Pierce e Moretti indagano sul caso di una donna convinta che il proprio marito sia stato rapito dagli alieni. Intanto, Pierce continua a dibattersi tra la sua vera fidanzata Caroline e quella immaginaria, Natalie.

Durante l'indagine sull'assassinio di un giudice Daniel suggerisce una teoria complicata ed estrema, che fa storcere il naso soprattutto a Donnie, che si sta occupando del caso.

Daniel accetta di collaborare in un caso che coinvolge un famoso attivista ambientalista: Kate non può fare a meno di domandarsi perché Pierce abbia accettato di lavorare senza di lei.

Un Pubblico Ministero muore improvvisamente durante un dibattimento in tribunale: un caso per Moretti e Pierce di non facile soluzione. Intanto, Moretti e Donnie devono prendere una decisione importante per il loro futuro.

Un ragazzino con un disordine dello sviluppo psicologico viene preso in ostaggio durante una rapina in banca, Moretti chiede a Daniel di provare a interrograrlo. Intanto si fa vivo il padre di Pierce, lontano da tanti anni...

Un cecchino prende di mira l'ingresso dell'edificio sede dell'FBI: i suoi bersagli sono Kate e Donnie. Daniel dovrà lavorare in fretta per capire come arrivare a fermare il folle killer.