーが、調査会社を使って美奈子を調べていたことが分かる。

　都内の小さな公園で、饗庭丈弘（伊嵜充則）という左官工をしていた男性の遺体が見つかった。第一発見者は、特命係の追及をかわし続け、政治の裏側で暗躍してきた国会議員の片山雛子（木村佳乃）。彼女はいまや、初入閣が噂されるほどの確固たる地位を築いており、また、日本有数の資産家の御曹司・桐山友哉（藤重政孝）と結婚の約束をしているという噂があった。一方、鑑識の結果、饗庭の死因はアレルギー反応によるショック死であることが判明。彼が死の直前、桐山のことを調べていたことも分かる。右京（水谷豊）と享（成宮寛貴）は、雛子から直接事情を聞こうと接触するが、取り合ってもらえない。さらに、彼女の圧力で事件は事故扱いとなり、捜査一課も手出しできない状況に。それでも右京たちは捜査を継続。饗庭の周囲を探ると、意外な事実が浮かび上がってくる。

　犯罪者だけを狙った連続暴行事件が発生。犯人は、警察の手が及ばない隠れた悪党に制裁を加える「ダークナイト」と呼ばれる人物と思われた。ダークナイトは、ここ2年足らずの間に、制裁目的と思われる同様の事件を5件起こしており、世間の注目は高まるばかり。右京（水谷豊）も、ダークナイトが一体何を目指しているのか興味をひかれている様子で、独自の捜査に乗り出す構えだった。そんな中、政務活動費の不正流用疑惑が持ち上がっている都議会議員が暴行される事件が起こる。目撃証言などから犯人はダークナイトと思われたが、今回は被害者が初めて死亡してしまう。享（成宮寛貴）は模倣犯の可能性を疑うが、右京はその説を「全面的には支持できない」としながらも、被害者がこれまでの人物像とは違う上、犯行が殺人にまでエスカレートしていることに違和感を覚えていた。