מרקוס, צעיר זועם וקל דעת פוגש באגומון, דיג'ימון שברח מן העולם הדיגיטלי לעולם בני האדם. הם נעשים חברים טובים, ומגלים שאגומון הוא לא הדיג'ימון היחיד בעולם הזה ושזה לא בהכרח דבר טוב.

מרקוס לומד שאגומון מיועד להיות מגורש בחזרה אל העולם הדיגיטלי ושניהם בורחים מן היחידה, כשאחריהם עוקבת יושי. כשבביה"ס שבו לומדת אחותו של מרקוס, קריסטי, נעלמות תרנגולות באופן מסתורי, עולה החשד כי דיג'ימון אחר ומרושע מעורב.

תומאס ה. נורת'סטיין, הסוכן המהולל של היחידה הדיגיטלית חוזר אל המפקדה עם הדיג'ימון שלו, גאומון, הדבר מערער את ביטחונם של מרקוס ואגומון השחצנים, ובינתיים דמימרמון, דיג'ימון מרושע בעל כוחות אש זורע בהלה ברחובות.

סמפסון מצוות את מרקוס ואת תומאס לעבוד ביחד, דבר בעייתי בהתחשב בעובדה שהם שונים זה מזה, ולא מסכימים כמעט על שום דבר. דרימוג'ימון מגיע אל עולם בני האדם וחובר אל צמד פורצים.

מרקוס ואגומון נשלחים לעולם הדיגיטלי כדי להוציא משם את מרקוס וגאומון. הרביעייה מוצאת את עצמה במבוך בלתי אפשרי. והם מבינים שעליהם להתגבר על חילוקי הדעות והכעס ביניהם, על מנת לחזור הביתה בשלום.

מרקוס ואגומון רבים זה עם זה, ומחליטים לא לדבר אחד עם השני. דווקא אז אלקמון, דיג'ימון מרושע ששולט במכשירים חשמליים, זורע הרס וחורבן ברחבי העיר. כדי להביס אותו, מרקוס ואגומון יצטרכו להבין שלמרות הכעס, הם זקוקים זה לזה.

בגלל מבחן גורלי במתמטיקה, מרקוס מבקש מתומאס לבלות עם אחותו הקטנה, קריסטי, ביום הולדתה. תומאס הדייקן והמקובע מסכים ומתכנן לוח זמנים מוקפד... שקריסטי משבשת לחלוטין.

ניאון, הכוכב העולה של עולם הפופ תופס את תשומת לבם של היחידה הדיגיטלית, כאשר הם חושדים שהוא מבצע פשעים בעזרת דיג'ימון מסתורי שמסייע לקריירה שלו. היחידה שולחת את יושי לרגל אחריו, אך היא משוכנעת בחפותו.

היחידה הדיגיטלית, ובעיקר מרקוס, חושדים שהאריס, המתאגרף המפורסם נעזר בדיג'ימון כדי לנצח בכל הקרבות שלו, באופן לא חוקי. רק תומאס משוכנע בחפותו.

בזעמה הרב על אחיה הגדול, קריסטי מאחלת למרקוס שורה של אסונות שמתגשמים בזה אחר זה, אסונות שמשפיעים על חייו האישיים ובעיקר על עבודתו ביחידה.

מרקוס מגלה שהמאפיה המשפחתית של חברו הטוב שקועה בקשיים כלכליים, וחייבת כסף לטיפוסים מפוקפקים, על מנת לשלם את הטיפול הרפואי של אם המשפחה.

דיג'יביצה מתגלה בעולם בני האדם, דווקא בביתו של מרקוס. ממנה בוקע ביומון, שמתחבר מיד עם אחותו הקטנה של מרקוס, קריסטי.

מרוקימון, השליט המרושע של עולם הדיג'ימונים, מגיע אל כדור הארץ כדי להחזיר את פאלקומון וביומון, וגורם להרס וחורבן ברחבי העיר.

מרקוס, תומאס ויושי יוצאים אל העולם הדיגיטלי, ולעצור את מרוקימון, שליט הדיג'ימונים, אחת ולתמיד. כשהם מגיעים הם פוגשים בקינן, נער פראי ולוחמני.

החבורה ממשיכה את מסעה בעולם הדיגיטלי, לעבר רכס הקרח האין-סופי, לא לפני שיעברו בגיא השקרים, שם ממתין להם מטאל פנטומון, דיג'ימון מרושע וחזק במיוחד השולט בחלומות וניזון מסיוטים של בני אדם.

כאשר יושי נופלת קורבן לוירוס מהעולם הדיגיטלי, ומדביקה גם את קינן, לחברו הטוב פאלקומון אין ברירה- עליו לחבור אל בני האדם ולצאת איתם למצוא תרופה למחלה הנוראה שתקפה את קינן.

יושי נתקפת בזכרונות מרים מהילדות שלה, זכרונות שמשפיעים על התנהלותה בקבוצה, ומעלים בה ספקות רבים וחוסר ביטחון. בעזרת אומץ ליבה של להלהמון, הדיג'ימון שלה, היא לומדת להתגבר על כל הזכרונות הרעים.

החבורה מגיעה אל רכס הקרח האין-סופי ומוצאת את מרוקימון, שמספר להם על מקורות הסכסוך בין העולם הדיגיטלי לעולם בני האדם.

החבורה חוזרת עם קינן ופאלקומון לעולם בני האדם, ומגלים את האמת בנוגע למוצאו האמיתי של קינן.

לאחר שהאמת בנוגע לקינן התגלתה, היחידה מנסה להפגיש בינו לבין הוריו האמתיים. אך האם ייתכן שבני הזוג קרייר המשיכו הלאה?

גטסומון חובר לסייברליאומון, יריבו של מרוקימון, והוא פוקד עליו להוביל את המתקפה כנגד עולם בני האדם.

לאחר שהמתקפה שהוביל גטסומון נכשלה, סייברליאומון מחליט לתקוף את עולם בני האדם בעצמו. בינתיים קינן נאבק בינו לבין עצמו בנוגע למקומו- בעולם בני האדם או בעולם הדיגיטלי.

חברי היחידה, יחד עם פרופסור קוראטה המיסתורי והחיילים שלו, יוצאים אל העולם הדיגיטלי כדי לשים סוף לסכסוך בין שני העולמות.

כשהעניינים מתלהטים בין מרוקימון לבין חברי המשלחת, כוונותיו האמיתיות של פרופסור קוראטה נחשפות, והעבר המסתורי של המשלחת הראשונה מתגלה לאט לאט.

כשכוונותיו האמיתיות של פרופסור קוראטה נחשפות, החבורה יוצאת להילחם בו לפני שישמיד את עולם הדיג'ימונים אחת ולתמיד.

לאחר שהחבורה חוזרת מהעולם הדיגיטלי, הם מגלים שקוראטה סידר אותם, ודאג להורות שימחקו את הזכרונות שלהם.

קוראטה השמיד את הבסיס של היחידה, וברח אל העולם הדיגיטלי כדי להשלים את מלאכת ההרס שלו. החבורה חייבת למצוא דרך לרדוף אחריו לשם.

החבורה חוצה אל העולם הדיגיטלי, ומגלה שמלאכת ההרס של קוראטה כבר החלה. אך הצרות שלהם רק מתחילות כשהם מגלים שבני הכלאיים רדפו אחריהם לשם.

כשהדיג'ישלטים של חברי הצוות נהרסים במהלך הקרב, הם מבקשים את עצתו של באנצ'וליאומון בתיקונם, והוא מעביר אותם תכנית אימונים שתהפוך אותם לחזקים מאי פעם... או תותיר אותם מובסים לחלוטין.

החבורה מגיעה אל העיר הקדושה, שם הם נלקחים בשבי על לא עוול בכפם יחד עם עוד חבר שלא ציפו להיתקל בו. בזמן מאסרם, מכונות ההשמדה, הגיזומונים אקס-טי, תוקפים את העיר.

בזמן שמרקוס וחיילו יוצאים להילחם בקוראטה נאנאמי מנסה לשכנע את תומאס לחבור אליה בברית הגאונים ולכבוש את העולם. תומאס מסרב לה והם נלחמים.

יושי נלחמת באיוון שמאוהב בה. היא מנצחת אותו ומגלה שעשה את כל זהכדי לפרנס את משפחתו. בינתיים מרקוס מגיע לקוראטה ונילחם ביוקי. אלדרדימון שוקע עם העיר הקדושה לכיוון השער הדיגיטלי... ולעולם האנושי.

אלדרדימון, הדיג'ימונים ובני האדם עוברים לעולם האנושי. ברנומון מנסה להגן על אלדרדימון ונהרג וכך גם אלדרדימון. קוקי נלחם במרקוס ושינגריימון ומפסיד. תומאס נלקח על ידי סוכנים במסוק.

תומאס נלקח לבית שלו ופוגש את אביו ואת אחות החולה. אביו מבקש ממנו לסייע לקוראטה בתמורה לכך שקוראטה ירפא את אחותו. תומאס מסכים לכך ומשתף איתו פעולה.

מרקוס ושינגריימון נלחמים בתומאס ומיראז'-גאוגמון. שינגריימון עובר למצב הפריצה ומאבד שליטה. בסופו של דבר הוא חזר למצב ביצת דיג'יי. בינתיים קורטה חושף בפני תומאס את תוכניתו האמיתית להשתלט על שני העולמות.

וראטה מעיר את בלפמון ודורש שהעולם ייכנע לו. בזמן שרלינה נמצאת בניתוח, תומאס עוצר אותו ומגלה שהוא רימה את קוראטה ושהוא עדיין בצד של הטובים. קוראטה מתמזג עם בלפמון ותוקף את כדור הארץ.

הדיגי'מונים ובני האדם נלחמים בבלפמון. קינן נואם בפניו על ערכם של הדיג'ימונים ומתפתח לרמת על. קוראטה נבלע בתוך בלפמון שמשתלט עליו. אגומון בקוע מהביצה וחוזר להילחם עם מרקוס.

בזמן הלחימה קוראטה מצליח לצאת מבפלמון ולשלוט בו. הוא קורע פתחים בשמים בעזרת מכשיר התנודה ושואב אנרגיה מהחשמל של העיר. שינגרמון ומרקוס מצליחים להגיע למצב הפריצה הנכון הנובע מהחברות ביניהם ושיינגרמון עובר את מצב רמת העל.

לפני שקוראטה הובס הוא הרס את מכשיר התנודה החללי ובכך גרם לשני העולמות, הדיגיטלי והאנושי להתקרב לזה, דבר שיוביל להתנגשות ולהרס שני העולמות. המלך דרסיל רוצה "להקדים תרופה למכה" ולהרוס את כדור הארץ לפני שיהיה מאוחר מדי.

החבורה עוברת לעולם הדיגיטלי במטרה למצוא את המלך דרסיל ולבקש ממנו עזרה. בדרך הם פוגשים את גוטסאמון שפעם תקף את העולם האנושי וכעת מעמיד פנים שהוא לא זוכר זאת.

החבורה חוזרת לכדור הארץ. מרקוס מסרב להאמין שאבא שלו הוא המלך דרסיל ושהוא פקד להרוס את העולם האנושי. קנטאורוסמון נלחם בגאלנטמון ומקפיא את שניהם. מרקוס מחליט לחזור לעולם הדיגיטלי ולהחזיר את אבא שלו בכל מחיר.

מר נורשטיין מנסה לטוס עם רלינה חזרה לאוסטריה אבל תומאס עוצר בעדם. הוא מתעמת עם אביו ונזכר בעבר. כשרודנייטמון האביר המלכותי מגיע הוא נילחם נגדו ומיראז'-גאוגומון מגיע למצב פריצה. מר נורשטיין מבין שהוא טעה ומשלים עם תומאס.

ליאופרדמון האביר המלכותי נשלח לכדר הארץ כדי לחסל אותו. לביתה של יושי מדיעים תינוקות דיגי'מונים שרק בקעו וביניהם ביומון, דיגי'מון ששמר בעבר על קריסטי. יושי, קינן, רוזמון ורייוומון נלחמים בליאופרדמון ומגיעים למצב פריצה.

מרקוס ושינגריימון נלחמים בקרניאמון. למרות שהם כל הזמן מפסידים לו, מרקוס אומר לקרניאמון שהפוטנציאל האנושי ינצח וממשיך להילחם. מרקוסס מנצח את קרניאמון שנכנע לו ומאפשר לו להיכנס לעץ כדי להיפגש עם אביו.

היחידה הדיגיטלית מגיעה לעץ השרת. מרקוס ואגומון מטפסים עד לקצה ופוגשים את המלך דרסיל. הם נלחמים בו ולא מצליחים לפגוע בו. לבסוף בנשליאומון, שהוחלף על ידי קרניאמון בהחזקת העולם הדיגיטלי, בא לעזרתם וטוען שהוא אביו של מרקוס.

בנשליאומון מספר למרקוס את סיפור ההיכרות שלו עם אביו. הוא מתוודה בפניו שעל מנת להציל את אביו הם התחברו יחד אבל המלך דרסיל גילה זאת ולקח כבן ערובה את הגוף שלו.

היחידה הדיגיטלית נלחמת במלך דרסיל בזמן שקרניאומון מחזיק בעולם הדיגיטלי ומונע את התנגשותו עם כדור הארץ. בזמן הלחימה האבירים המלכותיים מצטרפים ומסייעים ליחידה הדגיטלית. הם מגלים שהמלך דרסיל הוא בעצם מחשב ביתי.

מרקוס ואגומון נלחמים במלך דרסיל ומצליחים לשכנע אותו לאפשר לדיג'ימונים ולבני האדם לחיות בשלום. הכל שב על מקומו בשלום. המחסום בין העולמות תוקן והסכנה לשני העולמות חלפה. ספנסר חוזר למשפחתו.