El recluso Jintan se queda perplejo cuando su difunta amiga de la infancia, Menma, aparece de repente un día y le pide que haga realidad su deseo.

Cuando Poppo se reúne con él en la base secreta, Jintan confiesa honestamente que Menma apareció frente a él pidiéndole que su deseo se hiciera realidad. "Poppo" honestamente cree en esto y le da consejos a "Jintan"...

Yukiatsu le dice a Jintan y a sus amigos que ha visto a Menma en el bosque. Jintan está seguro de que está mintiendo, pero va con los demás para descubrir la verdad.

Jintan resuelve el misterio de Menma errante y se enfrenta al responsable.

Tratando de averiguar el deseo de Menma, Jinta decide hacer su largamente retrasado regreso a la escuela. Sin embargo, su regreso se ve ensombrecido por los rumores de que Anaru fue visto en un hotel del amor.

Anaru se ha escapado de casa y vive en el escondite. Jintan le dice que no puede faltar a la escuela o estar fuera de casa para siempre. Anaru toma una decisión.

Jintan tiene un plan para cumplir el deseo de Menma, pero el padre de Menma se opone a la idea. Jintan intenta persuadir a su madre en su lugar.

La pandilla va a la casa de Jinta donde presencian la presencia de Menma de primera mano, aunque se demuestra que Menma no puede escribir en ningún otro lugar que no sea la base secreta. Yukiatsu se frustra porque solo Jinta puede ver a Menma, mientras que Anaru está molesta porque no puede compararse con ella.

Jinta le pregunta a Menma si preferiría quedarse aquí para poder estar juntos, a lo que Menma responde que planea ir al cielo y reencarnarse.

La ceremonia de la pandilla para ayudar a Menma a morir no salió según lo planeado, y se dan cuenta de que deben dejar de lado su propio egoísmo para descubrir qué es lo que realmente quiere Menma.