Après le départ précipité de Brenda Leigh Johnson, le service des crimes majeurs est dirigé par le Lieutenant Provenza. Mais alors que l’équipe enquête sur un cambriolage qui a mal tourné, le Capitaine Raydor (Mary McDonnell) est nommé à la tête du service. Cette nouvelle situation n’est pas au goût de tout le monde et la transition s’avère difficile.

L'équipe enquête sur le cas d'un meurtre violent. D'ailleurs, les détectives ont du mal à démêler les événements entourant le drame. Parallèlement, Provenza remet en question son travail au sein de la brigade des crimes majeurs et Raydor tente de le convaincre de rester en poste. Aussi, Raydor remet en question sa décision de vouloir veiller sur Rusty.

Des fêtards se font frapper mortellement par un SUV alors qu'ils sont sur le point d'entrer dans une boîte de nuit. La conductrice, une interne en neuropsychiatrie, n'a aucun souvenir des événements. Au même moment, Raydor pense avoir retrouvé la mère de Rusty.

La brigade doit travailler aux côtés du FBI lorsque la mafia israélienne semble mêler à une affaire de meurtre. Aussi, pour une rare fois, Provenza affiche sa vulnérabilité. Enfin, le premier jour d'école de Rusty prend une tournure inattendue. Avec Michael Weatherly (NCIS) comme invité vedette.

Dans une affaire où un meurtre a été précédé d'un homicide, l'équipe des crimes majeurs est pressée d'agir rapidement avant qu'une autre personne ne soit blessée. Parallèlement, des preuves ADN indiquent que Rusty est plus étroitement liée au système judiciaire que quiconque aurait pu s'y attendre.

Une fusillade mortelle a eu lieu entre des membres de gangs de rue. Pendant l'enquête, Raydor prend une décision difficile qui compromet sa carrière. D'ailleurs, la détective May Sykes risque sa vie pour cette affaire. Aussi, Rusty refuse de rencontrer son père biologique.

Lors d'une nouvelle enquête, l'équipe des crimes majeurs découvre qu'il y a une fuite d'informations confidentielles. Les détectives enquêtent sur l'assassinat d'un activiste luttant contre la prostitution juvénile. Le capitaine Raydor découvre les véritables raisons derrière le départ de Rusty du domicile familial.

Un crime sur lequel Tao a enquêté revient le hanter huit ans plus tard. Un architecte condamné pour meurtre est libéré après une analyse de sang. Rusty rencontre son père biologique pour la première fois. Il tente tant bien que mal de contrôler ses émotions.

Major Crimes a été envoyé sur la scène d'un possible crime dans une boîte de nuit. Ils découvrent vite que l'homme qui semble mort à cause d'une sale cuite est en fait un policier de Las Vegas. Flynn semble le plus touché par sa mort.

Alors que le juge Cully est sur le point de faire prêter serment à Dr Massoud qui prend la tête de l'éducation de la ville, le juge s'effondre. Pensant d'abord à une crise cardiaque, ils tentent de l'aider à mieux respirer mais lorsqu'ils découvrent du sang sur sa chemise, ils comprennent que le juge vient de se faire abattre. La police pense immédiatement à un attentat raté visant en fait Massoud mais après analyse, il réalise que le juge était en fait la cible.

Martin Elliot, un réalisateur de films, retrouve sa femme Gretchen morte, poignardée. L’autopsie révèle qu’elle était enceinte et avait ingéré des anxiolytiques sans aucune prescription.

La Brigade est en présence d’un cas apparent de meurtre suivi d’un suicide: un homme, William, aurait tué sa sœur Janet avant de se donner la mort. D’après la femme de ménage, ils se disputaient récemment au sujet de Dwayne, le mari de Janet, qui la battait.

Un homme d'origine mexicaine est arrêté couvert de sang au volant d'une Taurus appartenant à une certaine Rosa Vega. Pour écarter toute affiliation terroriste, nos enquêteurs font appel à l'agent Morris, du FBI, qui les oriente vers un garage clandestin dans lequel ils découvrent trois corps.L'homme, qui dit s'appeler Juan Diaz, prétend que ces cadavres lui sont tombés dessus alors qu'il travaillait dans la fosse du garage, et qu'il s'est enfui avec la Taurus qu'il allait démonter. Il est recherché au Mexique pour trafic de drogue et s'appelle en réalité Manuel Luis Vega Aguilar...

Alors que les lieutenants Flynn et Provenza se chargent de la protection d'un témoin-clef qu'Emma Rios, le substitut du procureur, tient absolument à faire comparaître, les choses se compliquent et ce témoin se retrouve rapidement accusé de meurtre... Pendant ce temps, Rusty révise son futur examen d'entrée en fac avec Kris, l'une de ses camarades qui suit comme lui des cours de rattrapage, et qu'il présente à toute la brigade.

Un homme est abattu dans la voiture de sa petite amie, Susan Adler. La victime possédait de nombreux faux papiers mais sa véritable identité est Rodney Harwood. Un seul témoin du meurtre : le docteur Field. Sur l'arme du crime, on retrouve les empreintes d'un certain Jim Gilmer, disparu quinze ans plus tôt et déclaré décédé. C'est donc un homme fantôme que recherche la Brigade...

Les enquêtes prioritaires cherchent désespérément une jeune enfant transsexuelle. Le père qui soutient son enfant et sa mère qui est contre son comportement se disputent en permanence à son sujet.

Les enquêtes prioritaires enquêtent sur une fusillade qui a tout l'air d'être un règlement de compte entre deux gangs ; en tout cas en apparence.

Les enquêtes prioritaires enquêtent sur le meurtre d'un jeune hispanique par le propriétaire d'une maison.

La mort d'un ancien agent de la DEA et de ICE a été relevée comme suspecte. Ils se rendent à son dernier domicile et découvrent que les habitants sont d'anciens d'une même série policière.

Rios et l'équipe ont obtenu des informations concernant la possibilité d'une série de meurtres en échange d'un accord pour Jason Goss. Mais le juge refuse l'accord pour mort non intentionnelle alors qu'il est évident que c'était un meurtre pour quelqu'un d'autre et renvoie l'équipe pour qu'ils obtiennent ce qu'il veut : la perpétuité ou la peine de mort.

L'équipe enquête sur le meurtre bizarre d'un homme retrouvé à moitié décapité dans sa baignoire. Il est clair que le meurtrier est resté plusieurs jours dans la maison.

Deux adolescents d'origine russe sont retrouvés morts dans la maison de leur grand-mère. Soupçonnant les victimes d'avoir été empoisonnées, le légiste comprend rapidement que la drogue qu'ils avaient sniffé, de la "Molly" ou MDMA, a été additionnée de cyanure.

Un violeur en série tout juste sorti de prison a disparu de chez ses parents. Alors que l'équipe le soupçonne d'avoir fait une nouvelle victime, son cadavre est retrouvé sous un pont. L'enquête mène directement à un officier de police dont la fille avait été violée.

Le corps d'un homme est retrouvé dans un étang après plus de 48 heures d'immersion. L'équipe soupçonne immédiatement un informaticien, contre qui la victime et 3 de ses amis avaient porté plainte pour vol.

Flynn et Provenza découvrent le cadavre d'un homme dans son camping car dévasté. La victime était recruteur pour une équipe de baseball et venait de se battre avec le père d'un adolescent qu'il ne trouvait pas à la hauteur de ses espérances.

Deux jeunes hommes découvrent le corps d'un homme dans un tapis trouvé dans la rue. Sur les lieux du crime, l'équipe découvre que le FBI, dirigé par Fritz, était en charge de la protection de la victime, qui se trouve être le fils d'un député témoin dans une affaire de gang.

Le gérant d'un magasin de voitures d'occasion est tué lors de l'explosion de la voiture qu'il comptait offrir à son petit-ami. Les soupçons de chacun se tournent vers sa femme, qui venaient d'entamer une procédure de divorce et passait en revue les comptes de la société.

Un ancien détenu se rend chez l'auteur des lettres de menaces afin de lui délivrer un message de la part de Strauh. Son corps est retrouvé peu après et l'équipe fait très vite le rapprochement avec l'affaire concernant Rusty, ce qui relance totalement l'enquête.

Alors que Rusty se prépare à témoigner contre Philippe Strauh, l'équipe, accompagnée de l'agent Howard, est toujours à la recherche de l'homme qui a tenté de le tuer peu auparavant. Strauh tente de négocier avec la police en échange des informations qu'il pourrait détenir sur le meurtrier.