Tout juste transférée dans le célèbre lycée de yankee Majisuka, Onizuka Daruma déclenche directement les hostilités et souhaite affronter Rappappa, le meilleur groupe de combat de l'école. Alors qu'Onizuka se fait remarquer, l'autre étudiante transférée, une certaine Atsuko Maeda, se montre davantage réservée et fait tout pour éviter les ennuis. Mais il est difficile de le faire à Majisuka...

Onizuka souhaite devenir l'apprenti d'Atsuko suite à sa démonstration contre la team Hormone. Mais cette dernière refuse sa proposition, ce qui ne décourage pas Onizuka. En effet, elle continue de suivre Atsuko partout où elle va afin de la convaincre de changer d'avis. Pendant ce temps-là, les Kabuki Sisters ont eu vent de la victoire d'Atsuko et souhaitent l'affronter. Et ce, par tous les moyens...

Alors qu'elle se promène dans la rue avec Onizuka, Atsuko est interpellée par des filles venant de Yabakune , un lycée rival de Majisuka. Alors que des lycées accompagnant les filles de Yabakune vont s'en prendre à elles, Gakuran arrive et se débarrasse facilement d'eux. Immédiatement, l'étudiante déguisée en garçon semble attirer par Atsuko et souhaite l'affronter pour une certaine raison...

Atsuko commence à voir une certaine réputation à Majisuka, ce qui n'est pas du goût de l'une des Quatre Reines du lycée, Shibuya, qui ne peut pas arrêter l'étudiante transférée elle-même suite aux ordres de Sado. Elle demande ainsi aux Soeurs Sanshou de s'occuper d'Atsuko, Pendant ce temps-là, la mère d'Atsuko est de retour chez elle et lui apprendre plus sur la voie des yankees...

Suite à sa défaite contre Yuko, la Présidente des Rappapa, Chôkoku s'est promis de vaincre 99 personnes avant de pouvoir prendre sa revanche. Proche de son but, elle souhaite affronter Atsuko suite aux conseils de Nezumi, une mystérieuse élève étudiant aussi à Majisuka. Pendant ce temps-là, une rumeur selon laquelle Atsuko serait une meurtrière répandue au lycée...

Malgré Sado, Shibuya décide de défier Atsuko en combat singulier. Égale à elle-même, l'étudiante transférée ne relève pas le défi lancé. Mais Shibuya n'en démord pas, malgré une nouvelle réprimande de la Vice-Présidente des Rappappa. Grâce aux conseils de Nezumi, elle parvient à trouver un stratagème afin de combattre Atsuko sans que cela ne se sache...

Depuis la défaite de Shibuya, Sado n'a plus le choix d'agir : quelqu'un doit régler son compte à Atsuko. Et ce quelqu'un est Black, une des Quatre Reines de Majisuka. Pendant ce temps-là, Atsuko passe la journée avec une des patientes hospitalisées présentes sur son lieu de travail, une certaine Yuko... Cette dernière ne lui révèle pas sa véritable identité mais lui apprend pourquoi elle se bat.

Atsuko est désormais dans le viseur de la sadique Gekikara, qui s'en prend à ses proches afin de la provoquer. Malgré ses provocations, Atsuko parvient à garder son calme. Mais pour combien de temps ? Pendant ce temps-là, Sado apprend une terrible nouvelle mais ne sait pas comment réagir. Elle doit malgré tout rester forte et continuer à assumer son rôle de Vice-Présidente des Rappappa...

Il ne reste plus qu'une Reine à affronter mais pour Atsuko, il s'agit du pire adversaire. En effet, Torigoya est loin d'être la combattante la plus forte parmi les Quatre Reines, loin de là. Mais sa capacité spéciale la rend dangereuse, et même pour Sado pour dire. Atsuko va-t-elle parvenir à s'en défaire ? Va-t-elle également parvenir à surmonter son passé traumatisant ?

Erena, la petite soeur de Minami, souhaite se venger d'Atsuko. Afin d'accomplir ses désirs, elle décide d'écouter les conseils de Nezumi, c'est-à-dire lui lancer un défi en 1 contre 1 en lui révélant sa véritable identité. Malgré le piège tendu, Atsuko relève le défi et se trouve dans un traquenard, où un certain nombre de yankees l'attend. Arrivera-t-elle à s'en sortir toute seule ?

Grâce à l'intervention de Sado, Atsuko est parvenue à s'en sortir du traquenard orchestré par Nezumi. Elle est alors défiée par la Vice-Présidente des Rappappa et une fois n'est pas coutume, elle décide de relever le défi après avoir discuté avoir Yuko. Après avoir discuté avec son père, elle se rend au sommet de Majisuka et affronte Sado. Le choc des titans est sur le point de commencer !

La victoire est amère pour Atsuko. Malgré sa victoire contre Sado, elle apprend que l'état de santé de Yuko s'est dégradé. Désormais inconsciente, il semblerait, il semblerait que la Présidente des Rappappa ne pourra pas réaliser son rêve, à savoir assister à la cérémonie de remise des diplômes. C'est le coeur lourd qu'Atsuko et ses amis se rendent au gymnase assister à cette cérémonie...

Plusieurs mois se sont passés depuis le décès de Yuko et le départ des terminales vers d'autres cieux. À Majisuka, les cartes sont désormais redistribuées, des étudiantes ayant repris le flambeau et étant de devenus les nouvelles Rappappa. Mais comme toujours, de nombreuses personnes souhaitent s'emparer du sommet. C'est le cas notamment de Center et Nezumi, deux premières...

Center continue son ascension, bien aidé par Nezumi. Elle souhaite rallier toutes les premières, sous la Tsu-signe Alliance, à renverser le sommet actuel de Majisuka, Rappappa. Mais elle doit d'abord faire face à l'une des Quatre Reines, Gekikara. Pendant ce temps-là, les choses bougent du côté d'un lycée rival, le lycée Yabakune : les étudiantes de Majisuka sont prises pour cibles !

La tension monte entre les lycées de Majisuka et Yabakune. Malgré l'intervention des Kabuki Sisters, désormais Reines de Rappappa, les étudiantes de Yabakune poursuivent leur massacre, bien aidées par Shibuya et leur supériorité numérique. Les leaders de Majisuka ne savent pas comment réagir. Et ce n'est pas l'absence d'Atsuko qui va arranger les choses...

Contre toute attente, Shibuya a décidé de suivre le plan de Nezumi, cette dernière jouant la malade imaginaire auprès de Center. La leader de Yabakune lance un défi à son ancien camarade, Gekikara. Mais ce dernier est intercepté par Gakuran, une des Quatre Reines de Rappappa, qui n'arrive plus à rester passive alors que ses amies tombent l'une après l'autre...

Comme attendu, Gakuran n'est pas parvenue à vaincre les filles de Yabakune, les lycéennes étant beaucoup trop nombreuses pour elle. Elle est sauvée par Gekikara, restée l'une des Quatre Reines de Majisuka, mais ne peut échapper à une hospitalisation. Pendant ce temps-là, c'est le statu quo entre Center et Otabe, la Présidente de Rappappa, qui doit assumer son rôle en l'absence d'Atsuko...

Les étudiantes du Majisuka sont ébranlées depuis que Gekikara s'est fait poignardée par une élève de Yabakune. Et même Shibuya, son ancienne amie, l'est. Shaku est particulièrement affectée par cet évènement. Pendant ce temps-là, Atsuko poursuit sa descente en enfer : elle continue d'errer dans les rues et se retrouve impliquer dans de nombreuses bagarres...

Malgré sa nouvelle carrière dans le kickboxing, l'ancienne élève de Majisuka Chôkoku reste obsédé par Atsuko et souhaite obtenir sa revanche, tout comme Shibuya. Elle décide d'écouter le plan de Nezumi pour parvenir à ses fins, à savoir battre l'actuelle Présidente des Rappappa Otabe afin d'obtenir ce qu'elle veut. Mais Nezumi a une autre idée derrière la tête...

Maintenant qu'elle a battu Chôkoku, Center n'a qu'une idée en tête : affronter Atsuko et atteindre le sommet de Majisuka. Mais Otabe se met en travers de son chemin et lui propose une chose étonnante... Pendant ce temps-là, l'état de santé de Gekikara ne s'arrange pas et ce, malgré la venue de ses amies, Torigaya et Sado, présentes à son chevet.

Certaines élèves de Yabakune en ont marre du double-jeu de Nezumi. Elles lui tendent alors un piège afin de la punir. Mais Center a eu vent de ce traquenard et vient à son secours. Vont-elles s'en sortir ? Pendant ce temps-là, les lycées yankee rivaux commencent à se mettre en mouvement, sentant que c'est le bon moment d'affronter Majisuka...

Atsuko fait la connaissance des soeurs jumelles de Yuko. Elle se remémore alors des derniers moments qu'elle a passé avec l'ancienne Présidente des Rappappa. Pendant ce temps-là, Nezumi est prise à parti par des élèves de Majisuka, qui lui reprochent d'avoir trahi Center. Et contre toute attente, c'est Center, elle-même, qui vient la défendre, seule contre toutes...

Nezumi continue ses combines dans l'ombre mais cela ne suffit pas à l'éloigner de Center, qui la considère toujours comme son amie. Ce qui a le don de la dégoûter. Pendant ce temps-là, Atsuko, désormais de retour au lycée, se dirige vers Yabakune afin d'affronter Shibuya et mettre fin au conflit. Mais tout ne se passe pas comme prévu pour la Vice-Présidente de Rappappa...

L'affrontement final est sur le point de commencer entre les différents lycées yankee ! La bataille s'annonce difficile pour Majisuka, en infériorité numérique. Mais c'est sans compter sur le retour d'illustres étudiantes qui font basculer la balance. Toutefois, Atsuko, attendue par les policiers en dehors de l'école, reste cachée. Mais va-t-elle pouvoir rester impassible ?

Avec la réforme des lois concernant les jeunes délinquants, des prisons ont été spécialement créés, où les jeunes, méprisés et abandonnés par la société, sont envoyés. La jeune Paru vient d'y être incarcérée mais elle ne se rappelle pas pour quelle raison elle y est. Essayant de se retrouver la mémoire, elle doit faire le nécessaire pour survivre à ce nouvel environnement hostile.

Paru souhaite retrouver son petit ami Keita le plus vite possible, afin de découvrir la vérité. Mais comme elle devenue le centre d'attention de la Team Habu, depuis qu'elle a battu 3 de ses membres, elle ne peut pas agir à sa guise. Et ce, malgré l'aide de Peace, avec qui elle partage sa cellule. Tetsuo et Uruseeyo, deux membres de la Team Habu, sont d'ailleurs particulièrement intéressées par la nouvelle codétenue...

Les dernières victoires de Paru commencent à semer le doute dans l'esprit des membres de la Team Habu. Même Darth, la leader de l'équipe depuis la disparition de Nobunaga, est confuse. Profitant de cette occasion, la team Mongoose, la team rivale de la team Habu, s'en prend aux différents membres de l'équipe. Comment vont-elles réagir à ces agressions ?

Darth a finalement prise sa décision : elle veut régler son compte à Paru avant qu'il ne soit trop tard. Mais la nouvelle détenue de la prison Majisuka n'en a que faire de ces menaces. Mais pour combien de temps pourra-t-elle éviter cet affrontement ? Surtout qu'elle commence peu à peu à retrouver la mémoire, de ce qui s'est passé avec Keita, ce qui la perturbe quelque peu...

Malgré sa victoire contre Darth, Paru est encore entraînée dans un nouveau conflit. Cette fois-ci, ce sont deux membres de la Team Mongoose, Messi et Yagi, qui lui souhaitent du mal. Mais fidèle à ses habitudes, la nouvelle chef de Habu n'en a que faire de ces provocations, n'ayant aucune raison de se battre contre elles. Messi et Yagi se mettent alors à chercher un moyen pour sortir Paru de ses gongs...

Après sa victoire contre Messi et Yagi, Paru décide d'en finir une fois pour toutes avec la Team Mongoose. Mais de manière inattendue, elle croise la route de Miyu, la personne que Keita considérait comme sa propre soeur, dans l'équipe rivale. Ce qui change quelque peu ses plans initiaux. Rencontrant Miyu quelques temps plus tard, elle lui annonce le décès de Keita...

Paru fait la rencontre de Nobunaga, la précédente chef de la Team Habu. Cette dernière lui fait une révélation importante. Pendant ce temps-là, toutes les personnes détenues à Majisuka ont disparu, à l'exception des membres d'Habu de de Mongoose. Peu de temps après, la directrice de la prison leur annonce une décision qui va les surprendre...

Pour le premier combat du tournoi opposant la Team Habu à la Team Mongoose, Paru affronte Miyu dans un combat difficile et ce, pas seulement à cause de l'adversité. Paru, perturbée par le comportement et les paroles de la petite soeur de Keita, a du mal à se battre comme elle a l'habitude de le faire et ce, malgré ce que Miyu a fait à Keita...

Ce que leurs a dit la directrice de la prison, "gagnez ou mourir" est encore dans l'esprit de toutes les détenues. Surtout du côté de la Team Habu, puisque la chef de la Team Mongoose, An'nin, a défié en 1 VS 1 Paru, qui ne s'est toujours pas remise de son combat victorieux contre Miyu. Malgré tout, Paru est déterminée à remporter la victoire. Mais cela sera-t-il suffisant ?

Le combat entre An'nin et Paru continue et ce, malgré que la chef de la Team Habu soit à deux doigts de perdre le combat. Paru se remémore alors de tous les liens qu'elle a tissés à Majisuka et puise dans ses dernières forces pour se relever. Cependant, quel que soit la gagnante, la victoire aura un goût amer puisque la perdante entraînera toute son équipe dans les abysses...

Paru a décidé de se dresser contre la directrice de la prison ! À l'aide de ses amies, elles ont délivré les membres de la Team Mongoose et s'apprêtent à s'évader de Majisuka. Cependant, les surveillants pénitenciers ne sont prêts à laisser partir aussi facilement et leurs mettent des bâtons dans les roues. Mais les prisonnières ont un plan infaillible pour s'échapper...

Paru apprend la cruelle vérité : Peace est responsable de son emprisonnement et est, depuis le début, au côté de Majisuka. Malgré cette trahison, Paru ne semble pas vouloir l'abandonner. Mais Peace semble être destinée à être son ennemie... Pendant ce temps-là, les autres détenues poursuivent leur échappée tandis que Nobunaga rencontre la directrice de la prison.