Des Alphas, des personnes dotées de capacités neurologiques exceptionnelles, sont recrutés par une agence secrète gouvernementale pour lutter contre des criminels possédant les mêmes pouvoirs qu'eux. Gary, Rachel, Nina et Bill sont encadrés par le docteur Lee Rosen, neurologue et psychologue. Pour sa première affaire, l'équipe est chargée d'enquêter sur le meurtre d'un témoin protégé, abattu d'une balle dans la tête au coeur des locaux du NYPD. L'énigme est de taille : en effet, l'homme se trouvait dans une pièce sans porte ni fenêtre. Un groupe d'Alphas extrémistes pourrait bien être impliqué dans cet assassinat...

Alors qu'ils essaient de déjouer une opération des terroristes de Red Flag et de capturer son leader, Rosen et son équipe trouvent une femme captive. Celle-ci, du nom de Anna, a la faculté de traduire n'importe quelle langue.

L'équipe des Alphas est à la poursuite d'Isaac, le membre du Red Flag qui a tué des collaborateurs du programme. Isaac, quant à lui, pourchasse la fille du docteur Rosen, Dani. Plus tard, l'équipe de Lee Rosen doit choisir son camp après que le ministère de la Défense a été attaqué par le groupe terroriste.