未解決事件を専門に扱う特命捜査対策室第4係に勤務する新米刑事・桜木泉（上戸彩）は、今日も調べものをしている途中で寝てしまい庁舎に泊まっていた。4係係長の倉田工（杉本哲太）は室長の長嶋秀夫（北大路欣也）から、前日に山の中から白骨化した人骨が発見された事件の資料を渡される。人骨は10年前に起きた「東都銀行3億円事件」の容疑者の1人であることから4係が捜査することになったのだ。3億円横領事件の容疑者は、当時銀行に勤務していた大貫清美（宮下ともみ）、飯島友江（松岡恵望子）、迫田麻衣（小松彩夏）の3人で、いずれも事件直後から行方不明になっていた。白骨死体は迫田麻衣のもので、死後10年が経っていることが判明。さらに遺留品のメモに書かれた14桁の数字が明らかになった。深沢ユウキ（丸山智己）は、数字が銀行の口座番号であることを調べると、泉と共に口座の持ち主で麻衣の恋人だった宮本弘史（徳秀樹）を訪ねる。聞き込みだと張り切る泉に、深沢は黙ってメモだけしているようにと言い放つ。同じころ、4係では白石晋太郎（中原丈雄）が倉田に、インターネットの裏サイトで発見した、逃げまどう女性が拳銃で撃たれる映像を見せていた。その女性は10年前の横領事件の主犯とされていた大貫清美とわかる。塚本圭吾（宮迫博之）と高峰涼子（山口紗弥加）は、横領事件当時に支店長だった木村行信（渡辺憲吉）を訪ねていた。高峰は事件との関係を否定する木村のある行動に目をとめる。次々と新しい事実が発覚する中、泉は事件当時に清美が話していた言葉が気にかかり…。

証拠品管理センターにいた桜木泉（上戸彩）に、1995年4月に起きた富士見医大の研修医だった日向葵（原田佳奈）が殺害された事件の資料を持ってくるようにと伝言が入る。当時発見されなかった凶器のナイフが発見されたため、4係に再捜査依頼がきたのだ。15年前に発生したこの事件は、時効まであと1週間になっていた。科捜研での検査の結果、ナイフには犯人の血が、包まれていた英字新聞には花粉が付着していたことがわかった。富士見医大に向かった倉田工（杉本哲太）と塚本圭吾（宮迫博之）は、葵の治療にあたった医師・桐山義之（大高洋夫）を訪ね、病院内の捜査を申し出るが拒否される。泉と白石晋太郎（中原丈雄）は、当時は容疑者として疑われたものの証拠不十分で釈放された恋人で第一発見者である野宮冬樹（ムロツヨシ）が営む花屋を訪ねた。思い出すことはないかという白石の質問に微かに動揺する冬樹だが、妻であり富士見医大で看護師長をしている千秋（高久ちぐさ）が出てきて話が中断する。そこで、白石はあることに気付く。深沢ユウキ（丸山智己）と高峰涼子（山口紗弥加）は、事件発生直前に葵と冬樹が口論していたことを証言した、医師の東海林光輝（中村靖日）を訪ねた。東海林は、当時は言えなかったが強気な葵を恨んでる人間はたくさんいたはずだと証言。後日、4係に呼び出された千秋が、葵と当時の看護師長だった立花志保（阿南敦子）が1人の患者のことで言い合いになっていたことを証言する。その夜、4係に1人残り捜査資料を前に頭を抱えていた泉。すると電話が鳴り…。

またしてもデスクで眠ったまま朝をむかえてしまった桜木泉（上戸彩）。4係はでテレビで流れる、前日に起きた蒲田の河川敷で女性の遺体が発見された事件のニュースを見ていた。出社してきた深沢ユウキ（丸山智己）は、深刻な顔を浮かべそのまま長嶋室長（北大路欣也）を訪ねる。そして、4係は8年前に起きた事件の再捜査に着手することに。2002年、1カ月の間に4人の若い女性が立て続けに殺害される事件が起きた。遺体にはすべてナイフでGODという文字が記され、髪が切り落とされていたことから“神の処刑事件”と言われ世間を震撼させたが、4人目の殺害を最後に犯行はピタリと止まっていた。河川敷で発見された遺体が、神の処刑事件と類似点があることから4係で再捜査をすることになったのだ。ただし、相違点も多く、同一犯である確証が得られないまま捜査がスタートする。河川敷の遺体発見現場に向かった高峰涼子（山口紗弥加）と深沢だが、殺人犯係の捜査員は邪険に扱い、捜査状況や情報を教えてくれない。同じ頃、塚本圭吾（宮迫博之）と泉は、8年前の被害者の1人・田口成美（大矢敦子）の父親・健史（遠藤たつお）を訪ねていた。事件を引きずり、家庭が崩壊した健史の現状を目の当たりにして胸を痛める泉。泉たちが4係へ戻ると、殺人犯係の係長・古賀（矢島健一）が倉田工（杉本哲太）と対峙していた。古賀は河川敷の事件は容疑者の目星がついてるため4係に邪魔をされるのは迷惑だと言い、情報は渡せないと帰っていく。その夜、泉が科捜研を訪ねると、深沢もやってくる。今回の事件と“神の処刑事件”の関連に妙にこだわる深沢を興味津々にみつめる大森紗英（北川弘美）。そんな中、竹林匠（木村了）が証拠品から、当時は発見されていなかったあるものを見つける…。

4係に送付主不明の木箱が届いた。行方不明捜索担当者宛てになっていたその木箱を桜木泉（上戸彩）が開けると、そこには人骨の一部が入っていた！検査の結果、人骨は11年前に捜索願が出されていた中学校教師で天文学部の顧問をしていた朝倉聡（中野英樹）で、死亡時期が同時期であること、骨に土が附着していたことから土に埋められていたことがわかった。当時、朝倉の失踪は事件性が低いと判断され、残された資料が少ないため、4係は最後に朝倉を目撃した天文学部の生徒だった4人を訪ねることに。朝倉が死んでいた事実にもさして驚かず、部員同士も卒業後は連絡をとっていないと証言する水木丈太郎（金井勇太）、風間進（北条隆博）、四之宮真紀（篠原真衣）だが、泉と倉田工（杉本哲太）が訪ねた火浦忠広（遠藤雄弥）はマンションから転落した直後だった。慌てて救急車を呼び、一命をとりとめたものの意識不明の火浦。しかし、指紋から木箱の送り主であることがわかった。火浦の自宅から押収された証拠品には天文部への思い入れの深さがうかがえる、4人で写っている写真や天文部の日誌のコピーなどが出てくるが、火浦の件で改めて取り調べを受けるために警察に来ていた水木と風間は顔を合わせてもろくに会話もしない。2人の様子に、友達と疎遠になっている自分を重ね合わせ寂しさを感じる泉だが、長嶋秀夫（北大路欣也）からの助言もあり、天文部の日誌をチェックし始めた。翌朝、中学校校長からの通報で朝倉が埋められていた穴が発見された。場所は中学校の裏山で、骨や衣類、免許証などのほかに、特殊な物質で作られたネックレスがみつかった。高峰涼子（山口紗弥加）は、何かに気付き押収品を調べ始める。一方、火浦のパソコンを調べていた竹林匠（木村了）は、火浦のブログの最新記事に意味深なメッセージとコメント欄のある特徴を発見する。それをヒントに白石晋太郎（中原丈雄）と泉は、ある場所へ向かうが…。

所轄時代の桜木泉（上戸彩）の上司、村山武実（モロ師岡）が4係に再捜査の依頼にくる。その事件とは2年前から続く「学校飼育動物連続殺傷事件」。事件が起きた当初は、5年前に起きた「千山こども交流会殺傷事件」との関連性が疑われ、「学校飼育動物連続殺傷事件」は、その3年後の同じ日にち、同じ地区で発生。果たしてこれは模倣犯なのか？初めて事件の担当を任されることになった泉は張り切って捜査を始めるが、物証が少なく捜査は難航する。事件が起きた小学校への聞き込みを終えた塚本（宮迫博之）と泉は、「千山こども交流会殺傷事件」の現場に行く。塚本は機動捜査隊にいた頃、その事件の初動捜査に携わっており、現場の有様を目の当たりにしたことを泉に告げた。慰霊碑に花を手向け、4係に帰ろうとする泉と塚本の前に「宮田ユキ」と名乗る制服姿の少女（福田麻由子）が近づき、「もう1回ちゃんと（事件を）調べて」と訴える。一方、泉は村山から現場周辺の子供達の間で「赤い髪飾りの女」という噂があるという情報を得る。動物殺傷事件が起きる前に必ず赤い髪飾りをつけた少女が目撃されるというものだった。果たして少女と事件に関係はあるのか！？

「学校飼育動物連続殺傷事件」の捜査を続ける4係。事件の第一発見者である沢井春菜（福田麻由子）を重要参考人とし、春菜に任意の事情聴取を行うことになった。しかし春菜は深夜になっても家に帰宅していない。春菜を捜しに出かけようとする桜木泉（上戸彩）と塚本圭吾（宮迫博之）のもとに、科捜研から次に動物殺傷事件が起こることが予想される場所が分かったという連絡が入る。泉と塚本が現場へ到着すると、そこには春菜がいた。塚本は逃げる春菜を捕まえようと腕を掴んだ際に、春菜から腕をナイフで切りつけられ負傷してしまう。一方、春菜の家を取り調べに行った高峰涼子（山口紗弥加）と深沢ユウキ（丸山智己）は、春菜のパソコンから動物虐待の裏サイトへアクセスした履歴を見つける。春菜と事件の関与がますます疑わしいものになり、春菜の捜索が強化された。そして、同日の深夜、ネットカフェにいる春菜が発見され、春菜の事情聴取をすることになった泉。春菜は「動物を殺したら、死刑になる？」と泉に質問をし…。

4年前に起きた「六本木IT社長殺害事件」の再捜査を行うことになった4係。その事件とはIT時代の寵児と呼ばれた会社社長・桝山一弘（松尾敏伸）がオフィスで何者かに胸を刺され殺害されたというもの。強引な買収で桝山に対し怨恨の動機を持った容疑者は多くいたが当時は有力な手がかりが少なく、犯行に結びつける物証を見つけることができず未解決事件となっていた。そして4年後の今、被害者の秘書だった吉岡知加子（神農幸）の情報により、当時被害者の会社で警備をしていた木戸聡史（野中隆光）に新しく容疑がかかった。倉田工（杉本哲太）の根強い取り調べにより、木戸はついに「俺がやったんだよ！」と自白をし、逮捕された。しかし裁判で木戸は一変し、殺人を否定。弁護人の黒崎勝彦（小須田康人）は、木戸の自白は倉田の不当な取り調べにより強要されたものだと訴える。翌日、検察から倉田を捜査から外すよう一課長のもとにクレームが入った。しかし長嶋秀夫（北大路欣也）の計らいにより、倉田の指揮のもと再々捜査を行うことになった4係。4係のメンバーはより一層気を引き締め、次の公判までに新たな証拠を見つけ出すべく捜査を再び開始したのだが…。

証拠品管理センターで、桜木泉（上戸彩）は室長の長嶋秀夫（北大路欣也）から出された課題に今日もまた取り組んでいた。そこへ、長嶋から再捜査の連絡が入る。その事件とは2004年に起きた「杉並事件」。「杉並事件」とは、下校途中の女子高生・本谷翔子（志保）が誘拐され殺害された事件。犯人からの要求は「制限時間は72時間、その間に身代金5000万円の受け渡しが出来なければ、人質に制裁が下る」というもの。被害者の女子高生が議員である本谷拓郎（中根徹）の娘だったということもあり、当時はマスコミにも注目された。長嶋がかつて所轄の刑事課長だった頃に指揮を執った事件で、高峰涼子（山口紗弥加）もプロファイリングチームの一員として捜査に参加していた。「杉並事件」は長嶋と高峰にとって忘れられない痛みを抱えた事件であった。そして6年後の今、犯人と名乗る男・小栗太一（滝藤賢一）が現れ再捜査をする運びとなったのである。小栗は杉並事件で使用された精密機械の設計図を持っており、犯行声明文の筆跡も小栗と一致したことから犯行に関わっていた可能性は高いと判断された。しかし、電話の声だけは小栗と一致しなかった。小栗は果たして真犯人なのか！？　小栗には共犯者がいたのか！？　4係が再捜査に乗り出す！

「杉並事件」の容疑者・小栗太一（滝藤賢一）の死亡により、警視庁本部は事件の捜査終了を決定した。しかし、事件の真相は解明されておらず共犯者がいる可能性が高いのにも関わらず捜査打ち切りになったことに4係はいら立っていた。長嶋秀夫（北大路欣也）に捜査を止められていた桜木泉（上戸彩）であったが、「杉並事件」の被害者・本谷翔子（志保）の携帯電話の待ち受け画面を手がかりに、ある公園にたどり着く。そこで、不審な男（飯田基祐）と遭遇した。泉はその男と「杉並事件」との関連を疑い長嶋に電話をするのだが、途中で電話が切れてしまう。その後、何度泉の電話にかけ直しても繋がらない。不審に思った長嶋は、4係のメンバーとともに泉の捜索を開始する。泉の行方を追っていると、4係に「桜木巡査部長は預かった」という男からの電話が入った。その男は、自分を「杉並事件」の犯人だと名乗り、泉を釈放する代わりに翌日の警視庁の定例会見で杉並事件捜査終了の撤回を公表することを要求してきた。　科捜研で調べた結果、電話の声が小栗の共犯者だと思われる男の声紋と一致し、ますます泉の身の危険が心配された。そして、4係は定例会見の前までに何としてでも泉を見つけ出そうと動く。「杉並事件」の犯人とは！？　そして4係のメンバーは、泉を無事に見つけ出すことができるのか！？

桜木泉（上戸彩）は、26歳の誕生日も仕事に追われ、4係のデスクで朝を迎えていた。そこに倉田工（杉本哲太）が現れ、1年前に起きた「東京理工大学講師殺人事件」の再捜査が決まったことを伝えた。2009年、東京理工大学の講師・浅井政文（斎藤歩）が殺害された。助教であった三枝英之（二階堂智）と大学院生が、浅井の遺体の傍にいる血だらけの広田拓真（若葉竜也）を発見。慌てて逃げる広田は階段から足を踏み外して転落し、死亡してしまう。事件前夜に広田は働いていたバーで客の浅井と揉めており、動機は怨恨だとされていた。また現場から凶器が発見されなかった他は、状況証拠から見ても犯人は広田だとされ、被疑者死亡で書類送検された事件であった。しかし2010年6月、多摩川の河川敷で浅井の血痕がついた凶器が発見された。共犯者もしくは広田ではない別の真犯人がいる可能性が出てきたため再捜査が決定したのである。倉田の指示のもと、泉と深沢ユウキ（丸山智己）は浅井が所属していた研究室を尋ねる。そこで、泉と深沢は事件の第一発見者である三枝から、浅井が人の秘密を調べ上げてはニヤつくような悪趣味があったことを聞く。三枝の聞き込みをしていると、教授の園田道雄（浅野和之）と助教の樋口瑶子（ともさかりえ）が研究室に入ってきた。深沢は三枝に聞き込みを続け、一方泉は樋口に浅井について聞くことになり…。

桜木泉（上戸彩）が所属する特命捜査対策室第4係は、塚本圭吾（宮迫博之）が念願の殺人犯係に異動が決まった話で盛り上がっていた。そこへ、長嶋秀夫（北大路欣也）が現れ、12年前の「巡査部長射殺事件」の凶器である拳銃が発見され、再捜査をすることになったことを4係の面々に伝える。12年前、巡査部長の百瀬邦弘（黄川田将也）は、殺人容疑で指名手配中の橋本幸夫（青木伸輔）を追っている際に、橋本により射殺された。さらに、橋本は百瀬の遺体を焼き、現場から逃走。未だ逃走中である。百瀬の死は名誉の殉職とされ、警部に昇格した。当時、事件の担当をしていた中馬武彦（北見敏之）と山口亮二（袴田吉彦）が、4係に現れる。塚本と高峰涼子（山口紗弥加）は、百瀬の受けた弾の数及び弾の受け方から、この事件は初めから仕組まれたもので怨恨によるもの、また共犯者の存在の可能性がある旨を伝えた。そして数日後、百瀬の妻・静香（紺野まひる）が息子の望（今井悠貴）を連れ、4係に来る。倉田工（杉本哲太）は、百瀬が殺害されたのは計画的な犯行である可能性が出てきた旨を静香に伝え、百瀬が誰かから恨まれていなかったかを尋ねた。しかし、静香には特に心当たりがなかった。一方、高峰は橋本の母・サト（田島令子）が働く小料理屋に、聞き込みに行った。そこで高峰は、橋本が指名手配になる前、山口が何度も橋本のもとを訪ねていたという話をサトから聞く。そして、4係は山口に橋本との関係を事情聴取することになり…。

　桜木泉（上戸彩）が4係から八王子南署強行犯捜査係に異動して半年が経過していた。4係は室長の長嶋秀夫（北大路欣也）を筆頭に塚本圭吾（宮迫博之）、高峰涼子（山口紗弥加）、白石晋太郎（中原丈雄）、倉田工（杉本哲太）が働き、深沢ユウキ（丸山智己）は捜査一課殺人犯捜査に係長として異動していた。そんな中、八王子の産婦人科医院で院長の板東良平（吉田鋼太郎）と謎の男が火事により亡くなる事件が発生した。謎の男の殺害に使われた銃が、14年前に起きた、白石が追い続けている“八王子事件”の銃弾と一致したため、深沢から4係へ応援要請が入る。八王子事件とは、1997年に八王子の都営住宅のゴミ捨て場で女性の遺体が発見された事件だ。捜査本部が作られた八王子南署で久しぶりの再会を果たす泉と深沢と4係の面々。捜査ができると張り切る泉だが捜査員に加えてもらえず、雑用を言い渡された。白石が積み重ねてきた八王子事件の捜査資料に目を通した泉は、被害者が不法滞在中の中国人女性、チャン・イーリン（管野莉央）で、腎臓を摘出したあとや出産痕があったことを知る。また、科捜研の大森紗英（北川弘美）と竹林匠（木村了）の分析により謎の男が野沢誠二（長谷川公彦）ということが判明した。泉は白石が、殺される前のイーリンと知り合いだった青年・山本基喜（柳下大）の元を訪ねるのを尾行したりと、勝手に捜査に参加していく。やがて、板東が昔、臓器売買にかかわっていた可能性と、その板東と厚生労働大臣の三原敦夫（山崎一）とつながっていること、さらに野沢の娘（高畑充希）が14年前に板東の病院で出産していることがわかった。泉は高峰のサポートとして、野沢の娘が白血病で入院している病院へ向かう。母親の秀子（藤吉久美子）を聴取するが、臓器売買のことも夫が殺されたことも、何も心当たりがないの一点張りだ。同じ頃、塚本と倉田は板東の病院で看護師兼経理も担う畑山昭子（堀内敬子）を聴取していたが、有力な情報を得ることはできなかった。捜査に参加したいあまり、気持ちを失いそうになっていた泉は、長嶋や塚本の指摘を受けて改めて捜査資料を見直す。そんな中、科捜研からイーリンと野沢の所持品からタツノオトシゴのカスが検出されたと報告があった。また三原を訪ねていた長嶋と深沢は、少年だった基喜が病院に忍び込み、イーリンの写真が同封された封筒を奪って逃げたことを聞く。

八王子の事件後、警視庁内で大きな人事異動があり、桜木泉（上戸彩）は長嶋秀夫（北大路欣也）の異動と共に“警視庁特殊犯罪捜査対策室”に異動になった。白石晋太郎（中原丈雄）も一緒に特殊捜査班に、高峰涼子（山口紗弥加）は犯罪行動分析係になる。ある朝、泉はメモをとりながら通勤中の1人の男の様子を探っていた。同じ頃、テレビでは市民団体の代表者・朝倉千佳子（戸田菜穂）が企業の不祥事によって多発している死亡事故に対して批判の声をあげていた。男がとあるオフィスビルの一室に到着すると泉も中に入り、直後にやってきた瀧河信次郎（桐谷健太）に、つけてきた男であり同僚の磯村亮平（小林高鹿）の朝の行動を報告する。部屋は特殊犯罪捜査対策室で、尾行は瀧河から泉に出された追跡監視の課題だったが、瀧河は泉の観察の甘さとメモを取るクセを直すように指摘。情報分析班では、慣れないパソコン操作に四苦八苦する係長の倉田工（杉本哲太）を大森紗英（北川弘美）と竹林匠（木村了）が苦笑いでみつめる。捜査班に半年で13名が死亡している企業の不祥事の死亡事故を調べるように指示が出る。企業恐喝を疑う捜査班。そして数人の被害者遺族から、事故の前に被害者が不審な男と話していたという目撃証言があり、防犯カメラの映像を分析した結果、その男が同一人物であることや男の生活圏内が判明した。男を探して捜査員たちが様々な扮装をして街に散る。やがて男を発見するが身元確認のためそのまま尾行することに。尾行中、男の近くでひったくりが起こり、犯人をつかまえようとする泉だが、瀧河は動くなという。納得のいかない泉は…。捜査の結果、男は介護士の飯野正也（田中幸太朗）と判明。飯野と同棲中の女性・藤井香織（前田亜季）の存在がわかると、泉に身分を隠して香織と接触するように命令がくだる。また、事故が起こる前から千佳子が代表の市民団体が、商品の危険性について抗議をしていたこともわかる。

半年で立て続けに起こっている企業の不祥事による死亡事故を調べていた桜木泉（上戸彩）ら特殊犯罪捜査班。実行犯の1人とにらんだ日高信之（和田聰宏）と、企業に改善をと訴え続ける市民団体の代表・朝倉千佳子（戸田菜穂）がつながっていると知り、主犯は千佳子とにらむ。白石晋太郎（中原丈雄）と磯村亮平（小林高鹿）は架空の市民団体を名乗り、協力依頼と称して千佳子の市民団体事務所に行く。隙を見つけ、集音器付き小型カメラを事務所に仕掛ける白石。一方、もう1人の実行犯の可能性がある飯野正也（田中幸太朗）の同棲相手の藤井香織（前田亜季）と身分を隠して仲良くなっていた泉は、香織が純粋に飯野を信じているのを知り胸を締め付けられながらも情報を聞き出そうとする。白石も市民団体の参加者の1人に言葉巧みに近づき、情報を得ようとしていた。そんな中、倉田工（杉本哲太）が一連の死亡事故が殺人である証拠を発見した。犯人は企業の信用を失わせ株価を操ることで莫大な金儲けをしていたのだ。企業の不祥事のタイミングなどを考えると、千佳子が絡んでいると考えて間違いはないと、ますます疑いを深める捜査班。白石は仲良くなった市民団体参加者の1人から、千佳子には“沢田”という近しい存在がいると情報を得た。調べてみると、沢田知己（平岳大）は団体の共同設立者で、ずいぶん前に団体を離れて海外で活動を行っていたことがわかった。半年前に帰国して以降、部下の日高を通して千佳子と連絡をとっていたという。主犯が沢田である可能性が浮上し、捜査も大きく動き出す。泉は、偶然を装い飯野とデート中の香織の前に現れ…。

桜木泉（上戸彩）は、出勤早々に瀧河信次郎（桐谷健太）に服装が派手過ぎると怒られ、スーツカタログを渡される。そんな中、長嶋秀夫（北大路欣也）から捜査命令が出た。国家プロジェクトでもある新薬を開発する医療機関MNPの研究員・野田（内倉憲二）がトラックにひかれた死亡事故の捜査で、野田が4人の男に追われていたことと、倒れた後に上着を探る男・北村正宗（阪田マサノブ）がいたことが判明した。上着を探ったのは通報者でありMNPの副所長であることから、施設内のトラブルが予想されたが、機密情報の漏えいを理由に情報開示を拒否されてしまい、泉と瀧河が施設内に潜入捜査を行うことになった。瀧河は警備員、泉は治験者としてMNPに潜入成功。瀧河は、野田を追っていた男たちが研究員であることがわかると研究室に集音器を仕掛けた。一方、泉も研究員の中に追っ手の1人を発見。その研究員が別の研究員と「野田は最低の研究者だった」と話しているのを立ち聞きしていたが、さらに別の研究員に見つかってしまう。つかまった泉は…。MNPの外で待機していた白石晋太郎（中原丈雄）や磯村亮平（小林高鹿）は、出てきた所長の東海林俊哉（小木茂光）と北村を追跡。北村が謎のロシア人と密会したことを突き止めた。また、瀧河は野田の事故の翌日に古株の警備員が1人辞めていることを聞き、その人物を調べるように指示を出す。やがてロシア人はライバルの製薬会社に勤める男で、北村を特別待遇で迎え入れる予定があることがわかった。そんな中、竹林匠（木村了）がある重要な映像を発見する。

桜木泉（上戸彩）や瀧河信次郎（桐谷健太）らに新しい捜査指令が出る。名門小学校・教応学園の児童3人がここ2カ月の間に何者かに連れ去られるのを目撃したという通報があったが、いずれも保護者からの通報がなく、学校側も全員の無事を確認しているという事件だ。12年前、教応学園の児童が誘拐され、捜査員のミスにより児童が殺害された事件があったことから学校側が隠していることも考えられ、誘拐事件の有無の確認をとることに。目撃情報付近の防犯カメラ映像に児童の大塚則人（青山和也）が連れ去られる様子が映っていたことから、誘拐事件があったと確信し、捜査を始める。倉田工（杉本哲太）と高峰涼子（山口紗弥加）は学校で教頭の氏家嘉子（七瀬なつみ）に聞き込みをするが、氏家は誘拐事件の存在を否定し、名簿の貸し出しも拒否する。捜査班は学校の花壇改装工事があることに目をつけ、泉と白石晋太郎（中原丈雄）と磯村亮平（小林高鹿）がガーデナーとして学園に潜入開始。泉は会議で職員室が空になる時間を見計らい、生徒たちの住所録と2カ月分の出席簿をカメラで写して分析班に転送した。3人の生徒が1週間休んでいたことがわかり、その内の1人が則人だった。深沢ユウキ（丸山智己）も協力し、3人の保護者をあたるも全員かたくなに口を閉ざしていた。瀧河の捜査で則人の身代金は学校に振り込まれたこがわかり、事件に学校側も絡んでいる可能性も浮上してきた中、泉は則人に接触を試みるが…。

桜木泉（上戸彩）ら特殊班のもとに長嶋（北大路欣也）から新たな捜査指令が出た。この3カ月、いくつかの場所で通常の5倍もの件数のひったくり、車上荒らし、痴漢、児童連れ去りなどの事件が発生している。その場所はいずれも、科学警察研究所の研究員、前島誠司（高杉亘）が作成した防犯マップで危険度が高いと指定された場所だった。さらには、事件が多発した町田市と江戸川区に設置されている周囲1kmの防犯カメラから、それぞれ同じ40代男性が乗車している偽造ナンバーの車両が発見されたのだ。特殊班はこの男と事件の関連性、さらに犯人が防犯マップを参考に事件を起こしているのではないかとみて、捜査に乗り出した。泉と白石（中原丈雄）は、前島が地域住民と行っている防犯マップ作りのボランティア活動に潜入捜査をすることになった。そこで泉はボランティアとして毎回参加している梶田真之（松林慎司）という男性と出会う。高峰涼子（山口紗弥加）のプロファイルによると、泉に話しかけられた梶田は明らかに動揺していることがわかった。そこで、白石が梶田をマークすると、梶田が前島の資料と地域住民で作った資料をコピーして持ち出しているところを発見した。白石から報告を受けた瀧河（桐谷健太）、磯村（小林高鹿）らは梶田を追うことに…。

桜木泉（上戸彩）は記憶力や洞察力を高めるために瀧河信次郎（桐谷健太）から出された課題に取り組んでいた。するとそこへ長嶋秀夫（北大路欣也）から捜査指令が出された。その捜査とは3日前に起きた有働邸の強盗傷害事件である。有働邸にある画家ロメールのアジュール3部作と言われる名画の1枚が盗まれ、さらに、有働邸に勤める管理人がナイフで刺され意識不明の重体となっている事件であった。泉ら特殊班のメンバーが、有働邸及び周辺に設置されている監視カメラの事件数日前の映像を調べ始めると、大広間に有働前会長（浜田晃）の娘である三奈子（霧島れいか）と、関東美術大学の講師であると身分を偽る男の姿が映っていた。そして、その男は三奈子の目を盗み奥の部屋へと消えていった。さらに、その男が有働前会長の自宅を訪れた2時間後に別の監視カメラに、海外でも評価の高い日本人洋画家である椎名清剛（石黒賢）と駐車場で接触していることがわかった。椎名もこの犯行に関与している可能性があると見た捜査班は、泉を椎名の家にハウスキーパーとして潜入捜査させることになる。潜入を始めた泉は椎名宅につぎつぎと小型カメラを設置し始める。すると、有働邸のカメラに映し出されていた男が椎名宅を訪ねてくる映像が映し出された。調べた結果、男は上原画廊で椎名の作品を担当している職員の内山和生（市川訓睦）だと判明した。上原画廊の責任者・上原秀典（井上肇）は画廊以外にも裏で盗品の買取りなど、際どいビジネスをしている噂もある人物であるとわかり…。

桜木泉（上戸彩）が猪原恵美（峯村リエ）に頼まれ三井朋美（斎藤めぐみ）と共に合コンに参加していると、高峰涼子（山口紗弥加）から捜査班に戻るように連絡が入る。捜査班で、ここ3カ月で10件発生している連続宝石強盗事件を捜査することになった。被害総額は15億円にのぼり、警備員も2人殺されている事件で、容疑者はすでにアジア各国で活動している国際窃盗団“月盗団”に絞られていた。しかし、最近の犯行は手口こそ同じであれ、対象が繁華街の高級店から商店街の小さな店になるなど、違う点が多いため別グループの可能性もあり、捜査班が稼働することになったのだ。現場に残された男性と思われる靴跡から、防犯のために周りをフェンス等で囲った日本で唯一の城塞都市である聖山タウンにしか輸入されていないタイルに使われている粒子が検出された。聖山タウンは外部の人間を拒絶するため、泉と瀧河信次郎（桐谷健太）が新婚夫婦に扮してタウンに潜入捜査を始める。泉と瀧河から送られてくる映像から住民たちの顔写真や車のナンバーを収集し、照合したところ、事件があった金曜の夜にゲートの外に出ていたのは13人だった。その中の男性9人に重点を置いて捜査が始まる。やがて9人の中の1人・深星秋信（鈴木一真）を追跡していた白石晋太郎（中原丈雄）があることに気付く。

桜木泉（上戸彩）、瀧河信次郎（桐谷健太）ら捜査員たちが分析班で集まっていると、深沢ユウキ（丸山智己）がやってきた。深沢は竹林匠（木村了）の元へ向かうと、連続殺人事件の容疑で同行をうながす。ここ2カ月、都内各所で女性ばかりを狙った猟奇殺人事件が立て続けに発生していた。4件目となった今回は被害者の女性の爪から皮膚片が採取され、指紋とDNAが竹林のものと一致したのだ。偽装工作された可能性はないという結果が出ていて、長嶋秀夫（北大路欣也）も同席し、深沢による竹林の事情聴取が始まる。さらに家宅捜索の結果、犯行に使ったと思われる包丁や糸、猟奇犯罪に関する本やDVDも発見された。アリバイも、証言した場所の監視カメラには映っておらず、ますます窮地に追い込まれていく竹林。竹林に不利な状況が続く中、桜木たちは無実を信じて真犯人を探すことに。2カ月前、誰かにつけられていたという竹林の言葉を基に、その男を特定しようと聞き込みを始めた。やがて、その男が巨大ネットショッピングサイトの会社員で、そこは竹林や全被害者が会員であったことがわかった。竹林の逮捕を止めることができるのは残り4日間となり、泉と瀧河はネット会社に潜入捜査を始める。オペレーターとして働き始め、瀧河は詳しい個人情報は別階にあるサーバールームでしか見られず、その部屋は主任以上の声紋登録された人物しか入れないことを突き止めた。泉は女子社員が顧客を"CT"と呼び、電話を主任に回していることに気付く。

桜木泉（上戸彩）は、畑山昭子（堀内敬子）に銃口を突き付けられ動けずにいた。瀧河信次郎（桐谷健太）も駆けつけるがどうすることもできないでいると、畑山の指が引き金にかかり…。捜査班は、畑山がIDを偽造できる技術を持っていながら海外逃亡することもなく都内に潜伏している理由や目的を探ろうとする。外務大臣の柴崎順一（丹波義隆）の娘・真結（藤村聖子）の誘拐事件が発生。犯人から身代金3億円の要求があったものの、数日後に開催される世界エネルギーサミットとの関連も考えられ、捜査班が極秘で捜査を進めることに。長嶋秀夫（北大路欣也）、倉田工（杉本哲太）、高峰涼子（山口紗弥加）らが柴崎邸に入ると犯人から電話がかかってきた。犯人は翌日正午までに金を用意するように指示し、メールで拘束された真結の映像を送ってきた。そんな中、柴崎の秘書・関根素子（大谷英子）が外出の準備を始める。高峰が関根の言動に不信さを感じていたため、捜査員に追跡を指示する長嶋。分析班で捜査員同士の無線のやりとりを聞いていた竹林匠（木村了）は、無線に異変を感じていた。同じ頃、ネットカフェにいた畑山は「すべて順調です」と、ある男にメールを送っていた。受け取った男は、柴崎邸付近の監視カメラの映像を確認し、ある発見をする。

桜木泉（上戸彩）と話したいと畑山昭子（堀内敬子）が自首してきた。泉は八王子事件をはじめ塚本（宮迫博之）射殺事件などの逮捕起訴の手続きをとることを告げるが、畑山は不敵な笑みを浮かべ、殺害を否定する。畑山は戸籍上では死亡していることがわかり、捜査班は畑山の正体と同時に出頭してきた理由を探り始める。畑山は泉の問いかけには答えず、大学院生の川島智裕（中村倫也）を調べることと、自分の所持品の手帳を読み込むことを指示。その後にテストをして、答えられれば柴崎大臣（丹波義隆）誘拐事件のヒントを与えると告げる。誘拐犯は、柴崎が監禁されている映像をネットに流し、柴崎を通して世界エネルギーサミット開催日に柴崎と関係者の犯罪行為を明らかにすることが目的であることを告げる。犯人のアジトも手掛かりもつかめずに焦りを隠せない捜査班。そんな中、分析班から畑山が言っていた川島の身元が判明したと報告があがった。川島は成績優秀でコンピューターの知識に精通している大学院生。荒木（岡田義徳）の殺害現場にいたことがわかったが、畑山の自首と同時に姿を消していた。同時に、畑山の手帳やこれまでの行動を調べた結果、犯人像とは一致しないことがわかった。畑山は、泉の口から別に犯人がいる可能性が高いことを言わせると、すべての事件を操っている男は木幡（ユースケ・サンタマリア）だと告げ、自分は戸籍をはじめとするデータで管理されているものを全部奪われた被害者だと訴えた。木幡の手下である川島に命を狙われ、逃げるための自首であることを明かすと、自分の指示通り動けば木幡が捕まえられるともちかける。

桜木泉（上戸彩）ら捜査員と畑山昭子（堀内敬子）がいる喫茶店に、木幡雄一（ユースケ・サンタマリア）が入ってきた。しかし、畑山以外は誰も気づかず時間が過ぎていく。木幡は捜査員たちの目が逸れた一瞬をつかってアイコンタクトで畑山にトイレに行くように指示。同じ頃、捜査班に送られてきた荷物の中から盗聴器が発見された。畑山がトイレに行きたいと言い出した。事前に捜査員が入り異常がないかを調べ、泉の立ち会いでトイレに行く。木幡は電話で川島智裕（中村倫也）をトイレから続く裏口付近で待機するように指示を出していた。畑山はトイレの個室の備品入れに隠してあった携帯電話と小型ナイフを受け取り、メールを確認。メールには裏口から出れば逃がせると木幡からの伝言が届いていた。畑山は捜査員にナイフを突きつけ、裏口へ向かう。裏口で待機中だった捜査員は近くに川島が現れたと同時に、店内から畑山が出てきたことで混乱。さらに捜査員の姿に慌てた川島が発砲し、現場は混乱する。その混乱に乗じて畑山は姿を消し、川島も取り逃がしてしまう。畑山は木幡に電話で、ある取引きを持ちかける。木幡はとあるビルの駐車場を指示すると、川島に連絡を入れた。畑山が駐車場に来ると川島が現れた。川島に銃を向けられ逃げる畑山を追って、ビル駐車場近くの道にいた泉と瀧河信次郎（桐谷健太）は銃声を聞き…。

　未然犯罪防止法案が成立するが、犯罪抑止への期待が寄せられる一方で、個人情報の取り扱い方や監視社会を危惧する声も上がる。警視庁では、未然犯罪捜査課の任命式の準備が進められる。山内（横山裕）は、所轄の会計課にいる小田切（本田翼）を訪ねミハンに誘うが小田切の決意は固い…。そんななか、未然犯罪捜査対策準備室が新たな危険人物・桐島直久を探知。彼は退官した元陸上自衛隊員で、狙撃の名手。井沢が桐島の姿が確認された付近のオープンカフェにいると突然、店内に銃弾が撃ち込まれ、店内のテーブルに置かれていたノートPCから「命令に従わなければ殺す」という音声が流れる。犯人は隣のビルから井沢を狙い、さらに井沢にインタビューをしたいと言い出す。その目的はミハンの真実を暴くことだった――