未然犯罪搜查对策准备室，通称“未犯”，负责搜集、分析日本国民各种个人情报和全国防盗录像，由AI根据统计学找出“未来的犯罪者”，对其进行潜入、跟踪搜查，以防患于未然。这个部门的领导井泽范人原为公安的精英刑警，但因为“未犯”系统的测试案件“0号”的冤案，其妻女被残害。他平时举止温和、飘逸，不可捉摸，但实际上他作为刑警有着超越许可范围的凶暴性，因此被上层视为危险人物。为了阻止“未犯”系统推算出来的犯毒团伙中的内斗，井泽与山内、小田切等人一起潜入往来于东京、香港之间的邮轮。在新加入的黑客加贺美聪介的帮助下，他们预防犯罪的行动取得成功。过了几天，井泽和山内、小田切以及新成员精英警察吉冈被召集到“未犯”的新据点。那里位于已经决定搬迁的公营批发市场的地下。等着他们的人是法务省官员北见俊哉和自愿成为“未犯”总负责人的香坂朱里。香坂当着众人的面，谈及井泽的过去及其危险性，表示要重新评估人员，同时也指示大家进行暗中调查。这一次，系统首度同时排查出两名危险人物。井泽与危险人物——律师田代智之、刚出狱的风俗店店员藤仓尚也进行接触，但是没有发现二人的交集。

原警察厅次长町田获保释后失踪，最后被发现已经死亡。井泽因此案接受警视厅搜查一课的早川的讯问。而后，井泽隔着魔术镜向在另一边看着的香坂提出要进推心置腹地谈一谈。与香坂对崎的井泽，谈及当年杀害他妻女的凶刀在一个月前被人送来，又询问香坂为何去面见因杀害他妻女而坐牢的犯人宇佐美。另一方面，命令山内监视井泽的公安部部长曾根崎宣布町田之死表面上看是自杀，与此同时，他叮嘱山内要一刻不停地盯着井泽。这时，“未犯”发现了新的危险人物。目标是跟踪住在附近的女高中生时田明日香的无职游民马场智树。但是，马场有意识地规避跟踪犯限制法，其行为不足以说是触犯法律。另外，马场因为赌博欠债被黑社会追索。看起来，他并非单纯的跟踪狂。而被跟踪的明日香本是个优等生，但最近却不知何故开始逃学了。井泽他们开始卧底调查。就在他们调查时，有人绑架了明日香。这起少女绑架案背后隐藏着惊人的事实。为了在24小时内救出少女，“未犯”开始行动起来。

“未犯”系统排查出了新的危险人物。那个人是属于知名芭蕾舞团的日本芭蕾舞界的希望之星八寻舞。舞在网络上买了达到致死剂量的毒药，而且多次浏览介绍如何用毒物杀人的网页。山内注意到舞报名参加了一周后举行的世界级舞蹈大赛。警方怀疑舞要除掉的目标是她的竞争对手、接受精英教育且与舞属于同一芭蕾舞团的濑川绫乃。井泽等人在进行卧底搜查的同时，在舞的房间里安装了摄像头。但是，就在这时，舞因目击建材坠落导致人员受重伤的事故，受刺激失去意识，被送到医院。她因受刺激过度而失忆，连患重病住院的好友安达智花也不记得了。自从失忆后，舞一扫最近的萎顿状态，好像恢复了过去的良好状态。但是，井泽他们怀疑她的杀意是不是真的与记忆一起抹掉了，仍然密切关注着她的动态。而小田切卧底调查时与在心理治疗小组相识的筱田浩辉重逢，对方问及她的真实姓名。

香坂找来井泽等人，指示他们去调查“未犯”所预测出的新的危险人物。那个人是给想自杀的人提供咨询的NPO法人杉原佳代。佳代不但在寻找让人看起来失踪的方法，还购买了散弹枪。还有一件事引人注意，佳代有令她不能释怀的过去。她是十年前发生的“大森山无差别杀伤案”的被害者家属。井泽与山内一起潜入佳代任法人的NPO当工作人员。另一方面，小田切与吉冈假扮成私奔到东京的情侣，造访佳代的共享公寓。不久后，他们听说，长期住在佳代的共享公寓里的保育员佐藤奈奈三个月前与佳代发生争执后搬走了。实际上，奈奈是当年杀人案的犯人的妹妹。所以，佳代与奈奈是被害者家属与加害者家属的关系。井泽等人怀疑佳代是向加害者的家人复仇。另外，平时很冷漠的香坂不知为何对这个事件表现得特别积极，亲自出马调查，这让井泽他们觉得不可思议。

议员儿岛祐三及警视厅、法务省的高层官员前来视察井泽等人作为据店的“未犯”总部。负责引导的香坂介绍了“未犯系统”迄今为止的成绩，还报告了目前被确定为危险人物的大学医院医生真田雄大的调查情况。真田购买了兰博刀，而且在网上匿名发表了对同院医生益子博文充满仇恨的言论。益子博文是人称“超级医生”的外科医生。真田说自己被赶出大学医院，下个月要到离岛赴任。潜入医院调查的山内和小田切紧盯着真田和益子，但还是发生了不测事态。就在他们追踪可疑男子的时候，益子被告人用刀刺伤，而真田就站在一边。益子被送去接受紧急手术，搜查一课的早川把真田作为重要嫌疑带走审问。当着视察的议员们的面，“未犯”小组丢了脸。他们一边承受着来自曾根崎的压力，一边全体出动寻找真田无罪的证明。井泽和加贺美发现“未犯”系统的数据是被人捏造，于是，造访情报机关，寻找医疗相关情报。在那里，接待他们的是“未犯”曾经的负责人东堂定春。

在升学率很高的名校就读的17岁高中生浅井航，杀害了在美术馆遇到的26岁全职主妇松永由贵并分尸，这件耸人听闻的惨案引起全社会哗然。无论如何都想把井泽赶出“未犯”的公安部部长曾根崎正人，责问“未犯”系统为何没有探知这件案子，并要追究井泽的责任。“未犯”的总负责人香坂提议，尽管航已被捕，但还应该重新调查此案。于是，井泽等人开始调查这件已经发生的案子。井泽扮作精神科医生，为航进行精神鉴定。在全国模拟考试中夺得第一名的航，面对井泽的询问，采取挑衅的态度，问井泽的鉴定是不是能看透他的心。而且，当被问及动机时，他坦承自己想试试杀人。航在处理由贵的尸体时，擦除了血迹，完全湮灭的证据，虽然他的伪装工作做得不错，但是对于决定性证据——防盗录像机拍到的由贵进入航的公寓的视频，却像是完全没注意到似的。井泽等人怀疑航是否真是猎奇杀人犯，也想弄清航与由贵之间到底发生过什么。在与航对决的过程中，井泽团队通过卧底调查渐渐明白了航的本性。终于，“未犯”找到了令人意外的真相。

负责“未犯”的香坂终于向井泽吐露心声。香坂表示，虽然对于无法拥有家人的自己来说，可能无法对井泽所背负的伤痛产生共鸣，但是，如果他们希望用预防犯罪的想法是一致的，那么她会与井泽共同推动“未犯”的法制化。她还提出，要抓住即将召开的东京峰会，以及稍后举行的奥运会的好机会宣传“未犯”。井泽等人开始调查危险人物、大型健身俱乐部社长仁科纱耶香。在五年前发生的强盗杀人案中，纱耶香的丈夫辉幸被杀，纱耶香自己也身受重伤几乎丧命。辉幸死后，纱耶香继承了公司，发挥经营才能，让公司业绩蒸蒸日上。但是，她却秘密购买了无法被检测出的危险毒药。井泽扮成体育教练，山内、小田切扮作会员开始卧底调查。最初，浮现在他们视野中的人是纱耶香公司拥有的企业体育队的教练辰巳。辰巳向纱耶香敲诈勒索。但是，随着调查的深入，井泽他们发现辰巳颇有男子气概，也没有金钱方面的困扰。另一方面，山内发现纱耶香的秘书江波擅长格斗。“未犯”团队搞不清纱耶香到底要杀谁。就在这期间，有新的人物与纱耶香接触。他就是科学搜查研究所的主任研究员真锅。真锅是个不惜时间、精力为被害者追查真相的人，指导解决过无数疑难案件。而五年前就是他负责辉幸与纱耶香被袭击的案件。

虽然“未犯”系统探查到但没能展开调查的三个危险人物失踪了。这三个人分别是：从地主手中骗取土地并打算将之杀害的地产骗子，给不能还借款的人买保险然后杀掉借款人的SNS高利贷经营者，将用水上摩托杀害女性的案件一笔勾销，还准备杀害目击证人的政治家的儿子。公安部的部长曾根崎来到井泽他们的办公室，提到曾经暗中消灭法律无法制裁的犯人的前“未犯”调查员田村薰巡查部长的事，指出有人继承了田村的事业。实际上，井泽等人没能逮捕的大型健身俱乐部社长仁科纱耶香也失踪了。曾根崎怀疑有人在绑架并杀死凶恶的罪犯，而且“未犯”团队中的人与一连串的失踪案件有关，他说话的口气好像井泽就是犯人一样。对此，香坂宣布，为了证明团队中的人与失踪案件无关，他们会调查出真相。“未犯”团队对三件失踪案展开调查后，发现被认为是那些人遭绑架的场所都没有防盗录像设施。但是，他们调用行车记录仪等设备，得到了疑似罪犯的人的画像，并用画像和步行认证对照，来鉴定犯人是不是“未犯”团队的人。结果，一个意料之外的人物浮上水面。

恐怖分子有可能针对东京峰会进行炸弹袭击，就在此时，香坂失踪了。井泽得知香坂的平板电脑里存着与恐怖分子有关的数据。但是，山内和小田切不相信一直推动“未犯”系统合法化的香坂会与恐怖分子有关。井泽告诉山内他们香坂的过去：26年前，香坂的父亲在电影院散布神经毒气造成多人死伤，在案发前数年，香坂的父母离婚，香坂由与法务省官员再婚的母亲抚养。而实际上，香坂还有一个弟弟，那个弟弟也被卷入了父亲的罪行中。那时，香坂的弟弟奇迹般地保住了一条命，但却因为世人强烈的攻击而在绝望中自杀。香坂一直想向弟弟赎罪，背负着杀人犯之女的沉重的十字架生活着，按理说她不应该制造恐怖袭击。但是，他们不明白香坂为何不依赖“未犯”而单独行动。这时，加贺美发现香坂在利用“未犯”系统调查了什么。那是游走于海外战乱地带、被认为进行恐怖活动的原雇佣兵里谷隆一等人的情报。另一方面，警视厅在副总监指挥下设立紧急特别搜查总部。调查员们正在彻查潜在的恐怖分子。这时，井泽查到里谷是只有公安的高层才知道其存在的“马特克”的合作者。于是，他去找曾根崎。

针对东京峰会的恐怖袭击被扼杀了，但是，到最后，被认为与恐怖袭击有关的香坂被人射杀。SAT听到枪声后赶来，要逮捕拿着枪站在香坂尸体旁边的井泽。井泽打倒SAT和赶到现场的山人，夺路而去。面对这样的井泽，山内举枪射击。曾根崎接受调查时，否认与恐怖袭击有关。另一方面，警视厅上层把责任全推给死去的香坂，“未犯”面临解散的危机。就在这时，小田切的男友筱田被人袭击。小田切看着筱田给自己拍的照片，注意到不同的照片中都拍到了同一个人物。他就是与这次恐怖袭击有关的诹访树生。筱田可能是因为“未犯”而被卷入了案件中。小田感到自己对他的被袭自己负有责任。为了不让香坂白死，为了抓住真见，“未犯”团队振奋起来。这时，关于香坂被害案，加贺美终于心情沉重地开口了。他谈起自己在26年前电影院毒气案中所救的一个少年的故事。“未犯”团队诸人怀着各自的想法为了找出真凶而行动。

井泽等人发现恐怖袭击计划的幕后黑手水岛步的真实身份是筱田。这时，“未犯”系统查知加贺美是危险人物。26年前，在电影院发生神经毒气恐怖袭击事件之际，加贺美救下了犯人的儿子步，对他谈起“未犯”系统的事。因为是加害者的家人而饱受攻击的步，希望“未犯”更加强大，消灭世上的犯罪。但他囿于这样的想法，结果行为失控。加贺美加入“未犯”，也是为了能亲手了结这样的步。加贺美携手枪前往筱田所住的医院。井泽与吉冈赶去阻止加贺美。山内在被黑客诹访遇害之处——筱田的基地，与搜查一课的早川会合。然后，早川告诉山内，诹访用枪打了筱田，但被对方反击射杀，而且小田切的骨传输器也被人安装了精巧的窃听器。用无线电把香坂叫出来并将其杀害的人也是筱田。小田切接受监察官的审讯。她为香坂之死自责，决定辞掉警察的工作。就在这时，“未犯”系统查知筱田是危险人物。筱田与前雇佣兵里谷一起行动。井泽等人知道筱田还持有炸弹，为了解决一切他们决定出击。